BtaINT0118629 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001821 | PRRC2C
Description
Bos taurus proline-rich coiled-coil 2C (PRRC2C), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206655]
Coordinates
chr16:39886763-39893747:+
Coord C1 exon
chr16:39886763-39887396
Coord A exon
chr16:39887397-39893577
Coord C2 exon
chr16:39893578-39893747
Length
6181 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTCACCTTTTCTTTGGACAGAGG
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCCTCCTCCAGACCGACAGGCAGTACCTGGAAGACCAGGCCCTTTCCCCCCCAAGCAGCAGGTCCCAGATGAAGATGAAATATGGAAGCAAAGAAGAAGGCAGCAGTCAGAACTTTCTGCAGCAGTGGAACGTGCTCGTAAACGGCGTGAAGAGGAAGAGCGAAGAATGGAAGAACAAAGGAAAGCAGCATGTGCAGAGAAACTTAAACGACTGGATGAAAAGCTTGGCATAGTGGACAAACAACCCTCTCCAGAGGAAATCAGAGAAAGGGAACGAGAAAAAGAACGAGAAAAGGAATGGGAACGTGAGAAAGAACTTGAAAAAGAACAAGAGCGGGAGCAAGAAAAGGAGAGGGAAAAAGAAAGGGAAAGGCAACAGGAAAAGGAAAAAGAACTGGAGCGAGAACAGGAAAAACAGAGAGAAATGGAGAAGGAAAGAAAGCAAGAAAAAGAGAAGGAGCTAGAACGGCAGCAAGAAAAGGAAAAAGAACTGCAAAAGACGAAAGAACAGGAAAAGGAATGTGAGTTGGAGAAGAGAGACAGAGAGAAAGTGGATGAAAAAACTGAACACAAAGAACCTACTTCAGAACCTATGGTAGAAAAACCAGAAAGTGAAAACAGCTGTAACAAAG
Seq A exon
GTATGATAGTCTTGTTTGTCCTTAAATAAGCTTTGCAAAAGGCTTCCTATTACTTATATTGTGAATGTTGTATGTTTGTATATTTTTAAAATATGTAATCCAAATAAAAGTGATTGATGTTTTTTGGTTATAGGTTGAATTTTATTGGATACTTTTTTTTTAATTGAATACTTGAAAATGTGGGTTTTGTTCTGTAATTTTTTTATTATGATAAAATTCATGTAGCATAAAATTTAGCATCTTAACCATTTTTTATTAAAATGATATTAAAAGCACTCATAATGAACTATCACTGCCATCTATCTCCAGAACTCCTTTCATCTTGTGAAATCAAAATTCTGTATCTATTAAACAATAACTTCCCAGCCCCTGGGTGGTGATTCTGCTTCCTTCCTGTGGGTGTGATTGTAACTGTTGTCAGTGCCTCGTGTGGGTGGAATCATAGTATTTGTCTTTCTGTGACTGACATTTTTATCATAATGTCCTTAAGTTTTATCAGTTGTAGCATGAGTGAAAGAAAAAAAGAAAGGATAGAATTTCCTTCCTTTTTAAATCTACTAATTCATCATATAAATGCATACACACACCATATTTTGCTTACCCAATCTGTTGATGGACACTTGGGTCGATTCCATGTTTTACCTATTTTGAATAATATTGATGTGACTATGAGTGTACAGATATCTCTTTGAGACCCTATTTTCATTTCTTTTGAGTCAGGCATACCTCAGATGTTGCAGGTTTGTTCCAGACCATAGCAATAAAGCAAGTCATGTGAATTTTTTGATTTCCCAGTGCATATAAAAGTTATGTTTACACTATTCTACAGACTATTAAGTGTGCAGTAGCATTTTCTTTAGAAATATATATATATGTGTGTATATATATATATATAGTATATGCATACCTTAATAATACTTTATTGCTAAAAATACTAACCGTCACTAACCCTTCAGTAAGTCATCATCTTTTCGCTGGTGAGGGAGTCTTGCATCAGTGTTAATGCTGCTGATGATCCGGGTGGTGGTTGCTGAAGGTTGGAGTGGTAGCTGTGGCAAATGTCTTAAGATAGCAATGAAGTTTGCTGCATCAGTTGGCTCTTATTTTACAAATGATTTCTCTATAGCATCAATGCTGTTTCATAATTTTATCCACAAAAAATCTTTCAAAATTGGAGTCAGTCCTCTCAAACCCTGCTGATGCTTTACCAAATAAGTTTATGTAATAATAATCTAAATCTTTTGTTGTCTTTTTAACAGTCTTCATAGTCATCCCCAAGGAGTAGATTCCATCTCATAAAAACCACTTTCTTCGTTCATCCATTGGAAAGCAGCTTATTGTCTATTCAAGTTTTGTCATAAGATGGCAGCAATTCAGTTGTATCTCAGCTCCACTTCAAATTCTAGCTCTCTTGCTGTTTCTGCCACATCTGCAGTTACTTCTTCCACTGCAGTCTTGAACGCCTCAAAATTGTCCAATACTAAGTTGAATAAAAGAAGCAAAAGGAGGCACCCTTGTCTTCTTCCTGATCTTGCAGAAAAACTTCTCAGCCTGTCAACATTGAGTGTGGTATTAGCTGTGGGTTTCTGATAAGTGGATTTTATTATGTTGAAGTAGTTTCCTTCTATTCCTGGTTTGAGTATTTTTATCATAAAAATGTGTTGAATTTTGTCAAAAATCCTTTTCTGTATTAATTTTGATGATCATGTTATTTTTCCTTCATTCTGTCAATGTGTAGTATATTGATCAATTTGTATATATTGAACCATCCTTGCATCCCAGGAATATATCGCACTTGGTAATTAGTATACTATCAGTATATTGCTAAATTCTGTTTTCTAGTATTTTGTTGAGAATTTTTGCATCAGTGTTCATAAGAGATATTTGTATTTATCTGCAGTTTTCTTGTGTCTTTGTTTGGCTTTGGTATCATGTTGATGCTGGTCTTGTAAATTAATTAGGAAGTGTTCCCTCCTCTTCAGTTTTTGGAAGTTTGAGAAGAATTGATGTTAGTTTTTTAAATGTTTGGTGGAATTCATCCATGAAGCCATCAGGTCCAGGACTTTTCTTTGCTGCAAGATTTGTGATTGCCAGGTCAATCTCCTGACTAGTTAAAAGTGTTCACATTTTATATTTCTTTGTGATTTTTAGTGTTGGTAGATGTTTTTGTTTGGGAGACTGTACATTTCATCTAGGTTATCCAGTTCATTGGTGTACAGTTGTTCATAGTTCTCTCATAATCCTTTTTATTTCTGTAGGATTGGTAGTAGTGTCCCATTTTCATTTCTAATTTTAGTAATTTGAGTCTTTTTTTCCTTAGTTTACTCTCCCAGCTAAATATTTGTCAATTTTGTAGAGCTTGTCAAAGAACCAACTTTTGTTTTCATTGATTTTTCTCTATTTTTCTGTTCTCTCTTGATCTCTGCTGTGAATTTTATTTCCTTCTGGTACCTTGGGTTTGGTTCTTATTCTCATTCCTTAAGTCATAACTCTGGGTTATTGATTTTGAGAGATTTCCTATTTTTCCTTAATGCAACCATTTATAGCTATAAATTCCCCCCTTTACTTTTCTTGCATCCGGTAAGTTTTTTTATGTTGTGTTTTCGTTTACATTCATCTCTTCGGTATTTTCCAACTTCCCTTGCACTTTCTTTTTTAATTTTTTGGTTGTTTAAGAGTGTTATTTAATTTCTTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAATATTCTTGCCTGAAAAGGCAATAGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTACATCGGGCTACATGACTGAGCATGCATGCATGAGGGTGGAGAGAGATGGGCTGGTAGCAGTAAACTGGTAGAACTAAAAAAAAAAAAAATTATTTAATTTCCACAAATTTATGAATATTCCTTACTTCTCTAGTGGTTTTGAACTTCTTTTCATTTTGGTTAGAGAAAAAACTTTTCTATATCTGTCTTTTGAACTCTTTTGAGAGTTAATTTGGGTCCTAACATCGTCTGTTCTGAAAATGTCCTTGAAAAGAATATATATGCTGTTTTTGAGTAGAGTGTTCTGTATATGTCTGTGAATCTAGTTGGTTTGGTGGTGGTTTAGTCACTAAGTCATGTCTGACTCTTTTGACCCCATGGACTATATAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCGTGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGCGGGTTGCCATTTTCTTCTCCAAGGGATCTTCCCGGCCCAGGAATCAAACCTGGGTCTCCTGCATTGTAGGCAGAGCTACAAGGGAAGCCCAGAGTTGGTCTAGTTGGTTTAGTAAGTCCTTTTTCCTTACTTCTTTGTGGCTGTTCTATTCATCATTGAGATAGGGTTGTTGAAGCCTCTGAATGTGCAAGTATGTATCCCCCAGTATTTTGCATCATACTTTTTTTGATGGTCATGTTACTAGGTGTGTAAATGTTTATAATTGTTGCGTCTTGCTGTATTGAACCTTTTATTAGTATTTAATGACCTTCTTCTGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCATGGACAGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCACTAAGAGTCGGACACGACTGAGCAACTTGACTTTCACTTTTCTCTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGCGGGGCCTGGTGGGCTGTCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCAGACACCACTGAAGCAACTTCGCATTAGCATTAGCAATGACCTTCTTTGTCTCTTGTAAAACTTTGATTTAAAGTCAGTTTTATCTCAGTGTAGCCACCCTGCTCTCTTTGGTTACTATTTCCATGGAATGTCTTTTCATTTTCAGTTTATTTGTATCTTTGGATCTAAAGTGAGTTTATTGTAGATATCATATAGTTAGATGACCTTCAGTTCTATTTTGTCAGCAAAATAGTATTGGCTTCATACATAGATGCTGATTCTTTTACTCTTTTCTGATTCCACAGCATTTAACTAAATGAAATCTCCTTTGTTTATACATGGGTTAATACCTCTAAAACTTAAAGTTGAATAGAGTTTAATGGGAATTTTGGATTGTCATAATTAAATGACTGCTCTGTTCATAATTTCATATTTGTTTTTCTACCAGCTTAGATATATAAAAGCTTTCATAGGTTATCTATATGCTTACCAGAATGCTTCCCCTCCCCACCCCCCCAAAAAAAAACTTTGCTGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGTTAATACTCTGTGCTTCCATCACAGGAGGCATGGGTTCATACCTGTTGATGTGTGGCACCGCACCCCCCCACCCCCCAAAAAAAGCCTTTGCTAGCTATAATCAGCTGATGTGTTCTTCCCAAAATTGGATCATAAACTCTAATTAATAGAACTATGCTCCAAATTTAAAGTTTCATCTTAGTAGAGTTAACAGTGATTTAAGATAGAAATAGTTTTATTTCAGTACATTTCTGTTATGGAAATACTGAAATTTTTTTTACCGTAAAACTCATGCTGTTTCTATAAGACAATGCTGCTTGAAGTTATAAAGCTATTTAAAGTTTTCCTTTAAGTTTTTAATCTGTATTCTAAGTTGCCTTCAAATTTGGTCCTTAATGTCACTATAAAGAGAAGTAAGAGTGTTTTATCTCAACTTTTTCTTATCTCAACTTTTTTAGAAAATAAGATATAGCCCGTGCAGATTGTTTAGTTACCACATTTCACAGATTTCTTATATTAAGCAGTCTAGAGATAATTTGATGTTGATTATGGGCTTTTATTATGTATCCTAAGCACTTAGCTCAAAACACTTAAAAAAGGTAAAGCAAAAGTTCTCACCACAGAAATGAAAAATATTTTATTACTTTAAAATTGATGAATTCTGAAAGAACAATCTTTGAGAATTTTATTCGCAATTAGTGAGAAAAGACCATGAATTAGAAATAAGGAAATTCCTTTAAT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Seq C2 exon
AGGATGACCCAGTTTTCACTAGACAAGATAGCAATCGCAGTGAGAAAGAGACCACGCAGGTAGCACATGAACCAGAACCAGAATCAGGGTCTCAGCCTCGGCCTGCTGTATTATCTGGCTATTTTAAACAGTTTCAGAAGTCTTTACCACCACGATTCCAGCGGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001821:ENSBTAT00000002380:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.983 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development