Special

BtaINT0148537 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
tousled-like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr19:47601338-47612583:+
Coord C1 exon
chr19:47601338-47601433
Coord A exon
chr19:47601434-47612415
Coord C2 exon
chr19:47612416-47612583
Length
10982 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGC
5' ss Score
8.8
3' ss Seq
TTTTCTTTCATGTTTTCCAGCGG
3' ss Score
10.57
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGCTGGGGGAAGCGGGCCAGGAACCAGCCCTGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCG
Seq A exon
GTAAGCATTCACCTGGAGAAATGTGACACCTGTTGTAGGGAGACCAAGAAGCCCAGGAACACTCAAGCAAAGTTTCTCTTCCATTAATTACCCAAGGGGAGTGAAGTCTTAAGGAGAAACGTTCATAGCATTACCTGTGAATCACTTAACTTAGATTCAAATCTGTATCAGTCAGTTTACATTTTATGAGAGCTGATCCTGTTCTCCCGGTATAAATCGATTACTTCTAGGCCTCAAGAAAGGGGTTTCCCGTCCAAACTTTAGGTTTTTATCCTGGCCAGACTTACATATTCCTGTAGTTAAATTCCTTTAAAAAAATTGTGGTCAGCTCCTGGTATTTGAATTAATTGGATGGCTTGCTCAGTGATGTAGTAGAGAAGCTAATACCGCACAGATTTGGGATAGGTTTGTTCTCTGATCTGAAACTCTATAAAAACATCACAGCCAAGTTAGTGGTTCTCAGGCCAGGGTAGTTTATCCCCTCAGGGGACATTTGGCAATGTTGAAGTAATTTTTGGTCAGAACTAGAGGGTGGGTGGAATGATGCCATAGGCATCTGCTGGGCAGAGGCCAGGGATGCTGGTGTACATCCTGCCATGCACAGGACAGGCGCCCACAACAAAGAATGATCCAGTCCAGAATGGTGCTAGTGCCAAAGCTGAGAATCCCTGAACCAGCTCGTGTAGGATTTTATGTCAGTTCACTCAAGTGCCTTTGGCTGATTTGTTGATACCATATGAGAACCCTGTACATAAGAGTGTATTATGTCCTTTGATGCCTCAGGTATTGCTGTGGGATCTTAGGGAAAAGGGAGACCAGGAGTTTTCATCCTAGGTCTCTGTTTCGGAAGGTTGCTTTTCTCTGCCTCAGCAGACTTGATTAATATTGCTTTTTTTTTTTTAAGTGATTTAGTCTCTGTATTGTTAAACTAGTTAGAATGTCCTTCTTCCCCTCTTCTGTCTCATAAAAACATGCGTTCATTAGGGTGATTATAATTAGTAAAGCACTTAGCAAAATGTATTCAGCTTGAAATTTTTTCTATTACTTTGTCATCATTGCCATATTTAAAAATATTATAAATGTTCAATGTGTAGATATGTTTGGTTAGGTTGAAGTTTGTTAGCTAACTTTTGAGGAGACCTAGATCTGTATTTTTATTGTTTTAAACCAGTTACAAGTTTTAAAATGTTAAATGGGATTGCAGAATTATCTATTTGGGACAAATAATGACTTGTAGAATTTTGTTATCTTACTACTCTTTTCTTCCTGAAAAAGATTTTTTTTCATTTGGTTTTCAGTAATGTGACCACCCATCTATCATGTGTCCATTTAAGTCAGGTCTTAAATGAAGACAAGAGAGAGGTACCTAAGTGATCCACAGACAGTCCTGCCACCTCAGTGAGTGGTGGCTGAGCCTCATTATCGTGCAAATCTAAGTATGTCTTGGTTGTTAAAATAGAAACCAACCTTAATTTCCTTTTTCCATTGCATTTTATCCTCCTATCTTAGATTCTGTGCTTCATTGTTATAATCAACTGATTTGTATATACCCTTCAATTCCCTTTCCCCACTCTGTCCATTATACTTGCCTGAAAAAAACTCAGCCCTGATTAAATCTAATTTTCCTTGCCTGTATCTAAGCGGTTCAGCCTGGTTAGAGAAAAGCACATACACCCATGCTGACTGATCTCACTTTAAGTTTGTGACCACCAACCTCATGAGCCTCTGAGTTGCTGCCAGTCCTATTATATTTCCATAGTTAATTCACTCTCCTAGATGAATATTTCATATTTTTGTCACTTTCTGCAGTCTTCCAGCAGCAATTCCTTCCCCTCTACTCTGTCAACTGATGACTTGACTTTTTTATTTTATTAGGAAAATAGAAGCAATCAAAAGAGAACTTTCCCATGTGTTTCTGCCAGCTCTACCAGGTTACTTGTGTCCTTATCCGTATCTGCCTTTTAGGATGCATGAACTGGACAGCCCTTTACTTGGGCATCGATTTCCCTGAAAATTATATATGCACCTCTCCTTGCCATGTCTGCTTATATAACTAAATGAATAGCTTAGAAAACGTCTGTAGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGTTGGGAATCTGCTTGCCAGTGCAGGGAACGTGGGTTCGATCCCTGGTCTGGGAAGAGTCCACATGCCACAGAGCAACTAAGGTCGTGCACCACAACTGCTGAGCCCGTGCACCCTAGAGCCTGTGCTCTGCAACAAGAGAACCACCTCAATGAGAAGCCTGTATACAGCAGTGAAGACCCAGAGCAGCCAAAAATAAATAGATAAATAATTAAAAAAAAAAAAACCCACAGAGGAGCTCTTGCTCACTAGCACAACAACAAATTGCTCTTTTTGCAGTCTACCCTGTCCCTGTAGATAACAGTTCACTGTGTCCAGTTTTTTAGATCATAACTTTATGCCCCATATCTCATCCATCAAAATCCTGTTTTCTTTTTAAAAAATAGCAGAATCCACCCTCTTTTCTGTTCACCTGGTTCTCTGCATCAGTCTCTAAAGTAGTCTCCTTGTTTCTGCCTGTGTCTCACCTATTTTCAATATAGTAAGTAGCCAGAATGATTCTGTGAAAAATTTAAGTCGGATCCTATTCAGAACTGGCCAGGGGCTTGTCCAGACTGTTCTAGGCTTATGTGGTCTAGAAGCTCCTACATAATCTTTGCTCCTCACATCCATCTGACTGCATCTGCTCCCCTTCTTCCTCATGCCACTTAAGCTGCACTGGCCTCCTAGAAGTTCTGTGAACACTCTGAAGCACTCTTTACTTCAGTGCCTTTGTACCTGCTATTTCTTCTTCCAAGAATAGCGTGATGAGCAAGTCCTTCATCAGACTGTTGCTCAAAAATGGCCTTGTCAAGAGAGGTCTCTCCTGGCCAACTTCTTTGAATAATAGTCCCTCTCACCTTGTAACTCTGTCCCTAATCCTGCTTTAATTCTTAGTTATTACTATCTGGCATATGTATTTAAAGTTTGATATATATATTTAAATTTTTATTGATTCATATTTATACATATAAAAGAGTATACATGTACATCTACAGCTTAATGAATGTTCACCAACTGTACTAGCACAAGAAACAAAGTACCAGCCCCTCCAGAAAGTCCCTTATGTTCCCTTTCAGTTATTAGCCCCCTCCCTGCGATTGGAGATAGCTACTGTCCTAACTTCTAATAGTAGCATAGATGAGGGCTCTTTTGTTTTTATACAGTGTATGAAAGGAACCACACACTATCTAATATAGTCTGGTGTCGAGTTTCTTTCAGTCAGCATTACTTTGGTGAAAGTCATCCATGTTGTGTGTTGTAGATCATTCACTGTCGTCATTGTGTGGCATAATTTTAATATTTTTATTTAATTTACAGATCTTAATTTTTAACTATACAGTTAGTTTGTTGCCCATCATCTTCCACCAGAATGTTAATCCCAAGAGAATTGGACCTTTGTTTTATTACTACTATTTCCATCTCTTACACTGTTTGTTACATAAAGGTATAATCATTTTGACTATTTCCCTCACTCCTTGGCATAGAAGAGAGATCTTGTTCAGTGTTTAGTCTCTAACACCCAAAACAGTGTTGGGTGCACAGTGGGAACGCAAGACAGACTATTTGTTGAAAGAGAAGAATAGAAGAACAGATAAAGAATCATTTTAGCTTTTTCCCTCCTAAGTGATTCTTCTATATTTTTTGTTAAATACAAAAAAGTACACAAACCCTGAGCCTTTGAGTTCAGGAGTTGGTAAACTACAGCCTACAACTGGCAGGCCGAAAATGATTTTTAGATTTTTTGAGTTATAGAGACAAAGAATATGTCACAGAGTTATGTTGCCTGGAAAGCCTAAAATATTTCTATCTGGTCCTTTACAAAAAATGTTTCCAGGCAGTCATTATGAAGTTAACTCCATTAATCATTACTTAGGTCAGAAAGTAAAATACTTCCAGCACCCTGGAAACCTTCCCTGATCACAACTCCCTCCCAATACTCTAGAAACAACCACTGTTCTAATTTTTGTGATCAGCATTTGCTTTTCTTTATAGTATTGTCATTATGACAGTTTTGTTAATCACGGCGTTTAATCTCCATGTTTAAATCTTCTGTATTCTGACTTTTGGCTGTTTGTTCTGTCAATTACTAAGAGAGGTATATTCATGACAGTCATGATTATGGGTGTACTTTGTTTCTTCCTGTATTTATATTTTTGCCTTACGTATTACTAAGTGATTCTCTTTATTTCTCCTGATACTTTTTGCTCTTAATGCAGTTTATCTGATACTAGTATATTCAAACCGCTGTATAGTGTAAATATTTCTGTTTTTATATTGTCAGCTTTTCATTATTATGTTTTCAGTATATCTGACAAGTACATAGTTGAAATTTTTTTCTTTATTCAGTCTAAAATCTTTTTTAAGGGAATTACGTAGTGGTCCAGTGGTTAGGAGTCAGCACTTTCACTGCTGGGGCCTAGGTTCAATCCCTGGTTGGGGAATTAAGATCCTACAAGCTGTGTGGCATGGTCAAAAAAAAAATCTTTTTTAAACTTCAGTATTTATTCTGTTTACACTAATGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCAACTCTGTGTGACCCCATAGACGGAAGCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGGAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTACTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGGGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTACAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAAGCAAGAGTACTGGAGTGGGATGCCATTGCCTTCTCTGGTTTACATTAATAAACATCGTTATATTGGTTTTAAATACTCTGGCTTTTAATGGTATCTGTCATTGCCTGTTTCTTGCTTGTTCTATGTCACTGTTTCCTTCAATTCTTGTTTTCATTTGGATTAAAAA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Seq C2 exon
CGGCGAGTAGAACAGCCTCTCTATGGTTTAGATGGCAGCGCTACAAAGGAGGTGTCAGAGGAGCAGTCTGCCCTGCCAACGCTTATGTCAGTGATGCTGGCAAAACCTCGGCTCGACACAGAGCAGCTGGCACAGAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCACTTTTGTCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015713:ENSBTAT00000020882:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=0.714
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development