Special

BtaINT0134544 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
ENSBTAG00000003773 | SLC25A13
Description
solute carrier family 25 (aspartate/glutamate carrier), member 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10983]
Coordinates
chr4:13360491-13382895:-
Coord C1 exon
chr4:13382755-13382895
Coord A exon
chr4:13360630-13382754
Coord C2 exon
chr4:13360491-13360629
Length
22125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTCCTTTGCAAACACACAGGGT
3' ss Score
4.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGGGGGCTCTCAGGTGATTTTCACCAACCCTTTGGAAATTGTCAAGATCCGTTTGCAGGTGGCCGGAGAAATCACCACAGGGCCCCGAGTCAGCGCTCTGTCCGTCGTCAGGGACTTGGGCTTCTTCGGGATCTACAAG
Seq A exon
GTGAGTCCTGTTAGTCGTTTATTTGAGAGCATGCTCATCTCCTACCCTAGTAAGTGTTCATTGGTGTGAAATTGATTCCTCACATTTGTCTACCTGGAGAAGATCTTCTGCCGGAGCTCATAGGGCATCTTCATGCCAGTTAGGAAGAGGTGCCCCTTCCTGGCATCTGCCAAGTAGCTGTCCTTAGAAGACATAAATCAAGGATGAATGTGATGCCGTGACCCACACACACAGTTTGCCACGGCACTGGCTGCAGTTTTGTTTGGATCTGTTCAGGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCGGTCGTGAGGTCAACTCATGGGGTCGACTCTTTGCGACCCCATGAACCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTCCACCCAAACCCGTGTCCATCGAGTTGTTACTGATGTAAAAATCTGGTTCTCAGCACTGCTGCCCACGAATGGTAGCTGCCAGGCTCACAGGGCACCATCTTGCAAGGGAGACGGGCTGAGTTCAGTTTCCCCACACATGCGAAGCCCATACTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGTGACCCCAAAAACGGCAGCCCACCAGGCTCCGCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACCGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCGATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTTGTGTCTGACCCTCAGCGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATCACCTTCTCCAGAAGCCCATACTAGATCCAGAATTTATGTTCTGATCCTGTCGTTCCAAACCTCTCCGCATGTGTGCCTTGTCATAATTGTTTTGTGTGCCAGCCATTTATCATTTAGGAAATAGTTTTTGAGAACAATTGCAAAACAAAAACTTTAGAAGATTCTTCAAATTTGTTATTTACACTTTTCTGCCAAAGAAGTTGTAATGAACTAGAACTAGCTTTATATTATGCCCTGCTGTAAGGCTTCATCAAACATAAGATGTTCACTGTTTTTCAATGAGAAGATTTAAAAAAAACAGTTTCATGGCCAATTTGAATAAGTAAACCTTCAGGAATATAAGAAGGTAAGTCAAATGTCTACTTAAAATATCTTTCATTTATTTACACATAGATATATAAAATCACATTGTACAGAATTAATGTAGCTTTTTTCTATGTAAACATATCTAGAAATATTTAATTCTTCATATGAGTTTTGAACCAGTTTCGTGATCACCACTTAATCCACATTTTGAATCAGCAGTTCATATGGTTTTGCAAAGCCTGCCATCTTCATTTTCATTCCACACTGACAAGAGGAAGGCCTTTTGAATGTTGTGTAATACTGGCCCAGGAAACCTTGTCCCACAGACACGTAACATTAGAGTTGTTCCTTTTTTTTTCTATTCCCAATTTATCCTGAATGGATATAAATGGTCCATGTGTAACATACTGCCTTTTCAAGTGAACTTTCAATGCCTAGTTTTGCCATTCAGCACAGCATTTATAGAAGTATCCCCTAGGAATATTTTTTTATCCTTTTCTTTATAACTCAGTTTTTTAGGTGACCTTGGTAAACAATCAGCGTGAGTGATAACTGAGGTTGTTTCAAGCAAGTCTGCCTTCCTCACCTGGAATTCTAGACTTCTCAAGGTCAAGCAGTGGGAAGAGTACTCCAAGATCTGAGCCTTTGTGAGGATCAAATATGATGTGATGCCCTCTTAGTGTTTTGGGGAGAACCTCGCCCTTTATTTAGACATCTTGTAGTGTTTAAGAATAAACATGTTGATTTTTTAAAAGTGATTTTATGTATGTATGTATTTTTGGCTGTGCTGGGTCTTCATTGCTGTGTGGGCTTTTCTCGAGTTGTAGCGAGCAGGGGCTACTTTCTAGCCGTGGTGCCCAGGCTTCTCATTGCAGTGGCTTCTTTTGGTGTGGAGCACCGCCCTAGGGCACCTGGGCTTCCGTGGTTGCAGCCGTGGGCTCAGTAGCTGTGGCTCTTGGGCTTAGTTGCTCTGTGGCATGTGGGATCTTCCTGGATCAGGGATCAAAACCTGTGTCTCAAAGCCCTGCACTGGTAGGCAGGTTCTTCACCACTGAGCCACCAGAGAAGTCCTATGCTGGTATGTTTTTTTAAGTAGCACTTAAAATACTCAGTGTGATCGTGCAGTGGAACACGATTTACCAAATTGTGATCCAGCTGTAAGACATGAACAGTATTGTCGTGAGGCATAGCATTCATTATCAATTGGAAGAAAAGTCATCTTCTGTTCTGAATCTTTAGGCTCGTGCAGACTTTGACATGATATAGCACCATGTCATTCTGACAAGATGCCAAGCAGTCTTTCAGTGGCTGGTCTGGTAAAAAGCACTTAGGTGCTATAGCAATGGCTGCTATCGAAGTGTCTAGATGGATAAAACGTTAAAACTTGTTTGCTGACACAGAAGCAGAGACTGTTAAACTACCTGCAAATGATACAAGACTGAGACTCAGTCCTTTTCATCTTCATAGTATTTCATAATCTTAATCCCCTTTAACACCCCTTGGAAGGAGTCGGTCTCCTAGTTTTGTAGTTAGGAGAACAGAGGTGCCAACGGTGGTATCTGAGCCGAAATTGAGGCTCAAAAGTTTCTTGTTTCCACTTTTGTGTGAAAATGGCTTTCTTGACATGAGCAGGATTGCTCAAGTTTGAGCAAGAGACCTCTCCCATATAAAGTTAGTTTAATTACTAGCCTGGTGTCTTAATCTAGTTCAGAGGCATTCCACAGGCCTGGCTGCTGCCTTTCAAAACACTGCTTTCGGTGTATTGGTAATTACCAAGTGAAGTCACTAACAATTTGAGCTTTGAGCTTCTGGAAACTTGATTGCCTTGTGAGAGAATGACCTGGCAGGCAGGCCCTTCCATTCTGCTGGCCACGGGTGTCCTCAGCAGATCACCTCTCCACTCACTCAGTCTGATTGGGCTGTGTCGCCACCCTGGCTCATTCTCATTTGTTTTGTCCCACTTTCCAGCCTTAGGTTTTCTCTCCCATGAGTTTCCTTTTCTCTGGGCTTATCTACTTTGCCCCAATCCTCTGTGGTCAGAAATCTCTATTGATTCCAGGTCCTGTCTTTGAGGCGCATTGCCTGGAGAATCCCCATGGACAGAGGAGTCTTTGGGGCTACAGTCTGTGGGGTCGCAAAGAGCTGGACACGACTGAGTAAAGGGACTTCCCTGATGACCCAGTGGCTAAAGCGCCATGCTCCTAGTGCTGGGGGCCCAGGTTTGATCCCTGGTCAGGGAACTAGATCCACATGCAGCAATAAAGATCAAAGATCCTGCATGCCTCAACTAAGACCCGGTGCAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTTTAGGGCTTCCCTGGCAGCTCACCTGGTAAAAAAAAAAATCCACCTGCAACGCAGGAGACCCCAGTTCTATTCCTGGGTCTGGAAGATGCCCTGGAGAAGGGAACGGCTACCCACTCCAGTATTCTGGCCTGGAGAATTCTGCAGACTGAGGAGCCTGGCGGGCTACAGTCCGAGGGGCCACGGAGAATCGGCCATGCCTGAGCGACGTTCACAGCTTCAGCATTGCTGTGTGCTGTGCCAAGTCGTTGCTTCAGCATACCTCTTTTCAGTACTCAAGTTTTCTCTGTTTCTAGTCTTGGTGCCAAGTAGAAAATTGTCAGTGACCTGGGGTGACTAATACTGTTAAATCTGGTTCAGTGTCCCTCTGTTAAGTCTTGAAACAGAGGACCTCTATCCTAGTTTTAGGTGGGCCAGATAGTCTTCCCTTTCCTTCCACGGCCCCTTTTGTTTGCTGCTGTTAACATGACAATGCGGGGCCTAGGAGGGCTGAGGGGAGGCTCTGTCTGTGTGTTTAGACCTGCAGTGTTTAACCTCACTTAATTGGACTTAACCAGGCTTTCTGTTTTTCTCCTGAATTGACTTGCAAAATACCCGGCTATTCTAACTGTGACTTCCCAGTAAAAGGTAATTAGAATAGTTGCTTTCGATATACATTTGCAACTGAAAAAATGTGGATGTGGTAAACATTTCACATTCCTAAAGCTAGAAATAGTTTAGATAGAAGCAGACTCTGTAAACAAAACACCTCCCATTTTGGTAACATTTAGAGAGATTGTTACAATTCAGAGTCCACAGATGATTGAAGTAAAGGCAGGTAATTAATTGTCCTTGAAAGAGCTATTTGAATATAATGTAGTTTTTAAAAATCTGTAACTTTTTAAATATATTAAATATATATACTACTACTTTTAAATATGTATACTACTTTTTAAATATATATACTACTTTTCTTAAACCATGAGTTGGTATTTCCCTTTCATTAGGTAACTATAAGCAAAATAAATTCTATAAGTGATATGTATCTACTTTTGATTATTTCTTTTCCTTAGGTGCCAACAGAGCTTTATTTAGGGCATAGATTGCACCTTCTTAATGAAATAGGATTTATTTCATGTTAAATGGTCACACAGTTAAGATAGACTGAAAGATGCTTCCTTATGAAGCAATGGAATAATTCATGTCTCTTTTTGAGAACAAAAAGTGGTCAGTGAAGCAATCAAGCTTTGTTGAAAATTGTTTTCAGATTGTGTAATTGCAAATCAAAGACTTCCATCTAGCATGGAAGGTCACCTAGGAATATGAGCCCTCTCTGCTGTTTTCTAATCAAAGGCCTCTGTCCCACTGTATTTGACAGAGTAAGTCATCCCTTCAGTACCCATAGGGGCAGATGCTCAAGTCCCTTATATAAAATGGTGTAGAATAATGAATACAGTTGGTCTTCTATGCACAGGCTTCACATTCAGCTGTATATTCCATCCAAATTCCTGGATGTTGTGTTTGTGTTCTCATTCGAAGTGTGTATGTAAAGGAATTATTGGAGCTACTGTTCATAAAAT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
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  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]