BtaINT0081117 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004023 | KIAA1324L
Description
KIAA1324-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21945]
Coordinates
chr4:33748788-33754104:+
Coord C1 exon
chr4:33748788-33748914
Coord A exon
chr4:33748915-33753925
Coord C2 exon
chr4:33753926-33754104
Length
5011 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TCCTCTTTGTGTTTTGAAAGGAA
3' ss Score
7.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGTGTCCAGCAGGCACCTGTGATGGATGTACATTCTATTTCCTGTGGGAGAGTGTGGAAGCTTGCCCTCTGTGCACTGAACATGACTTCCATGAGATTGAGGGTGCCTGTAAGAGAGGATTTCAG
Seq A exon
GTAAGGGGCAAACTGTTTAAGCAGAACTGTGTCATTGAAGATACAACGGTTTAGTTCAGTATCACTTTTACATCATAGACATTTAGATTCAGTAGTGTGGCTAAAGCTTAACTTAATGAGACATTAATATATATTAAAATAAAGTTTGATACCTATACTTCTGTATGCTGAGGTAGCTGAAAATGTGTACTGGAATTGGGAAAATAAATTATACAAGGGAGTTGTAGACTATGGGTATTTACCGAGATCATAAAGAAATGATATAAAGAATCCAAGATATAGCTTATAGAATGCAGTTATAGGTATAATGAAGATGAGGATGATAAAACTGACTCCCCACAAGAAGCATATATAAAGAGTAAATCTTATGTGCAGTCACACACACATGTTAATCAAGATCCTACTCTATATTTTCTCTGCATTCACTTACTTGTTTTTTAAAAGTAAGGATTCTATTTGGTTTTCTTTATACATTTAATATATTTCCCTTGTCATTACTTTTTTTAAAAAATGACTTTTATTTATAGAGAAATATTCTATTATGTATGCAATTTGGGATTTGATAATTCCCCTGTTGAACATTTAAGAAAAAAATTGAAAACCATCTTTTTGTAAATAGCTCTATAGTGAATATCTTTGTTAGACATTTGATTCTTTCCTTAGAGTTTATTGCTAGGAAGATATGGCCATTATTAAGGTTCTTGATGCTTATTATACTATTAATAAATTGCTTTGGTTACATCAATTTGCTCTTATACTAATATGATGTTTGAGAGCACCCACTTCACTATAGCAGCTTTGACTAGTACTATATAAAAACATACTTTTCCTCTTTCAAAATAACTTACTACTTCATCTTCTCTAAATTCCATTGAAATTACACTGAAGAAGCACAGATGAGGGGATTCATCAGTACCAGTGGTGGAGACCCTATTGAAAAATGGACATCAGAGGATCAGAGATTCCAGTGGGATTGGAGGGCATGGCAACCCATTCCAGTATTCTTGCCTGCAGAATCCCCATGGACAGAGGAGCCTGATGGCCTATAGTCAGTGGGGTCGCAAGAGTAGGACACTACTAAGTGACTCAGCAAGGAACACAGCACACCAGGTAGATGGGATAGGACTGACTTTCAGGTCAGCACGGAGCATGCTAGGGTACTCACTGTGGAAAGTGATCAGAGAGGGGAGCTATTCTATCCAGGAAACTCTTAAAGAGCTTGTAGTTGGCAGGTTGGAGGGTCCAAGTGGGAGAAGAAATCGGAATACCTCCACCCAATCCCATACACTCAGCATATTTGGAAGCAGTAGTTCCACCTCTAAGGAAAAAAAAAAAACATTGAGAACTATTCTCTAAACTGGCATTTTCCATTCTTGAATGACAGTGAACCTGTAGTAAGAAATACATGATACATCAAGCCTAGGAAATAGACGCAAACTCAGAAACATAGAGATATGCCTAAAAATAAAATTGTTTTATGAAACAATACTTATTTTAATATTTTATTCTTATAGAGCATAGGCATAACAGTACAAAATATATTTCATTAATACTTTAATACAAAATGCAGACATCTCCAAATAGATAACACTAAACCAAAAATTAGGAAACACTTAATTCAGTAAGTGTGTTTACTTGTTGATAGCTCACACCAGCTCAGAGCAACAGAGCCAACACTGCTCAAATATCTTAGGCATGGCTGAGCCAGTTTCTTTTAAACCTTTGTAAGTGGGTCAAAGATGAAAATTTCAACCTCACAAAAGATGGTTTCTTTTTAATCCTAATAATGATACATTTTTATGCTTCACAGTGGAAATTTATCTTTTCTCTAGAATTATGATACACTTCCTACCTTATAATAATTTTTTTAAAGAGTAAATGAAAAATAAAAGATGCATTCCCTTCTTTGGCCACCAAGTTTAATTCAGGAGTTTTGAGAAGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCGTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCAACCCCAGAGATGGCAGCCCACCAGGCTCCCCTGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTTGCTCAGTCAAGCTAAATGACCTTTTATCCAAACATTCTTCAATATTTAATATTTCTCTTCTGGAAGGTAGTGATTATAAGTTTCAGACAATGGGGAGGCAACTATTTCTCTAATTTTATCTCATTCAAATGATCTTCATAAAAAAACCTCTGTTCAACATCTTATAAGATGATTGAAACAGATAGTTGTGAGGTGATGCTTTTTCAATGCTTGGTTTTGCTTTAAGAATAATGCCTTTTGGAACACTTTTGTGTTTGATGTGTTGAGGTGTGTAACTCCCCCTATAGTTCCAAATTTACTTTGAGAAATATTAAAATCAGTTAAATATGCCTTTCTGTTATGTTTAGATGTCAAATTTGAAAATATTTGCCAAATGAGAGGGAGCTTCAAGTAGAAAAAAATGAAATGTCCTTCTTCAGGGTATTCATTGCAATAGCAGACAAATGAGTTTGATGCAGTACGTGGGTATGTTTACTGCCAGTCTCTGAATATTATATTTTGAAAAGTCTATTCTTTGGTGAGTTTTCAATACATGTGACAACTCTCCTGGCGTCTTCCATTATGTTAGTGAATGAGGATGGATTTCTTTGGATGCCAAAGTCTTTTGATATTAAAAAAAAATGATTGTAAAATATTGAGATGGCTATCTTTTAATTTTTAAATAATTCTACTGTGTTTCTATTATATTGTCTGCTCCATTCTTTATAGTTTTGTACTTTATATTGACTGAGAATATGTTTTTCTAATTTTATAAAGATGTATAATCCAGATGCACATGAAGTTAAATTTACACACTACAGTTCCTCCACATACAGCTGATATAAACTAAAAGAGCTGCATGACTTGTGATAAAGTGCTCTTATCAAATTGAATCTCAAAAATCCATACCAGGTTCTAAGTACGTATTAAGCATTACTTCTAAATGTTATATAGTGGTAGAGATTTGAAAATTTATCTCACTCCGTTCACAAAATATCCTTCCATGCTGCAAGAATAAAATTTTCAGCTGCTGTATCAGCCATTTTCTTGTTTGCCAAAAACATGACTTAATGTAGGGATGTGAAGGTGGAAGTAAAACTCACCCAGTCGTGTCCGAGTCTTTGTGACCCCGTGGACTGTACAGTCCCTGGAGTTCTCCAGGCCAGAATACCGGAGTGGGTGGTCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATTGAACCCAGGTCTCCTACATGGCAGGCAGATTGTTTACCAGCTGAGCCACAAGGGAAGCCCCTAATGTAGGGGTAAAATTTTGTAATTAATAGAATGACTAAGAAATGTATAGAATGATCAAGTTACAGAATGACTAGAAATTCTGTCAATAGCTTGACTTTATTTTTCCTTAACAATACGAGGAGCTTATTGAGAAGTTAAAATCTCTGGGTTTACAAGTTTGTGTCTTTTTAATTCTGAAGTTTTAATGGCTCATTTATAAGACCGTCATTGGACATTAGAGCTTGCCATTTGCTTTGGGTGTAGCTTATGTGATACAACCATATAAATTCTTTCACAGCCTTTCTTTTTTTCCTCTTGTTGGAACACCCTTCAGTTGAAATCAGTATTTGCTGACTGGAGTTAACATTTATCTCTTTGTTGTCATTAGTTACATGTAGAGAGGCAGCAGTTTAACCTTGTTCATGCCTCCTCATTCCTCACCTTTCTTATAAAAATTATATGAGCCATTTAAAAAATAATTTATTCACAGTTAAGTTTAATAAAGTGTTACACTAAAATTTTCTTCAATTACTAACATCCTTTCTGAAAAGTTCTCAACCAAGACTTTGTTGAAACTTTTACTCAAAGTAAATAGGATTCTCCTACACATCATTTACTTCAAGACTAACTGTGAAAGTGTGTGAGTGTGTGAAATTAAACATTATGGTGTTATGCTTCTGTTAGCATGTAGATAAAGTTACCATCATTCACCAGAAAATTTAAGGAGGCACACTGAGTAAAACATGTAATGCCTCATGTCATTTAATGTCACTGGGCATAATCATCATGCAAATTGCTACTGGTTATTGTAAATGTTGAAATATATAAGGAATCATGCCTGTACTCTGATTTTTGTCTCTGATCTCTTATTTGATCTGTTTATTAAAAAATATTGCTGGTTGAGACCCATTGTTTTTATTTTACTATTTACTAGTTGATTGCAGGGAGCAGTTTGAAAACATTGCCCTAGCAAAATTGTCATCTACTTTGGGAGGACAAGAGTAAGTCCCTCAGCTGGGTAGCAATGACCCAGAGTAACCTGCTCCTTATTTTGGCTTGGGGAAGTGGGTGCAGTCTGCATGCCTACCCCACACTAGTCACCAAAGTCTTCCAGTCATGCTCTGCCTGGATGTCTGGCTCCAGGATCTGTTCTGCTATTCAGGGGAGAGGCTTTTTGGGGAAATGGACCTACATGATGAGTGGGTAAAACCCGTCCCAGTTAGTTATATTAAACAACCCAATCTTTCATTTAAAAACATGATTAAGTCAGGGCTCATCACATATTTGAAGAAAATAGCTCAAATGATAAATCCACATGGAATCATTTTTTGTTCAGCCTCCTTATAATGAAGCAAACATGATCTGACAATTCATGGTCTTGTTGCATTTTCATTCATCATTTCCTTATTCTCTCTCTCTCATATCTCTTTTTTTTAAATTTTTTTTTAAATTTTATTTTATTTTTAAACTTTACATAATTGTATTAGTTTTGCCAAATATCAAAATGAATCCGCCACAGGTATACATGTGTTCCTCTCTTCGTGGAGCTTCAGCTTAGGTGAAAGCTGAATAATCCTCTCTGCCTACTGTCAATAAAGGGTTAGCAAGACCCTCCTCCTTCTAAATCTAATTTCTATGTCCTCTTTGTGTTTTGAAAG
Seq C2 exon
GAAACTTTATATGTGTGGAATGAGCCTAAGTGGTGCATTAAAGGAATTTCTTTGCCTGAGAAAAAGTTGTCAACCTGTGAAACAGTTGACTTTTGGCTAAAAGTGGGAGCAGGAGTGGGAGCTTTTACAGCCGTTTTGCTGGTGGCTCTAACTTGCTACTTCTGGAAAAAGAATCAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004023:ENSBTAT00000005255:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]