BtaINT0063362 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004383 | FNBP1L
Description
formin binding protein 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20851]
Coordinates
chr3:50114951-50124159:-
Coord C1 exon
chr3:50124097-50124159
Coord A exon
chr3:50115056-50124096
Coord C2 exon
chr3:50114951-50115055
Length
9041 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
ATTTTAATTTTTTTTAACAGAGT
3' ss Score
9.07
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCTTCAAGAGGGACGAAAAGCTCAGCAATACCTCGACATGTGTTGGAAACAGATGGATAAT
Seq A exon
GTGAGTTATAATGTTTTCATGTTTGACATAAATTTTCGTAGACTGATTTAGCCCTGAATTCTCTTATGTGTGTTCGTGCTCAGTTGCTCGTTGGTGTCCAACTCTTTGCAACCCCATGGACTGGAGCCTGTCAGGCTCCTCTGTCCTTGAAATTTTTCATGCAGGAATACTCGAGTGGGTTGCCATTTCGTACTTGAGGAAATCTTCCCGCCCCAAGAAACAAACCCATGTCTCCTGTCATTGGCAGGCAGAGTCTTTACTACTGTGTCACCTGGGAAGCCAAGTTCTCTTGTTTCTTATCTATTTGAGTTTAATATTTCTCATTGTAGTAGTATTCTTAATTTGACACTGATGTAAATAGAGAATGTGAGATCAGTGTGTCCATTTTCCTTTTTTTTTTCCCCTGTATGGTTCTGTACTTTGTAACAACTCTGTAATCTTCAGGTATTTGTAGACATTTAGGAAGATTCTTTTTGTCTTTGCAGTTGTTATTGTAAAGTATTGGTAGAGGATAGAAATAATAAGGAAATAGTGATATATCTTAGAAGACCATTTGACTGAGACAAAGAGAACCTGGGTTCTAGTTCGCCTTTCCCTTAGCATCTGATTTTTTTCATGACTTCATCTTTAGTAAATGAAAAATGAAGACAGCAGACTAGATAATATAAAATGTTTCTTCCAGTTCACTGGATCTCTAATAATGTAAATGTAAGATTCTAATCAGTGCTGATTGAGAATTCTTAGGTATATTAGTAGTCTGTTTTGATTTTTGTTTTGATTTTATTTCTGATTGGTTGCAGCAAGACTTTAAGGGACTGTTTACATTTATTAAATTTAAAATTGCCTTAACTAGCATCCTTAGTACTGCCACCTAATGAGTGTGTATGTGTGTGTGTCTTTCATTTGCACAAAATAACAAACTCCTACACTCAGGAGTTATTGGTTCCTTTAAAGACTGGAGTTGACACAAATCATTCCTGTTGATATGTGCTGATTTACCTTTAGAATAATTGTTACTAAGCATAGTTGTAAGAGTCATAAGAAAGCATCAAAAAATGTAGGAGAGATTTAAGACATTGACAGTATTATGAAATAAAGGTGAGTTCAGCTCAACTCAGGTATATTGAAGATACCCACAATATGTATTGAGTTTGATACAAAAGCAAATATGATAATGATCTTGTTTTTGTGGAACCTACAGTATAGCGAGAGACACACAAATACAATTTTTGTGTAATATGGAGAAATATATGCAGGATTCATTTTCTAGTCCCATGTCTTCATGTCTAATCAAGGAAATGAAATTGTAAAATGTCTAACACATTTGAAATAATTGACAGGAGATTTAAAGAGCTAGCAGGGGTAGGTTGAATTAGTGATGGAGTATTGAATATTGAGGGAAAAAAATTGACAGTTGTTATTGCTGGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACATCACCCTTATGGCAGAAAGTGAAGAGGAACTCAAAAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGTGGAGAGGGAAAAAGTTGGCTTAAAGCTCAACATTCAGAAAACGAAGACCATGGCATCTGGTCCCATCACTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAACAGTGTCAGACTTTATTTTTCTGGGCTCCAAAATCGCTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGCTTGCTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACATGGATTGCATATTCAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTTCGTCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTGGTCCTGTATGGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAGGCTGAGTGCCGAAGAATTGATGCCTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCGAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGCCCTGGGATTCCTTTGGAAGGAATGATGCTGAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCTACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGCTTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACGTGAGTCTGAGTGAATTCTGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGACTGGCATGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCAGACACGACTCAGCGGCTGATCTGATCTGAAGACACTATAAAAGTACTTTTGTGTATATGCATTGCCTCAGATTATACCAAAATTGGTAGCTATAGCTGTTCAATTTGAAAACACATCTCTGAACTGAGTTTCAGATAATTCAGTGTGAAATGTAATCTTCACAGGAAAGTGACATTCCGCATTTTATGCATATTCAGATATATTTATGCTTTGAATAAATTTTAAGTATCATTTGATGTCTCATACTAATCAAAATAGTGCATTTTAAAGTTTTTATAAGAAATTTCTTACATCAAATTTTTAAATTTGATGTAACTTACAGGTATTCCTGGTACTAGCTATAAGGTCAGCTGAGCTAACTCAGACATCTTTTGGCTCCAGAGGCATGCATGCTCATTCTCTTCAGTATTGTCCATCTCTTTGCAACCCTATAGACGGTGGCCCGATAGACTCCTCTGTCCATAGGGATTCTCCAGGCAAGAATATTGGAGTGGGTTGCCACTCCCTCCTCCAAGGATCTTCCTGACCCAGGGATTGAACCTGTGTCTCTTGGCAGGTGGGTTCTTTACCACTAGTGCCACCTGGGAAGCACTTGGTTACAAATACCTAGATATAACAGCTAAAATATTTTTTATTGTATGTTAAGCTCAGCAGCAAGCTCTTACCTGAAAGAAAGGGAAATCTCTTAACTGCTGGAAGCTAAGGATAATCTAAAAGCCAGAGCAATAGGTGTAAGAGGTGATACAATGGCATTTGAAAAGTGATTCCAGAGGTGTTGGGGTATGGTTTACAGGACCTTGCTAAGGGCTTGGTATTTAGTACTCACAAAAGGACAGAGTTTAGGTTTTTAGCTCTATGTGAAGAGTTGGAACTGAAATCCCTGTATAAAGTTTGAATCTTTGAAGGGTTAAACCTTTAGTGAAAAGTGGCAGGAACTCTGGACAGGCCAAGGGAGACAACAGAGAACCTTGTCTCTATCTGAAGGTCAAGGAGTGGGAGGTAACCTGTGAGAAGGTTAAACCTTTTGACCTTGTAGTTAATGAGATTTGCACTATCTGAATAGTTTTGTAATGCCCAAGACAAAAAATTGACCTTGTAACTGGTTAGGTAAACAGAAAATGTTGACATCCTGTGCTTTCTTCTTAGTAATTCTCAGAATACAGGTAGCAAGGTATATGTTTTCCAGACAAGAAGTTGGAAGAATTTCCTCTGTGGAATTTAATTAGGTTTAGAGGAAAAGACTTAAAGATACAGGCACCATGGTTTCTCCAAGGAAACTCCAAAGCTAACTTAAAGCCAGTTAGCTTTTCAAATAAGAAGAGCAGATTGGCAGAAATCTCCAGACATAAACAGCAAAGTATACAGGGGGGAAAAAAAAAAGCAACTTTGAAGAAACAGTGACTATGAAAGGAAATAGAAATTAAAAATGAAAAGCAAACAAGCCAAACACCCAGAACTATTATTAACATTTTTCATAGGGAATAGAGAAATGATTACATCCCTGAAATAGGAACAAGATACTATTAAGAAAGGAACATACAAAGAACAAAAAAGAACTTTATGAAAAGCTGACTGGAAAGAATGAAATTGAAAAAGTCTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGATTCTTTGCGACACCATGAATTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACTAACTCCCGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAAGCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCGCATGAGGTAGCCAAAGTACCAGAGCTTCAGCTTCAGCATCATTCCCTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGGTCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTCGCAGTCCAAGGGACTCCCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAGGCATCAATTCTTCGGCACTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGATGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTCAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAATCACCATCTGTAGTGATTTTGGAGCCCAGAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTACTTCCCATGAAGTGGTGGGACCAGGTGCCATGATCTTCGTTTTCTGAACGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTCCACTCTCCACTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTGAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGAGATTCTCCCAACAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCGTTTCTCATAATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGTACTCCTTTTCTTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCGTGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACACATTTCTCAAGAGGCAGATCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCCATGATCCAGCAGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAATCCAGCTTCAACATGAGAAAG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Seq C2 exon
AGTAAAAAGAAATTTGAAAGAGAATGTAGAGAGGCAGAGAAGGCACAACAGAGTTACGAAAGATTGGATAATGACACGAATGCAACCAAGGCAGATGTTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004383:ENSBTAT00000005756:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.048 A=NA C2=0.714
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]