RnoINT0139649 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003840 | Slit2
Description
slit guidance ligand 2 [Source:RGD Symbol;Acc:69310]
Coordinates
chr14:66886293-66894182:-
Coord C1 exon
chr14:66894019-66894182
Coord A exon
chr14:66886418-66894018
Coord C2 exon
chr14:66886293-66886417
Length
7601 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ATTTTACTATTAATTTGTAGGTC
3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCAATTGGAGCCAACCCTCTTTACTGTGATTGTAACATGCAGTGGTTATCCGACTGGGTGAAGTCGGAATATAAGGAACCTGGAATTGCCCGCTGTGCCGGTCCCGGAGAAATGGCAGATAAATTGTTACTCACAACTCCCTCCAAAAAATTTACATGTCAAG
Seq A exon
GTATGGCTTTTAATTATTGGCACTACTTTCAGAAAAACTCCCTTCACTAATCACCACAGAAGTGGCAGTATCTTGTGATTACACTTCAAAGGTCTAGTTGGGAAAGAGTTTATAGTCTCAGTCAATCTGCTTGAACAAGGTAGGCTATTTTCTGTGTTTCCCAATTAAACAACTGGCCTTTTCAAATCCATCTTAGATCCGTTGGAATGAATAGGCATTCTTGAAAATGTAGGTAGATGTGTACAAACTGAAAATACTTTCTTAGTCTCTAACCAATAAAATGTTTTACTCTTGCTTTATCTAAACATGGCCCTGGCTCTTAGGGCTCCCAGGGCCCTGTGGCTTCCTAATCCCAGGTAAGGAGAACCAAACCAAGCCTCCCAGTGTTCCGGCCAGAAATTCCCAATCACCCCCTGTGCTGAGATTTCCTGTGTGGATGCTCCCTCCTGCTTGCTTCTACTCCCGTTTCTTCCCTAACTTGACCCTTTGTTGATGGGCTTGTCGATTCTAAATAGTATCTTCATAATAAATATAATTTTATTCTCTCATTCTAAGAATAGTTGATGCAAACATTCATAGTATAAGTAGGAAAAATCTAATTGGGGAAATCCAAACAGTCATAATTTATTTTTGCAATAAGAAATAAAATGAACCATTAGTCACAATACATAGACACCCTCCCTATCGGCTTGTGTATCATTTCGTTCAGGGAAAACAAGTATGTGGATATAGTTGGTAATTTTTGTCATTTTTCTTAACTTGTAGATATTTTTATAAAACCACCAACTCAGAATTACTAGAGAAGAAAATTTATTGATACTTTTAAATGTAAAATCAGAAAATATAAACCCAAGATATTATGAGGTACAGAGCAGTTTGTGGTGTGGCCAGTCCCTCCTACATTTGCAAACACTGCCAAAAAACAAACTCTTCTAAAATTTGACCATTTATTCAGAAAAAAACATGTTTAACTAAACAATACTATGTGATTGCTTATTTCATAACCTGTTTGGCTGGTTAAATTCACAGTATAATTTTCTGGTTCTTAGGAAAAGCTAATTTCATGGCTTTACCAACTTTGCCTCAGTTTTCTCATGAGTAAATCACCATGAGAGAACTACCATAAAAGACTTTAAAGGTTAAACAGGTTGACAGGGCTGAGGAGATAGTTGGTCAAGTGTTCAGCTTGAAAGAACAAAGACTCAGGTTTAACCTCCAGAGCACATATAACAAACAAAGCAGGGCGTGGTAGCACTTGATGATAGTCCCTAGATCTGGTAACTCGATTCCCAAAGCTCACTGGTTGTCTAACTAGTATACTTGTCAAATTCCAGACTAGTGATGGACCCTTTCAAAGGAAAAGAGGTGGAGAACTGGAGAACATTTAGTCACTGCATCCATGATTAATGCTTGCTTCAGTAAACATGAGAGCCACAGTTTGGATGATTAGTGTTGGATTAAAAGCTATATGTGGTGGCACATATGCATTCCTCCAGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGAAGTAGACAGATCCCTGGAACTTACCAGTCAGCTAGTCTAGATGAGAGAACTTTGGGTTCAGTGAGAGACCCGCTCTCAAAAGATACACACAGAGGGATTAAGGACAACCAATATTGGACACTGGCCTCCAAAAGCACATGTACACACATTACCTTAACCACATCCATATATCACATACACAATCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACAGAAGGAAGGCTGAGGGATGACAGCTATAGTTGTATTCTTACCTTCACACACTTGCATTCCTACACAACATTTGTCTCCACTTCTTAATCTTGCACACAAGCACGCGCGCACACACACACAACACACACACACACACTTTACAAAGATGAAATGACTGGGAATATACAAGTCACATTGCCTTACACAGAAAACAAACTATAGCTATGTAGTTAGCTGTGTTACTCTAACATTCCAAGGCACCTCCAAAATGCAATCAGACAACACCCCAGGCTGGAGTAATATTAAAATAAATAAATGTAGAGAGACAAGCTAATTTTAACAAAAACAAAAGCAAGACTCTACTTAGTGCAGTGCATTGTTCTTTAATAGTACAATAACAATGGCTTTTAATTGTTTGGGGGACATTTGCTCTATCCTGAGCACGTTATCTTCCCAGGATTCCTATATAAGAACTGTACACTTCCCACTTGAGATACTAAAATATTGTAGTTTAGTGACTGATTCGGAATAAAGGAGCCAAACATTGACCCATGAATCTCCAACATCAGAACTCACTACTGTTTCACTTAGAAGACTCAATAGAAAAAATTTACATGAACCATTGGTAACATTAAGCATAAAGCCTTCTGACAGAAGTATCGTGAGGGAATCAAAGTTGAGAGACCCCTCCAATGCTGTTTGTTTGGCTGAAGGCAATGTGTTCTAATCTATTATTGGAACAATCCACTCAGGGAAATCTCCTGAGTCCTGTCCTGTGAGCCTTCATGCTATATGAGCTTGAAAGCAGTAAAATGATGGGGCCTTAAATATTTTATAATTTGATATTTTCATATTTTAACTTAACTTCCCTGCTTTGTATGCCAGTGTAAAATATCTTCATTTTACTCATGAAAGTCTGCTAAGGACAACTTCTCATTTTAAGACTTATCAATATGTAATCAAATTACAACAGGAAAACAAATCGTCTTTGTTAAAGACACATGCATTTGTATATGTAACTGTAATATTTCTGTTTTATTATGTGTAACTGATTTTACTTAAAATATGAACTTTCTTTTTCCATTGTAAGGTGATGGAATAGATGCTCATAACATTTAGCTAGAAAACACGTGAGAGCATTCTTGAGTAAGAAAAATGTGATTCAGGATCATAAGCTGTCCTTGTAATCACATGCTTCTCCTCTTCTCTCTAACACTGACATAATCAAGCATTCTTTAATCATAAACATACATTTTTGCCTTTAAACATCGTCTGCAAAGCCCGTGGTTTACAGAGAGAAAAAATGTAGTTATGTACACATCCAAATATCCCATTTCTTTCATTTGACAGACATTCAATAGCCACTCAGATTACCAGTCAGTGAGCATTCAGTTGGAAATATATATCTTCTCCATTTAACAAACATTATTGGACTTGGAGTTCATAGAAATGATAAAGTAGAGTTTGAGCATGTTAAAGATCTAGTAAATGATAACCAAACGCCTACTTTCATGAGTATTATGTTCTTACATAGTTAGTAATACAGAATATTAATGACAGTGATATGTATAAGATAGAAATACATAAATAATATCTAACTGGGTCAATCAATGATGAGATTGCAATGATACCAGAAGGCTCTCAGGACTTGTTTCCAGGTGGCCATGGGACCTCAGATATGACAAAAAAAAAAGGACAAGCTCTTTCACAGCCAGAAGTTCAAGAAAAACAGGGAAACCAGCACACAACACAATTACTTTATCAGGACCCAGCGGTACAGACTAATAATCCCAATTACTCAGGATGCTGAGGCAAGGAGATCTCAACCATGCTGGAGCTATTTACACAAAAAGTGATACCCTTTGTCCAAAAGAAAAAAATGTAAAAACGCCTTGGATGTGCAGAGCCCTAGTTTCAGTCCCTACCCATCAGGGATATGAGGAAGAGGAGGGAGGAAGAGGAAGAAGGGGAAGAGGAGGACTAGGAGGAAGAGGGAGACAAGGAAGACGAGAAAAAGGGGAATTATCTTTGTTACTTCTTTATGTCTCCACTTTAAAAGCTCAAACACCAAGTAATTCTAGGAACTTTTTAAATCCTAAAATATCTACACTGTACGATAACCTAGTGTGTTACATCCCTTCCCCTAATTTGATATATTAATAATCCTGTCCATTCTAGAATTGTTAGGGAGACTCTAACATGTTTTCACAGTGACTTTGAAATAGTAGTGGTTTTTTTCAGGGGACCCACATTTTCATTTGGGGAGACTGCTGGGCTGCTTGAGTGAGGGCTCTGGCTTTGTGCTGCACAATTGTTATTTAATATCAGCTTTATCCATGAACAAAGGTAACGGTGATTAAATAATTTAGTCTAAACAAGAAGTAATGAAAAATTTTCTGGTTAGATCAGTTTTGAAGCATTAGTCAAACTCAATCCAAACATTTTATATTTTCAGATCTCATATTACTAACTTATAGCTTTAGCTTTGAAATAACCTTAGTGTACAGAAGCTTTAATTTTTTCACCACTGAAAGAAAAATGTGAATTTATATGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATGTGCTTTCTTTTAATTTACATGACGGTATTTTTTATCATTTATCATTAGCTGCCATTTTCATTCCTGAGTCAAAAATATAAGACTAATGACTTCTGTCCTGCTAAATCCAGCAAAATGACTTGATATATCCTTATTAGTTCTCATCTACATCAGAGGTGGCCATTGTTACTTTGACATTTTCTTTCTCTTTCTTCATATCTTTTTCTAGCACTGCTTTCTTTTTTATCTGTCCACCCACTTCATTTCTTAGTCTTATTAAATTCTCAATAGATTTTCATCAATGACCATAAATAACTTGCCATGAATTTTCTCATGGAATTCAGGATCCTATTTCAACTTGCTTTATAAATCCCCTCCCATAACAGCTTATACCACCTTTTCATTGGCCGCGTGTTCTTCTCTAATTAACACACGCACAGCTATTTAAGAAGCTCAGGCATTTCATTTAGATTGAATGATCTGAAGCATCACATCTCACACAAAGTAGATAATAAATATTTGATGAATGTGGGATATTGATAAATATGCCTTTGATAGTATGGCTTAAGGAATTCTGTAATAACATGTATAACACAAATGCTTGGTTTTAAGCAAGATCTCTTTTCAGTCCAGTTGCCTGGTATCACAAATCACACATGAGCTTCTG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Seq C2 exon
GTCCTGTGGATGTTACTATTCAAGCCAAGTGTAACCCCTGCTTGTCAAATCCATGTAAAAATGATGGCACCTGTAACAATGACCCGGTGGATTTTTATCGATGCACCTGCCCATATGGTTTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003840:ENSRNOT00000005477:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138551=LRR_8=PD(11.5=12.5)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PU(87.5=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]