BtaINT0078264 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003709 | ITGB8
Description
Bos taurus integrin, beta 8 (ITGB8), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192875]
Coordinates
chr4:29124581-29159107:+
Coord C1 exon
chr4:29124581-29124707
Coord A exon
chr4:29124708-29159021
Coord C2 exon
chr4:29159022-29159107
Length
34314 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
CATTTTATCCTCCATTACAGAAG
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(4.1=58.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]