HsaINT0082952 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000105855 | ITGB8
Description
integrin subunit beta 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6163]
Coordinates
chr7:20331123-20363722:+
Coord C1 exon
chr7:20331123-20331933
Coord A exon
chr7:20331934-20363636
Coord C2 exon
chr7:20363637-20363722
Length
31703 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TGTTTTCTCCTTCATTGCAGAAG
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGACAATAGATGTGCATCTTCAAATGCAGCATCCTGTGCCAGGTGCCTTGCGCTGGGTCCAGAATGTGGATGGTGTGTTCAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105855:ENST00000222573:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(4.1=58.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development