RnoINT0060090 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018687 | Fbxw2
Description
F-box and WD repeat domain containing 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1310460]
Coordinates
chr3:13881365-13892232:-
Coord C1 exon
chr3:13891723-13892232
Coord A exon
chr3:13881560-13891722
Coord C2 exon
chr3:13881365-13881559
Length
10163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTCTGGTTTTTCTCTTCAAGGGT
3' ss Score
8.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAATATTTCCATAACCTTATGGAGAGAAAGGACTTTGAGACATGGCTTGATAACATTTCTGTTACATTTCTTTCTCTGACGGACTTGCAGAAAAATGAAACTCTGGACCACCTGATTAGTCTGAGTGGGGCAGTCCAGCTCAGGCATCTCTCCAATAACCTGGAGACTCTCCTCAAGCGGGACTTCCTCAAACTCCTTCCCCTGGAGCTCAGTTTTTATTTGTTAAAATGGCTCGATCCTCAGACTTTGCTCACATGCTGCCTGGTCTCTAAGCAGTGGAATAAGGTGATAAGTGCCTGCACAGAGGTGTGGCAGACTGCATGTAAAAATTTGGGCTGGCAAATAGATGATTCTGTTCAGGACGCATTGCACTGGAAGAAGGTTTACTTGAAGGCTATTTTGAGGATGAAGCAACTGGAGGACCATGAAGCCTTTGAGACCTCATCATTAATTGGACATAGTGCCAGAGTGTATGCACTTTACTACAAGGATGGACTTCTCTGTACAG
Seq A exon
GTAAGGGACTGGGAGAGTTGTGGGAGAGAGGAAACAGTGTCCTTTTCTTTAATAATTTACAAGGTTAATTCTTTTAAGCTCCCTCTTGAGAAGAGCAAGTGTTGATTATACTGGATATTGGTAATTGCTATTACCTGTGATTAGATGTCCCTATTCCCCTCATGTTCTTTCCCCTGGAGAAGAGTCATTTCTATAAAGATTTATGAGGAAAGCTTTAGACATTCTCTTTAAGTATAATGTGAATCAGAAAATTGTAGGCTACTTCTTATTTTGTTTCTTAAAAATATTTTACACTGGGTGTGATGGCGCACTCCCGTCACTCAGGAGGCAGATGCAGGTGGATCTCAAAGGTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCAGGACAGCCAGGGCTACATAGAGGAAAACAAAACAAAACAACAACAAAAAAAAACAAACAAGAAAACAAAAGCATTTTAGGTCTCCAAGAACATTTTGGATGGATGATTTAACATGTATGTTTGTTTCCTTACCTTGAAAACAATGGGAAGAAACCTATTCTCTCCTCGCTCTAAAATCCTGTGACCCTAAGAATCGATGCTCAAAGTTTGGGCGTGGCCACAAAGACAGCTAGATGGTTTGTTTAGGTTTTTCTATTTTGTTGTTTAAACCTTTATTGATTGCTTCACATCATTCACCTGTCCCACTCATCTCCATCCCTTTGAACCCAGCTTCTGCCCTTGCAACCTCTCCACAAGACAGTCTCTCACACACAAAGCATAGACATCTTGTCATGGAAGCTGTAGCTTGTCACAGTGAGTCCCACAGTGTATCCCTCTGACACACATCTTCACTTGTAAATGCTCATTGCAATCTTTGGTCTGGTTCAAGGTCTCTGACTTCTGTCCTGATGGGACTCCTCCTGTTATCCTGTTGTTGCCCTGTATCATGGCGATCCTGTAGCTTTAGATCAGCAAAACCAGCCTTTCAGGTGCAACAACAATTCACAAATGATGTAGATGTTGGGGTGGGCCAACTCAGAGCCCTGGATCCAGGCCTGGGTGGAAGCTGAGCTGCTCAGCTTGTCGGCTCCCCCACCTGCAGCACTAGGCTCTCCAGCACTGCTCCAGATAAGCCAGCCTAGAAGCTGGAAACAGAGTCAGCTCTCTTGCTCTCATGCACTCAGGACTGGCTTACCTGCACCCAAGTCTCCAGAGCCAGCACCACTGTGCTGCCCGGTTGAAGCACAGGGCCCACTCTCCCCAGTGCTACCAGCTGGATGTTTTTTTACACTAAGATGTTGAAGTGACTGTGCGACAGACAGAAGAGTGATCTATCATAGCAGTGCTTTCCGTTTTGAGTGAGTTTATTAAGTCTACAGTAAGCAAAAAGTTAGGGAACAAATAGCAAGCAGTAGTACAAAGCTACAGATAGCAAAACACCATCCAGTTTAGCACTTTGGACATCTAGCATTAATGGAGCAGCCTGACTGGGAGAGCAAACATAAGACTGCATTATCAAATAGGGGCTTACAAACTTCCAGCAGAAATCACCTGGAGAAGCCCCTTGACAGCCATCTGGCTTTCCCAATTAAAAGAGTCCTGTAGAGTGAGGCTTCTGAGCAAGTGATAGCAGATGACATCAAATCGGGTGCTAACAGCATCCCTCAGAAACTGACTGGGAAGTGAGACAATCATCTGTTTTCCAGTTGAGGTTTTTCCCTTGAATAAGCTTCTCTGGCTGAACTTCTACTTTCCCATTCCCACTGCAGGCGTTTTTATATTATAAACAGTAATAAGTCTGCTTGGAAATCACTTACCTTCTAGGTATTCTGAAGGACACAGTCTTTTAAACACTCTTATTAGCTTGCTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTCTTCTCTGTTATAGAGCCAGAGGGCCAACTTGTTCTTGTAAAAGGTGCCTTTGAGGACACTTAAAATAAATGTGCTGGGTGTCTTAGTCACTTTTCTATTGCTAAGATGCCATGGCAAAACAGCATAAGATGCATTTAATTTGGGGCTTATGGGTCCAGAGTCCTTGATCCTGGCCAGGAGCACAGCAGCAGGCAGATAGACAGGTACTGGAATGGTAGCTGAGAGCATGAGCCAGAGGAACCTAACTGGTAACAGCGTGGGCTTTTGAAGCCTCAAAGCCCAACCCCAGTGACATAACTCCTCTAGCGAGGCCACAGATAATACTTTTCTGTGCAAACAATTCCACCAACTGGGGACCAGGTATTCATTTGTGAGCCTATGGGGACCATTCTCATTCAAACCATCACACTACAGTATGGGGCAGGAGAACCCTTTCTCTCAGAGTACATGTTCAACAAGCTTAAACAAAGGACATGACAAGTGACAAATATAATACACATTTTGATGGGTAATATAACCCCTTTCTAGGCTGTATGTGGAATGGCCTTAGGAATTCTTTTCATTTATTTACTTATTTATATGAGTGTTTTGTCTGCACACCCAAAGAGGGCATCAGATCTCCTAAGGCTACAGTTATAAATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTACTGAGAATTGAACTTAGGACCTCTGGAAGAGCATTCAGTGCTCTTAACCTCTGAGCCATCTCTCTAGCGCCCCCCCTTTCTTTTTTTACTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTCGGAGCTGGGTACCGAACCCAGGGCCTTGCACTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCGCTGAGCTAAATCCCCAACCCCTACTTTTTTATTTTTTAGTTGCTTATGTACATGTCTGAATTTAGGTATAAATCCGTAACTACATGTTTTAACAGAGGCCAAGCGTGAGCATCAGATCCTCTAGAGCTAGAGTTACAAGCCTTGTGAGCTGTCTGACATGGGGACTGTGACCAAAACTAGGGCCCTGTGCACGAGTAGCATGCACTCTTACTGAGCCATGGCTCCAGCGCTGGTTCTAGGAGTTACCAGAGTCCAGTTCCTGTTTACCTACGTCATACACATTGAATAAGGGTATCTGTGTTTATTTTTCATTCCAGGACATTTTAAAATAAGTATTTTGGAGTGCCAAAACTATATCATTTTTGCTTTTAATAAGTATTAGCTGTTCCTTTGTGTAGATATTCCATGTATGTATTTTCATGTTAAATATGTTCAGGTTTCTGTTCTGTGAATATTTGTTTGCATCCCCCTTTCCCGTTTGGGTTATTTACTTTGACAGAGGCTAAAGTTCAACTGTCATTTCTACAACAGCAAAAGATTGTCCGTTGATGCTTTTACTTACGTACACACAGACTGAATTGCTGCTGTGCCCTCAGAAGTCAAAATATACTTTCCTTTCAGTCTTCCAGAGCCAATCTCAACATTTTTAATAGTTAATAAGTTATCAAGACTATTTTAAATTGTATGTCTGTATGAAGCACATATTTTCCCATGTGACATTCTCCTATGCACTTCTCCAGTTTATCATTTGATTAAGTTTAAACTTGCTTCATGCTATGTGTTTTCCCTGTGTCTGGGTTTTGAAAAATTATCACCCAGTTTTCTGTACTTTGAAGTACTTTTGTAGTTGTAGTGGTTTTGACAGTCTTTGGCAAGTTTTGTTTTGTTGTTTTAGATTAAGCTGTGGCATTGACTTGGCACTCCGTCCTTAAACATTAGCAGTGGACACATTGTCTCCATGATTGCCCTCAGCTTCCTCCTCTTGTTTGTTTGTCTTTTGGGGATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTAGACAGTGTTTCTCTTTGTAACAGCCCTGACTGTCCTGGACTCATTTTATAGACCAGGCTGGCCTCAAACCCACAGAGAACTGCCTGCCTCTGTATCCCAAGTGCTGGATTAAAGGCCTGCAGTGACCACCAACCCTGGCCTACTTTCTTTTTTTCTAAATTATTTTATTTATATGGATATTTTTCTTGCTTCATTATATCTGAATACCATGTACATGCTTGGTAGAGGCCAGAAGATAGCGTCAGAACCCCTGCAACTGGAGTTAAGGATGGTTGTGAGCCACTGTGTGGGTGCTGGGAATAACCCATGTCCCTTGCAAGAGCTGCCAAGTATTCTGGTTTAACCTTGTTTCTAGCTTTAAAAAAAGTTAATGTGTGTGAGGGGTTGTGGGTGGGGGTGTCAGAGTGATTTTTAGAGCCTTTGCTAACCTCAAGTTTACTACACAATCCGGGCTGGCCTCAAATGTGCAGTAAGACTTTTGTTTCAGCCTTCTGAGTTTGGGGATTACTGGCATTACTGGTTCATCATTTCTTTTCATCTAGTAGAAGTTGAGCCGTGGGCTGGGGAGATGGTGAGTGGTTAAAGTGTAAGGACTGGAGTTGGGACTACCTGAAGTCACAGAGATACTGGAGCTGTGTGGCAGCCCATTCGTAATTCCAGCTTCCTAAGCAGACATGGAATCCCTGAAGCAAGCTGGTTCTATCATCTAGTCATTTGGGTGAGCCCTAGGTTTGGCCAAGAGACCCTGCCTCATAAGGAATAAAGGTGAGGACTGGTAGAGGAAGATTCTGGACGTTACTCCAAGGTCTCCACATGCAAACATACATACACATACATGTAAGGAGGAAAAACCCTCAGTTATTTGTTGAAAAAGTAATTGGGAAATACTCTTGGAGTCCTCTAGCTACTTGTAATATTTGTCAGTGGTCTCAAGTCTGTATTTTTGTTTTCATTGCTAAGGATAGACACCCAGGGCCTTTGCATTCTAGCCATGCACTCCACCACTAACCCACATTCAGCCCCCCATCCTTCATTTTAAGATTAGTTTATAAATGGGCATATATTATGTTTATTATAATTTATCAGGTTTACATTTGAAAATTATGTTGTGGCTTTTGAAATTGATTTAAAGTGTTAGTTTGAATTTTTTGTTTGTTTGTTTCATTTTGTTTTTTGAGTATTATTCTGTATAACTCTGGCTATTCTGGAAATCACTCTATAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTG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AATGCCATTTTGAGGCCCAACAAGTCATATTATTCTGTCTGTGCTCTGGCTGTCTCAGCCTAAAGCAGAACTACGGCGGGGACTATGGAGCCCCTCTTTAGGGGACTGATTTTCCTTCTTTAGGGTGTTAGGTCACACTAACCTTCTGGTTTTTCTCTTCAAG
Seq C2 exon
GGTCAGATGATTTGTCTGCAAAGCTGTGGGATGTAAGCACAGGGCAGTGTGTTTACGGCATCCAGACCCACACTTGTGCAGCCGTGAAGTTCGATGAACAGAAGCTTGTGACAGGCTCCTTTGACAACACTGTGGCCTGCTGGGAATGGAGTTCCGGAGCCAGGACCCAGCACTTCCGGGGGCACACAGGGGCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018687:ENSRNOT00000025399:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF129372=F-box-like=WD(100=29.3),PF0040027=WD40=PU(68.6=14.6)
A:
NA
C2:
PF0040027=WD40=PD(28.6=15.2),PF0040027=WD40=WD(100=53.0),PF0040027=WD40=PU(33.3=19.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]