BtaINT0044460 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009739 | CSMD1
Description
CUB and Sushi multiple domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14026]
Coordinates
chr27:1212523-1235076:-
Coord C1 exon
chr27:1234972-1235076
Coord A exon
chr27:1212642-1234971
Coord C2 exon
chr27:1212523-1212641
Length
22330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
TGTGTCTTGCATTTTCATAGCCG
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCGTGGGCCTCGCGGCTTGCCAAGAGCCAGCCCTTCCCAGTAACGGCATCAAAACTGGAGACCGATACATGGTGAATGATGTGCTGTCCTTCCAGTGCGAGCCTGGGTACACGCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009739:ENSBTAT00000012850:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(31.1=91.7)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(57.9=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]