BtaINT0109200 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024888 | PDE5A
Description
Bos taurus phosphodiesterase 5A, cGMP-specific (PDE5A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174417]
Coordinates
chr6:6945103-6953922:+
Coord C1 exon
chr6:6945103-6945170
Coord A exon
chr6:6945171-6953813
Coord C2 exon
chr6:6953814-6953922
Length
8643 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGG
5' ss Score
10.38
3' ss Seq
CACCTCTGTTCTTTCCACAGGGA
3' ss Score
12.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTCTTTTTCTAGTGTGTTTCACATGGAGTGTGAGGAATTAGAAAAATCGTCAGATACTTTAACACG
Seq A exon
GTAAGGACTTATGGTCTATCTGTCATTTTCACATGTACATAATGCTGGTTACATAGCTATTTCACGATCTGTTTAAGACACAGAAGCTGCAGTTGCTTTTTTCCTCCTACAAGTAACTTCATTTGTGAAAAGACTTTACTATTTGACGTTATAGTTCCAGGTTTTTTCCACTGCAGTTGACCTGTTGGAGAATTCTTCCACAGAGTGAATAGTGTCACAATTAGTCTAGGCCTGGTACAGTGTTTTCTGTGAGCTGATTCATTCAAGACCCACAGACATATATTTCAGATATATTTTTGCTTTGTACTTTGGGCCCTCGGTGAAAATTTGATAGGCTTCTGAGTCTGTTCAGATTTGGAAACAGCCCTGGGATTTAACTGACCACAGAAGGGTGCCTGCAGTCTCCATCACACCAATACATGTATGCATGGCAAGAATCAGAAATCTGTTGTAGTTCATTTCTTTTTCATGTTCTTTGTAATTTTAAAATTTATATTCATTTTTTGTTGGCTGGTACACATAAAAAATATAAAGTCAAGGTTATATGTATCAAGGTTATAGACGTTACTGGCCCAATTTTATACGTGCTTTCTGAAGAACTTTAAAAAGGATTTAGAGTTAACTAACAAATGTTCTTTCTCATATTTTTGTACCCTTAGCAAATTACTGGTGGTGTTTGCTTAAGCAATTGGGTAATCCCAGGAATATAAGTCTGCCGGGGTCAAGCGTCAGGAATTCTTGGGCATAATGCCATTTGTATTTTTCATTATTTATTTCTTTCAATTATTTCACTCCCTAAAATAATTCATGTCAATTTATACTACCCCTTATTAGTGATATTATAATTAAAAGCCGCATATGATCATGGAAATAGGACATTATTTAACTTTACCATTGACGTTAAAGTTCCAGAGTTTTCACTCTACAGTTGACCTATCAGAGGATTATTTCATGTTGGTGAATGATGTCACAGTAATATCCTCAGGAACCAAGTCCCTTGGTGGTAGTTCTTTAAAAACAACCTCTGTGCAAATCTGTAGAACATTCTGTAAGATAACTGGCCTGAAGTGAAGTGAAGTGAAGTTGCTCAGTCACATCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCCTACCATGCTCCTCCTTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAATGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGAGGATCTTCCCAACCCAGGGATCGAACCTGGGTCTCCTGCATTGTAAGCAGACACTTTACCATCTGAGCCACCAGGGGATAACTGGCCTAGTCTCTTCAAAAAGTCAACAGTCATTGGATAAAATGGAGGGAGGGGCTGTCCTTGGACATAACAGCCAAATGCAGTACATGAAACTTGATTAGATCCTACTGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCATCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACCCTCAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCATAGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGATTAGATCCTAGTTAAAAGCAAATAGCTGTCAAAGACATTTGTGAGGATAATTGAAAATCTGAATATGGACTGGATACTGGATATTGGTGTGGAATTATTGTTACCTTTTCTTTGGCATTACTAAGTGGTTAGTAGAAGAATGTTCTTATTTTTAGTAGATTCGTGCTGGTTTATGTAAGGATAAAGTGTTAGGATGTCTGCATCTTAGTTTAAAATAGTTCAGATGGGCCGGCTGGGGAGGGAGTAGGGTGTAGTAGGGTGGGTGGGTTATGAATTAGGAGGTTAGGACTAAGCCTATATACACTACTGAATATAAAACATAATCAACAAGGACCTCCTGTATAACATAGGGAACTATACTCAATATTTTGTAATAATCTATCAGGGAAAAGAATCTGAAAAAGGGAAAATATTCAGTTATGTATGTGTACACATGACATATATGTATTTTACACGTATATATACATATATAACATATATACATATATGTATATTGTGTTGTACACCAGAAGCTAACATGACATAGTAAATCAACTGTACTTCAATTAAAAAATTTTTTCCTTCAATTAAAAAAAGATATTTTCAACAACAAAAAAAATATGGTTCAACCAAAAATAAAACAGTAAATATATCTAAATATAATAAAGCAAATATATCTAAATTGAGTATAAGTAAATGAATATATTTGCACATATGTAGATATAGCAAATGTAAAATATTAAAAATTGTTGAATCTACGAGTAGGATATTTATTTTGCTTTCAGCTTTCTTATGTATTTCAAAAGTTCACCATAAAAAATTGGAAGAAAATGTTTGTAATAAAAAGCTGGAAGTAAAATTAAAATCATCTTTGTAGGTCATATAAAGCCAAACTGTCTGAGCTTGCAGCTGCAAGAACAAAATGCTTGAGTGTGCAACCTGGTTTCGTCCCAACCTCCCTCGTTAGCACGGACCCCATGGACCGGTGTGGGGTCTGCAGGAGCTGTCTTCTGCCCTGTATGCCTTTCCTTTCTTCTTCTCTTCCTTTTCATGGCATTTCCTGTCCTTTTCTGTGCTCCCCATCAGGATGGAGAAACTGTTGACTCTACTGGTTTAAAGTTGTTACTTTGTTAAGTGATTGTATTTAAATCAAAACATTATATTAAGAGTATTATTTTACCAATATGATACAATGAAAGACCTTTGCTTCTATTAAAAGTATTTCAGGAAGCTGCAAAGGAGCAGATGTAACTTGGGGACAGATAGGGAATGGGTTTGACTTGCAGGGTACACCTGACCTAGGCTGTGACTGCTGACCTGGGTGTGCAGTGGGTACTCAGGGTACATAAACCATGGAATCTCTACCCCAGAGATGTTTCTGCTACCCTTGAATTTTTGTTTCATAAAATTATATCAGAATAGCTGACTTTTATTTCCCTTTTGGCATTGTTGGTCATGAACTGAACTTTATTTCCCATCTCCACATCTGTTCTTTCCTAAGCTTCTGTGTGTATATTTTCTGGCATTTTTAACATTGCTTTAGTGGATTTTGAATCCTTTTTGAATATGTGATAGTATGTACATGTCCTGGTGAATATGTATGTATCTTTCTTAAGTGCTGGTATTGGGCTGTACTGCCTAGGTCAGTTATGAAGTCTTATTCTTAGGAGGAACATTAATAGATACTATTTTTATTTTATGACACCATAACATTTTTGTTGCTTTTTATAATAAACATTTTAGAAAACTTTTAAACATTAAATATTTGATTATTTTACTTTTGGCTTGCATAAATAATGATTACTATGTAGACAAATATATATATATACATGTTTATTTATGAATTTATATATATCCAGAGGAGAATAGGAAAATGAGTATGATATGCATATTAAATGTATAAAATGATGAGAATTCCCTAGCCATCTAGTGGTTAGGACTCTGTGCTTTCACTGCCGGGGCCTGGGTTTGATCTCTGCTTGGGGAACTACAAATGCGCAAGCTAAGAGGCACAGCCAAAACAGAAAAGAAAAATGTATAAAATGAGGAATTATCTATATTTACCTTTAAATGTATTTGTGTGGTAGCATATTTCTGTGTACTTTTATGTATTCACATTGGGATTTTTCTTATTAATTCAGGTAAGTCCTCTAATTCTGATAGTTGAACAAGCCCAGTGACTTGGTGTAATAGTGACCTCTACTGGTGAATATGCATTAAAATACTAAAATCTTACTATATATTTGATTTGTGCTACTGTATACTTGTTTTGTTTCTAATGAATGTCACATTCCCTCTCTGTAAGAGAAAATATATCTTTCCACTTTTAAAAAGTATTCCAAGACAGTCTTAGTGTAAAGATTTTTTTATAAAGGATAAATGTCAGTATGGTTACCTTAAAAGACTAATTTTATATGGACCATTTTAACTGATTCATTAACCGAGTTTACAGTAATGGAAATTATCTAACACCAGTGCCTTACATTAGCTAATAGTTAGCTTTTAATCTAATGATGCAGTACAAGACCTCATAGTGATGTATGTTTTTATTTTAATAAAAATTAGATATCAGGCTTCATTTTGTGAAAACTAAAATGGTGTTTAGTAACTTTAGCTTTGTAAAGGGACTAGCTGATACTGACCCTTGGCTAGCAGATTCTTTATTACATTTCTGAAATTTCTTATTGATAGAATTTAGGCCTTTCCAGTTTTCATTATTAAACAAACACTTTGTCAATGCAAACCTCTTTCATGAGATGAAATGCTTGGCAGTTTGATGATGTTAGCAATAAGCAAATCATTCTTTTTAGGCAATTATGTGTCAGTGGAAAAGCATGGCTCACTTAGTACTTTTCTAACCAACCATCTGATTAACTTTTAAAAGATAAAATAATTTATTGAAGACAGTTTTGAAATGTTAAGTATAAAAATAAAGAATAGTGAAGGTGAACATTATACATAATTATTAGAATTGTATTATCGATGGGATCAAACACAGTAAGCTCTTGGGGTTTGTAGAAATTGAGAAGTGAAGGTCATCTCCAGATGATGGGAGGTTTCAGAGTTTTCTGTGCTTCAATTCAGAGAGCCACCTAATTAGAAGGAAAAGTGAATGTGATGTTATACCATTTCTGTAAGTTCGTAATTTTAAGAAATAGATGTTTTAGTGCTATAATTCCAAATTAGTTAATTTCATGTTAATTGTGTGCTGTGCTTAGTCTAAAGTCAGTTGTAACCAGCTCTTTGCAACCCTATGGACTGTAGCCCGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCCAGCAAGAATACTGGAGTGGGCGCCATGCCCTCCTCCAGGGGATCTTCCTGATCCAGGGATCCAGCCCAGG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Seq C2 exon
GGAACGTGATGCAAACAGAATCAATTACATGTATGCTCAGTATGTCAAAAATACCATGGAACCACTTAATATCCCAGACGTCAGTAAGGACAAAAGATTTCCCTGGACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024888:ENSBTAT00000014479:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.087 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(13.9=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(22.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]