GgaINT0100162 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007943 | Q766Y2_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:18208969-18215703:+
Coord C1 exon
chr2:18208969-18209079
Coord A exon
chr2:18209080-18215592
Coord C2 exon
chr2:18215593-18215703
Length
6513 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGA
5' ss Score
7.16
3' ss Seq
TATGATATTGCTCTTTTCAGGTT
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAGTACAAAGGAGCTGCTAAGAAAGACCTTTCCAACTCTCTTTATCAGCAGATGCCAGCTACAATTGACAGTGCATTTGCAAAAGAATTAACTCAGCTGCAGAGCAAG
Seq A exon
GTGCGACTTTAAAATCACAAAAATGATTTGTACATTAATTGTAGGGTAGAATATGAACACTTTGAACAATATTGTTGAATGGATACTTGATTGCCTGCTTGATTAATTTTGGGTGGGATTATCATCCAGAGTTTGTTATCACAGCTACTTCAACAACTACTCAATTCTAAAATGTAGACGATCTGACTGCCAAGTTTATTAAATATAAACATTAAAAAAGATTAAAACCAGGCAAAATCAATTAGCAGCCCATAGGTGCAATAGGGAATTACTGAATTCAGTAACATTTTATTGTGTTTAAAGAATATGCAAATTTTAGATAACAACCATTTCCACTCAAATGTTCTGTTAGCTTTTTAAAATGTCTGAAGTAGAATCAAAGTGAAAAAAAAAATGCATTTAGCAGCATATGAAAGCACTCATTTTTAACAGTAACAATATTTCCAATGTCACTAATCATTTACATACCACTGACAACAAATTTCATAGAATTAAAATTATAAAATCAAGTATATTGAACATATTGTAAAACATGCAAGCAATTAGTAAAGTAGTAAACCCAGTTCAGTTGGCTCCAGGGGCTTAAATATGTAATCCCCTTATTTCAGGCAGGTAACACTTAGCTTCCATTGATCCCAGTAGAATTATGGGTATTGAATATGTGTAACAAGTGAAGTTGTAGATTTTTGCTGTTACTCATCATAATTAAAACCAATAGACAGTCATTGTTCTTTATCCAAGAATCTCAACACTTTTCTTCTGCCTTTCTCCTCTCTTAGAAGTTCTATGTATTGTTCAATGAAGCAAACCAGTGCCAGGAACACAGTCCTAAACTCATGCTATTGATAGTATCCCAATAATCATTCTGTTTGATACAGAGGATTTTTTTCAAAGCAGAGGAAAATATCCATGAGGAAAGAGAGCACTGAAATCTCAGGACAGCTGGTAGAGAAATTACTTGATTTAAAACAATGTTTTAATAAAGATTATAGTAAGCAAATTCATTAACAAAGTGTATTTTATTTTTCATGGTTTGAAATAGAGCATGTATGTATTGAAGTTAAATCAGCACAGTAGCTGCAGTAAGACTAGTGTCATATATCATTGTAATGTGAGTCATCGGTAAAAAATAAACAGAATTAAACCTTGATAACATTTTTAAACAGTTAGCATGATACTTAAAACGTTAGTTAACTAGCTTGCTGTGGCATTACTAGCAGATTCATTCCAAATGTGTATATTTTACATTAGTTTACGTAAATGAGGTTAACTAACCTCAGTGATATGGCAGAAAAGATAAGTAACTGAGACTAAAAGTGAGAACATTTGATTTTTCAAAAGAACTCGTAAAGAAAAGTCTGACATTTTTATTTGATGATTTTGAAGCTTTTCTTCAATCATCCAGCAGTCATAGAGAAACAAATATGCATATATGCTTAGTTACATTAGAGCAGTTTTTTTTTTTTTTTCCCTGTAAAATTCATACCATTCCCATAGGAGTAGATGCTTTATAAATCTTAATCTACCATAAAGCTTCGAGATATGCTGACACATTTTTCGAACTTGTGGTTACTGTTGCAATGGACCTGAATTTAATGCTACTTTGAGAGACATCCTAGGGGATTTTCTAGTGGAAAATCTTCTCTACAGTATTCAAATCTAATCCATATTGTGCCTATCACTGTGGTACCTAAGTAGCTAATACTAGGATTTCAGATTTCAGCTGTGTCAGGATGTGGCAGAGTAGATTTCTGCTGCATCCTTCTGGCCAGGATTGTGGATTTACAGGTCACCAAGGGGAGACTAAATGTACCCCACAGGGAGAAGGAAAATGGCATTGGCAGCCTCCATGTCAGTCCTCTGGCAAACAGGCTGCCACAAGCACAGAACCATGGTCTGTTTCTCAGTTGTAATAAATTGATTTTAAATAGGTGCTGATTTCTTGAGATGAGAATATGAGTATGTGTCCTCCTTCCTATTCCTCTTAGAACAAACTTACACCTTTGGCTCTTTGAGCACACAGCCAAACCTCACAGATGCTCTCTTGCACTGTGACATCACATTCTTGACAGGGCCATGCTCATCTGCCAAGCAATGTGCCAGAACACAGCCATCATGGCCTGCACAGGCCTGAGCCTGGCAAATGGTCCTGAGATTTGGTGTTAGGTCCTGACACGATGCTGCTAATACTGCCATGCCCACCAGCACCATTTTTAGCCTGCCTAGATCTAGCCCAGTTAATGAATTTTATACACCATTTCAGGTCTCACTGATGCCTTAGGAACTCAGGCAACCAGGAAAATTTCCCTTTTTTATGACAAGAGGTCATGACAAGAGGCCAAACTGCAACTGCCCTTCACTGTCATCTCCAGAAAACAAACACTGCTGTAACTCCACTTATCCCTTTGTATTCTGTGACTGATATGGCAATTGCCACTGACTTCAGCAGAGCTAGTTCATTCCGTGGGGCTGCAGCTGTAGAGTGTTCACAAGATCACTCACTCCAGCAGCTCTGCTTTTCCTCCTGTGGAGCTTGTTCCCATTTTTGCTATATTGATTAATGCTCAGTTCCCTTTTCAAGATACACATGAAAGACTAAAGTAAGAGAATTTTTACTGGCTTTTATGTAATGGCAATGCCTGCTCTTTTGTGTTTTATGTAGATTTGGCACAAAGATAGGAATAAATACACGTAGAAAAGGAAATCCATACAAACTTTTGGACACTTACAGGAAAAAGTGTTTCATAATAGTGAAATGAAGTTTCATTGCCTCACGTACTTGAGTGACTTTTTTCAATTTCGTTCTTTCACGCTATGGAGAAAATTGAACTGTAAACTTCTAAACAGCTTTCATGGGGATGAGCAACAAAATTTGCCTCTCTCCCTCTCATTTTTCATAGCTGCCCCCAGAATAAGCCACAGAGAGGAGTCCCTCTCCTCACTGCATGAGTTCACTGTCCTTGCCAACCTGCAGAGCTTTCACAATTTCCCTGCTCTCTGCAAAAAGAAAATAAAGTTGACAAGAAGAGTCTGTGTAGGGAGACCTCAACTTGATTTTCCTCAGAGGAAATGGTCATTTTCTGGAAAGATTGCAGTCTTCCTTTGGAAAATATTTCAGAGGAAAATTTCAGATCACTGCTAGCTTTGTGCCAAGTATTCTTCCTGTCTGAACACCAGTATTCTGAATTCTTCCTTACACAGGACATTTTTTTAAAAATAAGGTGTCACAAACAGTGATAAAGATATTTAAAATTGCTTGCAGTGGAGGCAGTGTTGAAAAATAAAAGTATGTGTTTCATCACTATTTTCATCATTTCTTTTCTGTCATAAGAAGAGATTGCACTGTTTTTCTTCTTATCTGAAATGAGTAATCTGACACAGACTGAAGGCAGTTTAATTTTCTCCTTTGACCAATATTTCACGTAGTAACTATATGTCAGTGCTCAGCAGCATTTTCTGTTTGTTTTTAAAGATGATTAACTGAGTGAATCTTAATGCTTTTAACTTCTAGAGAAATTATGAGTATTTCTTGCTTGTGGGCAGATTCCTTCTCTTATGTTCAGATGTATATTTTTAAGTATGATAAAGCTATTTCTGTAGTTTACTGCATCATTTATAGACATATTATGTGTTGTCAGACTGTTTAATGAAAATATTCATTTTTTAATTTCTTCAAATCTCGTTTTCAAGATTTTTTTTTAGTAGCAAGTATCAATCTCCTGGACTTCTTGAGTTTTGTTTTACACAAATAGTTTGGGTAGTCAGATTATTTACCTGGCGATTAAAATGGCGTTTTCTGTGTTATGCATTTCCTTCTACAAAAATCTTTGTTATGGATCTCAAATTCAGAGCTCAGCTTACTGACTCTAAAGAGAAATACAAAAAATAAGAAATGTAATGGTAATAATATCCTAAAACAAAAAGTGAGTCAGAGTTAAGTGAAAAGACCACAGATTCCTTAATTCACCATTGTATTCACACACTGGCGCACATGTAAGAGAAGAAAAATAGTAAAAAAAGAGTAGTTACGAATCAGTTCAACCTGAAGTCATACTTACATGCATTATATTCCTTGAATTACTAAATGGTACCACCACAGAGCAGAGATTACATGAGTGACCTATTATATTTGATCTCTCTGGAGATACTATTTCATATTTACATAAGTTGCAACAAAAGGAATGCCTCCTATTTATTTCCATGGAAACTACAACAGGTATAAAGAGAACAAAACCATTATTTGATAGAGAAAGATAGATAATTTGTGCCTATCACTGTGGTACCTAAGTAGCTAATACTAGGATTTCAGATTTCAGCTGTGTCAGGATGTGGCAGAGAAGATTTCTGCTGCATCCTTCTGGCCAGGATTGTGGATTTACAGGTCACCAAGGGGAGACTAAATGTACCCCACAGGGAGAAGGAAAATGGCATTGGCAGCCTCCATGTCAGCCCTCTGGCAAATAGGCTGCCACAAGCACAGAACCTTTCAGCAATTGTTGATGAATGTCAATGGGTGCAATTTTTCTGCATGTAGGATTTCAGCCACACACCTTTGCTTCATATGCACTTGCATGTTGGATGCCACTTTATCAGACTGCTCCTGTGCTGCCATCTGTCTCATGGAACAAAATGTAATGGGGTATTGGTGGGGAGGTATTCCACCTCTACTGCTGTACCACCAACATCCGCCTCTGTCATTGTAGGCCAGCATAGCAGCAGCCTTTGTATAGTGTATAAGTAAAATTTCATTTAACTAAAGTTTGGAAATTCAGCATGAGATATGAAATAAATAGTAACATATAAAACAATGGTTGTAAGAATACTGATGAAATAATCCTTATAAGCATTTTTTCATGTTTGCATTGAACTGATTAACAGATCTAGGAATATTGTGCTTACCTGTCCAAGACTAAACCAGGCAGCTGTATAACTGTGATTCTTTCAAGGTTGCATAGGTCAATAAGATTAATTTGAAAAGATTAGAAAGAATGGGACTATAA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Seq C2 exon
GTTCTGTATAAACAAAAACATGATGCTGAGAAAGGAACTTCAGATTATGCGCATATGAAGGAGCCTCCGGATATTAAGCACGCCATGGAAGTCAATAAATACCAGAGTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007943:ENSGALT00000012903:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.514
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=29.7),PF0088013=Nebulin=PU(53.6=40.5)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(39.3=29.7),PF0088013=Nebulin=PU(59.3=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]