GgaINT0046216 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011132 | O73664_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:23319772-23332134:+
Coord C1 exon
chr7:23319772-23319863
Coord A exon
chr7:23319864-23331976
Coord C2 exon
chr7:23331977-23332134
Length
12113 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGTTTTTTATTTTATTTCAGCAA
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATGGTTTTGTGGACTTCGACAGCCCAGCAGCTGCTCAGAAGGCAGTTTCTGCTCTAAAGGCTAGTGGAGTCCAGGCACAAATGGCAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CAACAAGAACAGGATCCAACAAATTTATACATTTCCAATTTGCCACTTTCAATGGATGAGCAGGAGCTTGAGAACATGCTTAAGCCTTTTGGGCAGGTTATCTCTACGAGGATATTGCGTGACTCGAGTGGAACAAGCCGTGGTGTTGGCTTTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011132:ENSGALT00000033119:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.242 A=NA C2=0.236
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(38.8=83.9)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=PU(66.7=83.0),PF072716=Cytadhesin_P30=PU(0.6=1.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]