BtaINT0061628 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000712 | FBXW2
Description
Bos taurus F-box and WD repeat domain containing 2 (FBXW2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076974]
Coordinates
chr8:112069841-112078426:-
Coord C1 exon
chr8:112077917-112078426
Coord A exon
chr8:112070036-112077916
Coord C2 exon
chr8:112069841-112070035
Length
7881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCCCTGTTTTTCTCTTGAAGGGT
3' ss Score
10.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAATTTTTCCATAACCTTATGGAGAGAAAGGACTTTGAGACATGGCTTGATAACATTTCTGTTACATTTCTTTCTCTGACGGACTTGCAGAAAAATGAAACTCTGGATCACCTGATTAGTCTGAGTGGGGCAGTCCAGCTCAGACACCTCTCCAATAACCTGGAGACTCTGCTCAAGCGGGACTTCCTCAAACTCCTTCCCCTGGAGCTCAGTTTTTATTTGTTAAAATGGCTCGACCCTCAGACGCTACTCACATGCTGCCTCGTCTCTAAACAGTGGAATAAGGTGATAAGTGCCTGCACGGAGGTGTGGCAGACCGCCTGTAAAAGTCTGGGCTGGCAGATAGATGATTCTGTTCAGGACGCTTTGCACTGGAAGAAGGTTTATTTGAAGGCTATTCTGAGAATGAAGCAACTGGAGGACCATGAAGCCTTTGAGACCTCATCTTTAATTGGACACAGTGCCAGAGTGTATGCACTTTACTACAAAGATGGACTTCTGTGTACAG
Seq A exon
GTAAGAGAGCCTGACTATTTTTTTTTTTCTTTTTAATTTTTGCGTTTCGTGGAGTGTAATCTTACAGACAGAACAAAATACTCCTCAGGCTTGAGAACGGCAGTCGTTAATTATCTGAGATATCTATGATGGCATAGATAGATGCTCCATCCCTGACTGGTTCCTCCTCTCCCCACCACCACCCCTTTATCCTTTTTCACTCTGAGAAGACAATTATTTTTATAAAATTTTATGAGAAGAAAGCTCCAGACATTCTTATAAATGTGATATGAGTCTGAAAGCTCTGACTACGTTTTTCTATGCTTTTTTTCCATATACGGTCCTTCATGTTGGTTAAAAATTTATTTTTTTTTTTCTTATTAACAGTAATTTTGGGGGAAAAAAAGCTGTATAAAAATTCCTGTGTGGTCCTAGCAAATAATTCATTTTGAAAGAATTATGAAACCTCTCTGTGTTTGTTTCCTTGTATTTAAAATATACAAAGGGAGCTATTTCTCTTGCTCTAAGATCCTGTGGTTCTGAGAAGAATTTAGAAGAGTTTGGGCATGGGAATGAAAATAGTTGGATATTTTAAAACTCAGCAAGCAGGGCTTCCCTGGTTGCTCAGTGGTAGAGTTCGCCTGCCAGTGCAGGAGATGTGGGTTTGATATCTGAGTCGAGAAGATCCCCTGGATAAGGAAATGGCACCCACTTCAGTATTGTTGCCTGGGAAATCCCATGAACAGAGGAGCCTGGCGGACTATGGTCCGTTGGGTCGTGAAAGAGTCAGACACGACTTAGCGACTAAACAACAAGAACAACAAGTAGTTAAGTAACTTTTTATTATAAATGTAATGATTAAAGTTAGAATTATGTGCATCTTCCAATTATAATGGGCGTGTGTTTCTGCATATGATGATATAGTTAGTGCCCGTGCGTCAGGCAGTACATGTTGATAGCTGTCGTATGCAATGACTAAGCAGAGTTTAGAATGGCTCGAGGTCCCAGATCACCTTGTCAGTGATCACAGTGCTATTCACTCCCATCATATATGATATACAGTACTGGGCTTCCCAGTGGTGCAGTGGTAAAGAAGCCGCCTGCCAGTGCAGGAGACACAAATTGATCCCTGGGTCAGGAAGATTCCCCGCAGTGGGAAGTGGCAACCCACTCCAGTATTCCGGCCTGGAAAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGACGGGCTGCTGTCTGTGGGATCACAAAGAATCAGAACCAACTCAGCAGCTGAGCGCAGCACCACAGCACAGGGACATTCGTGTGCTTCCTCCATAGTGATTTCTGACAGACACTGGAGTGTTAGCCACACCACACGGCTGTCATGTGCTGTTTCTTTGTGTAAATGTGTCATCACTTAGCCATTTCCATACTCGTGCGTACTCAGGTTGTTTCTGTTCTTATGGATAGTTTTGTCTGCGTTATTTTTTCCCTTTGGATTATTCATTTGAGGCAGAAGCCTCAGAGCAGAATCACCAGATCCAGAAGTGTGAGTGATTTCATAGGTCCTCTTAGTGCCCTTTGCAGATATACTGAATTGATGCTATGCCCGCAGCAAAGTCTAGGGTAAACCTGCCTCTCCCTCAGAGGCCTACCATACTCAGTTTAATATTTTCAGTAGTTAAGAGAGAAACGATTTCTGAAGACTGTTTTAAAATTGAATTTCTTTATTCATTGAGGATGTCCATTTTCTTATGTGGTGACATTCTCTGAAATGCTCAACACTTTGTCAGTTTTATAAAATAAACATTTAAGATATTTCATGGTTTTGTCATCCTGAGATTACTTCATGCTCATGTTATTTTCCCTGTCCTATTAAAAGCCTGATTATTGGAACAATATCATCTGTTCTTCTATACCTTGGTATACTTTGCCACCTGTGGTGATGACTTTTCAATATTCTTTTTGCCTCATAATCACTGGCAGGTTTTTTTTTTTTTAAGATGCCATATTGCCTTTGAATTTGGCACTTACTCACACTTGGATCAATACTGGCAGTTGACTCATTTTCAGAACTAGCTCCAGCTTTTTTTTTTTTAATGTCTTGTTAAAGTTCACTTTTGAAATGCAATAAAACCTTAGTTACTTGGCCCAGAAGTGAATGGAATACGTTCACTGAATTCCCTAATTACCTGGGCAGTTAATATCTACAAATGACTGTGGACACAACCCCACATTTTAAGATTATTCTCCGGGTGAGTCTATATGCTGTCTTATTTTTAGTATGATTAAATTCACGGGCTTTGCTTATGGAAAAGTGTGCTGTTGAAAATGATTCAAAGCATTTGTTTGAAGCAGCATTCCTGAGACTGTTACTAGCAAGAAATATTTGTTAATAGAATTAAATGTGTTTGTATCACCTTGTCACTTAAGAGCTTGTCTTTTCACCGTTGTTGAATTGGGAAATTCTGAATTTGGCAGTAAACTTAGTGACTCAGATCAGCCCTTAAGCAAGCAGTGGAACAGGATTACCAAAAGGGTTAATAATGCTAACATTAGCACAGTACAGATTGTGTGATTGTATGAGATTGTATGTCTGTTCAGACTTTCAGAAATTCTGCTCATCTCTGAAATGGGAAGAAAGGAATGTATTGTGTTTTGTGCTGTTCGTAGATATTTATTTCTAAAATGCCTACTGTGTGACAGGCAGCGTAAGCATGCGAGCAGAATTAGAATTGTTCTTTCCTCAAAGAATGTACACGCTGTGGTCAGGAAGGTAACCTGATTGAGCAAAAGTCTGTGTGTGAACTGTGGCTAATAGAAAACGCTGCCACGGGGAGTTGCTGCTCTGCTGCAGTAGATAATTCCTGTGTGGGATTCAGACTCAGAATTGTCAGGTCTGACTTTTCAGGAGAAGCCCCAAGCCTAGGTTTTTGTGAAATAGCCTCATTTTTTAAAAAGTATTAATTTTCTAAGTATTATTCTAATTTTAAAAATATTGTGGTTAGATCATATTCAACCTATAAATGGCTATATTGTGACCTCTGACTTGCAGGCAAACGAGAAAAACAAGAGCTATAAAGGAGGTGTGATCAGATGCTGTATTTAACTAGTTTTGTTGTGGTGAATATTTCAGATTATATACAGATGTCAAATTGTTACATTATACACCTAGAATTAGTACATTGTTGTCTGTCAGTTATATCTTAATTAAAAGAGAGACCAACCCCAAAAATGATGTAGTTGAATTGTATGAGGAAAATAAAGTTATGTAGTTTTTCAAAAGAAGGAATGGTTTCTTCATTTGAGAAAGTAGAGTAGTGTTTATGTTGGGTCTTGAAGGATGTACACATTTTGGAGATGTGAGATGCAGTCAGGGTTTCCCAACAGGAAGAGAAGCATTCTAAAGGCCTGGAGAGGTCCAAGCATGGAGGAGGAAATACCGAAGTCTTAGAACATAAACGGGGACTCTAAGACTCTTAGAATATGATCTGAAGAACTAGGTTTGGGCTGGAATGCTGTGAACATGTATTTGGACAGTTTCCTGTGAACTCTGAATGATTTGTGAGCAGAAAGTCTGGTTCAGAGCCTTCACTTCAAAGAAACTAGTGTTTCTTGTTTCTGTCAGACTTGGGTCCTCTTTTTACAAGATTTTACAATATCCCCCTATCATGAATTAAAAGTCATGGAAGCAACTTATCTATACATACACATTTTGGAAATCAATATAATAGCCAAAGTCTGACCCAGAGGAGAAGTAAGAGAACTGTAATTTACAGTAACGTTGAACACAGGCCCCACCGTGGCTGTTCTGGAAGGTGGTAACCAGGTGTCTGCACCTCTGTGTGCTGTCGTCATGAGCATGGCAGCTGTGAATGGAGAAGGTTGTATTTGTGTCACAGATACCATCCATGACTTGATCTTTTCACATGCTGAACAGCCCTTAGCAGAGTCCCCAGGAAAGAACATCTTTCCTCAGTTTATCTGATGGTTACACTCATAGAAAATTAAGCACACGGTTAACCTGCTTGTGGGCTTTGTACAACAGCAAAAATTGGGCTCAGGTAACTAAGAGTAAGCCTTACACTTAGGAATGTCCGGCAGGACCTTCGGGATGCCCTGCAGAGCACAGGCTGACTCTCTTTGTGCGCTGCAGACGCTGCAGTGTGTCCAGCGTCCCTGGGCTCTGCCGAGTGGAGGCCAGTAATGTCCTCGCTGTGACAGTGAAGCCACCCTGCCGTTTCTAAAGTGTTCCCCCAGAAGATATTAATTCTTCTGATAACTTTTAACAGACAGATCTCGAGCTTCCGAATTAAATTACTAGTCCATTGCAGTTCCGATGAGTTTAAATACAGGATACTAAGGGTAGAGATTTTTGAAAGTAGCAGTTGAATGGAAGAGCAGCTATTGAAATAGAAATGACAGGATTTGGCAGTGAATTGGGTATGTGGCAAGGAATAGGGATATTTCAAAAATGACTGAAGTCTTCTAGCTGCATGTATAAATGCGAAGATAGTACTAGTAAAAGACTAGAAACTGAGGATAAATTCAAGAGGATAGATGGAGTTCCATGTGGGATGAACTGAATCTAATTGGATGTGTAAGTGGAGATTCCCGTAATACTTGGAAATGCAGGGTGAGAGCTTTCGAGAGTGCTCAGGGCTAGAGAGAATGATTTAGGAGTTAGTCACATCATAGCTGTGGCTGCAAGTAAAATTTTAAAAGGAGAGAGGAAAAAGAATGCACAGAGTGTAGGGTGGATCCTTTAAGTGTGTACCCAGAGAAAGGGGAGAGGCAAAGAGACAGAAGGCTAATAGGGTTTTAAAAAGGAGAATGAAAGGTGCCTGTCTTAAAGAGGCACTAGTAAATGTTTATTCAGTTGGTTAACAGAGTCAAATGACTGGGGTGGTTGGAGAGCTGAGATCTGATTCTGCCAGTAAATATTTAAACTTCGCTTGATAAGATACCTTACTCTATTTGCGTTGCAGCTCATTTTTCTGCTTACCTTTGTTACGTTACCCATGTCTGTAATTTTTACGTCAAAGATTGTTTTCACCCTGTTTTCTGAATTGAGAGGGCTTTTTTTCCCCTTTCATGTAATGAAAAACATTACTTTCCCACTGCTTCCCAGTCACACTGAGCTGCAGTCAGCGCCCCTGTTTGAGGCAGCGCATTCTGACAAGCATTGTCAGTAATTCCTGGATAGTTTTTAGTAGAATGGGTTCAAGGAGTTCTTTATGAATCGATCCTAATGCGTGTTCACATATATTTATATAATAAATAGAGGTATTTAATAGGTACTTAAATAGTTACATTCCAGGGATTGGTAAACCACAAACCACAGGGGCCAGACCCAGCCGAGTGGAGCAATTGCCCCAGAGACTGTGGCTCAAGAAGACTAATCTATTTACTGTCCAGTCTTTTATAGAAAAAGTTTGGCTGAGCTCTGGCATAGACTGTTGATGTTTTATTTTTTTGATTGGGGAGAGAGTGCTGATCACTGTATTCATCCTTTAGATTTCAACTTGTTAATATTGAAAATTTTTTTTTAATTTTGTATTTATTCTTATTTATTTATTTTTGGTGGAGCCATGTGGCGTGCGAGGTCTTGGTTCCCTGACCAGTGATTGAACCTGTGCCGCTGGCATTGGCAGCTCGGAGTCTTAACCACTGGACCAGGGAAGTCCCAAGTTTGGGTATTTTTTAACCCATGAAACTCCTTCTTCACACAGTCCTATACCAAGGCCTGGCTTCACAGCAAATCAGAGTGAACAAATATATGTGAACACCCATTAGGGTCGATACAGTGTGGAGCCAGGCGTGCCTTCTCCTAGGGCGTGTCTGTGGAGCACCTTGATGCTGAGGAGCACAGCCGTAAGCCCAGCAGAACTTCACCTGGGGCGCTTTCTCCTTTCATCCGCTCCTCGTATCTGCTGTGGACTTTTGTACTGCCCACCACTTTAGAGTTGTTACTGCTTGTTTAGCCTTTCTGTCTTCCTTGGAAGACCAAGCACCATAAGAGCAGGATCCCTGCCTGACATAAAAGTTCTCTAAATATGGGTTGAATGAATGAAGGCGACCCTGTGAAACACTGGCGGTAAATCAGAACCAAGCTCAGTTAGGACCAAACATGTTTTCTTTTCCTGCTTTAGCTTCCTAGAAATACAATCACAGAATGTTGACTCTGCCAAAAATCTGAGAGGACCTTAAAGGTTATCTGGACCTGTGCTGTCCATCACGAGCACCTGAGATATGGCTAGCTCAACTGAGATGTGAAACAGGAAGTACTTGCTGGATTTTGAAGATTTAGAATATAAACTATTTCATTAATAAATTTCTATATTTATTACATTAGTTGATAATGTGTTTTTTTGGCATACTGAGTTAAAAATTAAATTATTTCCCCTTTTTTGTACTTTTTAAAGTAAATATTAGAACAATTTACATTGTGTATGTGGCTTGTCTTATCTTTCTGTCGGATAGTATTCTTAGATCATTGGTCCTCAGTGGTTGCTAATAAGTTCGCCTGGCAAGTTCCATGATTATTGGCTCCTGCCTCAGATGTTCTGAGTTAGAATCTCTGAAGATAAGGCCTAGCCTGTATGTCTTGATAAAAGCTCTCCAGTGGATTCTGATGCCTCATATGCCATTGAGAGCCACCAGCCAAGTCTCACCTTTCATTTTATAGAAAGGAAACTGAATCCCTAATTAGTAAAATGACAACAAATAGGGGCTTCATTTCAGTATGCTCTCATAGGGATTTCCCAGGGTGAAATTTCTGCTCTTTCATAACTGATAGATATTTTTCCATTGGCTGAAACAGTGGCTCTTGATCAGTCCTTAAAGGTGGAATTGTACATGGCTTTATTTAGTCATTTAAGTTTTTTGAAAACTGATCAGTTGGTGCTTTTCCAAGATACCATGTCCTTATTACATCAATTACATTTATGTATCTTCAAAATGACTTTCTCTTTGTCAATTCTTAATATTTTTATAAAGGTAAATTGTGAAACATGAAGTAATCATTACGATTTTAAATGTGATTTCCCCAGTGGCTCAGTGGTAAAGAATCTGTCTGCAGCGCAGGAGACATGGGTTCAATCCCTGGGTCTGGAACGTCCCCCGGAGGAGGAAATGGCAACCCACTCCGGTATTCTTGCCTGGGAAATGCCATGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATTGGGCCACAAAGAGTCAGGCATGACTTGGTTACTAAGCAGTAATGTTGTGAATTGTTACACAGTTTTCATCAGAGGCAGAAGTGAAACCTGTGTTTTATCTTGCATAATCTTAAGAGACTTTACAGGCTCTTTGCTGAATTGTTATGAGCGTCTGGGAATAGTTTATGTTTTGTTTTCTTTGAAGCTCCTTCACACATTTCAGGATGGCTCAAGAAATTAGCAGTTAGCCTTTATAGAAGTTAACCCGTGATCGGGCCTTGTCTTTGACTTGCCTTAGAATGGACATGTTCCAGCCTACAGCTTTACTATTTCAGCGTTGTTTGTTTGTTCAGAGTTGTTGGATAATGGACAGGCAGGCAAGTGTGTACATGCAGTGACAGGTAATACCCATCATTTTAAGCTTAAGTCAGAGAGCTCATGATAGCCAGAGATGTAGGGAAATTTACAAGGGACGCACCGAGGGGTGCGCCAGTCTTAACACAGCTCTATAACCTCGAGCGTTTGGGGAAAAGGACTAAGGCTTGGAGTCCGTCCCAGGGCTGCTAGCACTGTTTTGGAGATGCAGAACAGGCTGTGTTCCTCTCTCTCTGCTTTGGTTTTCCCTAGCTATAACGTGGGAGTGCTGGAGGAGGTTAAAGTTCTCCTTTAAGGATGCGATTCTGGGGACTGATGTTACTTCTTTAGTGTTTGTCTTCTTATTAACCTCCCTGTTTTTCTCTTGAAG
Seq C2 exon
GGTCAGACGACTTGTCTGCAAAGCTGTGGGATGTGAGCACAGGGCAGTGTGTTTATGGCATCCAGACCCACACTTGTGCTGCGGTGAAGTTTGATGAGCAGAAGCTTGTGACAGGCTCCTTTGACAACACTGTGGCCTGCTGGGAGTGGAGCTCCGGAGCCAGGACCCAGCACTTCCGGGGGCACACGGGGGCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000712:ENSBTAT00000000956:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.030
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF129372=F-box-like=WD(100=29.3),PF0040027=WD40=PU(68.6=14.6)
A:
NA
C2:
PF0040027=WD40=PD(28.6=15.2),PF0040027=WD40=WD(100=53.0),PF0040027=WD40=PU(33.3=19.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]