BtaINT0052903 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013831 | DSG1
Description
Bos taurus desmoglein 1 (DSG1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174045]
Coordinates
chr24:26112209-26117614:-
Coord C1 exon
chr24:26117448-26117614
Coord A exon
chr24:26112344-26117447
Coord C2 exon
chr24:26112209-26112343
Length
5104 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATTT
5' ss Score
7.63
3' ss Seq
TGTTTGTTGTGTCTTTTTAGCAA
3' ss Score
9.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACACTGGTGATGGTACTCAATGCTACTGATGCAGATGAACCAAATAATTTGAACTCAAAAATAGCCTTCAAGATCATAAGACAAGAACCTTCAGATTCACCGATGTTTATTATCAACAGATACACTGGAGAAATTCGAACAATGAATAATTTTCTAGACAGAGAG
Seq A exon
GTATTTTTTTTTTCTTTTCAGTGGGTTGTAGTCTCAATGGAACTGATTCTAAAAGCAAGAGTTCTAAGAAAAAGAAATGAAAAAGAAAACAATAGTTTAAAATTTTGATTATATAACCTTTTCACATAATGGGAACAACATAAGAAATATCTGTGAGATGAAGAAAATAATTCCTCAAATAGATTTTATACTTATTTCTCATTTAATTTACTGAATTCGTCTCAACTTGAAAACTACATTCTAAAAGTACACCTACACAAGGCAGATGTAAAAGCTCTATTTTTTCTAAGTATGTTCTACAGTGAAATAAATTTAAGAAACAATTGCTGTAATGTCCCCCATCTTGGTGAGTCACAATGCAGGTGAACACAATAGAAGCCCCAAGAATTTTTACAGATTAAGAAACTTGCTTATCTTTCTTTTTTGTTTTGTTTGCTTATCTTTCTTTAATCCAGCCTATCATAGGCTCATTTGACAAGAGAACTCTTTTTTCCCTTTTCTCTTCCTATATCTCACATACTGACAGCCCACTGATTACTTTGGGAAATGACTCATAGAATCAGAATAATGGAGAGGAATTTAGTAACATCCAGACCAGTCTATTCACTTACAAATTAAAAAATAATTACTGATTGTTACCAAATTAGAATCAGCATCACATGGTTTCTATAATACCATGTGGTCCCTTGATTTAATTTTAAAATAGCAACTTTTCATTATTTTTTTAATATTGATAGAATATAACTGATGTGCATAATTTCAGGGTTATAAATAAGGAAATTTTATTTTGTACTTGATATTTAATTAAATATTAAGTACTATAGCTATTTTAAAATGACCATCTCCCTGCTAATAATTCAGGATTTAGGATAAATCAGATTATTTTAGTGCTCTATAATAACCCAAATGCCATCAGTTTCCAGGTTATCACTGTGTCCTTTATTACTTGTTTGAAAATTACCATCAGAAGAAATTGACTATTTAGCTGTTTTTTCCCTCTCAAACTTTCTTAAGGAGCCCAGTGGGATACCTTTAACATGAAAAGAGTTGTAATGGTGAAGAACTCTAAACAATAAAGGAACTGTGCAGTCACTGGCAAGCCACTAGAGCACATATAATAAATTATTTTACTATAATTTTAGTCTATATTGGAGTATAGTTAATTAACAATGTTGCATTTGTTTTAGCAACATTTGTACAGCAAAGTGATTCAGCTATACACATACATGTATCTATTCTTTTTCAAATTCTTTCCCATTTAAATTGCTACATGATATTGAGCAGAGTTCCCTGTGCTACAAAATGGGTCCTTGTTGGTTATCTATTTTAAATATAGGAGTTTGTACAAGTCAATCCAAGACTCACAATCTATCCTTCCCCAACCTACCCTTCCTTCCTGGTAACCACAAGTTTGTTCTCTAAGTCTGTGAGCCTGTTTCGCCTTTGTAAATATGTTCATTTGCATCATTTTTTTTTTTTTTTAGATTCCACATATAAGCAATATCATATGATATTTGTCTTTCTCTGTCTGACTTACTTCACTTAGTATGATCATCTCCAATTTCATCCATGTTGCTGAAAAGGCATTATTTCTTTCTTTTTAATGGCTGAGTAATATTCCATTGTACGTATGTACCACATCTTTTTTACCCATTCATTTGTCAATGGACATTTAGGTTGCTTCCATGTCTTGGTCATTGTAAACAGCACTGCAATGAACACTGGGGTGCATGCATCCTTTCAAACCATGTTTTTCTCCAGATACATGCCCAGGAGTGGGAATGCTGATTATACAGCAGCTCTATTTTTAGTTCTTAAGGAACTTCCATATTTTTTTCATAGTGACTGCAGCAATTTACATTCCCAGCAACAATGTAGGAGGGTTCCCTTTTCTCTATACCCTCTCCAGCATTTACTGTGTGTAGATTTTTTGATGATAGCCATTCTGGCTGGTGTGAGGTAATATCTCAATGTAATTTTGATTTGCATCTTTCTAATTTTTAGTGATGCTAAGCATCTTTTCATGTACTTTTGGCCATCTGATGTCTTCCTTGAATATATGTCTACTTAGATCTTCTGCCCATTTTTTGATTGGGTTGTTTGTTTTTTCATATATAGAGCTACATGGGCTGTTTGTAAATTTTGGAAACTAATCCCTTGTTGATCAAATCATTTTCTCCCAGTCTCTGAGTTGTCTTTTCATTTTGTTTATGGTTTCCTTAGCTGTGCAAAAGCTTTTGAATTTATTTAGGTTTCACTTGTGTATTTTTTTTTTTTTTATGGAAGGATAATTGCTTTACAGAATTTTGTCGTTTTCTGTCAAACTTCAATATGAATCAGCCATAGGTATACATATATCCCCTCCCTTTTGAACCTCCCTCCCATCTCCTTCCCCATCTCACCCCTCTAGGTTGATGACAGAGCCTCTGTTTGAGTTTCCTGAGCCATACAGTAAATTCCTGTTGGCTATCTATTTTACATATGGTAATGTAAGTTTCCACATTACTCTTTTCATACATCTCACCTTCTCCTCCCCTCTCCCCGCGTCCGTAAGTCTGTTCTCTATGTCTGTTTCTCCATTGCTGTCCTGTTATTTTTGTTTTTATTTCCATTACTATATGAGATGGCTCAGAAAAAAATATTGCTGAAATTTATATGAAAGACTGTTCTGCCTATGTTTTCTTCTAAAAGTTTTATAATATCCAGTCTTACATTTAAATAATCTATTTTGTGTATGATGTTATTTTTGTGTATGATGTTAAAGAATGTTCTAGTTTCATTTTTTACATGTAGCTGTTCAGTTTTCTCAGCACTGAACACCTCTTAATATTGAAGAGACTGTCTTTCCTCCATTGTAAAGTCTTGCTTCTTTTGTTGTAGATTAACTGATCATAGGCACATGGATTTACTTCTGGGTTTCTATCTGGTTCCATTGATCTATGTTTCTATTTTTGTATCAGTTACATACTGTTTTGATGACTGTACCTTTGTAGTATGGTCTGAAGTCAGGGAGTCTAATTTTCCTAGCCCCAGTTTTGTCAAGAGAGCATTGGCTTTTCAGGATCTTTTGTGTCTCCATACAACTTTTAAGATTTTTTGTTCTTGTTTTGTGAAAAACACCATTGGTGATTTCGTAGGAATTGCATTGAATTTGTAGATTCCCTTGGGTAGTGCAGTCATTTTGACAATACTGATTCTTCCAATTCAGGAACATGGTATATTCTTCCATCTGTTTGTGTCATCTTTGATTTCTTTCATCAGCACCTTATAGTTTTCAGAGTACAGGTCTTTTGTCTCCTTAGGTAGGTTTATCCCCAGGTATTTTATTCTTTTTGATGTGATGAGAAATAAAATTATTTAATTTCTCTCTCTGAGCCTTCATTGTGAGAGTATAGATTTCATTGTGAGAGCAACAGATTTCTGTGTATTAATTTTGTATGCTGCAACTTTACCAAATACATTGATGAGCTCTAGCTTTCTGGTGGCATCTTTGGGATTTTCTATATATAGTATCATGTCATCTGCAAATAGTGACAGTTTTACTTTTTCTTCCCCAATTTGGATTCAGTTTATTTCATTTTCTCTGATTGTTGTGGCTAGGACTTCCAAAACTATGCTGAGTAAAGGTGGCAAGAGTAGATATCCTTGTCTTGTTCCTTTGTTCCTGATCTTAGAGGAAATATTTTCTAGCTTTTCACCACTGAGTAGGATTTTAGTTGTAGTTTTATCATATTTGGCCTTTATTATGTTGAGGTATGTTCCTTCTATGCTCACTTTATGAAGAGTTTTATCATAAATGGGTGTTGAATTTTGTCAAAAGCTTTTCTTTTGATGATGATGACAATGAAGATGATCATATGTTTTTATTCTTCAATTTGTTGATGTGAAGTATCACACTAATTGATTTGCAGGTACTGAAAAATCTTTGCATCCCTGGGATAAATCCCTCTTGATCATGGGGTATAATCCTCTTAATGTATTGTTGGATTTGGATTGCTAGTATTTTGTTGAGGATTTTCATGTCCATTTTCATCAGTGATATGGGCCTATAATTTTCTTTTTTGTGGTATCTTTGTCTGGTTTTTGTAAGAGGGTGATGGTGGCCTCATAGAATAAGTTTGGGAATATTCCTTCCCCTGCAATTTTTTGGAATAGTTTCAAAAGAATAGGTGTTAACTCTTCTCTAAATGTTTGATAGAATTCACTGGCAAAGCCATCTGATCCTAGACTTTTATTTGTTGGGAGTTTTAAAATCACAGTTTCAATTTTAGTACTTGTGACTAGTCTGTTTATATTTTCTGTTCCTTTCTGGTTCAGTCTTGGGAGATTGTACCTTTCTAAGAACTTGTCCATTTATTCCAGGTTGTCCATTTTTTGGTGTACAGTTGCTTGTAGTACTTTCTCATGATTTCTGTGGTATCCATTGTTACTTCACTTTTTTTCATATCTAATCTTATTAATTTGAGGCCTCTCCCTTTTTTTCAGGGCAGATATTCTTAACCTGGGATTTGTGGAGAGCCCTCAAGACATCTCTAACTATGAATCCTCTAAAAGTATATGAACTTTGAGTGAGGATGCACACATACATATATCTAGAAAAGGCTTCATGGCTTTTATCAGCTTCTAAAAATTTAAGCACCATCAAATAGAATCAAGAAAACAGATCATCAGTAACTGTACTGCCACATCCTGGCACTCCCCAGAAATGCAAACATTTGCTATCTCTTTATTCTACTTGCACATTCAGGGGCTAATAATTTAGGTACAGAATTTTCATTCTATAAATTCCTGGTAAACAATCTCTCCCCTCCTGACAATTTTGGTCTGCTTCGTCCTTTATATTATTTTTCAGCATATAATAAGGAATGAGGGCTTTTAAATATTTTATCTTCTTTTAAATAATGCTGTATAGACATTGTTGGGAATAGAAGTGGCAACTTCATATAAATTGATGTGAGATTTGTGAATTTTCAACATTCTGTGTTACCTCTATCTTCATCATAGATTTATGCAAATGTTGAGCCAACATTTTAAAAGATCTTTGTACAGGACAAAATAAGAACTGTCTACATCAACTGTGATATTGTTTGTTGTGTCTTTTTAG
Seq C2 exon
CAATATGGCCAGTACTCTCTAGCTGTAAGAGGCTCAGACCGAGATGGTGGGGCAGATGGTATGTCAGCAGAGTGTGAATGCAACATTAAAATCCTCGATGTCAATGATAACATTCCATACATGGAACTGCCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013831:ENSBTAT00000018382:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.036 A=NA C2=0.044
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002812=Cadherin=FE(55.6=100)
A:
NA
C2:
PF0002812=Cadherin=PD(31.3=68.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]