BtaINT0164377 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007122 | ZFP2
Description
Bos taurus zinc finger protein 2 homolog (mouse) (ZFP2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001098146]
Coordinates
chr7:2375036-2384528:-
Coord C1 exon
chr7:2384432-2384528
Coord A exon
chr7:2375159-2384431
Coord C2 exon
chr7:2375036-2375158
Length
9273 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTTAAGCAGGAATTTATAGTTT
3' ss Score
-6.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCATATTCTCTGGATCCTGCCAATCCCCTGGGAAGGACACCACAGGAAGGAAGGAGAAGGCAATGGCTGCTGGGCCTCTACTTTGGGGAGTTCAG
Seq A exon
GTAAGCTCAGCTTTCTCTCAGACCTCTCTCTTACTCCTTGCTCCTGTAGTGTAGGTAGGCCTCACCACAGAAAACAGAACGATTGAGGTCTCTGAATGTTGGATGTTTTCCACAAAACCCTCCCTTGATGTCTCTCAGTTCTGTTCTCAGCTGCCAGTTCCTTATTCAGCTGGATGCCTTGGCCTGTTAATTTGTTGGTGCAGTTCAGGGGTCAAAAAAGGAACAGAAATCATGTGAGAGATGGTCCTTATAGGTGCTTATAGGGCTATGGACTCTCCAGGAACATAAAAGAGGTCACATTTCTACAGGGAACAGTCATGATGATTGTACATATATACGATAATAAGAAATTAAAAGATGCTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTACGACCAACCTAGATAGCATATTCAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGTCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTAATCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAAGCTGAGCGCCGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGTCCTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGATGACAGAGAATGAGATGGCTGAATGGCATCACTGACTCGGATGTGAGTTTGAGTGAACTCCAGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCATGCTGCAATTCATGGGGTTGCAAAGAGTCGGACATGACTGAGCGACTGAACTAAACTGAACTGAACTGAATGATAATAAGAACAAGTACAGTTAAGTACCCAGGTTGTCAGAGTTCCAGGACCCAGGTTTTCCACAGTTCAGGAGAAAGAGAAGATCAGTGTGGTGACCAGAAGTAGGGTTGAGTAGGGATATGTAGAGAGGATTTGCTGTAGTGAAGTCAGAGTGTCTGAAGTTTAAACTCCAAATATTATTTAACAGCTGCACTGTGTTGGGTGAGTGACGTGACTTCCTTAAGCATTAGTTCCTCATGGTGATGACAGAAATAACAGCATTAACTGAGTGGTTGCCACATACTTGACAGTGATAAGAATTTCATTGGACTTGTTTCATTTAATAATACCTACTTCATAGGTGTGGTGAAAGTTCAAATGAAATAAAGTAAAAAGAGCCCAGCATTGGTTCCTGGAATGTTGAAAATACTAGCTCAGTTGTAGGCATTCTTAACATTATTCCAGACACTAGGTGTTTTAGAGTTTGTCAACTGAAAAAAAATGCACAACATGAGAATTGTGAGTTAAGTTTTATTTGGGGCAAAATGAGGACTGAAGGCAGCATTTCAGAAAGCTCTTAGAAACTGCTCCAAAGAGGTAGGGGGGAAGGTTAATATGTATGTAATTTGGGGAAGGGGAGTACATGCAATCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGAAGGTTACTGCTAGTCACATGGAGCAGATGTCACCATGAAGGATTTTAGTGCTTTTCTAGATATGACAGGATGCAAGAACTGGGCTCATAATATTGTCTCCTGAAAATAAAGACCTGTCTAAAGACCTGTTCTGCCAGTTTTCCCAGAAGACAGATGCTTCATTCCTGATCTCCACCCTGAACTCTTTTCAGGGGGTGTTGAAGGTCAGCAGTTGCAGCAGCTCGTGTGTAGAGGTGGATGGCAAGTACCAATTTGTAGGTGACAAGTTTTACAGGTGGAGTGAAGGTAACAAGGGACTGGAAGTAAGAGGGCATCAGAGACAAATTTGGGGTCAAATACCAGGAAGGAGGAGTTTGTGTGTTGGGTGGGGTAGTAGGCCTGAGAGTAGAGGAGGAGTCAGAGGAATTTAAATAAGGGAGCTGGCATGATGAAAGCTTTTCTGAGAAGAAGCAGAAAAAATCAGAGGAAAAAGGTGAATAAGGAGCCTAGGCTAGTTTTGCTGTGAGAGATTGCTTGAAATGGATGCTACTAGTTTTTGCTAGAACTTGAAGTTGTTGCTTCTCTGGAAAAGGAAGTAAGACATCAGGAGGATTTGACCCAGGAAACTCTTAAGTTCTTAGGTGTTTTTTTGTTTTACTTTTTAAGTTTAGGTATAGTTAACCTTGTCTGCCATCCTAAAGGACTTGTGGTGTTTTGTCTAGTCATAAGGTAATATGTTAGGAGTCTCTTGAATATGTCACTTGGTTATTTATAAAAGGAGCCAGTCTAAAGACTTCATGAAGACAATCACTGTCATGATTTCTCTTTGTACTACTTTCTCTCCTCAGTGTTATCAAGCTCAGTTTTAAAAGGAAACATAATTCACAAAAATAGGTACTATCAGAGAATTTCTGGAAAGGAGGAAGATTTAAAGGGGGAAGCACTCAGAAGATTTTAGTTGAAGAAGGCTTCAGTTTGGTTGTCAATAGCCTTGATTTTATTTTATTTAGTTAAAATGCATGCATGCGGCATGCTAAGTTGCTTCAGTCATATCTGGCTCTTCGCAACGCTATGGACTACTGTAGCCTCCCAGCTCCTCAGTCCATAGGGTTCTCCAAGCAAGAATACTGTATTGAGTTGTCATGCCCTCCTCCAGGGGATCTTCCTGACCCAGGGATTAAACCTGTGTCTCCAGTGACTCCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTACTGCTGAGCCATCAGGGAAGCCCATTTAGTTTAATAGTGCTAACTAACTTTATTTTTCACTTATCATTTACATAAAATAACCCAGTTAAAGCATACAATTCACTGAGTTTTGACAAATTTGTGCACCAACATCACCAGTGCCCCAGTCAAGCTATAGAACATTGTCCTCACGCCAGAAAGTATCCTCACCTGTTTCCTATCCACAGCTCCCATCCCAGGTTCCTACACAAAACTCCCATCCCAGGCAATCACTGGTTTGATTTCTAAATACTTAAGTGTTTGTTTCCTAAAGTTAAGGACCCTGTTTCATGTCCTTACACTGATACAATTCTGTTAGCTGATCTGCCGACCTTAGTCCTGTTTTGCCACAAATGTCCTTTATCTGATCCAGGAACGAATCCAGTTCTCACCTGGCATCTAAATGTCCTGTCTCCTTAGTCTCCCTTAATCTGGAACAGTTTCTCAGTCTTTGTCTTTGATGACCTTGACACTTTCAAAGAGTATAGTGATTGATTTAGGATGTATCAGTGCAGTGTTAGAGCTGTGTTCCTTCTTTCATCTTTCCTAATATTTCCATCTGTCCTATATTAACCAGTTATGTGACTGTGAATTGCCCAAGTATAACTTGCATTTGCCTTTAAGTTTTATCCTCTTTTTCTGAATATAAATATTAAGCATATAGTTGTAAAAAAAATTAAGGTGATAAGGTTATAAGATATACTTCTAGGTCTCAAATCCTCAAAAATGACTGTGGATGTACATTCTTCTAGCCTTTTAAGATGCCTTTTTGTGTCCTTTGTCCATTTTTATGTTGTTTATATATAAAAGAAATGGATATTAGTCCTTTGCCATAAATCGCCATTCTTGTTCCCTGTCATTCAGCTTTCTTTTAAACTTTTTTTGTTTTTTAATTTTATTTTATTTTTAAACTTTACAATATTGTATTAGTTTTGCCAAATATCGAAATGAATCCGCCACAGGTATACCTGTGTTCCCCATCCTGAACCCTCCTCCTCCTCCCTCCTCATACCCTCCCTCTGGGTCGTCCCAGTGCACCAGCCCCAAGCATCCAGTATCGTGCATCGAACCTGGACTGGCAACTCGTTTCATACATGATATTATACATGTTTCAATGCCATTCTCCCAATTAAACTTTTTTTGTAATCTTCAGCTACAAATAAAGTTTTACGCAGTTAACATTTCTTTTCCTTTGTTTGGCTTTGGAATTATTGCTATGAAAGGTTTTCTGTAGCCTAAGTTTATAGAAATACTCTTCTACATTTTCTATTGGTTTTTATCATTTTAAATTTAGTTTCTTGAGCTATCTGGAATTTATTGTACACATGTGAGGTTGGAATCTAACTTCATTTAATGTGTGGTGAGGCATTTCATCATCCATCCTTTCATTAAACAGATTTTTAACACCTGCCTACCATGTGCTAAGCAATGTTCTGGATGATGGGAAGGTAGTAGAGAATGAAACGGACAAAGCCCTTTCCTCCTTGATTTTCTCTTCTAGAAAGAGTAGGCAGCAATGAAGAAGAAATATTACTGAGGATGTTGTTACATGCTGTGGTCACCAGACAGTAGGGTAGCCTGGCTGAGTGTGACACGGTGTCTGCTTTAGCCAGGCAGAACTAGGTTGGCACGTTTTGAGGAGATGGCATTCAAACTGTTGTACACCTATTGAAATAATATATTGAGTGCTCTGCTTATTCTTGAAAGATTTGAGATACTACCTAAATTTACACTAAATTAGATATACTAAATTAGATAACACTAAATTTATATATGTATATAAAATGTTTACATATAACATATTTAGATACATATACATACACACTTGAGTTTATTTTTCTGAATTCTGTTCTGTTGCTCTATTTCTACTGTAGTACCACTCTATTTTATTTGTTTTAGAATTTTCTTTGTTAGTTTATAAAGAACATCCCAACCTCCTTTGGCTACTGTACTGTTCATCTACGTTTATCCTTAGGGTCAAATTTTATTAACTATTATCAAGTTCAACAGAAATCATTAAAGAATATGCAGTTTTGATTTGGGTTCACTAACTATATAAATTTGAGGAAGATTACCATCTTTACAATATTTATTCTTCCTATTGAGTAAAAAAAAATTACCTTTCCTTTTATTCAGATCTTTCATTATGGTTTTTGTTAACTTTCATCATGAGGATCTTGCTTATTCCTTGTAAGTGTATTCTGAGGTGTTTCAATTTTTGTTCTAT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Seq C2 exon
TTTCAGGATTCAAGGATGTGTCTGCGGACTTCACCTGGGAGGAGCAGATCCATCTAGATTCTCCTCAGAGGAACCTGTATGGGGAAGTGATGCTGAGAAACTATAGGAACCTGGTTTCACTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007122:ENSBTAT00000009371:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]