BtaINT0130679 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018133 | SEMA3A
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10723]
Coordinates
chr4:36628085-36636668:+
Coord C1 exon
chr4:36628085-36628243
Coord A exon
chr4:36628244-36636605
Coord C2 exon
chr4:36636606-36636668
Length
8362 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
TGTTTCTTTTCTGCCCTTAGATT
3' ss Score
11.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATGTTGGAATCCAACAATGTGATTACTTTCAATGGGTTGGCCAACAGCTCCAGTTACCATACCTTCCTTTTGGATGAGGAACGGAGTAGACTGTATGTTGGAGCAAAGGATCATATATTTTCATTCAACCTGGTTAATATCAAGGATTTTCAAAAG
Seq A exon
GTACCTTTATTCTGATATATGGACTATAATTTTAGTGAAACAATTTAAGTTATACAGAATTTTCTAGCTATTTAATTATGTGACAACTGAAAAACTTATTCAAATTAATATTTTGTCTTTTCAGACACATAAAATTAAAGCACTGATTTGACTTTTATAAATCAATATATATAGTAAACCATAAAAATCATCGAGAAGGAAATTGTAGTATTTTCGGTGATCATTATAAGAAATGCTAACTTTAGCTTATTTTTCTACAGTGGTATCATTTTTCCTGCATACAATTAAATACCTAAACCATTTTAGAAATGTATAATAATTGATTTCATATACTAGGTATATGTGTATATATATTTATATATAATTTATGCATCTGTCTATATTGCCAAAAAATGCAAACTTCATCAATCATTATATACATCTGATGTGTCACTCATGTTTGTAAAGTTTATTATTAATGGAACACAGTTACTCTTAATTCATTTACATATTGTCCCTGTCTGCTTTTATTCTACAATGTCAGAGCTGAGTAGCTGTGATAGAAATCATCTGGATCAGAAAGCCTGGAATATTTACTATCTGGCCCTTTAAACAAAAAGTTTGCCAAACCTTGATCTGGGAGATTGGTTTTCAGTGTTGAATTTTTGCAAATGTGGTCATTTAGATGCTAGTCTTTATCAGTTTTTAATACACATTATAAAAAGTATTATTAATATTTTGGTATTTATTACTTATTTAACTAATACACTATATAGGTTGGAAAATAAACATGGGATGACAAATTAATGGAAATTGTGCTACTGAGTCTATATGCTGTATTCTGAGTCAAACATTTATTTTTTCAGTTAGTATTTCCAGTCTAAATTTTCTGAGAAACAGAGATCTTTTTCCAAGCTTTCCCAAGAGTGCAAATGTGACATGCTTTTTAGGATGCATGCGTGCATGTATGCTTAGTCACTCAGTCGCGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGGACTGCAGCCCGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGAATTTTCCAGGCAAGAATATTGGAGTGAGTTGTCATTTTCTACTCCAGGACATCTTCCTGACCTGACCCAGCAATCAACCTCTTATCTCCTGAGTCTCCTGTTTTGGCAGGTGGAGTCTTTGCCACTAACCCACCTAGGAAGGCCTTTTAGGGTGCATTGCTGTTGTTCTTTAGTGGCTAAGTCCTATCCTACTCTTTTGTGACCCCATGGACTATAGCCCACCAGGCTGCTCTGTTCATGGGATTTTTCCAGACAAGAATATTAGAGTGGGTTGTCATTTCTTTCTGGGTCAGGATATCTTCCTGACCGAAGGATCCAACCCACATCTCCTGCATTGGCAGGTGGATTATTCACTGGTGAGCCACCAGCGAAGCCCCTTTAGGGTACATACACTTCAGCACTTATACATGTATTTATACACCTAAGTATCATACATAGTTTTACTTCTTAATACTGAGGGTTTTAAAGTGGTGTGTCTCAACTTCTTATAAACTGTAATGAACTGGACAATAAGTTTTTAAAAATAACAGAATTGTAAAAAGCTTTTGTTCTGTTTGCAGAATGTTGCCTACGATACACTAAAGATTTAATTTCAGGGCTGATTTATTTCTAATAGAGTATACCAGTAAACCTATAACTTTTATTCTGTTACCCAAACCCTAAAATTCTGACTGTGAATTAAGAAATTTGATTTTTGACATACAGTCATAAAACAGCAGTGCCCTTACTGATATATTTTGAAATTAAAATATGGCATTTAATAATCACCTTGATTTCTTCAGTCTATTTCCTTTATATATATATATTTATATATATATATATATATATATATATATATATCAGTCTATTTGATTTTGAAGCCTCCTCAGATGATAGCAATATCCCTAAAGTTATCTATTATCTAAAGAAATGAGTTATCCATTTGTTTTTCTGAAATGATAAAAATACTTTACATCTTTTGTAAAGGTCACAAAATAAGCAGGTTTTTGTTGCTTTAGTGAAAGAAAACCACTCTTTATAAAATGAAGGAAAATCTAAGATGATTACGAAGACTACATATTTTAGTAATAAGAGACTATACAGTTCACATTTTAAATGTTTATAGAATTTTCATAATTCTATAAAATCCATATATATCAATATAAATATATGTGATATATATCTACATAGACAATATATGAGCAGGTGTCACTTCAAAATATGTTTAATGTATTGATTGTGTTTCTTCTGAAGGAATATTCTTAATTTGATATATATATACATTAAGTTCTAATATTGAAAAGCACTAAATTGTCATATAAAACAATTTACTATTCTACAATTGAGAAAAATCCTGGAGACATTTTTATGCCTGGGATATATCATTTATAGCAAATATTTGCTGAAAAATGGATTCAGTAAAAGTTCGGTGACTTGCCCAATATCATAGTCTTCTTACTATAGCTCCTACTCTTGATTCAAATCATTATTCTGTAATATGAGACATATTTCTAATTTTAAACATCAGTTTCAAAAATATTTAATTGTCACACTGTTTATAAGATAAATACAGTTTTCTTAAGGATTTACTTCTGCTTGTTTATATTTGTCTATTAATGCTCTTTTAACCTATGTATAATGTTATTCAATAACTTTTTTCCTAAACCTCTACTTAGGAATAAAATCTGTATAAAATAAACTCAGTATAAAATCTGTAGGGGGTACAAATAATTCTTGAGGCACTTACAAGATAATATTAAACTTGAGATGTATGAATTTAAGGTGAATATTAGGCCAACCCTTGTTAGAGAGAAAAACACAGTCTCAGGTTTCAGTTTAGTTCAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGAACTGCAGCACTCCATGCCTCCCTGTTCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAAACTCACGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATCCAGTCATCTCATCCTCTATCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAATTCTTCACATGAGGTGGCCAAAAAATTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAACACCCAGGACTGATTTCCATTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTTCAGTCCAAGGGACTCTCAGGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGCGCTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGAAATAAGCGTCTTTTAATTCATGGCTGCAATCACCATCTGCACTCAGGTTTAGATGGACCATAAAAAACGTATTTGGCCTTGATAAAGGCTTACATCTCTTTAAGGTGAAAATGCTTATTCGATAATGAGTAAGAGGAGCTACCATGGATAAATGTGTAGAAACATAAAGAAGGGAAAGTCAAATATGATCATGAAGCACTTTGAATATGAGGGTAAGAAATATAAGCACTATTAATGAGATTAATTAATGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGTGGAAAAGAAACTACCTGCCAACACAGAAGACACAGGATCAATCCCTGAGTTGGGAACACCCCCAGGAGAAGGAAATGTCAACTCTATAATTCTTGCCTGGGATATTCCAAGGGCAGAGGAGCCTCCTGGGATACTATCCATTAGTTCACGAAAAGACCTGGGCATGACTTAGAGACTAAACAACAATTAAATTAATGAGAAATTGTAGAGCAAGGAAAAGAAAATATCAACAGGTTAATAAATCTAACCAAAAGTTAGGAATTATCCTTCATGGAAATAAATGCTATTAAAAAGACAATTTATATATTTGCTCTATTAACTTATAGTTATTCTCATTATATTGCTTTCCAAAAGAGCACTTTCTACACCAGAATTTATTTATTTATTTTTCATGTTAGATATTTAAGCCATTTTTGTTCACCCTGGTCTGTAATAAGTTGAGACTACACACCCCTCGGGAATGCAAAAGTAGGAAGTCAAGAGATACCTGGAGTAACAGGCAAATTGGTGTTGGAGTACAAAATGAGGCAGGGAAAAGGCTAACAGAGTTTTGTCAAGAGCATGCACTGCTCATAACAAACACCCTCTTCCAACCACACAAGGGACGACTCTACAAATGGACATCACCAGATTGTCAATACCAAAATCAGATTATATTCTTTGCAGCTAAATTAGAGAAGCTCAATACAGTCAGCAAAAACAAGACTAGAAGCTGACTGTGGCTCAGACCATGAACTCCTTATTGCAAAATCTGGGCTTAAATTGATGAAAAAGTGAAAAGCACAGGAAAAGCAAATGTTTCATTTGAGCTAAATCAAATCTCTTGTGATTATACAGTGGAAGTAACAAATAGATTCAAGGGATTAGGTCTGATAGAGTGCCTAAAGAACAATGGACAGAGGTTCATGACATTGTACAGGAGGCAGTGACAAGACCATCCTCAAGAAAAAGAAATGCAGAAAGTTAAAATGGCTTTCTGAGAAGGCCTTACAAATAACTGAGAAAAGAGGAGAAGCTAAAGGCAAACAAGAAAAGGAAAGATATACCCATCTGAATGCAGAGTTCCAAAGAATAGCAAGGAGAGATAAGAAAGCCTTCCTCAGTGATTAAAGGAAAGAAATATAGGAAAGCAATAGAATATGAAAGACTAGAGATCCCTTCAAAAAAACTAGAGATAACAGGGGAACGTGTCATGCAAAGATGGGCACAATAAAGTACAGAAACAGTAAGCACCTAACAGAAACAGAAGAGATTAAGAAGAGAAGGCATGAATACCCAGAAGAAATAGGCAAAAAAGATCTTAATGACCCAGATAACCATGATGGTATGATCACTCACCTAGAGCCAGACAACCTGGAATGTAACGTCAAGTGGGCCTTAGAAAGCATCACTACAAACAAAGCTAGTGGAGGTGATGGAATTCCAGTTGAGCTATTTCAAATCCTGAAAGATGATGCTGTGAAAGTGCTGCACTCAATATGCCAGCAAATTTGGAAAACTCAGCAGTGGCCATAGGACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCCAAACCCAAAGAAAGGCAATGCCAAAGAATGCTCAAACTACCACACAATTGCACTCATCTCACATGCTAGCAAAGTACTGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTGAACAGTATGTGAACTGTGAAATTCCAGATGTTGAAGGTGGATTTAGAAAAGACACAGGAACCAGAGATCAAATTGGTAACATCTGTTGGATCATAGAAAAAGCACAAGAGTTCCAGAAAAACATCTACTACTTTACTGACTATCCCAAAGCCTTTGACTGTGTGAATCACAAAAACTGTGAAAAAATTATTCAAGAGATGGGAATACCAGACCACCTGACCTGCCTCCTGAGAAATCTGTATGCAGGTCAAGAAACAATAGTTAGAACCAGACATGGAAAAACAAACTGGTTCCAAATTGGGAGAGGAGTATGTCAAGGCTGCATCATATTGTCACCCTGCTTATTTAACATATACGCAGAGTGCATCATGTGAAATGCCAGGCTGTATACAGCACAAGCTGGAATCAAGATTGCTGGGAGAAATATCAATAACCTCTGAATGCTGATGACACCACCCTTATGCAGAAAGGGATGAAGAACTAAAGAGCCTCTTGAAGAAAGTAAAAGAGGAGAGTGAAAAAGCTGGCTTAAAACTCAAAATTAAAAAAACTAAGATCATGGTAAACGATACCATCACTTCATGGCAAATAGATGGGGAAACAGTGGCTGACTTTATTTTTCTGGTTTCCAAAATCACTGCAGATGGTAACCGCAGCCATGACATTAAAAGACACTTACTCCTTGGAAGAAAAGCTTTGACCAACCTAGACAGCATATTAAAAAGCAGAGACCTTACTTTTCCAACAAATGTATGTCTAGTCAAAGCTATGGATTTTCCAGTAGTCATGTATGGATGTGAGAATTGAACCATAAAGAAAGCTGAGTGCGGAAGAATTGATGCTTTTGAAATATGCTGTTGGAAAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGTAAGGAGATCCAACCAGTCAGTCCTAAAGGAAATCCATCCTGAATATTCATTGGAAGGACTGATGCTGAAGCTGAAATTCCAATACTTTGGCCACCTGATGTGAAGCACTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGAGATTGAAAGCAGGAGGAGAATGGGATGACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACCGTCTCGATGGACATGAATTTGAGCAAGCTCCAGGAGTTGGTGATGTACAGAGAAGCCTGGCATGCTGCAGTCCATGGGGTTGCAAAGAGTCGGACATGACTTAGTGACTGAACTGAACTGAACTGAATACACCCCTCTAAATTATAAGAAAATTTAGCATGAATGTTAGCATGATTACTTTTTTGTTAATAATGACATAAGAGAGAAATCTAAAAACGAGTCCTATGTTGTGTCAATGACATCTATGAAAAACCAGGAAACTGCAAGAAAACAACCTGCCTTTTTGAATTAAAAAAGGTATCTATTTTAATAATACATGATTTTTGCACAATCTGTCTGAAAAGCTGAATATGAAAGTCAAATCTTAGCTCTGCTATTTATTATCTCTGTGTTCCAGAGAAAATTTATATTTGATCTTCCTCCATTGTTAACTTTTAAGGAAGAATAGCTCACTTGGCTTTTCCATATTCAGTGAGAAGACAGGGCTGTGGAGCCTGTTGACTGGAGGTGCAAGCCCTTATTCAAGAATCAGAGTAATGTTAATTGTAAGAATGTAAGGCTTGTTAATTAAAATCATGGTGACTGTATTCTTCCTTTGTAAAAAATTTATGAAATTCCTTTGTGAAAAATAAAACTTATGATGCAAATTATATTATAGTATTTTACATACACAGACATACATGAAAAGTATATCAAAATGAAAGGATTACATAAATTAAGTGCTTTAAATGGTAAAAAATAAATACATATAAAAAAATCTTTAGAGTTTTTCATTGTGACATGGACCTGAAATCCACTTGCCATGTCAACATAATTTATTTCAATAAGTCCTAAATTCTTATTTATAAATGCATTGCACTTTGCCTTTATTCCCTAGATTATCACAGCCTTTGCTTAAGTTTATGACCATTTATATTGAATTATCTAGAGGTTCCCAAATGAATGATAATCATTCATTTTGAGACTAAAAGCTTTCTAGCATACATGAATGACTAACTGCCATCATCTCTGAAATTTTCTTTTACATATGACTTTTTTCCCCCTGAAATTAACTGTTGTTACCAGACAAGAAAGAGGAGTTTAAAAAAATTAAAATTGCTATGCCCAAAAAGATAGGAGTCATTGAAATTGTTCAGGGGAACTGAAAAAGTTTATGTTAAACTTTAGATGAGGATATTTTAATTAATATTATTGAGGGAAATGCATCTACAATCCTTTAAGCCAAGAGTTGAATTGATTTACCTACCAGTGTCCCTGTATTCAAATCATACAGGAAACTTTGGAAAGATGATGACCAAATATTAGGGATGAAAATGCAAAGTTATTACTCAATCTGAGTTTTACCCACAGTGAGGTGGGTGATTTTTTTTTTTTTTAAGAGTATCTGTTTCCTCATTTCCTCCTTTATCTCTTGAACGTATGCAGTGCTACTGTTCACCCATTTTCCTTTCAAAAAAAAAGAGAAGAAAGATTCCTTTCTAAAGTGGATTTCTCTAACCCTATCAGTTGCTCATTCAAGAATGTCATGCTGAGATCTGACTTATGGAAATGGATCCAGAGCACCTGATGTTTAAATTTCAAAATCAATATCACTATTTTATGATAAAAACTGATTCATTGAAAAGAATGCAAGCTGCATTCTGTGCCTGTTTCTGTCTCTCTTCACTAGATTCTCATGTGGTCTCAAGAAGATCTTCCACTCCCAAACTATCTTACAGTTCTTTCCATCACACACTGTTTAGATCTATTGACTACATAAATTTCTGTGTTGCTCAAATTTTGTTTATACAGCAAAACCTAACAGGTAGAGAGTATATGACTCAAGTTCATGCTAATTATCTAATGCCACTTTAAAGTCTACACTCAAAGTCTCTTGCCAATAATGCTTTCTGGAACTTTCTTTGTCTCAGTTGCCCTACTTGATCTAACAGACTGTAATGTTGGATCTCTTAGAAAACTTAACTGGCAGAAAATAATGTTTCTTTTCTGCCCTTAG
Seq C2 exon
ATTGTGTGGCCAGTATCTTACACCAGAAGAGATGAATGCAAGTGGGCTGGAAAAGATATTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018133:ENSBTAT00000024139:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(7.4=62.3)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(4.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]