GgaINT0124182 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003941 | FUBP3
Description
NA
Coordinates
chr17:6500207-6506873:+
Coord C1 exon
chr17:6500207-6500374
Coord A exon
chr17:6500375-6506767
Coord C2 exon
chr17:6506768-6506873
Length
6393 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTTATCATCTGTTCTTATAGATT
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTTTCCAGGTGCGGGTCCCCGGGCGGAGCGGCGGGACGGCGCGGCGGCGGCGTCAACGGGCGGGCGCGGGGCGCGTGTCATGGCGGAGCTGGCGCAGGGGCAGAGCGCGGCGCCCGTAGGGATCAAGCCCGAGGGCTTCGTCGATGCCCTGCACCGGGTCCGGCAG
Seq A exon
GTGAGCGCCGGGCAGGGCCGGGCGGGGGGCGGGAGGAGGCCGCGGGGCGCCTCTAGGCCGCGGGGCCGCCCTGAGGGGCCGGGCCGCCGCCCCGCCGAGCGCTCCTCACAGCGCTGCTCAGGAGCCGCGCTCGGCGGGCCCGCTCGGGGTTGGGGACTCGGGGCGTGCGGTGGGGGTCGCGGCCCTGGGAGCTGCCTGGAGCGTGCAGTCTGTAAGTGAGGCCTTCGTTAGGCTTTAGGCTCAGCAGCAGCCCCGATGTGGGGGAACTGCTTTTCCTCTTGGAATGGAGAGGGCAGGGGCGTGAGCTGCTCCCCCAGCAATCGCTGGGCTCACGCAGCGTGGAGATGGTAACTGGACTTGCAGCTGTTGCCACCTCTGTGCCCAAGGTGGGACGCCTGCTGCCTTTCTGTGCCTCGCTTCGTGGAAAAGGGCTTTGGGGTTGAGTAGCTGTAGCTCAGCTGCATGGATGTCCTGAGGATTTGCTGTGGTTTGTGCTCCGTTCCCCTTACAGGGGATGTCCCAGCTCTGACCGAGTTGCACTCCACCTGTGCTCAGTAAGCACACTGTAGCAAAGTGTGACATAGGCAAGTGCTGGGCCTGGTGCTGGAAGACTGACTTGACTCTTTCTGATGTTGCAGGCCAGGTGGCAAATATCTCCTGTTTCCCAGACTTGCTTTTCTCACTTAAATGAGAAACTTTGAAGAAACTAATACGGATGCTAGGACCTTTCAAGCAGTTGCCCTGGTGGGACTTGAGTGGCTTACCATCGCTCGCGGCTCACTTGTGAATCAGTGTGGCAGCAAATCCTGTTCTGCACAGTCTGCAGCAAAGCATACAGAGGCGCTCGCTGTTCCAGAGGAACACCCTGCACCTTCCCAGAAGAACTCCCAAGCCAGTTTGCCCTTCATCTGTTCATTTGCTTCTTAACAGAAGTATTGCAGTAGGCGAGCTGTGGTAGCTGCCTCCCGGGTGAGGCCAAGTGTGTCCCTTCTTTCAGTGGCTAACACAGCATCATGGCCTTGACAGTGTGTGGTACCTGAAAGCTTTCCTATTATCTCAGCTTGGCGCAGTTAATTTGAGAGGTGTGCTTGTGTTGACCTGATCATCTGTAACTGGAGGCCTCTTGTTGCATAAATGTCATTGAATTTTGATAATATAATTGCTTTATAGCAGTTGAATAATCTGTCAATAACTTGTCTGTGTGCAAGAAAATCATCAATTACTTGTTGATCTGTGTTGGAAGTACCACAGTATGTCTAATCAGTAACAGATGAAGTGTGAAAGTGGGATGTCTTGGGCTGTGTTAGGCTAAAGCAGTGCTAGCTGAAAACTGAGTCACATCTGTGTTCTCTGGCTGCTGTTGTCATGTTTGTAGGTTTGGATGCCTTGTGTTGACACATGGGAAAGATAAAGAATTCTTCAATATTCTATTTACTCTGATTTTGCTGTTCTTAAGTTTGTTATACTTGTATGCTAGTGGAAATCCAAAATACTCTTTCAACCAAAGTTAGTCTAATCTGATCCAAAATACTTAAAAATCTCCAAAGCTGTCAACTTCAGGTCAGGCACTGCAAAGCAGCAGCTTTCATGGTATCTTTCATGCTGGAAACAAGCCTGTTGAGAAAAGTGCTCTCTGCGTGTGTTCTTGGGAGTGCAGTGGCCTACATTCTTGTGCAGCGTGTTGTATGCTACCTGCTGAATGTTGTTTTGTTTTGTTAGTATTTGTAGGATGAAAAGCACTGTTGGTAAGTGCTCTGCAGACAGTTATTTCCCTTACTGCCCTAGCAATCTGCAGTGATACTTCCTGGCTGGGAATCAGGTGGGATGTAGAGGCAGTTGCAACTGACACTTTTCTGGGAGTGTTGGCAGAGCTTTCACTGAGTGTGTTCAGTGCAACAGGTTGCCTGATGGTCCAGTATGTGGATGTCAGCTTGTGTATTGCTTCTGGCCAGTGTCGTAGCTTTGCAGAATATTACTTTTGCTCTAAGAAGGGAGGGAGCAGAGGAACAAATTTGGGTTGTAGCTCTTGCTTCCTGGGTTGGACTGGCATCTCTGATCTGATATTTGAATTATTTCAAGGCTTAAGCTTTCACTTAAGACTAGTAATCAAATCTACTAAATTCAGTTCTCAAGAGAGCCATTACAGTAAACTTGAGCTGCGATACACTGTGCTTAGTTAGTAATAACTAAATAATTCAGGACAGAGAAGACTTTCCTGATCAATCACAGTAACTGCAATCTTCAGTGACACTGGGATGTGAGCTCTTGTGGCAGTGAGACATCTGTAGTATTTCTAGAAGAAATGACTGCTGTGTTGCTTTCCATGCTTGTGCTGGACTTGATTGGATTTTTTGTGATGTACTTTTAAATACTTGAGATGTACCAAAGAAGACTTTCTCAAGTGAATGCTAGAGCTTTGAGACAGTCTATTCTGCATCTTCCACACCACATCTCGAGTGAGTGGGTTAGTTTATGTATGGGTTGGTGGTGGTGACTGATCTGTACGTGAGGACAGCTGCTCCCAGGTATGGTAGCTTTTCTTCTGAGACATTTTGGGATTGGAGAGTGGGAAGGGATGTTTGTTCCCCTCTCCAGTAATGGGATCACACAAAAAAAGCACAGCTGCCAGCACTTTGGATAAAAATTGATTTCTGTTGGACTGTCCTTGGGTTTAGTTCTCGCTGACAGAACAGCATCTTGTTTGATTCTTATCTTCTCTTCTTCTTGGCAGTCTCATTTTCTGTACAAGGTGTGCATTAGTGATTCCTTCAACATAGATACATGTAGAATTCTTGTAACCCGCCATATGTACCCTGAATCTGAGTTTCCAGGAGTGATGAAGAAGAAAGATTGTGGCTTAGCAGCCTGCAGTGGCCAATCTTGGGTACCTTCAACATGGATGAAGTGACCTGAAGCTTACTGTGAGTCAATGGGCTGTACGTGTACATCCCTTTCTAGTCTCAGGCTCCAACTTCTAATTTCCGTGGAAAGAGATTGTAAGAGTTACTCCTCTTCATGCCCTTTTGGAGTGCTTTTTCAGATCATTCTCAGCCAGATTTATGTCTTTGCAAGTTGGCAAAAATATTTAGGAAAACCACCTGTGACCTGAAACTTAACTGAGTGTGGGTCCTTTTGCTGCTTGCTACAGAGCTTTGGGGGAATGGCTGTCATGCAGGTGTTCTGCTTGAGTAGGAAGAGTACTCTGCTTGAGTAGGAAGAGTAGCAGAAGCGCTAGAACTGTGTGCAGGGTCAGATGACAGTGCCTCTTGTTCTACATCCTGCTTCTATCTGGAATTACTGATGTGATTGGTTGCTGCTGTTTTGCCGGGCAGTGGAGAGAGGTCTTTCCTGGGATCCAGGCCCTGTTTTGAAAGCTGAATCTTGCAGATTCTGGTGGCTGAGTCTTGCACTTAGCAGGAAGGTTTCATATCTAAAAGTGTTTGGACATTAAACCTTTTTTAAAGGGTATTAAAGGTGTAGAAGGAAGGAAATAGATATTTGGAAAACATGCACGCCTCAAGCAAGGCTTATTTATTTTGATTTTCCTGGCTTTACCATTGCAATCTTACAGCTCAGGTTTATGCTCTGTCCTTTAAATTGTTTGTTAGGGAGCTTTATTTAGGGGGGTATTCAATATAGAAACAGTTGTGTGCTAGTGGTGCTTTCTCCAGTGTATTTCACAGCTTAGTAAAATGGATGTGCTGGGTTAAAAAAAAAAAAGCCACTGACATGCAGAGGGGCAAAAGCAGTGGAGCAGCAGCTAGCAGTACATTACTCAAGGTCATTTAGGCAGATAAGGGCTAGGTCTGCTTACTTTTGCTATGTTCTAACTTTGGTGCTTATCTTGCTGCTGAACCTGTAGTAAAAACTGAGGTTCCCATTCGAAGTTGAACACGAGAAGTTAAAATGTATTTTAACTGTTATATCTACTTTAAAAGCTTAACTCTTAATTTTGCAGGGTGTTTTCCCTACTGCAGTGAGATGGCGTGTTGTCTGCTTGTAATCCCAGGCAGCAGGGAGGCTTTGGAGATAAGGGTATGAGTTTCAAGAAAGAAAGGAAAAAAATACATATATTCCAGAAGCTGATAGTGTGAGAATTGCTTTGACTCTCCTGTTTGGCCCTGTGTTTGAGGCTCATGTGCTGGGGTGATGGCAGTGTGTGAAGCACAAGTAGGGATTTGCAATGCTCTCCTGCTGTAGGAGTTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGATCTGCTCGTTCACACCTACGTGCTTCATGCTAGCTTCCTTTTGTAGGCCAATCTTTTCTTCCCTGTGCAAGTGTGGCGTGTGATTTCAGTTCCAAACTATCGGCTAGCGGTTTCTGTAGTACAGATTTTTTTTTTCTTAGTATCTTTTAATAGATTTCACAATGGGCACTTTAAAATCAAGTGTTCTGCCAGGGTGCGTTATACTTGACTGCAGCTCAGTGGCATAAGTTTTGGTTCTAAGTTACCATGTCAAAGCTGTCAATGGATTATTGTAAAACATTTTTCCAATCTCCTTTTCAGCATTGAAGTAGTCAGGAAGTATCTATGCTCTTTGTACCTTCATTAAAGTCCTCTGTATCCCAAACAAGGAGGAAGCAGGTGAGTCAAGGGCTGGAAGCATGGATGCAGTACAGCGTCCAACAGAAGAGCAGGGCATTTCCTCATGCTTCCTAGCCCAGAATGGACGAGGGCTTGTCTGTGTTCATGCCTTCAGAAGTATATTTCTCTGTGCTTACTGGTTCTTGGAGGTGTTGATGTGCAATGTGCCCTGTGTGGCTGGTCCCTGTGCTAAGTTATGGCTGAGCAGTGCTTCCTCTTTGGGGTCTAGATCAACCACACTGTGGGTTTAATGGTCCAGTGTTACGTTTCCAGTTGCTCATCCAAAACTAGTTAAAATCCTGTTAAAGTAGGAAGGATTTATTCTCTAGCTTCTGGCACTTGATTAAAGCCAAGTTGTTGCCTTTCTAAAGGAGAATGGGAAGGAGTGGTCAGAATG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Seq C2 exon
ATTGCTGCTAAAATTGGAGATATTCCTCACTTGAATAATTCTACAGCACTCGTGGACCCGTCAGTTTACGGTTATGGAGTGCAGAAACGGCCCCTTGATGATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003941:ENSGALT00000039554:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.034 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]