HsaINT0147209 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000075213 | SEMA3A
Description
semaphorin 3A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10723]
Coordinates
chr7:84129123-84134951:-
Coord C1 exon
chr7:84134794-84134951
Coord A exon
chr7:84129186-84134793
Coord C2 exon
chr7:84129123-84129185
Length
5608 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCA
5' ss Score
7.22
3' ss Seq
TGTTTATTCTCTGTCCTTAGATT
3' ss Score
11.5
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGTTGGAATCCAACAATGTGATCACTTTCAATGGCTTGGCCAACAGCTCCAGTTATCATACCTTCCTTTTGGATGAGGAACGGAGTAGGCTGTATGTTGGAGCAAAGGATCACATATTTTCATTCGACCTGGTTAATATCAAGGATTTTCAAAAG
Seq A exon
GTATCAGTATTCTAATATATGCACTATAGTTATTTTGAAGCATCTCAAGTTATAGATAATTCTCTAGCTATTTAAAAGCATGATTACTGACAGAAAATTGTTTTGAATTAATAGTTTGTCTTTTCTGATGCAAATAAAAATGACAGTAATGAATCAATGGATGCAATAAATCAAAAAATATCAAGGATGAAACCACAGTATTTGCAGTAATCATTATAAGAAATATGAACTTCAGCTTACCCTTTCATATCTATTTTTCCTACATAAAAGTAAATACTTGAACCATCGTAGCAATACATCATAATTGACTTCATGAACTATTTATATGTGTGTAGGTATAAATTTATATTTCTCTGTATTTCCAGAAAATGAAGAGTTCATCTATCCATTACCCACATGCCTAATTTGGCATGCTATCAGTGTTTGTAAATAAAGTTTTATTGAAACACAAGCACTCCCATTCATTGACATATTGCCTATGTCTGTTTTTGTGCTACAACAGCAGAATTCAATAGTTACAAAGGGTATCAACTGGTCTACAAAAATGATTTACTATCTGGCCTTTTAAACAAAAAATTTGCCAAACCCTGATCTAGGAGATCAAAGTATCAGATTTTTAAAAATGTGGTCATGCAGACATCAGCAGGATATAAGTTCTATCTTTATTCTTTATAGTATTTCTGGCTCATTTCATTAATAAGCTATATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACTCTGCCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCAAGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTATAAGCTATACAGTTTAACAGATATAAACATAGATTGACAAATTAGTGAAAATTGTGCTACTAAGTCTATATGTGTTGTGTCTAAGTGAACCATTTTATCACAGTCAGTATTTCTGATAATAATTATCTGAAGAATAAAGGTCTTTATGCAGTAGCTTTCATAAAGGTAATAGTAGAATTTCATTTTGGAATACATCCCTGTCTGTTTCTATTTGTATTAGTTTTACTTCTTAACATTGAGGGCTTTGAACTGGTATGCCCCAACTACTCACAACCAATAGCAGATTTGATGATAATTTTTAAGAAGTGACAGAATTTTTAAAAGCTTTTATTCTGGTTGGAGAGGGTTGCTTTTGGGATAAAATGCAGTTTTAAATTCAAAGCTGATTTACATTTTTAATAGAGTATAGCATAAACCTAAGACATTTTCTTTTCTTCCATTACCTGAACACTAAAAATCTGACCACAACATAAAGAAATTTGATTCATTATATATAGAGTCATATAAAATGGTAATACACTTATAATGTATTTTAGAATTGTGATATGCCAACTTTAAAAATCACTTCGGGTATTTCTATTTTGATTTTTCAATTCAATTGATTTCAAAGCCCCCTCAGATGATAGGAATAAATGCCTGTTATCTATTATCGAAAAATACTGGTTATTCATTTGTTTTTCTGAAATGATAAGTATTTATCTTAGTCTTTTGAAAATATCATAAAATTAGCAGATTTTTGTTGTTGTTTTACCAAAAGAAAACCATTCTTTATAAAATGAGCACAAAATAGGTCTGGTGCGGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAGCATTTCAGGAGGCCAAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTAATGAGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGACTGGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCAAGTCGATGAAGAAAAATTAGATATATTGATTTTAGGAAATTTTATCAGTTAAAATTGTAGGTATTTATAATAATTTATCATTTTGTGATATTCATATATGTATATATCTACAGATAGATAGCTTTATGAGCATAGAATACCTAAGATTATATATTTAATTTATTTAACATTTTTCTGTGAGTATATATTCTGAATGTGGTTAAACTATTCAATTATTTCTAAAACTGAAAATAATCAAATTATAAAATAAAAATCTTACAGCTAAGAAAATTCTACAGCCATTTGTACACTCAGAATATATCACAGTATCTTTTACCAAATATACTTAAAATGAACTATCTTAAAATAATGAATTACAAGGTAAATGATTTGTCCAAAATCGTGATCTTCTTGTTATAGCACTTGCCTTTGAGTTTAAAATCATTCTACTAATAATAAAGGGTATATTTCTAATTTTAAAAACATCCTATTACAAACAGATTATTTATTTTAATTATATCACATTGTTTATACAAATGAACCCAATTTACTTAAGAATTTATATCAGCTGGGTATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAGGTTGGGAGGCCAAGCCCTGCAGATTGCTGGTGTCTAGGAGTTTGAGACCAGCCTGTGCAACATAGTGAAACCCTGTCGCTACAAAATAAATACATAAATAAATAAATAAAATACACAGATAAGCTGGGCATGGTGGCACATGCCTGTAGTCACAGCTAGCCTAAAGGCTGCGGCAGGACAATCATTGCCCTGGAGGTCAAGCCTGCAGTGAGCTGTGATCATACCACTGCATTCCAGCCTGGGCAATAGAGTGAGACCTTGTCGCAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATTTGTTTATACATATATTTGGAGTGTTTTAATATTCCTTTTAACCTATGTATATGTAATGTTCAAATAGCTTTCTTCTAAGCGCCTATTGTGATGAACACTACAGGAGATTTATGGTTTGTTATTAATAATTCTTGATGACCTTACAAGGTTAACAGTAAAGATAAAATAGTAATCTTATGGGCAAATACTAGGCAAATCCCTCTTCGAGGCAAAAACACATGTTCAGGTTTGGAAGAACTGTGGAAAGATTCTTGGCTTTGATAAAAGGGTACAATCTCTTTAAAGCATAAATGCTTATTATATAACATGTGTAAGTGGGCCTGCCATGAGTGGAAGTGTAGAGGCATAAGGATGAAAAAGTACAAAATAGATTATGAAGCACTTTGAAAATGAGAATAAGAAATTTAGATAGTTAACTGAGAAATTTGTGAGCAAAGAATAAAAAGAGAATTCCAACCACCAACAGTTAAACAAATCCATCCAAAACATTAGTAATTACTCTTTATGGAAATGAATACTTAAAAGACTATTAAACATACATTTACTTTTGTTCCACTGGCTTATACTTACCCTCATTAAATTGCTCTCCAAAAGAACATTTCTACATCAAAATTTATTTTACTCATGTCAGATTTCTAAACTTTTATTTGCTATTATTATTATTATTAACCCTGGAACTCTGGAAACTTAAAAGGCCCTTTTAAGTCTAAGAATTTTTAGCATGAATATTATACAAATTATTGTTTATAAATATTTTACTTAGATAAAAGAATCACAGAGAATCATAAAATGAGGTCTATACTGTCTCAACAATTAAGCAACGAGAGCTAGGAAACTATGAGAAAACAACTTGTCTTTTTAAGTATATATATTTTTATATTGTAACTTTTGTTTTTAAACATATATATGTTTTAACAATCAGTGATTTCAGCACAATTTAGCTGGAAAGCTGAATATGAAAGTCAGTAAATCTTAACTGTTATATATTATTATTGTTATGCCCTAGAGAAAAGTTATGTTTTACCCTCTTCCATTATAAACTTTAAATAAAAATAGATCCCCTTGCCTTTCCATCTCCAATGTGAAGACTCAACTGCTGGGATTGCCCAGCAATCATTCTAGAAATTCAGTAGTCAGAGTAATGTTAATTATCAGAATGATACACTTACTGATCTTGAATTCTTGAATGTTTTTATGTGACTACTTTGTAAAAGCCTGTGGAACAACTCAACTATAATTTTAATTTACATATGCAGGCAAATGTGAAAAGGAAAGCACATAAGATAGAAAGAATACTCAAATTTAGAACTTAATGTTAAAAATGAATGCCTATCCAATAATTTTTAGGGTATATTGTTTTGACATGGACCTGAAATGCATTTATCAAGTCATCATACACTACTTCAATATGTGCCAAATCCTTGTTTGTAAATGTGTTTTGTTTTGCTTTGTAATTCTCCAGATTGAATATCATAGCCTTTGCCCAAGTTGATGATCATTTATACTGAATTATCTGGAGGTTCCCAAATGAATGACAATCAGTCATTTTAGGCTAAAAGCTTTCCAGCAGACATGAATGATTAAGTGCCATCATTTCTGTTTTTTTATATATGACTTTTTTCCCACTGAAATTAACTATTCATAATATTACTAGAAAGGAAAAATGAATAAAAAAACCCAAACTGTTCTGCCCCTATACAGATAGGAGTCATTGGAATTGCTCAGGGGATTTTATATTAAAATCAAATGAGAGTATTTGGATTAATATTGTTGGGGGGATGAATCCACTGTCCTCCAAGCCACCATTAACATCATAGTTCATCTACTACTGTCACTGTATTCACACAATATGGGACGTTTTGGAAGGATGAAGACTAAATATGAGGGATAAAAACACAAATAATTGTTTCTCAACTAGTCTTTTAGCCCACATTAGAGAGGGTGATTGTCTTTTAGAGCTATTTGTTTGTTTCTTCAGTCTACCTTTATTTCTCTAACATATACCATGCTACTTTTAAATATTTTCCCTTTCCAAAAAAAAAAAAAAGTCAAGAGGAGAAAAAAGAGAAGTTTCCATTCTAAGTATTTTTTTAATCCTTTCAGTTACTTATTCTAAAATGTCATGCTGAGATTTGTTTCAGGGAAATGTATCCAAAGCACCCAAATGTTAAAACTGCAAAATCACTATTTCATGATAAAGACTAATTTAGAAGAATCTGAGCCATATTCTATGCCAGTTTCTACTTCTCTTCACTAAATTCTCACGTTCTCTCAAGATCTCCCTCTCCCAATCTGTGTGCTAGTTCTTGCCATACTACACTGCTTAGATCTATTGTCTACACCAGTTTCTCTCTTGCTCAACTTTTATATATAGCAAAGGCTATTGGGTAGATGGAGAATCAATGACTTATGTTCACACCAATTAACTGGCGCCACTGGAAGGTCTAAAGTGAAAGTTTCCTGAAACAGTCTTTATGGAACTTTCTTTACTTCAGTTGCCCCAATGTCATCTAAAAGACTATATGGTGTTGGATCTCTTAGACAACTTAGTTGACATAAAACAATGTTTATTCTCTGTCCTTAG
Seq C2 exon
ATTGTGTGGCCAGTATCTTACACCAGAAGAGATGAATGCAAGTGGGCTGGAAAAGACATCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000075213:ENST00000265362:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(35.5=62.3)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(21.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development