BtaINT0098132 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003626 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15576]
Coordinates
chr2:26248540-26258780:-
Coord C1 exon
chr2:26258646-26258780
Coord A exon
chr2:26248645-26258645
Coord C2 exon
chr2:26248540-26248644
Length
10001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
CCCGGCACCTCCTCTTGCAGCTG
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GATATGGATGAAGAGATTGAGGCAGAATACAACATTTTGCAGTTTCTCCCGAATCATCCCAATGTTGTAAAGTTTTACGGAATGTTTTACAAAGCGGATCACTGTGTGGGAGGACAGCTGTGGCTGGTCCTGGAG
Seq A exon
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G
Seq C2 exon
CTGTGTAATGGGGGCTCAGTCACCGAGCTTGTCAAAAGTCTACTTAGGTGCAACCAGCGGTTGGACGAAGCAGTGATCTCATACATCTTATATGGGGCCCTCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003626:ENSBTAT00000061222:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(16.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]