BtaINT0090900 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011032 | MCPH1
Description
Bos taurus microcephalin 1 (MCPH1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001103315]
Coordinates
chr27:4344769-4357261:+
Coord C1 exon
chr27:4344769-4345917
Coord A exon
chr27:4345918-4357151
Coord C2 exon
chr27:4357152-4357261
Length
11234 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTACGT
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
TCAATCCGCTTGGGTTTTAGGTG
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAACTCTTTGGCTGGTGGTCTTCCCGTGTCTGCTGACGATCTCTGTGGAGGCTCCGCAAGTGGGACTCAGGAGGGGAAACTGTTCGAGTTCATTACTGAAAGGGGAAGTGATGTGTGTGCTGCTTCGCCGGTGTTGCAGACAGGCAGCGTCGGCCCCTCAGCAGCTCCCTGTCCCCTGGATCTCTTGACTCCTCACAGATCCACCAGCAGTCCTCCCAAGGCAGAGACCCCCCAGCAGAGCAGGGCTGCGCGTGGGGTTGTCACCCCTATCTCAAAGCCATCGAAGCCGGTGGCCCAGGGGTCGTCTGATGGGAAGAAGCGTTTGTCTCCTGTGTCCTCTGCTACAAAAGGCCGTCCCGGAGGCCGTGAACAACACATGGGCTCCTCAGCCAAGAGAAAAAAGACACCGGAGAACTCTTGTCCAGGCTTGGAGGAGAGACGGAAGAGGAGGCGGTCCCTCGGGCAGCGCCCTGCTCCCCGACTGCGGCTGTGGAAGGCAGAGCGCGGCCTGCGGTCTGTGCGGAGGCCCGCTGTCAAGAGTCTGGCCCTCGAGGAGTTCTCATACGATGATTACTTTTCTCCTGATAATCTCAAGGAGAGGGTCTCGGAGGGGCTTCTTGGGGAGCAGCTGCCCTCCAGACCCCCTGCGCTCCACTGCCAGAGGAGCCTTTCCAAGACCGAGAGGACCAGCCTCCTGGACAGGGCTGACCTCTCCCTCATTGGCAGAAGCCCCAGGCCCGCCGTCAGCACCTGCTCCACGGCGAAGCCTGCACTCTCCGGGGCAGACGCGGGGCTGGGCGGCGGGACCTCGGGGGGCACGTCTGCTGCTGACAGGACCCCGGGGCCCTGTCCCCGTGCCGAGGCCCAGGGTGGGGGCGATGTCCGCCCCGCTGGGGGTGACGCTCCACAAACCCGCAGCCAACTCATCCCCCAGACGGGACCACAGGGAGACCGCAGCCCTCTGAAAGGAAGCAGGGAGGAGACGGAAGAATGGACTGACCCCCAGAGCACGCAGAAAGAAGGCGCTCCTCCTGAAACGACGGAATCCGCTGCAGTGCACAGTGAGGGTAAACCAAGCGCTGCAGGCGGCTATGCTGAGGACAGACCCGCGGGGGCGAGGGGGGCGCCAGCCCACGGCAGCAGTGGAA
Seq A exon
GTACGTGAGCCCCTTTCACAGTTCTCTCCACTCAGAATGGGCAGCAGGGCGTCCAGCTGCCACACATAACACAGCTTTTTCATAAGCAAAATATTTCTTTTTTTCCCTTTTTTAAAAAACTTTGAAGAATGTATGTTTGGTATTTACAATGGTAAATTCTTTATTCTTGAGGAGTAGACAGCTTACTGCCCTATGAAGTTTCTAGGTTCCTTGCTTTAAGCCTATTATTATGAATACATTTCTCTAAGTCCTATAGGTGCTATCTTTTGTGAAGAATGGCCTTGAGAGGGTGTTTGTCCTGGTTTCACTGTAGCCTTTCACTGCAGCATCACTGAGCAAAGATGCACAGTAGTGGAGAACTTGTAAAATGATCTGTTCATAACGGGGAGGCTGTTTACTTTAAAAGGGAAATTAAGGCAGTGTATATCCTGCATCTTTTTATAACAGTGAGGCTGTTTATTTTAGAAGGGAAATTATGGCAGTGTAAATCATGCATTTTGTCAAGAAAAGACATAAAAACATAAATGAAAGTAAGTTATCAATATTTATTTTTGAAAAAACTACCTGGTGTTAGCTGTGGAGAAATATTTAATACTTTAAGCAAGTAGTTCATTGTAATAGACCTTTTTAGACTTTCTTTTATTTGCTTTAAGCATATATAATTTAAATAGATTTATTCCTATCTGTAATTAAAACCATGGTAGCAGGCTATGTCAGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCTTGGTGTCGCTGAGTCAGGGACAACTGAGAGACTTCATTTTCACTTTTCACTTTCATGCACTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACAGAGGAGCCTAGTGGGCTGCCATCTATGGGGTCACACAGAGTTGGACATGACTGAAGTGACTTAGCAGCCGCAGACTATGTCATTATAGCAAATGTAACAACAATAGAACGGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACACCACCCTTACGGCAGAAAGTGAAGAGGAACTAAAAAACCCCTTGATGAAAGAAGAGAGTGAAAAAGTTGGCTTAAAGCCTAACATTCAGAAAACTATGGCATCTGGTCTCATCACTTCATGGAAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAACAGTGTCAGACTTTATTTTTTGGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGATTGCAGCCATGAAATTAAAAGACACTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACCTAGATAGCGTATTCAAAAGCAGAGACATTACTTTCCCAACAAAGGTCCATCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTGATCATGTATGAATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAAGCTGAACGTGGAAGAATTGATGCTTTTGAAGTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCATTGGAAAGACTGATGCTAAAGCTGAAACTCCAATACTATGGCCACCTGATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACCCTGATGCTGGGAGGGATTGGGAGCAGGAGGAGAAGGAGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCTATGGACATGAGTTTGGGTGAACTCTGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCACAAAGATTTGGACACGACAGAGGGACTGAACTGAACAATAGAAAGCCTTTTTTACTTTCTTATTGTATGGACAAATAGGTTTCAGCAGTCAAAAGTGAAAAATCATGAACTTAAATCATCTCCACCTAAAGATTGGGTTAAAATTTCAGTGAAGCCAAGTTTATTCTTCATTATTTTGTTAAATCCTGAAATCATCTTAACTTTCATCTCCGCCCCCCCGCCCCCCCATCTTAAACGTTTTTAAAATGGGGAAGTCATAGGGATTGAAATGGACATAGTTGTGTTGCGTATTTTTTCCTTGGGTTCAGACTCCTCAGAATCATCTCAGAGAATTTAGTCTGTGTATTATTAACATTTTTAAATCTGAGCTTTCTCATTTATATAAAACTTTATTATATATTTATAAAATACATAAAACTTGACAACCTTTATGTTCCTTTATGGTTAGTATGTGCTTTCAAAATACTTACTTTAAAATGATGTCAGATCTAAAGTTAATAGAAAACAGTGGGTATACAGAGTTGTAGTAATTAAGCAGATCCTGTTCTTGAACCTTGCATTCTCATTCTCGGTTTTCATTTCAGCTTTTGAATAATGCTTAATGATGTGCAAGCATAAACCAAGTAAAAATAAAAATCTGCTTTCAGGTAGTGTGAAGCACCATACAGTCCCAACACTGTGAGCAGAGATCGCCCTCCTCTGGGACTCACCCCATATCCAGGGCCCTTGTGGGGTCATGGGGTGCGGGGAGGACACTGGAATAGCTCAGTCTGACTCAGAAATGGGTCAGATATTCTCAGTGTACTAATGTCAGGACATTTGGATGCCCCTTGTTTTATGTCACTTCAGTAGACAGGTCACTGAATTTAGGGCAGGAAAAGACCTAACTATCTGGTAACCTAACCCTATCCCTTTGTTTTGTTATGTAAAATCAGGACCCACCGATGTTTTAGGAGGTCCATAGTCAGCCCACCTGGCATTTCCCCTCTTTGGGAACCCAGCACAGGTAAATGCACTTCGCCTGCAGCCATCCTAGACGGTCGAGAGATGCTGAAACTGCGGAGCAGCAAAACCCAGTCTGTACAGCAAGCTGTGCCTCTCCAAATCCTGATTTTGAAATAAAAGTCATTTTTCAATTTATGCTTTCTGTTTACTTTTACTCATTGCTGTTGGTGTAGATGTGCTGTAGAGCTTGTGAGAACAAGTTACTAAGAGACTCAAAAATAAATGTTAGTAGAAAAGTGCATGGAGGGAGAAACCTGATTTTTTAAAAAGTAACCTTTGAAGTCGTCATTCGTTCAGTCAGTCCTGTCTGACTCTCCATGACCCCATGGACTGCAGCACACCAGGTTTCTCTGTCCTTCACTGTTTCTCAGAGGTTGCTCAACCTCGGGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTATTGCCCACTCCTCCTGCTCTCAGTCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCATTGAGTCGGCTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAGGATTGGAGCTTCATCATCAGTCCTTCCAATGATTATTTAGGACTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGTTTGATCTCCTTGCTCTCCAAGGGATTCTCAAGAGTTTTCTCCAGCAACACAATTTGAAAGCATCAGTTCTTCAGCTCTCAGCCTTCTTTAGGGTCCAACTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAGAACCATAGCTTTGACTAGATGGACTTTTCTTGGCAAAGTGATGTCTCTGCTTTTTAATACACCATTTAGATTGGTCATAGCTTTTCTTCTAAGGAGCAAGCATCTTTTAATTTCAGTCGCCATTTGCAGTGATTTTTGAGCCCAAGGAAATAAAGTCTTTCACTGTTTACATTGTTTCCCCATCTATTTGTCACAAAGTGATATGACCAGATGCCCTGATCTTAGGTTTTTGAATGTTGAGTTTTAAGCCAGCTTTTTCACCGTCCTCTTTCACCTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTTGCTTTCTGCTGTTAGGGTGGTATCATCTGCGTATCTCAGGTTATTGATATTTCTCCTGGCAGTCCTGATCCAGCTTGTGATTCATCCAGCCCAATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGTACTCCTTTCCCAATTTGGAACCAGTCTGTCTTTCCGTGTCTGATTCTAACTTGCTTCTTGACTTGCATACAGGTTTCTCAGGAGACAGGTAACATGGTCTGATAGTCCCATCTCTTTAAGAAATTTCCAGTTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGTGTAGTCAGTACAGCAGATGTTTTTCTGGAGTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACCCAGCAGATGTTGGCATTTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTCCCTAAATCCAGCTTGCACATCTGGAAGTTCTCAATTCATGTACTGTTAAAGTCTAGCTTGAAGGATTTAGAGCATTACCTTGCTAGTATGTGAAATGAGCACAATTGTGTGGTAGTTTGAACATTCTTTGGCATTGCCCTTTGGGATTAGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTTGTGTGGTCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGCATGTTGAGTGCAACTCTCTAATAGCATCATCTGTTAGGATTTGAAATAGCTCAGCTGAAATTCCATCATCTCCACTAGCTTGTTCATAGTAATGCTTCCTATGGCCCACTTGACTTTGCGGTCCGTGATATCTGACTCTAGGTGAGTGAGCACACCTTCGTGGTTATCTGGGCCTGTTAAGACCTTTTTTGTTCAGTTCTTCTTTGTATTCTTGCCACTTCTTAGTATCTTCTGTTTCTCTTAGGTCCATACCAATTCTATCCTTCCATCTTTGCATGAAAGGTTACCTATTAACCAGTAGTTTTTTCTTTCTAAACTTTATTTTCTAGTTTCATAAACTAAACAAGCACATGCTCAGTGTAAGGCAAATCGCTAAAAAGAGTAAAACCGTCCTGACCTCGCCTCCTTCTCTTGGTTCATTTAGCAGCTGTTTCCATGCAGCTGTTGTGTCCCATGGTCGCCTCTGATTCCCAGGGAGACGGGAGAGAAGTGGGCAGTGACTCCTGTCTTCCCCCACCCCAAACATGCAGAGGCCATGTCCTAATGAGGAGGATGGACAGCACAGGAATGTCAGCGTCACGTCGGGTAGTGAGAAGCATGAGTAGAAGTGTGCTGGTTAGAGAAGGCAGCCAGGGAGGGCTTCTCGGAGGTGATGACCTCGGCCCTCAGGCCTGGGCACAGGAGAAGAGGTACCTTCAGCCTGTGGAAACGGCAAATGCTAATGTCCTGAGGTCGAAAATGCTCGCAGGAGCCACAGTGAGCCCGCCGCAGCAGCAGCTACTCTCTGGGCTGAGAGTGACTGGGAGGAAGTGCTGTCAGGCAGGGGCAAGCCTTTGGTGCTTTGCTTTTGTTTCCAGGTGTGATGAGAAGCCAGTTGTGATTGATGTTTTGGATGTAACCCCAGGTGCCCGTGCACAGGCCGTGGTCAGTGTCTGCTTGAGACAGGCTGCCAGCAGTGGTGCGTTTCCTTCCGGACGTTCCGTGGGAGTGTTTGCACAAGCGCCTTAAGTTCAGGACATGTTAGGGGGGCTTTACTGCATGCATAGGACTATGGTGTCCTGGTGTCTTAACATCGTTTTTTGTTTTTGAAACATGTCAGTCATTTCCATATTGGTGTCAATGGAGCAGCAAAACTGCCTCATCTTTAAATGTATTTCCTGTAACAAGTCAAAATATTTTAGTCTAAAATATTTTAAACTTTGTGGGTCAGGAGGCAAAATCAAGGTATGTAGGTATAGTGAGAAAACCATTTTCACGAATTTTTTATTGACGAAACAAGTTCAGTAAAGTCTTTTGTAATACAATTCTAATGAGGATAAAATTCTCCTTTTGGGGAGGGATAACTTAATAGCGGTTCAGATTGAGAGTTCTTGTCACGAAAATTGATGTTAATGTTTCCTAATACTACCACGTAGTAAGATTTTAGGGATTTCACCAAATGCTGTTTCACACAGATGGGGGCTGCCAGATCCTGCTACCAGTCCCTGAGCAGATGTCTTCCTGGAGTGTATGCTTGCCTAGGAAAGATCTCTGGGATCCCCCGAGAGTGTCCCCTGCGTGTTCTTTGTAGCAGGCTATCTGAGTGCAGAGGAAGCGCCTTGGTTTTGCAGTCACTTGGGTTTTGAGTAAATGTGTGCTTTGCCCTTTCCTCAAGGTCTATAAGTCGTTGCTGGAACTGTAGGTGGCTTGTGGGAAATAGATTATGTTAAATTTCCATGAGAATTGAGATCCCACGGTTTTAACTTCTGGCACTGCAGGACAGGAAGTGTATAAAACTGCTTGTTGTTACTTAATGTGTGGAAATGGCTCTCGCTCCCCCTCCCCGCTTGGGACTTCTGACCACAGCTCTTCAGGCAACCACCTGAGTGGGTCTTCATGGTCAAGCAGATAAATCCGACTCCCCCTGAACTACTGCACAGCCAGGCCTTTGCTGGTTCCTTGCTAACAAAGGTCGCTGAAGGGCGTCCTTCCACTGGTGCCACCTGGCTGTGGGCAAGAGCAGAAGGAGATCCTTCCCAGGCCCACACCCTCCCCCCGTCCCTTGGTCTGATCGAGGCTTGTCTGTGGGTGATGGAGTTGCGTGTCAGCACAGAGACATGCCTTATCTAAACTGTTCGGCCCTGTCCAGTTATTAGGTTCTTCTTTTTCATAAATAACAGTCGCCAGAAGAGGTTGATGAAGGCTTCTTAGCACATTTCTATAACACGAGCTCCGTCTACCAGCTCTTGTTGAAGGCAAGTCTCCAGACACACAGATATTTATTAAACATTTTGGCACGCAAATGGGGGACTCTCCACATATCAGTGTGCTGAAGTCTCAGGTGTTGTCCTTTAAATTAACTGTGGTGGTGGTGATGGTGGTTTAGTCACTAAGTTGAGTCCGACTTGTGACCCCATGGACTGTAGCACCGCGGGCTCCTCTGTCTGCTCCTGATCTGAAAGCTTTACAAGAGGCAGACAGGATTCTGAGGGCTCCTTTCTGTATACTGGTCAACACCAGGCTGCTAGAAAGCCCTCAGCCCTATGGTTTCTCATACAGCCATTTGGGACCAAGTCTTGGATATGACCCCCAGGTACCAGCTTTGGCACCTGCCCTATTCATACAGGGGTAAGAGGGTCCTGTGATATTTTAGCCCATCCCTGACTAACTGAGAGATATTCCTGGCATCCTTTACTCTGACTGATAAGCTGGTGATATCACCAGTTACAGCTCATTTCTTTAATCCATTTTGCCAGTTACCAAAACATTTAGTGTTTGGGGGGAGGGTTTTCAGGAGTTGTCTCTAAGGTGTCATGTTTAGCCTGAGTGCTTCCCTATACCCTTTCCTCTGGAACCTACCAGAGGAGGTAAGCAGTCCTGGCAGCTCAATGTAGGTTACTCAGCCTTAGCAGGAAGGCTGACTACAAGGAAGGTGTTAGAACCTGTTGATTATTTGACTTCATTTCCAAATTAATCATATGTGTACTCTGTGCGTCTTCTATGTTCAACGTGTGAGCACTAGCAGGGTAACGAGGTGAAGCTCTGTCCCTTTCCTTCAAGCTTAGATGTGCAGGGAACATGTGAGGTTAACCTACATACAAGGATCAGAGAATTCAAAAGATGGAGAGGTGACTCCCAATGGGAGAGGTTATATGGTATTAAAACTGATCTGCATGTTTAAAATCCATGTTTTAATTATCTTTACAATGATTATAAAGGAAATGATGCCACGTCATCTTTTGAAGATTATGATTAGATTTTAGTTTGGCTTTCTTGGTTAACAAAATGAACTTGATGTTTTGGCAGCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTGTCAGCTGAGTCTTGCTTGCATAGAACCTGCAAACTTGCACATATCCCAAATCCCAATAGTATATATAGAAAGGACTTTCTTCCCACAGTCTCAAAATTGTGCATTCTGCATCGCTCCTAAGTAATTCATTATTCAGATTTTAGGAGCTCAGAAGAAATTTCCCATTGGGACAGTGTTAAAATGTCATGGTATATGCCTTTGTCATTGAAATTATAGACTCTTAAATCAGCCCTCTCTAACCTTTTTGGTCTTTGATCTTGCAGAGTGTCTTGTTCTGGTAAATAGTAATTGCTTAAATATATTATTAACGGTAGTGTGATTAATCTTAATTCTGTATCTTGGCAGTAGGAAGGTGGAGTGTGCAGGAGGATGGATGTGGAGAGTAAGAGTTTGTTTTGTGTTGCTCTGCCCTGGGCAGGACCTTGCCGTGGACCACGTATCCCTGAAGAAATTTAATGTTTCTTCTTAACTGTGTGTTATGCTGTCTGCCCGTGGTTCTGACCCAGAGAGATCACCCCTCAGTATTGAAATAGTTCTTAATCCCGCTTATCTCCGCTAGATGAGGGGAGGTAGTGATTCACTGATGCCCTCTGAGAGGCAGCTGGGGTCACTTATCTTGATGTATCAGTACTTGATGATATTGATAACCCAGACATTTTTAATTGGTGAAAGTTCAGGCAGCGTAACTGAATGATAAACATTCTGGGGCTATGAATTTTTTCCCTTTGTATTTGGTCTTTTTTTCCCTTTGAAACGGAGGCCATGAATCACTTGTGTAATGAAGAATGAACGTGAGGAGAGAAGAGAGTCTAGGATTTATGACTTTGGTCCTGGGTGGTTGATAACGCTCATCGTACGGGGGCGTGCTGGAGGAACAGCAGATACAGGGTGGACGTGGAGGCCAGCTGAAGATTCCTGGAGGCATTCACGGCAGACGGCCACTAGGTGCTGGGTTTATTAAGCTGCATCTCAGCTGGGAGGTCTCCGTAAGAGGCATCAAATTAGGAACTTCAGTGATGGATGGCTTTCTGAGCTGTGGTGAAATCACCTTTGAGGTGATGACAGCCCACTCAAGGAGCAGACAGCAAGGGTCTCCAGGAGGTGGGGGAGCCAGGACGCTGGGGGTCGGCGTCTGCTCACTGAACTGCGGCAAGGAGTGGGATCGACCTGTTCTCTCCTTTCTTGGCCCTTTCAGCTACTTGCAGTTCACTGATGACATCCTTAAAGAAGACATGAGTCAATGACTGTAGCTCTTTGTGAACTGATACTTTAACATAACCACATAAATCATTTGCTGATATCAGTCTGTGACTGCGTGATGGTGAAAGCATGTCATTAGCAATGTTTGTCTTAGGTGTTAAGTGACAATGCGCATTCTGGACCTTTATGTCTACAGAACACTTTGTTGTTATTTAGTCACTAAGTCATATTTGACTCTGTGACCCCAGGAACTGTAGCCCGCCAGGCTCCTCTGTCCATAGGATTCTCCAGGCAAGAATACTAGAGTGGGTTGCCATTTCTTTATCCAGGGGACCTTCCCGACCCAGGGGTTGAACCCATCTCCTGCATAGGCAGGCAGAATTGTTTACCACTGAGCCACCTGGGAAGCCCACAGAATGCTTTACAACCTATTTTCCTGTTCTCGGCTAGAATTGAGGCAAAATGAATAAAAGTAAGAAACTTGGCATAGCCAGATCTTAGCACATGCTACTGTGTATAGAATACCCTCTCACATGGCTGCTAACCCATTCGCTCCACGTAAAGTGTCTAGCTGCTGAAACCTTCCCCAGGGTTGGGCAGTCACCTGGGGCTGGAAAAGGACTAGGGGGACAGGGCAGAAATCCAAGACTGCTGGGGGCGTGGTGGGATCCACATGTGACTGGTTTGAGCCTCCGAAGGAGTCCAGTATTAGGGTCTGTAGGTGGTTTAGAACCTGACCTTAGAGCATCTAGGGGGCCCAAGTTGCAAATGACTAGTTTGAATTCAACAAAATGCTTAACCATTGTTGTTCTGCATTTTGTCGTCACTGAGCTAAACCCTCAGTTTTGAAGGAAGAGTTGAACGTTTCCAGCCAGACTCACCAAACTTCATTATATCTGTTTTGTCAGAGTGTCCTATTTTATTGGAAGTACTTACGGCAGTCACTCTCATGTTACATGACTTTTAATTCCCGATGGCTCTTAAATCCTCTAATCCTTAATGTTTTGTTCATTTCTGTCTGTCTACATTGTTGCAAGCTCCCTAAGAAAGAAGAAAGAGTTAGTCACTCAGTGGTGTCTGAGCCTTTGCAACCCCATGGACTGTAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGAATACTGGAGTGGGGTGCCATTTCCTTCTAAGGATGGGGCAATATCTGTGTGTCTAAACATCTTCAGTGGGCAGCTCCTGAGTGTAGATACCTTGTTGACAAGCGTGTTGGCATCCAAGGGTGATGGCATTTCAGGTAGGCGGTGGCTGGGCCCCGAGTGTCGCCCAAGGCTGCCGAGTGCCCTTCATGTCAGAGTGTGCACTACCCTACTGAAACCGTGTATGTTGTGGCTGGTCTGCTGAGTGCCTCAAAATGCCGGTAAAGTCACACAGCAGGCAGGCTCTTTGGGGCAGAGAGAGTGAAATCAAGGAGCATGATCTGAAGCTGCAGCTGTAGGTGAATCAGTTAAATAACTCACACTCCACTTTTGGTTACTTAGCATTTCTACACCATTTAGCATCTGACGAAGCCTCATTTGACGTGATGAATACGTCACTTTTTGGCTTGTGTGTCTTCGGGACAAGAGTTTGGTCTGAGGTGTAAGCTTGTGGGGCGTAAAATCACCATCTCTCATTTATATAGATTGTAACCTGAAACTTCGTACCAAAGGCTGTTTTCTAGAGTAACTCAGACTTGCCCCAGAGCTAAGATTTATTTCCTCTAATACAGAACTGCCTTCTCGGAGAAGCTGGTTTTTGATCATTAGATCAAAACTGAAGAATCGGAGTTTGAATAATACATAAAGTTTAGGCATCTTTTTTTTTTAATTGTTTATTTGACTGTGCAGGGTCTCAGCTGTGGCATGAGAACACTTAGTTGCAGCACGTGGGATCCAGTTGCCTGCGAGGGATGGTGCACGGGCCGCCCATGCTGGGAGCTGGGTGTCTTAGCCACCGGCCCAGCACAGGAGCCCCTGTGGGCGTCATGGTGCTCATCAGGCCATCAGCTGGACAAGCGGGGTTCTGTGGGACTAGTGCATTGTCACGTGACAGGCACGGTTGTTTCTGACCCTTGAGTTGTGAATTCCTTGGGATATGGGAGCATAATCAGTGGAATGTTATAACTAGACCTCAAAGAGCAAGCCGTACGCAGTGTTTATTGTCAAAGACTATACTTTCTTGTTGCCAGAATAAGTGAATTAATTAAAAAACATTTATTCGGCTTAAGTTGCATTAGTATTTCAGGCCACGTAAACTTGTAGCTAATCTTCAATCCGCTTGGGTTTTAG
Seq C2 exon
GTGTGAAAAGTGGACCAACAAGGCACAGTGTTGTGGCCAGCTCACGGAAAGGCTGCCAGGACCTCCTCAGACTGCGGGAGGAATCCGGGAAGAAGGGCAGAGGCCAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011032:ENSBTAT00000031604:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.878 A=NA C2=0.811
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122583=Microcephalin=WD(100=99.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]