BtaINT0123456 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005180 | RBMS1
Description
Bos taurus RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 (RBMS1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001035361]
Coordinates
chr2:36142090-36151576:+
Coord C1 exon
chr2:36142090-36142181
Coord A exon
chr2:36142182-36151418
Coord C2 exon
chr2:36151419-36151576
Length
9237 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
AATTCTCTGTTCCATTTTAGCAA
3' ss Score
8.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATGGTTTTGTTGACTTTGACAGTCCTGCAGCAGCTCAGAAGGCTGTGTCTGCCCTGAAGGCAAGTGGGGTTCAAGCTCAAATGGCAAAG
Seq A exon
GTGAGTTGAGGTCTGGTGCTTATTCCTCCGGTCTCTGGCTTTGGTTCTGAATCTGGGCACATGGCTTTTCCTGTCACCATGCAAGTTCTCCTTCCATCCCAGCGAGTCACAGTTACCTGGGGACATTTGCCCCTTGCCTTCACATCCTCAGTAGCAGCTATTTTGCCAAAGACAATTCCTCATAATTTTATGTGTGAAAAAGAAGTTTACAACTGTATAAAATTTTACATAGCAGATTATGTAACCCTGTAAGTAAATGGAGAAATAGAATCAGATTTTCTCAGGTAATTGGGTACTTGTGGACTAAAGCTCTGTACTTTATTTTTTTTAATAATTTTAAATTTTCAATGTTTAAGGAATTAATACATTTTAGAAGTACTTCAGAATGTCATGTTTTGAAAGAATAATATACTTTATCACATATGTAGACTTGTACAGATATACTAGTCGTTGTAATGCAGTGTCAGCTACAAATAATATTTCCTCTGTATAAAAGAGACATTTTTAGACATTGATTATTAATGAAATTAATAATTCTACAGTTTCAATGAACTCTTACCATAGAAGTGGTGTTTGTGCTCCAGGTTTTATTGCCTGAATGTAAACTTGGGTTTTATCATACCTAGTGTACTTACTCTTTTCAAAAGATCAATACTTTTATATTATCCAGTTTCTTGAAGTACAAAGTAATTTTGTGCTGTCCTCTTCTTCTTCCGAAGAGTAGCTTGTGATCTTTCCCTGAGGAGCATTCACATTTCCATAAGGGAAGGAGATTTATGAAAGTTAAAGAACCCTGGGTGAAATAAGTTACTTGCTAAGCCCTTAAAGCGGTTGAAGGACAAATACGCAGCTACCAGAATAGCGATTTCCCTTAACTAAAAGAATCAACATGAATAAAGATTTCAGGAGTTGATGAAAGGGGCTTCCCTGATGGCTCAGATGGTAAAAAATCTGCCGGCAATGTGGGAGACCCAGGTTCAATCCCTGGGTCAGGAGGATTCCCTGGAGAAGGGAATGGCTACTCACTCCAGTATTCTTGGCTGGGAAACCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATGGGGTCACAAAGAGTCGGACACAGCTGAGTGACTAACACTTTGATCACCTTTCTAAAGTTATCCTTGACTTTTAATATTTTTAGACCTTTAGGGTAAGATAAAGTCCAGAGTAAGAAACTAAAATAAACTGTAAATACTAAGAACACATCTTCTCTAGAGTAAGGGCACCCTGATTTTTAAATTATTTGTCCATAATATAGAGCACCTTCTTGTGGTATTGTTGAAAGATGGTGATTATGAGGCTTTAGTATGTTTAACTGTAATATGCAATACTTGTGTTGTTTATGGTTTACAGAATGTTTAATATGTATCTGTAAACCGTGGGTAACCATATGTTTTCTAAGCAGGACTTTGAAGGCACGATCAGAAAAGAACTGTATTTTTCCCTCTATTCTGTCCATTTCCTCTACTCTGTGAAGCTCCTGTTTCTTCCTCTCGTGGATGAAATCTAGGGCAGATCCCATGACTTTTCTGGCAACTCTCATTATTTTGAAAAGTCCCTTCAGCTGCTTCTTTCATTTCATGCCTTTTTGGTTAATTTTTTTCTTTAGAATGCCCCTTGATTTTTTTCATGTACAAACTTCAGGGAATATAATTGTCTTTAAATACATTTTCAGCCATTCCTTTATGTATTTACACCAACCTCAATATAGTATTTTAAATAAGAGGTTTAAGGGGGAAGTCTCAAGTTATATTCCAAATATGGTTAATAAAATCTCAGAATTGTGTAAAGGTTTTGAAAACTCAGTTCTGAGAGTCAGCAAAAGGGATGTGCGTCTTGGATGTTGCTGGTGCTAAAAGAAATCACAGCTTACAAAGCAGTTGTCTGCTGAAAACCACACGTTGATAGTTTGGTGATCAAGAGGTGATATTTTGTAAGTTTACATCCCAATAACAATCTTTTACATGTGTCCAAACACACCCATACACACACACAGATTTGTAAGACATGTATTTAGTGACATTTTAGGAAATTGGAGGCTGTGATTAATGATAATGCATTAATGCTTTTTTTCTTACCTGAAAAAATGTGAAATATTATTAATACATCCCAGTACAACCATCTATTATTATGTGTCTACAAACACACAGATGTGTAACACATGGTTAACATTTTGATACTGAATGTCTGATTTTTCAACAACACATTTAAACGCTAAGTGTGTGATGCCCGTCCAGTCCTGTTTATTTGGCAAAATTTTGTGTGCCGTATAATACTAAAACTTCTGCCTTCCCCCCAGCTCTGGTCTGCTCTAACTAGTAAGCTTGTCCTGGGATGGGAACATGGTTCGTTCTTTCCTATTTTCCAAATGTGTGTTTTTCCCACTCTTCCATAGCTAGCTGTGGTTTCTTACCCGTCCCAGGTTGGAACAGTGGTGAAGGATGGGAAAGCTTCTTGACCTGACAGTTATGTGATGTGGTGTTGATTTCTCTGGGCAGACAGAAAACTGATGCTTTCCCTAGTAGAATGCTCTGCTCTCTCCCCTGTGGTTCCTTCACCCTAGAGAAGAAGTGTCCTCAGCTCCTGAGAATCTAAGGGTCAGCCTTCAATCCTTTTCTTCTTGGACTTCTTGTCCCTCAGGACAGCCTTCCTGGGTGGATCTAACACAACCCTGCGCCAGCTCCGTCTTGTGTGGCCCACATTGATCTGGCTGCCAGCTGTCTGTGGGAAACTAGTTACCTCCCAATCACACTTATAGGCCCCTTCAGTCAGCCTTTTGCCTTTTAGATTCCTCAGGCTTAAGCCAGACATTGATCCATTGTATCCACCAAGCTCCAGAGGACACAGACCAGGCCTCGTGAGGGGTCTCTTGAAGCCCTTCTTGCTTGGCTGGTGGTGGGCGGGGGAGGGAGGGTGCAGGAAGAAGCCCAGTTGGTGGGAGCATGGAACACGTCATAGAACACATCAGTGGTTCTCTCCACCTGCGTGTTCATTCCCAGCCTCCTCAGTCTCTCCCGAGCAGACAGGAGGTGGGTGGTCAGCTGAGCATCCAAAACCAGGCTTCAGCCAGTTCCTATGCAGACTCTGTTTAGGAGGTCTGGTTTCTCACTCAGGCATGTGGGTGTGCCTGACACCCATTTTTGGGGGTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGACTTCTGCTGAAACAAAGTTAGAAAGAGGCCTATTTTAACAATCTACTAGGGCTAATGCAGAGGCCTTATTTAGAGAGGCCTCATGAGCACGAACCTAGGCATCTTTTCAGTACCAGTGATCCTGAGTAGCATAGTGTATTAACTATATGCTGTTTGAAGGAGTTTTTACAATGCATTTAGTCAGAACCAGAGTGGGTATAGATTGGCACTGTATGTCTCGTGTCAACAGTGCGCTTTGAATGCCAGCTTTCCCGTGGACTGATAATGAGCACTGTTCAAAGACCTCCTTAGGCAGCTTGGGACTGTAAATTGGCTAGGAAAAATGATCCCTTCCTCCATCATCTGCGGGGAATGAACAGTGCAGAGGTTCAGAGACACTGGCAGTGTGCCAACATCCTGCACATCGTGAATTTTTTCAGGTCTATAGAATGACTGAGTTTCCTGGACCTGATTTCTTTTTTATTATATCATTAAAGTTACAAAAGGTATTTTAAATGGTAGAGGGTCCATTGTTCCATGCCGTAGAACCATGGATGTGAGTATGTGGAGTTAACTTGGCCCCTTTATGCCGTCTGGATACAGGATTATCTGACTTGTACCTTTTTGTGGAGACAATTTGTAGAAGTTTAAGCCTGGCTCCTATGTTTGGGTGATAAGAGACCTGTCACTGTCCACTTCCTTTAATTAATCTGGATACTATAAAGTTTTTGAAAATTCACATTGCCACATATTAAAGGCTTGCCCTTTTGCATAATCAAAAAAATTCAGGGACATTCTAGTAGGTGAGGGGGGATATAATATTGTTTGACATTTTGGCTACTTGAGTTGAAAAAGGACTCCACAAATATTCAAAACTGAATTATAAAACTACAAATGGAGAGCCTTGGACAACAGTGATTGTTTTACTCGTGTTTTAATTTCAGTGCCTTGCTTGGTACTTGGCATATGGTAGATATTAAATGTTTGTTTTGTTGATGACCAAAGAAGCCAATTAAGCATGAGAAAAACTTCCCAGCTTGGGCAGATACAGAGCGATAAGAATGGACCATTTAAAAATTATATTTATTGAGCTCTGTCCATTGAGTACCCTGATGAAATTTACCAGAAGGTTTTCCAAAAGGCTCAAGGTCATTCCCACTTATGTTACACTGGGCATTTGTTTCAAATGTGTGCGTTTTTCAAAATAAAAGACTCAGAATCTATGAAAAGAAGAAAGAAACCCCAGACAACGAGCTAAAAAGATAAGAAACTCAAATCAACATTGGTTAATAGAGTGATTCCTGTGGGCCTTTCAGCAGTACCTCTTCCGACCTGCTGGGGGTCAGCACATCATTCCATGTTATTTGCCTAGTGGTATGCTTGCAATTTTTTTCAGTAAATAGGCAGTCAAAGGAGCAGGAATTTAATCGCCCTTCCACACAGAGGTCTACCATGCTTCAAGCAGTTTGCATTCACATGCCCGTAAGCAGCTATCTGCTGGTTGGTGAACCTATTCAGTACAAGAGAAAACAGATGTCTGGTCTTCCTGCCAAGTCCCTTTCTTGCATTTTAGGAACCATTCCACACGCACAGGGAGGTTTTTGTTAATTTCTTTCAGATGATGACTGAGTGCTTTACACCACGTGGGACCTCTGAGCCCTACTTTTCTACTCAAGTGAACATTAGTAGCCATTTATCCCTCTCATGGCCAATGTGGGATCTAGTTTTCTACTTGTTAGAGAAGCCATTGAACCCTTTCCACGCCTTGGGATATAAAGAGGCCTATTGGCCGCATTTTTATGTCTGACCACCCATAATTTACAGAGTAATTGTTTTTTCAGACATAGCATTGCATGTCATAAAACAGAATTACGGTTGTCCCTGATTTAAAGGCGCAATATTGCCCTTATTCAAGAACCACTCCCCTTACTACAAGTACTGTATGTTCTGTTTACTATGAATGTATCATGATTAGAACACAGGGACCCTTTTTTGGTGATTAGATATTTTTGTGGCCATTGCTGCCAGGTTGGAATTGCTTCTCATTTTTGTTTTTTTATTTTTTTAGTAAAACTGTATGCAGAAGAAGTTGACCGTTTGAAAAGAAAGATAAATAACATTAGCCCTGGAGGTCATTCCAATGAAAAGAGCTAATTGACTGACCTTTTGCTATTGAAAACAAATGCATTAAAATCATAGGAAATACCTACCTATATTTAGTCTACCTTATCTACCTATCTTAGAGTGGGTTGGGAGCTCAATTTCTGGATTCTGATTTAGCGCTTTTAATTATTTTTTTCCTCATTGGTAAACTTTCAAGTTGAATCAGCATTTTAAAGAATAATATTTCAATAATTTAATAATTATATTTAATATTAAATATTCATATTTAATATTTAATAATAATTGATATTTTAATCATAGCCAGTAAAACACAGATTTAGAAAGCACTTAGTTACCTTACATTGTTAGTTCTTTTGAAAATACTTCACAGATGACAAATTCTATGAACATTCTTAAACAGTCTTAAATGTTCATCATTTAGATTTTAATAATTGTAAACCAAAAGGAAAGCTCATGATGTTTATGATACATGTTTCTTACATAACATTTCTGATGCCATATCTTTGTCCCAGGAGTGTTTTAATGCTCCTTAATTAGGGAGTTCCCAGCTTCTCTGAATCTGACTAAGCATGATTCAGAAACCTTTCTAATAAGATAGGTGTGATCACATCACTCCCTTGCGTCTGTGCCTCAGGAAGCTTCCCACTTTTTAGGGCATGGCTTTCTAGCTGTGGTTCCCCCTTCCTGGTCCTACCCCCTCACCCACCAGAGTACCTGAAATTACAGAATAAATATGGCTTATCTCTCTGGAGTATCATTATGACTCCAAAGTATTAGGTCAGAAATATTGTTCTATATTGAAACAAATAGAGATAATTAGGGAGTAGATTGCAACATTCACATACCTTCCCCCCCCCCCCCCCCAGATAAAGCACAAGGCTTCAAGGAAACTGTGCAGCCTTAGCAAGGCTCCTTTCTCCATTGCCCACACACTGCACGAGACATAGTCATTCTCTTTGCTGCTGCACTCCTTAAGTGGAAAAGTTTAAGCAGGAATGACTGACAAAAAAGTCAAACTCCTTGGATAGCTTTTTACAGTCTGGTTTTCAGCCTCGTGCCTTATGCGTGTTTCTCAGGTCTCAATGTCATGCTCCCTGAAAAGTGTTCCCTACTAAAGACAAGCTGCCCTGTGTGTTCTCCCATTGGGATTTGTACGCGTCTCCATTACAGCATTCATTTCGTGTGTTTCTATCTCCCCAGCTCCAACTGTAAACTGTTGGAACACGGGACTGGCATCATAATTATTGTGTAAGAGGGTCTGGAATGTGCAGGATACACTGTAAATGTTATTGGACTGTGTTAGGTTACAGGGCCCCTCAGTACGCACCTTCAGAAAGAAAGGATCCCATCTGTGTTTGCCAGCTAAGGACCAGATTTCCACAGGAACAAATACAGTCTTATGCACTCCATGAAAGCTTCAGGGACTTAGGAGATTAGAGCTGACATGCGGTAGCTAATTGAGAAGCTGTGCAATTAAGTGGGCGAAATTGAGGAGGTAGTGAGTGAAGTAGAAATAAGGAATGGAGATTTTACCTCTTAGCCTACCTCAAAAGAATTGAAAAATTTGATACATAAGAACATATTGTTTTCCCCCTTATTTTGAAGCCTTTTATCTATTGTTATGCATTTATTAAATCACTCTGCAATTTTTATATATTAAAGATACACTTTATGTAATTGTCAGTGGGAGATTTTGCTCTGCGTAAGGTAATCAGTGGTACCACAATGACTTTGGCTCAGAGGTTAAAGCATCTGCCTCCAATGCAGAAGACCTGGATTTGATCCCTGGGTCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATAGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCTCATGGAGGAGGAGCCTGGTAGGCTACAGCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGATACGACTGAGCAACTTCACTTCACTTCACTTCACAATGACTTTAATTTCAGCCAGAAGCAAGGTTAGTAGCCATTTTTATTTAGTCTGTCAAGGGTTAAGGAGATTAAGTTTTTGGCTTACTATTGAACATTTGAAAATTTTTGATATTTTTTTTATTGGACCCAACTGCGCCTGACACACCTCCGAGAAGCTGGGAGCTTCTGCTCATTCCTTTGGGACTGGGGGTTGCAGGCTGCCTTCTGTCAGAACCAGGAGGTCACAGAGAGTACTTTTTGCCCATAGTTTCTCAGTCTGTGGTAACTTTAATTCTTGGAACTACCAGGGTGTTTTACCCTTTTCTGGGATACCAGATTACTGTTTTAAGTCTTACAACTTAGGTATAGTGTGAAAGATCAGTACTCACTTTTACTTGCAGATTATCTAAAAGGAGAAGTTTTATTTCATTTTTAATTAATGACAGAATAACATTTGATAGTAGAAACTTTGTACAAATCCAAACATTTGTATACTTCACATATATTTTTCAAGTACTGTACTTCACATATATTTTGAAAATCTAAAATATGACGAGTGCACTTTTCTGAGGCCTAAGACTAAAACATCAATTAATGACTTTGCTAATAGTGCTTGTTGGGCTTCCCAGGTGGCTCATTGGGTAAAGAACCTGCCTGCAGTGCAGGAACATGCCAGAGGTATGGGTTCAATTCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGGAGGGCACAGCAACCCACCTTCATGTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGAACCTGGCGGCTACAGTCCATAGGTCACAAAGAGTCAGACACATCTGAAGCGGCTGAGCACGGCACAGTAGTGCTTGTTAAAATCATAAACTTGCATAGTTCAATATGTAAAGATACAGTTGATTAATAATATCAAAGGAAAGCCTATTTTAAAGTTAAGACCATCCTAATCTCATAATTGCCATGGTGAATTTTTATTTGCTCAGAAAATACTCCAGTTGTCATGTAAGCTTATTTCCTCATGATTTAACACCAAACTCTTCGTAAATCAAGATACTTGCTGTGAGAACCCCATGAACGTATAAAAAGGCAAAATTATACGTAGCAGTTACTGATTCTCAGAAAACTCAGTTCTTATCTTTGATTTCAGCTGATTTTACTTCTGCAATGGAAGGGTGAGTGGGAAATGGTCTAATTGTTGTTTCTTAGACTTTCATATGCATTTGTACTTCCTGAAGATCTTGTTAAAATGCAGTTTCTGATAACATCAGTCTGAGATGGGACCTGGGATCCTACATTTCTAGTAAGCTTGCAGGTAATTCCATCACAGCTGGCTCCTGGATCACTCTTTGAATAGCAAAGATTTCCCAGAATGCCCTACCCCCTTCTACACTTGAGTTTAGCTTTATCCAGATTCTAAAATTTGCTCTGCCTCTAGTCTTTCATTTTGTATGGCTTTGTAGGTTTTTTATTTTTGTTAACTTAAGAGCCCTCTATTTTCCTTTGGTGATCACAGATCAAGGTAGTAAGGACTCCACCATAGAGCAAAAGAAGGGAATTTGGGCAAACCACCCCTGAATTTTGGATGACTTGGTCCAGAATCCATCATGTGTCTCTGGATTAAATTATTAGCAGTAACCACCATCTGTGCAATAGTGTGCCCGAAATGGGCTCCTAAAAATAGTAGTGGAGTCAAGGTTAGTTATTTTGCAGAACACTGCAAATGGCTGAGACTTGTACTTGCATGAGGGCATCCTCTCCAACTTAGCAGTGCCTGCCAGCACTTCCACTTCCAACCTGCCAAGAATGGTTTGGTAGGCTCGTGACTGACCTGCCCAGATTGTCCAAGCTTCAGACACTGTTGTTGAGTGTCCAGGGTGACTTGGGTGTTCTATAGCAAGTGGTCTCACTTGCTAGTACTTTGAAGGGACCTGAACTCAGAGAGTGGCTAAGTAAAAGTGTGTTCATGTAAATATCTCACCTTGTATTAGAAATTAACAGATAATTCTCTGTTCCATTTTAG
Seq C2 exon
CAACAGGAACAAGATCCTACCAACTTGTATATTTCTAATTTGCCACTGTCCATGGATGAGCAAGAACTTGAAAATATGCTGAAACCATTTGGACAAGTGATTTCTACAAGGATACTACGCGATTCCAGTGGGACAAGTCGTGGTGTTGGCTTTGCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005180:ENSBTAT00000006826:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.290 A=NA C2=0.396
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(38.8=83.9)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=PU(65.7=83.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]