BtaINT0137075 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005108 | SLIT2
Description
slit homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11086]
Coordinates
chr6:41573040-41583256:+
Coord C1 exon
chr6:41573040-41573203
Coord A exon
chr6:41573204-41583131
Coord C2 exon
chr6:41583132-41583256
Length
9928 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ATTTTTCAATCACTTTTTAGGTC
3' ss Score
10.66
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCAATTGGAGCCAACCCTCTTTACTGTGATTGTAACATGCAGTGGTTATCCGACTGGGTAAAGTCGGAATACAAAGAGCCGGGAATTGCTCGCTGTGCTGGTCCTGGAGAAATGGCAGATAAACTACTTCTCACAACTCCCTCCAAAAAATTTACATGTCAAG
Seq A exon
GTATGGTTTTTAACCATTGTCCTTCTTCTGTAAATAAAACTTGATCGTATTAATTTTAAAAAAGAAACAGAAAACCATGGGCTGCTAGGTTTCAGAGGGACAGCTGAAAAACTCCAATAAATAATTACTGTTTCCTCCTGTGCTTGGAGAAGACAGAGCAGTTACTTGAGGAGCCCTAGTAAAGAACTAGGCTTTTCAAATAAATTGCAGAAACAATGCATTGGAAATGACTACGTTTTCTTTAAAATATAAGGAGAAATGAAGAGTACACAATTTCTGGAAATTCCTCTCATGGCCTCTAACAAGTAAAATATTTTGCTTTTGCTTTGTCTAAACGTGTGCCCTGCTCCTAGGGCTTCCAGGGCCCTGTGGCTTCCTGATGCCAGGTAAGGAGGCACGAGCCCTTCCCCATGTTCAGGCCAGACCTTCTGCCTCACCTCTTGTGCTGCACTCTTCCTATGTTGATGGTGCTGTTCTCACTTGTTTGGATCCTTTTATTTTTCCTTTGTTTTATGTACTTGTGAGTTCTATACAGTGTCTTAGTAACATATTTTCTTCTCTTATTACAAAACTAATCTATGTCCAATATAGAAAACCTAAACAAAAGGAAAATGTGAACAATAAGAGACTGAAGAACTAAATGTAACAATTAAGGACAATGCCAAAAGATAACCAGTGTTAAAGTTGTTTTGTGTATCTTTCCACTTTTTCTAATCAAGTAAATCTCAATATCACAGCTAATTTTGAAAGAAATAAAAAGAAGATCCTCAATATTTTGCATTGTTCTTTTTTCTTGAACTTTATTTTTCTCCTTGAATTTATATTTCAAATACCTCAGAGAATTGTATCATTCTTTGCTACAAAAAATATGTATATATTTTGCATTTTTAAAATTTGCTACCAGTAAAGATCTATGAGTTTCTAATTTTTTCTTAGAAGTAAGTGTTGCCAGTAATACTTATTGAGCATTGGTTGGAGCAGCATAGTTATTTATCAATATGTTAACACTTATATTCAAACTGTAAATTTTCTTGGAAATGCCTCTCTGGGATTATGTGCATTGACTGTAAGAGCCTTTGCAAATAACCAGTGTTTTAAATTATAATTTTATAATCTCTGACATTCCCTTGGAGCAGTGTGCCACATGGTAAATTTCTGGTGGACTGAGAAGTATACCATTTTTTTGTAAGGTCAGAGTGGAGATAGGGAATGAGAAACTGCCATAAAGCTTGCTTGTAGGCATATTATTGGGCAGAGTAATTCTAGAAGGGCTATATGGGCAAGTTGAGCAACTGCAGACTATTTTTACACTTCTCTGTACCCAGGGATGCTCATACTCCACTTTGAAAAATGCTGGTGTTTATCTATAATTCTAAGTTTAGGATTCCATAGAGATATTTCTTGAAAAAATAATTTCACGATAATGTAAATTTGAGAAAAGCTACATACTTACATTCATTCTTAGAGCATCATAGTCCGTATTAATCTATTAAATGTTCCCAGAAATCTGATGAATACAAATGAACATGAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATAGACGGTAGCCTACCAGGCTCTGCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGCTGCCATTTCTTTCTCCAGGGGATCTTCCCAAACCAGGGATCAAACCCAGGTCTCCTGCATTGCAAACGGACGATTTGCCGTCTGAGCCACAAATGAACATACATGCATAAAATAAATGTCTCTTTATACCTAACTGGTTTGACTTTTTTTCCATTAATAGTATTGTTTGTTCTTAGTATAGCATGAATGGAAATAAGCTATACTAAGGGAACATTGGTCTGAATCAGTAGAGCCTGATAGACCTTTCTTCAGTGATAGAAATGTTCTGTACCTGTGCTATCCAAATATAGTAGGCACTAGCCACATGTGGTTGTTGAAATGTAGCTAAGGCAACTGAGGAAGTGAATTTTTAATTGTATTTAAATTTAAATGTAGTTGTATGTAGCTAATGGCTGCCATGTTCAGTAGTGCTGTTGCTACGGGGCTCAGAGGAAGATGTCCTTTCGGAGTAGCTATGAAAGGTTTCTTGCAGGAATGTGTAGGCCAGTTGCTTGAACAGCAGGCAAGTGTAAGGACAGGTTGGAGGAACTGCAGGAGCCCAGCTGTGATATAGGAAAATGTTGGAACTGTGGCAGTTTAGTTTACTAGTCACTGAGTTATCAAAGTAACACATCACACACATTTCAGGGTATACCTTAAACTGCATAAGTATTATGTCTATGCAAGTAGCATAAACATTCAAAACTCAATAAATATAGTGTAACTGCATTTAACAAGCTTTTAGATTTACTGGGTTCTTCTATAACATAATTTTAGAAAGATAGCAAACATTGAAACTCATAATGTTCTTTGCCAACATTGTCCAGTATTTGTCAAAATATTGTGAACCAGTCTCACGTGCTTTGCTAGAAATATTTACTTTACTAATTGGATTGGTAAGGGGCACAGTATTCTAATCCATTCATTAAAATAATTAACTCTGGTAAATCTACTGAGTACTATGTTTTTGAGCTTACATGCTTTATGAGCTTGAAAGTAATAAAATAATGCTGCTTTAAATATTTTATAATTTTGGTTTTTTATATTTTATTTTAACTTTTGCCATAGTTATGCCAGTTTAATATGTTTTATTTATTCATGAAAGTCATGGAAGTACATATTCCTAATATTAAAGTTTGTAAATATGTAATTTCAAATTTCAGCAGGAAGATGAATATTCTTTATTTGCAAACATGTTTACATAGCTATATTTAAATAGAATTTAAATGTTTTCTCTGCTAGAAAACACTGTATTATTATTGTGAGAAATCAATTCTCGCAATACCATTTTTATCTTACATTTGCAGAGTATTTTCTTTGTGGTATAATATTTATAGTTTTAGTGCACAACAGAAAAAATGAATTGCATGAAATATATTATCAGAGTATATTTAATTAATACCCAGATTAGGACATTCTTGAGTGGGAAGCAGATGATCATGATTTGTTGTTATAACCTAGGTGTCCTGTTTTCATCTTTTAAATATCAGATGAAATTAGAGTGCTCAAGCAGAAAATGGAGATTTTGCCCTTTCCAGGTTTTCATTGAAAACACCAGCATGGAATGTAGAATACTGTTAATTTCTAATAGTCCCTTTATTGTTCTTGGTTCAGGAAGCTTTAGCTATATAGACAACTAAATTGTTCATTTTTAATTTGACATTTATTAAACACTTAAATGTGCTAAGAGTGAACCATGTGATGATAAATCGCTTCAGTAGTGTCCAACTCTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCTCACCAGGCTGCTCTGTCCATGGAATTGTCCAGGTAAGAATACTAAAGTGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAGGGAATGTTCCCAACCCAGGGATCAAACCTGCTTCTCTTCTGTCTCCTGCAGTGCAGGCGGATTCTTTACGACCAGCGCCACCTGGGAAGCCACCAAACAGAATGAACAGTCTAATGTAAACAAGTGGTGTACTGCTTCTTTCATTCAACAAGTACTGTGTGAGTTCCTATTATACAACAGGAGTGGTCCCAAGATATTAAGAGTACAATAATAAATAGGACAGAAAATCTCTAGCCTTCATGGAGCTTATATTCTACCAATAGATACATTTTAAGGGATAATTACAAAACAATATGGAAGTTTGGTGGTAGAAACATATATACAATGTTAATAATGTATATCCAAACCAAACAGTTGTGGAAATGTAACCAATACCACAGATTTCCTCTTCTGTGGAGCCCTCCTCTTGGGCTCCATGATCACTGTGGACAATGACTGCAGCCATGAAATCAGAAGACGATTGCTTCTTCTGATGGCAGGAAAGCTATGACAAGCCTACACAGTGTGTCGAAAAGCAGAGACATTCCTCTGCCAACAAAGGTCCATATAGTCAAGGCTGTGGTCTTCCCAGTGGTCATGTACGATTGTGAGAGCTGGACCATAAAGAAGGCAGAACACCAAAGAATTGATACCTTTGAACTGTGGTACTGAAGAAGACTCCTAAAAGTCCCTTGGACAGCAAGGAGATCAAACAAGTCAATCTTAAGAGAAATCAACCCTGAATATTCACTGGAAGAACTGATGCTGAAGCTGAAGCTCCAGTGTTTTGGTCATCTGATGAGCACAAACAACTCACTGGAAAAGTCCCTGATGCTGGGAAAGCTTGAGGGTAGAAGGAGAAGAGAATGCCAGAGGATGAGATGGCTGGACGGCATCACGGATGCAATGAACATGAACTCGGACAAACTCTGGGACATGGTGAGGGCCAGGCAAGCCTGATGTGCTGCAGTCCATAGGGTCGCAAAGAGTCAGACACAACCGGGCAACTGAACAGCAACAACCAGTACCACTCAGTCCATCAGGGGAACAGGAGACTGGTATAGTGTGTCAGGTAGAACAAGAATGGAACATAAATCAGGGGAAGCAGCTCCTATGGGCAGGTGTCTGGTAGCCAGGAACCCAGATCAAGAGGCGAGGAACTGATGCTCAACATATCTCATTACTTATCTGTGAAGATCAGTTAAGGGTCAGGAAACCTGGGACCGTTTCGTATCCCAGAATGACCAACATTCCACCACCACGTGCTTGCTGTCTTCTGCTAATTTTACAAGTTAAGAATCCTCTAGGTTCTGGAATTTCTAGGAAAAACTTTCACATCTCTCAGTAATAAAATTGTAATGTTGTCAGGTTTTTTTTTCCCCAGTGAATCAATATCCTTTGTTGGAGGGTGTGTGAGAGGGGATATTCTTAACAAGCTCAAAGTCTTATTTTGTGTCTCAAAACTGTTAATTAATATTGACCTTAGTTATTTAAAGTATGAAGGGGATTAAATAATTTAACCCAACTAGAAGTAATGAAAATTTTAATACATCAGTTTTGAAGTAGAATTTAAAAC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Seq C2 exon
GTCCTGTGGATGTCAATATTCTAGCTAAATGTAATCCCTGCTTATCAAATCCATGTAAAAATGATGGCACCTGTAACAATGACCCAGTTGACTTTTATCGCTGCACCTGTCCATATGGTTTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005108:ENSBTAT00000061059:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138551=LRR_8=PD(11.5=12.5)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PU(87.5=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]