BtaINT0092078 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016430 | METTL8
Description
Bos taurus methyltransferase like 8 (METTL8), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075288]
Coordinates
chr2:25070936-25117394:+
Coord C1 exon
chr2:25070936-25071127
Coord A exon
chr2:25071128-25117239
Coord C2 exon
chr2:25117240-25117394
Length
46112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGC
5' ss Score
10.4
3' ss Seq
AATTGTTTGAAACTTTCCAGGTA
3' ss Score
6.68
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCGCCTCTTGGTCTGTGTTCCGTGTTCGCTCCGTGCACTCAGGGGTCCGTCCCTTGCCGCCCCTGTGCCCCCACGCTTGTCAGTCCCCGACTTTCGCTCTGGGAGCCCTGGCTGGGTGTCGAGAGGGGGTCTGTGTCGTGTGCGACCGCCCCTCCCCTCCCCACAAGGCAGCGTCTTGTGAAAAAGAAAG
Seq A exon
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TTATATTGTGGTAAAATATATATGTAATTTACCATTTTAGCTATTTTTAGGTGTACAGCTCAGTGGCATTCAGCTTAGTCACACTGTTGTACAAACACCACAACCAGTCATCTCCAGAACTTTTTCATCTTCCCCAAACTAAAGCTTTATATCCATTAAATACTGAACTCCTCTTCCCAGTGCCTGACAATACCATTCTACTTTATGTCTCTATGAACTTTTGATCATTCTAGGAACTTCATATGAGGAATGATAAAACATTTGTCTTTTTGCAGTTGGCTTACTTCACTTGTCATAATGCCTTCAAGACTTATCCATGTTGCAGCATGTTCCAAATTCCCTTCTTTTTAAAGCCTGAGTAATGTTCTATTTTATGTGTATATCATAAAAGGATGTCCATTCATCTTTGGTGGACATTTGGATCGTTTCCACCTTTTGTCTATTGTCAATAATGTTGCTATAAACATGATGTACAGTTATCTCTTTGAGTCCCCACTTTCACTTTGTTTAGGTATATATCCAGAAGTAAAATTGGTAGATTGTATGGTAAGTCCATGTTTAATATTTTGAGGAATTGTTGTACTGTTTTTCACAGCAATTGTACCATTTTACATTCCCACCAGCAACTCACAGGGACTCCAGTTTCTCCTTGTCCTTACCAACACTTGTTAATTTCTGAGCTTTTTAAAATGTGTTTTTGTTTAGTCACTAAGTCGGGTCCTACTCCTTTGGAACCCCATGGATTGCAGCCCATGGGGCCTGATGTTTGTTTGCTTTTAATTATAAATTTAATTTACTTAATAAATTTAGGGCTATTTCTATTTTTTCTTGTACTATGTAAGTTATTGGTAAACTGTATTTTTCAAGGCATTAATCCCATTTAATAAAGAAAATAAAATTGTTCACCATATCTCCCTGTTACCTTTTTCCAGGCCTATAAGGTCTATGGTGATGTCTCCTCTTTCCTTCCTGTTATTAGAAATTTGTATTTTCTGAAACACAAATGTTTAGTATCAGTCTTTCCAGAGGTTTATCAGTTTTATTCATATTTTCAAAGAATCAAATTTTGGCCTTGATCTTCCCTGTTTTGTCCATTTTCTATTTCATTGATTTCTGCTTTTATTTTTGATTATTTCCTTCATTCTACTTACTTTTCATCAGATTTACTGTTTTTCTAGTTTCTTGAAATTGAAGGCAAGATCACTGATTTGAGATCTTTCTTCCTTTCTAATAAAAGCATATAAAACTATAAAATTTTCTCTAAACATTGCTTTAGATACATCTCACAAAATTTGATATTTTAAGATTTGATAATTATTCAGTTCAAAATACTTTCTGATTTGCCTTAAGATTTACTAACTCATGTAAATCTTAGACTCATAGGTTGTATAGAAGTACGTTGCTTAACTTCAAAACATTTGAGAATTTTTCTAGATATCTTGTGTTTGGATAAAAAAAGCAAGAATCAATAATCTGCTCCTTCTTTTAAATGTAAACACAGAATATTTTTTAAAAGACATACCCTACACAACACTACACAAGATAGCTGGTGGGGTTATATTAATATCAGACAAAATAGACTTCAATAAAATGACCGTTAATCAAAATAAGGAGGGATATTTATTAATGAGTATTAATGAGTCAGTTCATCAAAAATATTAATATTTTATATTGCTATTGTGGTCAGAAAGCATAGTTTGTATCATTTTAATACATTGGGATTTATTAGGACTTTTTTTTATACACCAGCATATGTGGTCTGCCTTTGCAAATGTTCCATGTTCACTTGAAAGAATGTGTTTTCTGCTGTTATTAGTTATATTGCTCTTTCTGTAAATGTCATTCAGGTCAAGTTGATAATGTTCAAATTTTCTGTGTCCTTACTGATTTTTTGATAATTTGTTTCTGAGTGCTGTTCTGTTTATTACCGAGAGAGCGCTATTAACCTAACCTAGAGTCTGTCATACAGATTGAAGTATGTCAGAAAGAGAAAAACAAATGTTGTATTTTAACACATACATGTGGAATCTCAAAAAATGTACTTATGAGCCTATTTGCAGGGCAGGAATAGAGACACAGATGTAAAGAACGAACTTGTGAACACAGTGGAGGAAGAAGCAGAGTGGGGATGAGAGAGTAGTGTTGGCGTATATGCACTAGCATGTGTAAAGTAGATAGCTAGTGGGAAGCCACTGTGTAGCACAGGGAGCTCAGCTCCCTACTCTGTGATGACCGAGAAGGGTGGGACGGAGGTGGGTGTGGGAAGGAGGCTCCAGAGCAGGGGCTATATGTATACTTAACAGCTGATTCACATTGTTGTAGAGCAGAAGTTAACACAATATTGTAAAGCAATTATACTCAAATTTTTAAAAGTCTCAAGTATTGCTGTGAAATTAATTTTTTTTTAAATTTCTATTTTTGCTTCATGTATTCTGAAGCTCTGTTATCAGGTACATGCACATTTAGGATTGTTATATCTTGGTGAATTGGCTCATCATTATTAAGTGTACTAGTCTTTTTTTAAGTCTACTTTGTCTGTTATTATACCTCCACTGGTATTTTTCATGCAGTGTTTGGATGGTATCTCTTTTTTAATTGTAATATATTTGTATCTTTAAAGTGCTTCTCTTATAGACAGTACAGGTATGCCCTGCTTTTTGAAAGTTTGCTTTACCTACTTCACTTTGATGAAAGACCTATATTGGTACCTGTTTTCACTAAATGAAAGAAATCTGAAGAGGATTTTCACTTTTACAAAAAGAAGTGAAAAGTGGAAATAGCTTTCAGTGTTTGTTTTGCAGTGAGCTGTTATAGAGAGGCAGTGCAAACTCTAACCATCGAGAGTGGCATCTCTGAGCTCCTTCCCTGGGAACTACACTCAGCATCAAGCCACCATAACTTTGAGCACCTGTCTTTACCTTGATTTATTTTGTGCATCTGTTAGCAAGGTGTGTGCTACTTGCTTTTTTGCTTTACACCATTTTGGCTTACAAAAGGTTTCACAGGAATGCTCCACTTTCAGATAGTGGAGGAAACCTGTATATGGTTGCTGCTACTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGTGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTTCCCTGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCATGTATATGGTTGAGTCTTGCTTTTTTATACAAGTGAACAACCTTTGTCTTTTAACTGGAGTCCATTTACACTTAATATAATTACAGATATGGTTGGATTTAAATATGGCATCTTGCTATTTGTTTTTTCAATTGTTCCATCTTTAGTTTAGATCTCTAGTTTCTCCTTCCTTTCCTGACTTCTTTTGCGTGATTAGAATATTTTTAGCTGTGCTTCTTTGTGCTACTTCAAATAAAACACCACTTATCCATATAATTTCATTATGCATATAATATCTTAGTTAAACTTGTATTCAGTTTAGGGTATGCCAAAAGAGAGTTAATAGAGGGTACACAATGAGAGGGGACTCTCTGGTGGCAGAAACCAACATTCTCTACCATAATTCTTTTGGAAACTGACCCTGCCCTTCTTTTCCATCACAAAATGGAACCATGATCCAGTAAATGTTAAGCTAACACAATAGTCAAGACATTAAGTACATATTTATTTATCATTGCAGTGACTCTAACTGGAGTGTAGCCCGTGTACTGTGCACACAGTGTGCACTTAAAGTACACACTGTCACTTCCTTCTTCCTCTCTATTAGGATATAAGGAGCCCCCTTGAGAAATATGAAGTAACTTTCTTCCAATTAAATTTGTGTCAGACAAGCATCAATTTTGTGTAATCAAACAAGTAATTTGTGAGCAGCTTGATACCACCCTTAGATGTTTACAATTTAGTTGAGAAAGCATTTATGTAATTTTATTACATTTTTATGTTTATTATATAAATTTACTATATATTTAGGGCTTCCTAGGTGGCTCTAGTGGTAAAGAACCTGGCTCCCAGTGCAGGAGAAGTAAGAGACACAGGTTTGATCACTGGGTTGAAAAGATCCCCTGGAGGAGGGTATGACAATACACTCCAGTATCCCAAGGAGATACGAGAATCCCCTGGACAGAGGAACTTGGTGGGCTGTGGCCCATCAGGTCACAAGGAGTCAGACACGAGTGAAGTGACAGCATTCACATGCATGCACTGTATATTTATATAATAAAGATAAAGAGCAATGCAAGCTTGTTGCAGATGATACATAAATGAAATAGATGTTTATGTGGTTAATTAGAGAAGCAGCTGCCTAAGCAGGACAAATTGCCACATGTTTAGGCGCTGGCCACATCATGTTTTTTCTATGGACTAGCCGTCTGCAAGGCACATGCTTCTCTGACATTTTCCTGAATTGCCTAATACCCAATCTGGTTATGGCTTTTTGTCTCCAGCTGTCTATAGAGGTTCCTGGTAATTTATAGTGAGAGAAACTCATATCTTTTTTCCCCCCTCTCTCCCTTTTCTATATATAGTAGATACAGATAAGTATCACATGATTATTTGAAGGATTGAAATTTCATTTTGATTTTTGCTTTCCTGGGCAGAAAACATTTATATCATTTTATACTTTTGAACATGAATTGCCTCTTTTTCTAGGTGTAATCCATTTCTACTCTTCAGCATATGGAAGATTTTATGAATAATATTCAGTGCAGAAAGAGAGCTCTAAAAATAATTGTGCTGGTAGGGTTTTGTTAGTCTTCTGTAGAGCAGTGGCAGGAGAAAAGAACAAAGGCACAGCAGAGGAAAGGTAGTGGTGGGCGGGGCATTGATTTCATTTGCCTCCACCAACGAGCTTGTATTTAGAGAAGGAAAAACAAATAAATAGAAAATCTGCACTAGCTATTGAATGTTTCATTTCTCATCACTGTTAGTCACATTTAAATGGAATCATTGCAGTCTTTTTGGTGTGTATAACTAAGCCTTTTTTCTCTGGAAAGAATATCTTGAA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Seq C2 exon
GTACCTATTAGGATGAATGTGATTTGGAGAAATTATATTTCCTGTCCAAGGATGAGAAAAGTACCTCACAGATACCAAAGTGGTTGTCACCCAGTGGCCCCTCTGGGATCAAGGATTTTAACTGATCCAACAAAAGTTTTTGAACATAACATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016430:ENSBTAT00000065274:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]