MmuINT0098074 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000041975 | Mettl8
Description
methyltransferase like 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385142]
Coordinates
chr2:70856277-70893663:-
Coord C1 exon
chr2:70893428-70893663
Coord A exon
chr2:70856432-70893427
Coord C2 exon
chr2:70856277-70856431
Length
36996 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGC
5' ss Score
10.4
3' ss Seq
AGCTGTTTGTGACTTTGCAGGTC
3' ss Score
8.72
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCTGCTTAGGATGAATGTGATTTGGAGAAGTTGCATTTGCCGACTGAGGCAGGGGAAGGTACCACACCGATGCCAGAGTGGCGTCCACCCGGTAGCCCCTCTGGGGTCGAGGATTTTAACTGACCCCGCCAAAGTTTTTGAACACAACATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000041975-Mettl8:NM_145524:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.074
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO

Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: