BtaINT0044527 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005784 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19290]
Coordinates
chr3:112772352-112781783:+
Coord C1 exon
chr3:112772352-112772465
Coord A exon
chr3:112772466-112781687
Coord C2 exon
chr3:112781688-112781783
Length
9222 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
CTCATCCCTTATCTTGGCAGGAG
3' ss Score
7.98
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTGTTTGGACAGTTTGCCTTCTTCCACACGGCCCTCAACGACGTAGTGGAGGTGCACGACGGCCACAACCAGCACTCTAGGCTCCTCAGCTCCCTCTCGGGCTCCCACACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAATCGCTGCCCTTGGCCACCTCCAATCAAGTCCTCGTTAAGTTCAGTGCCAAAGGCCAAGTACCAGCCAGAGGCTTCCACTTTGTTTACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005784:ENSBTAT00000007609:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=FE(35.8=100)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PD(28.3=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]