BtaINT0100735 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013339 | NEBL
Description
nebulette [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16932]
Coordinates
chr13:22479428-22485464:-
Coord C1 exon
chr13:22485354-22485464
Coord A exon
chr13:22479539-22485353
Coord C2 exon
chr13:22479428-22479538
Length
5815 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGG
5' ss Score
8.98
3' ss Seq
ATGATTTGTTTTTTCTTCAGATT
3' ss Score
9.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAATACAAAGGCACCATTAAGGCGGACCTTTCCAATTCTCTTTATAAGCAGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTCTTTGCCAGAGAAGTCACACAACTACAGAGTGAG
Seq A exon
GTATGGTTCTCCTAGATTATTATATGATTATGTAAATCAAATATATACCTAATACACATTGTTTAGCATTTTATAAAGAGTTGTTTCTCTTAGATAAACAACATCGGAAGCAACTGATTCATGTTCTGTCAGCAGTCACTGATAGTGACGGTCGCTGATGGTCACAGATAGAGACAAGGACCTGCCAGTGTGTTAGTCACATGATACTGTCTTTCCTAGTCCCATTCTCCACTACTAACAGAGCAAATATGAATCTTATCTAGACAGTTTACTTAGATTACAATCTTATAGCAAATATTAAACTAGTCTTTGATTTAACTTGTGAGAGAACATACCCATAGCTTATTAAAAGTCACATGAAGAATTAATGGTTAAAGTCAGGATCCACAGATTTGTGCTCCCTCAATTAGACAAGCGGTTCCTGAATTTTTTTTTTTTTTCTCCTGGATGGTGTTTTCACTTAGACTATATCAGGCTCCAAAAAAAGCCTCGACCAGGTGGAAATGGCTATTTTAATGATTGCAAGTTGCAGACAGACTTAAGAACTATCATTATGTAAACTCATTTTGAATCCATGAGAGTTTAAGAGTAATTTTCCTTTTAGAGTACATTAACACAGAAGGAATCCTTAATGCATTTAATCTATTGTGTTCCTTAAAACAGAATTTCAAAATAGAATATTTCTCCTCTTTCTCACTCATATCATTGCTATGTTTTCTTCATAGTACACTGTGATTTTTCTTTTTTTTTTTTTGGTTACTTTATTCATCCATAAGAGAGCAGGAACCTCATCTGTCTTGTTCCCTGCTCCATCTCTGTGCTTAGGAGTCTACGGACTCCTAGAACACAAGGGGTGTTCAATAAGTACTTGTAAAATGCATTTTTGTTCAGTTGATTGATTTTTTTTTAAGGAAATGTTTCCTTTTACATAGTTTATATTTTTCATGCTACATTTTTGGTTAATAATAATAAATGCGTAAAAATGCTCACTATGTGTCAGGTACTGTTCTATTCATTTCACATGTATTTATATCACTTGATGCTCACAACTCCATGAGATAGCCTCATTTTGGAGATGTGGAAACTGAAGCACAGAGAGGTTAGGTGACTTGACCAAGGTCATACAACTGACAAACAGCAGAGCCAGCATATGAACATGGGTGAATTCGCTCAAGTCTTGGTTCTAAGCTATATCCATTACCACCTCTTTCTTACTATTTCTACCCCTCTTTTTTAAAATTATTAAACAAGTTCACTTCTTTCTCCAGAATCCTTTTATTTTTAAGTAGAGGATACGTAGATAACTTTAAAATAGTCTGAAAATAGGTTACTCTTGAACAACACCAAGTATGGTTATTCTTTGCAGAATATCTTTAAGTACTTCATTATCACAGACTTAAATGTCCACTGTGTACCCAGCTTGGCAGTAAGCTAATCTCAGCTGTGCAACATGAGGCTAAAAATATATGTCAGGGCTCTGCATGGCTGACCAGGACTAATATGCCCGCCCTTTCTTTCCCACCCAGCATCTGGTGACCCAGCCACTTGCTAATCATACAGAGTTCTTTATAAAGCAAATAATTATAACATTTGATATTTGACAAGATTTTTGTGATAATAATAAGCAACAGTTATATAATAAAGAAAAGAAAAATCTTTTCTTAGTTTTATACTTACTTGGGAAGGTAACATTTTCAGATATTTACATTGTTAATTGCTTTGGAAGTGCACAACTTTTCTCAAATTTTTATGGCATAAGCATGTCTATAGTATACAACTATGTGTACATAGAACTTAACATAAAAAGTAATCCACATTGGACATTTTGGAATCTGTTCCTATTTTTCTCCAGAATAGATTGTGGCTTAATTGGTAACAGGTATTATTCCAGAGGAGAATATGCACCCTGAGAAAGAAATATATGTGCTCTCAAGAAGCATCACTGCCCAGGGTCATAATTAGTCTTTGAACTTGTTAGAAAGGAAATACCTGGATTCTGAAGAAGGTGTCTATTTCAAAGATTTATGTAATTGTAATAACATTTCTTTAGATACACATAAATCTATTTTATTATTGTTAAAATTGGAATTCTCAGAGCTTACCTGATAATGACAGGCAAGAAAGTAGAACAATTTAATAGTATTTGTGATAATTAAAGAACTAACCTTTTACTGTGTCCAAATAGTATCAGATTTGTGGCAACCTGAATTAGAATATGTGTCCAAATAGTATCAGATTTGTGGCAACCTGAATTAGAATATGAGGCATATTCTAAAATGTAAGCATGTTCCAGTTTCTAGTGAAAACTATCCTAAACTTTTGATATTGGGACAAATTATTATCTTCAAATCAATCTGCAAACGCTTATATTGAGATTGAAGTGACAAGGTTAATGCTCCTTATAGAAAATGACTGATACATAGAAATCCCTTTAAAAAAAGAGAGACAGATGTGGAGATTTTAGGAGGACATATTGTTAGATAACTCTCACTAAAAATTTTACAAAGATCACAAATAAAAGTTCTGGAAATGGATGGACTGTGCCACTAAGTGGTGAGACCCTTCTCACAGGGGCTGTCTCACGCTGAGGCTAAATAATCCCTTATCATAGAAGTGATACAGGCTGCTCAGGCATCTGAATGGCGAAGATATATGAGAGCTTATGTTTATATCTACAGTGGCCACACGGTCCTGTTTCCGGAGCTTCAGGGTTGCCTGTGCTACGGGATTGGCTTCCCTGATAGCTCAGTTGGAAAAGAATCTGCCTGCAATGCAGGAGACCCTGGTTCGATTCCTGGGTCAGGAAGATCCTCTGGAGAAGGGATAGGCTACCCACTCCAGTATTCTTGGGCTTCCCTTGTGGCTCAGCTGGTAAGAATCCGCCTGCAATGGGGGAGACCTGGGTTCGATCCCTGGGTTGGGAGGATCCCCTGGAGAAGGGAAAGGTGACCTACTCCAGTATTCTGGCCTGGAGAATTCCATGGACTATATAGTCCATGGGGTCGCAAAAAACTGTACATGACTGAGCCACTTTCACTTCAGTACCTGTATAGTAGTTATGAAATATACTGCAAATCAGAAATATAATACATCTTTTATATGTAGAGATGAGATATAAACATATAAGATGAAATATATAAGATAAATGTATATATTCCTTGTGTAAACATATTTACATATAGTTTACATAAGACTACTGCAAGTATCTTCCCCTAGTTAGGTGTCTAGGGCCATAGCAACCTTAACTCACGAGGTATGAAGAACACAGTGTTAACCTGGGGAAATGCTACACAATAATGACACATCCTACGAAATCAAATTTATTAGAAAATTGATTAGCTCAACATACGTTTCCATTAGCTATTTTAAGGCTGAAAATTAATATGATAAATTAAAGTTCAGCTGCTTCCAATTTGATGTAATCTTAATTCTAAAGTGGTGCTTAGTAGCAGCTATAAATGAAATGACTATTTTAATGCAGTGAGTAGAAAATTACATAGCCTTTTTAAGAAAGAGTGCTCTTTAAAATTGTGCTTGATGACTCACTACTTCTATGATAACCCACAAAATGATCAGCTGCATTGGTTATGTTTATAATGTCACAAGTACCACAGTTAAAAACACAGAATCAACCCGGCATCCAGCAGAAAGGAGATAGGCATATGCTAGTTCTTTTTACTTAGAGCAGATCTCATAAAAGTTGTTCCTTGGCTTAAGAGACTTGGCCACCCATTAAACTCCTCCCGCCACCAAGTTGTAGAATGTAATGGAACTGGGATGATGCACTTTCTCAGCCTGAATGGAGGTTCTTAATGGGTTTCTGTTTAACATAATTAATTGGTGAAAATTTTAAAGATATGTTCATCAAAATTAGATTTCCCGATGGATTAAATCAGTGAACAGATTCTAGCAAGATGAATTATCCCTGGAATAACATGTGGTGCTATATGGGAGGTTTAATAATCATATGTAGGAACAGAGCTAAGCAGGAGTGAACAAGACTTAGGGGCATTCATTGACAGAAATCTCAACATAGTAATCAAAAGGAAATTGGCATGATCTATGGATGTATTAACAGCATATAGCACATTAGAGATGATAACCTAGAGTAAATTGAAGAATTCTAATTAGGACCAGTCAGGCCATATCTGGTATATTTTGGACACCTTACCAAAGAGGTGGAACAGTTGGAATTTGTACTTTTGAGAGTGTGTAGAGTATATAGCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGGCTGGTAGGCTGCAGTCTATGGGGTTGCTAAAAGTCGGACACGACTGAGCAACTTCACTTTCACTTTTCGCTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCGACCCACTCTAGTCTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACGTGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGTATACAGGGGTTTAGTGCCTAAATCTGCACAGATAGTCTGGGAGTGGAAATCCCTGAGACCTGGGTTCCCACATTTACAGTTCTGTCCTGTGAGCTAGAATCCTCCTGTATGGCCAAACAGTTGCATTGCTGGGGAGATAGATTTGAGTTTCATTAAAGGAGGAACTTTGTGTTAGAACCTTCAAAATTTAGAAACTGTGATGCCTGGGTTGAGTTCTCTTTCACTGGAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGGGTGGGGAAGTCAGAAAAGAGATTTGAACTTGGACAGTTGTACTGAGCACTAACCACACACATTTTGCACCAAGTAATTCCAATTCCATTTAACATCTTATCATTAAACTTTTAACATATATTTTAATTTAAAAGTAATTCATTAATTTATTCTTGTTTTATTCTCATTCCTTTATTCACTTATTTATTAATTTATTCACTCACTGAGCCAATGTTTATTGCAGTTTATGT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Seq C2 exon
ATTGCCTACAGGCAGAAGCATGATGCGGCCAAAGGAGTCTCAGATTATGCCCACATGAAGGAGCCGCCTGAGATCAAACATGCCATGGAGGTCAATAAGCACCAGAGTAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013339:ENSBTAT00000061339:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.405
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PU(55.2=43.2)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=29.7),PF0088013=Nebulin=PU(59.3=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development