BtaINT0123480 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000044062 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr22:4670336-4695113:+
Coord C1 exon
chr22:4670336-4670463
Coord A exon
chr22:4670464-4694949
Coord C2 exon
chr22:4694950-4695113
Length
24486 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
CTCCTCCATTGTTTTCACAGACC
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGTTGTGGCTGATACCTCTCCCCAGACAGTGGCACCTTCGTCCCAGGACACGAGTGGTCAGCAGCAGCAGATAGCAGTGGACACAGCCAGCGAGCATGCATCTGCGTATTCCTACCAACAGTCCAA
Seq A exon
GTAAGTGCTGGCCGTGCTAAACTCTGTCCCTCCAGATCTGCCATCTGGACTTCACCCTCTCATGTGGCATCTGCTGGCTTTAGCTGCGGTAGAGACCATGCCAAAGCCAAACTCAGTGACAAAAATTTAGTTCATGATTCTGCGGGTTGGCATTTGGGCGAACTTCAGGCAAATGCTTCTCCTGCTCTTGACGGGGCTTGTGTGAGCATCTGGGCACAGCAGCTGAACATCACAGTTCTGCTTCTGGGCGTCGGTCGTCTGATGGCTGTGGGATGGATAACATGGAGCCAGGTGACGCTGACCATGGAAGTCTCAGAATTCAGAAAACAGCAAGAGGTGCCCAGATGACCAGCATGTTTTCAGTCCCATAGGCCAAAGCAAATCATCTGGCCAACCCCAAAGATAATGTAGGAATTCACTACCAAGAGGAAGGGGCATTGTAGCCATTTTTACAAAACAATTCTATCACATATACTTTTGGAAAAACTGCAGTGTTCCCACTTGACACTGCAGTGTGCCTGAACTGTGGTCTTGGTGTCATTCTTAAACGAAGACAGCAGCATGCCCCTGGCAAGAGTGCTTCAAGCTTACCCAGCAAAACAGTTTATGAAAATGAGTATGGAGAAATATAAAACCATATGGAGTAGAGATTCAGGAATTAAATGGCAAAGCAAAAATCAGAGAGTCAGAATTACTGCTGACAAGCCTTAAGTCACTTAGAAAGCCAAGTACAGTTGGCTTTGTGTGGAATATCATGGAGATTAAAATTTGAGTGGTTTTGATGGAAACCGAATGAATTAACAGAACTTCAGTCTATATACAGAAGTTCTCTCATGGTAACTGTTCTACTTTGTAGGTGATGGTCAAAGCCCTGCTGGATAAAGAATTCCCAAAGACTCTTCCTGTTTGCAGAAGAGTGGTGCAAATGAGTGGTGCTCATTTCTTGATCATAAGTTTTCTTTGCTCTCAATTCACATTTAGCGATTTGTTGTTAAAAGATTTAATCACGTTAATGGCACCTTCTGTATGTGGTTTCACTTCTCAAGTGGACCCTCCAAATTAAATGTGCTAGAGGAACAGTCCCCAGCCTTTTTGGCACTGGAGACTGGTTTTGTGGAAGACAGCTTCCCATGGATGGGGAGGGGCAGTGAGGGGGTGGTTACATTCACTGTGTGCTTTATTTCTATTATCATCACACTGTCATATATTTACACAACTCACCATAGTGCAGAATCAGTGAGAACCCTGAGCTTGTCTTCCTGCAACTAGACAGTCCCTTCCGGGGCAATGGGGAATGGCTATAAGTACAGATGAAGCTTCGTTTGCCACTCACCTACTGCCCTGCAGACCGGTTCCTAACAGACCATGGACTGGTACTAGTCTGTGACCTGGGGGTTGAGGACCCTGGTGCTAGAATATGACTTAACCTTACAAATACAAGGTATTATTTTATCATTACTGCTACTACTACTATCAATATTATATAATGATTTATATATATATAAATATATAAAACTTTCAGGAAATACCTATAGCAAATAATGCATTTTGGTTTTTTTATTAGGTTTTTAATTTTTATCTTATATTGCAGTATAGTTGAATGACAATGTGTTAGTTTCAAATGTACAGCAAAGTGATTCAATTTTACTTACACATATATCTATTCTTTTTAAAATTCTTTTCCATTTAGGTTATCACAGAATATTGAGTAGATCTCCCTGTGCTATACAGTAGGTCGTTGTTCCTCATCTGTTTTAAATATGTATATGTATATGTCCATGCCAAACTCCCAATTTATCCCTCCCCCAGCCACCATTTTCCCCTCTGGTAACCATGAGTTTACTAAGTCTGTGAGTCTGTTTCTGCTGTATAAATAGGTTCATTTTTATCATTTTTTTAGATTGTGCTAAACTACATCATCTGCTATTTGTCTTTCTCACTCTGACTTGCTTCACTTAGTATGATAATCTCCAGTTCTGGCATGTTGCTGCAAATAGTTTTTTTTCATCATTTTAATAGCTGGGTAATGTTCCATTGTGTATATATGTGCATCTTCCTTATCCACTCATCTGTAGATGGACATTAAGGTGCTTCCACGTCTTAGCTATTGTAAACAGAGCTGCAGTGAACACAGGGATGCATGTACATTTTTGAACCATGCTTTTCTCTGGATATAAGCCCAGGATTGGGATTGTTGGGTATATGGTAGTTCTGTTTTTAAAGAAATATCGATGTTGTTTTCCACAGTGGCTGTATCAATTTACATTCCCACCAAGAGTGTAAGAGGGTTTTCTTCACACCCTCTCCAGCGTTTATTGTTTCTAGACTTTGGATGATGGCCATTCTGCCAGCTGTGAGGTGACATTCATTGTGGTTTCTACTTGCATTTCTCTAAGAATGAACACTGTTGAGCGTCTTTTCATGTGCCTCTTGGCCATCCATCTGTCTTCTTTGGAGAAACACCAGTGTAGGTCTTCTGCACATTTTCTGATTGGGTTATTTTGTTCTTTTTTATATTGAGCTGCATGAGCCATTTATATACTTTAGAAATTAATCCCTTTTTTGGCCACATCATTTGCAAATATTTTCTCTCATTCTGTGCATTGTCTTTTTATTCTGTTTATGGTTTACTTTGCTGTGCAAGAACTTTTGAGTGTAATTAAGTCCCATTAAACAATAATGGTTCAATATGGGAAGGTTGTACCTTTCTAAGAATTTGCCCATTTTTTCTAGGTTGTCCATTTTATTGGCATATAGTTGCTCTATTTATATTTGCTTTTTGCATCTGTTATTTTAGAAGATGGGCCAAAAAAGATATTGCTGCGATTTATGTCTGAGTGTTCTTCCTATGCTTTCTGCTAAGGGTTTTATAGTATACAGTCTTACATCTCTGTCCTTAATTCATTTTGAGTTATTTTTGTGTATGGTATTAAATAATGTTCTAATTTTGTCCTTTGCATGTAGCTGTCCAGTTTTCCCAGCATCATTTACTGAAGAGACTGTTTTTTACCCGTTGTAAAGCCTTGCCTCCTTTCTCATAGCTTAATTGATCACACGTGCATGGGTTTACTTCTGGGCTTTGTCACCTGCTCCACTGATCTGCATTTCTGCTTTTGTGCCAGTACACAGCTGTGCAGTGTAGTTTGAAGTCAGGGAGCCTGATTCCTCCAGCTTCTTTTTTCTTTCTCAAGGTGGCTTTGACTACTTGGGGCCTATTATGTCTCCATACAAGTTTTAAGATTGTTTTTTGTTCTAGTTCTATAAAAATGCTATTGATAATTTGATAGGCATTGCATTGAATCTCAAGATTGTCTTGGGAAACATAGTGATTTTGACAATATTGATTCTTCCAATTCAAGAACATGGTATATATGTATCTCTTCATCTGTCAATGTCATCCTCAATTTCTTTCATCAAAGTGTTAATAGTTTTTGGAGTACAGGTCTTTTGCTTCATTAGGTAAATTTATTCCTAGGTATTTTATTATTTTTGATGTGATGGTAAAAGGAAGTGTTTCCTTAATTTCTCCTTTTGATCTTTCCTTATTAGTACATAGGAATGAAACAGATTTCTGGGTATTGATTTTGTATTCTACTTTAACGAAATCACTGATGAGCTCTAGTAGTTTCCTGATAAAATCTTTGGATTTTCTGTGTTTAGTATCATCTTATCTGCAAAGAGTGATAGTTTTACTTATTTTCTAATGTGGATTCCTTTTATTTCTTTTTATTTTTCGACTAATATATCTAGAACTTCCAAATTCTGTGGAATGAAAGTGATGAGAGTGGGCATCCTTTTCTTGTTACTGATCTTAATGATGAAACTGAAAGCATTTCCTCTGAGCATGATGTTAGCAGTAGATTTGTCATCTATAGACTTCATTATGTTGAGGTATATTTCCTCTATGCCCACTTTCTGCAGAGTTTTTATCATAAATGGGTGTTGAATTTTGTCAAAAACTTTTCTGCATCTATTGAGATGATCATATGGTTCTTATTCTTCAATTTGTTGATTTATTTGCATATATCAAAGAAACCTTGAAACCCTAAGATAAATCCCACTGGATCCTGGTTTATGACCTTTTAATATATTGTTGGATTCAGTTTGCTATCTAGTATTTTGTTTATGATTTTGCATCTACGTTCATCAGTGATATGGGCCTGTAATTTGCTGTTTTTATGGTGGTATTACCTGGTTTTGGTATCAGGGTGATGTTGATCTCATAGAGTGAGCTTGGGAGTGTTCCTTCCTCTGCAATTTTTTGCAATAGTTTCAGAATAGCCATTAAGTCTTCTATAAATGTTGGATAGACTTTGCTTGTGAAGTCATCTGGTCCTGGACTTTTGTTTCTTCAGAGTTTTTTAATCACAGTTTCAATTTCAGTACTTATGATTGGTCTGTTCATATTTTCAGTTTCTTCATGGTTCAATATAGGGAGATTGTACCTTTCTGAGAATTTGTCCATTTCTTCTAGGTTGTCCATTTTATTGGCATATAGTTGCTTATGGTAGTTGCTTATCCTTTGTATTTCTGTGGTATCCACTGTAACTTCTTCCTTTTCGATTATAATTTTATTGATTTGAGCCCTCTTCGTTTTTTTTCTTGATGAGTCTAACATTTTATCAGTTTTATCTTTTCAAATATTGTTTCATTTATTTCTCCTCTGATCTTTATGCTTCCTTTCCTTCTACTAACTGTGGATTTTGTTTGTTCTTCTCTCTCTAGATGCTGTAGGTGTAAGTTTAGGTTGTTTTAGACTTTTCTTGTTTAATGAGGTAAGATTGTATTGCTATAAACCTCCGTCTTGGAAATGCTTCTGTTATGTCCCATAGGTTTTGGATAACTTTGTTTTTGTTGTCATTTGTATTTATATATTCTTTTATTTCCTCTTTGATTTCTTCAGTGGCCCTTTGGTTGTCTGGTAACACATTGTTTAGTCTCCACGTGTTTGTGCTTTTTTATAGTTTTTGACTATAATTTACTTCTAATATCATAGTGTT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Seq C2 exon
ACCATAAACAAGACTGAAGAATGTCCGTCTGAAACTCTGCCTTGAATGAAGAAACTTCATTAAACAAGAAGTTGGCTTCCAGTTTTGCACAGGCGTCGATGGAATGCTGTTTTGTTTGTTTTTTTAATTTTCTACTTTACCCAATGAAAACAACATGTTTTTAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000044062:ENSBTAT00000061510:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]