GgaINT0093626 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009728 | F1NWI3_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:24095514-24106522:-
Coord C1 exon
chr2:24106382-24106522
Coord A exon
chr2:24095653-24106381
Coord C2 exon
chr2:24095514-24095652
Length
10729 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
TGTTCTCTTTTTCAACACAGGGC
3' ss Score
8.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCGCTAAGGCGTGTTTTTTGCGTGACATCCCCTTCTCTGCTATTTACTTCCCCTGTTATGCTCATTTGAAAGCTTCATTTGCCAATGAAGATGGAAGAGTCAGCCCTGGAAATCTGCTCTTGGCTGGGTCAATAGCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009728:ENSGALT00000015833:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=FE(50.0=100)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=PD(32.6=63.8),PF0015322=Mito_carr=PU(15.6=31.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]