BtaINT0064435 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013072 | FUBP3
Description
Bos taurus far upstream element (FUSE) binding protein 3 (FUBP3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101217]
Coordinates
chr11:100903350-100915351:+
Coord C1 exon
chr11:100903350-100903488
Coord A exon
chr11:100903489-100915245
Coord C2 exon
chr11:100915246-100915351
Length
11757 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGC
5' ss Score
10.12
3' ss Seq
AAATCTGGTTCTCTCTGTAGATT
3' ss Score
9.31
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGGGAGCCGAGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGGCGGCGGCGGCGGGGGCGGTAATGGCGGAGCTGGTGCAGGGGCAGAGCGCTCCGGTGGGGATGAAGGCTGAGGGCTTCGTGGACGCTCTGCACCGGGTCCGGCAG
Seq A exon
GTACGCGCGCGGCCGGCCGGCGGGAGCACGGGAGCCCGAGGCGGGGCCGGTCGGGCCTGATGGGGAGAAGGAGGGGGGTCTGTCCTGGGGGCGGGACGTAAACCTGGGCTGACGCCCCAGCTGGGCGCTTCGGCAGTTTCTTGGGACGCCTGCAGCCGGGAGGAGCCATGGGATGAGGCACCAGTGGGAGGACCAAGGCCCAGACTGTCGGGCGGGTCTCCTAGGTTCCCGCAGCTGCTGGGAAAGGGTTGACCCAGGACGCCTGGGCCCTGTCGCGCCCTCGCGCCGGGGTGGGGGCTGGACCCGCAGGGCAGCCAGCCTGGGGTTCTGAGGTTTACAGGGGTAGGGAACTGGGGGGCTCACGGAGTGAACCCGGGTCTGGGCAGAAGGGGCCTGTCTCAGGCCCAGTAGCTTCTTAAAAGTGGGGAAACAGCCGGTTTAGACTAGGAATTAGAGGGTAGTTTACTTTTGAGGGCGCTCTGGGAGAGGGAAGTTATTAAGTAGATGTGGATGGTCCATAAGACATAGACATTCCTTATGGGCAATAGTTTTTCCTCTTTCAGGGAGCATGTGATAATGGAGTCATTCCAGCAGTGAAATTTGACCATCTGACAATGTCGTGCATTTTGTCAGAGTTAAATAAACTGGTTTTTAAGAGGTTTGCAAGCTTCCCTGGAGAATGAATATGGGACCTGCCAGAAATACTCTTTGGTTTCTGGTATGATGCTTAGAACAGAACCTGTATTGTGTGTGAAACTTAGCGATAAGTTAGCTCTAACACTTAAACTTCTTTGCTGAGTGTCTCATACTCATCATCTCTTCCTATTTAATTGTAGGCATACTAACGAATTCTTTAAAAGTTGGGCTATAACTAATTACTGCTTGATTCCTAACAGAAAGCTACAGGACCCATTGTATTAGAAGAAAGTCTCAACTTGGTCGCTTGAAGATACGGTCTTTACACCTCTTTCCAGTATTCCAGGGGAGGGAACCCTACCTGTTTCCCAGATACTGACTTTTCATTTTAATACTGATGCTCCTGTAGACATTACATTGGATCCCAGAAGTTTCCAAACCTGTGGTTCAGCCTAAAATTTTATCCGATGACTTGTTACTTACTGCCTAGGCACCAAGCAATATGCTAGTGAGTATCCATCTTACTTAGACTTCAGAGCCAGCCAGTGGCTGTAATGGATGAACAGTGCCATCCAGCTCCCCTTCCACCACTCTGCTTGCCGGCGTGTTACACTGCTCTCTACAGTACAGGGTCCTGAACCTTGTTTCTCACTGGCTACTAATATGTAATGGCTTTTCACTCTGTGCTGATGTGTGACAATCACCTTGTCGGCCTCTGTATCCAGGAAGAAGTATAGTCACTACCCTAAAGAGCTCAGATCCTCAGTTTGCAGAAGGCCTATAGTTGAACATAAAATGAATTTTGAACCTTTGAGAAGACTTTCTGCTTCTCTTGAGCCAGTGGTTGAACTCGTATTCTTGGACAACCTGCTCAAGAGGGAGAGAGACCCTCTGTTTATATGCTGACCTAATGTGGATTGTTGAAGCAGTGGTGTTTACTACTAGCAGAGGAAACTTCACTGGAACTGTTCCCAGCTCTGAAATGCACCATTGACTGGAGCAGTTGTAAGCCCAATGGAGACAGTGCTGTAAGTGTATCACTTCTGAATGTTAACAGCTGGAGGTCGATACTATCTCCAAGGACTGATGGCCTTAAAAACTAAAGAAAACACAGGTTTGTGGCTAATTTTAGGTTTATTTATAGATTTGCATTGGGCACGAATGGGATGTTAGAAATCTAAAATATTGTGTGCTTACAGTAAAGCTTACCTCAAAGGGCCTCATACTATTTGGGTATCTGATGGTGGTGTTTCTACTTTGCCATTGTATACACAGCGTGTTACAGAGGTGTGATCTCCGCCCCGCCACCCCCACCTCCCCACCCCCCCAGTAATTGGAGATAAAAGACAGTGAATTTCTTTAAATGATTGCAAAGCTTTCCCTTCTCTCAGGTACCCTTGTAAACACCAGGGTCTGTTGGTAAGGCCCTCCTAAGTTAGTCAGGGAGCACTGAGCTGTCTGATGCTCAGTTTATCCAGAATATCACAGTAGAGTCTGAGTTGACCCTGCTTGGATTTGAACCTGTGGTTTCTCTTCAGTCTGGTATGTGGAGTCCAGCACCTAATCCACTAAGCTTCCCTCCTAGCCTCTTGAAGCCTCTTTTCATATCCTTTGGACGCTTTCCAGCAAAGGGAGCCAGTTGTTGCTGTTAGTTTGCCCTGAGCCTGGCATTCCTAGATCTGAAGGGAATCTCTGAAGATGTCATATAAAATTTAAAATCTCTGCAGCAGCATGAAGTCCAGTGAGTTAATAGTGTTTGGCCAAAGGGCTCACATAGCCATTTTGTAGGAAAGTACACACACATGTAGAAAAGTGTTGCAATTCGATCCCACTGGTGAAGATCTAAAACTGCTGGGTATTAAAAAAAAATCATGTCCAGTTCTCAGAAGTCATTGACTGGTTAGCAAAATGAAAGTGTGTCTTCCGCTCATTGTTTAGAGAGCACAGGGTCCAGATAAGAATGGGATGTGGACTCAAAGCCAGGTTATCCTGTACTGTGGCCCCACTGCACCTCTACCCTGACTGCTGTCTCTCAGGCTTTCGAGGGAACTTTGTGGAAATGATGGACAAATTAGATGCAAACCTGTTTTGTCTTATTTCATTTTCCTAAAAATATAAAAGCGTTCCTGGAAAGCCCACTGTGATGATTCAGTAGCATCCATGTCCAGGTTCACCCATCTGCATGTTACCAGGACAGTGTCACACCACTGTGTCTTAGAGGTCCCCAGCAGCCTTCTATGAGCTGGGCCAACCGCCTGCCAGTCGTCACCCAAATAGACATTCTTTTGCCAGACTGCCAGGGCTTTTTAAGGCTTTAAGGTCCTATTTTGCCCTCAACCCAATCAGCACCTCTGCACTGCATAACTCGAAAGGGTTCTGTTCCCATACATATAGCGTATGTATGGTGGCTGATGGCATTGGGCATCTGGGTGCTTCTCCTTCCAAATGATTGTGACCAAACCAGTGGAGAGTCTGTGGAAAGTAACATTTTGACCGGTTTTAAGACCTAGGACCCATTCCTTACCAGCACTTTTTCTGGGAGCTGGTGGGCGGCACAGGGCCTCAGAAGTTCCACAGTCCACCTGGACATGCTTTTCAGTGCCACCGGTTCACACTTTGAGCCTGAGCAGTTGATGGTTCGGCCCCTGTGCTGTGGAGATACACTGCGTGTCCTTTAACAGACTGTGTGTCCATCATTTAAAGAAAAGGCCTGTGTTCATTTCCCGCTGCACACCCCTTGAGAAGAGACGCCTTTGCTCACCTCATGTGTGATGTATGCACCTCACAACGGAGTCATGGGTACTCAGTGCTCAGTTGCTGTGAGTTTACTCCACTGAGACCATCTCAGGAATGCCCGCTGGTTGAGGAGCTCAAGTCATCGTTTCACAAGGGACTAACTCCAATGTGTGCATTCTTTTGAACTTTCTCAGACACTTGAAGAAAAGCAGCATCTGCAGGACATCTGTGGGCTGCTCGGTATTTAGAGGTATATAGAGGACCCTACAGGGAGCAAGTTCCTGGGTAAGGGTTTTCATGATGCGACTGAGCCCCTTTGGGTCACCAGACTTCATCTTTGGTGTTGAAAAAGGGTAGATAAAGAATGCATTACACTGGATGCCTCTTAACACTGTTCTCATTTTCAGCTGAGGCTTCTTTATCTTTCTTGTAAAATCTGTCAGCCCATGTGTATCATCAAATTAATGTTTCTGTTACATGTCCCAAATTCAAATTTGCCTAGACCAGAGTTTTTAAACTGGTGGCCTGTGGACTGGAGAAGGCTCAGAGTGGTCCTGCAGGCCTGTACTGTTTGACCACAGGGGTCCACCACTTGATAACCAGAACAATTCCATGCGAAAATGGGAATTTCCAGCTCAGCCTTGGCCACACTGCTCCCATGTTCTGCAGTGAGCTGGAGCTGAGTAGCAGGAGCTCAGTAGCAGCTGCCCCTTTGGACGTGATATTGACTCTCTGGTTTGCCTGGATTCCCACCACCTTGCTTTATGCTGCCCATTGGATTGCCTGATCAGCAGCTTTGTCCCCTCATCTTTGTCCAAATTGTAAGTCCATACTGTTACTTGAAATTTCTAATGGCGAGAACTCTGGGTGGAGAGTTAGGACATCTGAGTCTTTTGCAAATAGCTACATGACCTGGGGCCAGCTTGGCCTTTCCCAGCGTTTGATCTACAAGCTGTTCATAGGTCTTCCATGGAAAGGGCTCATGGCCAGAGAGGTCTGGGGGATACAGGGTTAAATAAGGGTGAATTGGCTTCTTCACTTCAGGACTTGTCGGAGCCCTTGTTGTTACGCTCAGTCTTGACTAACTCTTTGCAGCCCTCTGGCCTGCCAGGTTCCTCTGTCCATGGAGTTTTCCAGACTCGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCTTGGAACCCTAAGTTTGCTTCTATTCATAAGGTCATACTAGGGTTTGGGATATGCATTGTAAATATGCCTAAGAAGATCTGTCACTTCTTACCCTCTTTTCATGAAACCAGATCACCTCCTGTGGATCAGACTTTAGGAAACATTAAGCTAGATAATCTCAATGGCCCCTTCAAGCTCACAAACATTCAGAGCTTCTGTCTAGCTAGATCTGAAAAAAATTTTGATGGTATTATTTTGATTCTTTTCCTTTCTAATGTGTTGTGTTGGGTGTCTGTTCAAGGTTCCCCTCTCCCTAGCTTTTCTGTGCAATTCTTTCACTCTGTTAAGAATCATCCCTCTTGAAAATGTTTTGCGTTTAGAGTTCAGTTACAAGGATACTTGGGAAAGAATAGCCAATACTTTTGGAAGCATGAACTGCATTTTTATCCTAATGTCAGATGATAGCAAATCACTTGCAAGAC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Seq C2 exon
ATTGCTGCTAAAATTGACTCAATCCCTCACTTGAATAACTCCACACCTCTGGTGGACCCCTCAGTGTACGGCTACGGAGTGCAGAAGCGGCCCTTGGATGATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013072:ENSBTAT00000017383:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development