BtaINT0048022 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012433 | DENND1B
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1N0M9]
Coordinates
chr16:78448106-78468912:-
Coord C1 exon
chr16:78468846-78468912
Coord A exon
chr16:78448197-78468845
Coord C2 exon
chr16:78448106-78448196
Length
20649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTGACATGTTTTAATTTCAGTTT
3' ss Score
7.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAAGCACCGTTCAAGTCTCATGAACAGTTCTTGGAAACCGCAGTCACCTCCAGCTGTTTAAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTATCGATGGTCGACTGGCAAAACTAAATGCAGGAAAGGGTTTCTCTGATGCATTTGAAGAAGAGATCACTTCCGGTGGCTTTTGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012433:ENSBTAT00000016502:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development