BtaINT0165107 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013592 | ZNF248
Description
zinc finger protein 248 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13041]
Coordinates
chr28:13225652-13238893:+
Coord C1 exon
chr28:13225652-13225693
Coord A exon
chr28:13225694-13238766
Coord C2 exon
chr28:13238767-13238893
Length
13073 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AAAGGAATGTACTGTTACAGGAG
3' ss Score
3.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTCCCTCCTCCACTAAGAGTGAAAAATGAACAAATCCCAG
Seq A exon
GTGAGTTTTTTTTTATTCCCACTTTATCTAAAATGAGTTTTCTAAAGTTTTTAAAGGGATCAGCTCATTTGTGTTTCTAGCTTCAGTAGCAGATAGTCCTGGCTTTTGTTTCTGCATTTCCACTTAAATTTCAACCTAATACATGCAGTCTTGCTCCTTTAATACCTCTCCACCTGAATCATTTCTGGAAAAAGCCACCAAATTGTAGTCAAATCCAGTTTTTGTCTTTGTCTTAGTCTTAGTGGACCCTTTTGCAGCATTTGATACTATTATGCATAGTCTGTTTTGAAAGTCTGCTCTGCTGTTGTCTTTGACGCTACGCTCCTAGTTCTCCCTTTCCTAACTTCTTCCAGCGTGAAGTTGTCTTTGCCTTTTGCCCCAACATTGCTTATCCCTGGGTTTATTGCTTATCCATTGTTTCTCTGTTCTTAGACAACTGCTCTTCTCAGATACCTATTTTTCCTGACAACTTTTGTCTTTAAAAATTAAAATACTTTAAAATTGTTAGTATATTAACATGGTTTTTAGAAAAATGTAAGTGATACAGAGAAAGTAAAAATTCACATCCCTTCCTCTCTGTACCTTAGGCTTCCTCCACGTAGGGTGACATTTGTTTCTCATCTAAACCGTGTCTCTTTCACTGAGAGTGAGAGAGGTTTTATTAACGATTATGCTGGAACAACTGGCATATATTGGGACAGTCCCAGATAAACTGCAGTGTACAGTCACTCAGCTATAGGTATACATTCTTTCTGGTTTCTTGTTTGTCCTTCCAGTGTTTCTTTATTCAGTTGAAAGAAAGTATGAGCCCTCTTTTATTTAAATGGGAATCTATTATATTAGGGCTTTTTAAGTTTAGGTGCACCTGTACATACCTGGCAATGTCTTAAAATGCAGATTTTGATTCAGTAGATCTGGGTTGGGCCTTGGAAGGTGCATTTCTAATCAGATGGAGCTGATTCTGCTGCTCAGAGAACCACACCAAGTAGTGAGTCTAAACACTGTTTCCCATTCTTTCTTTTTTTGGTTGCTTTTTTCACTTCTTTTTTCAGCTTGTCCCAGGGAATCTGTCTGTAACAGAACGTGGATTACTTCTTTCTTTGTTATAATCACATGGAAATTCAATTCTGAATGTTCCATAGTTTATTAAACTAGTAATTAACTATTTCCAACCTTTTGCTACTATAAACTATGTTTTGATGAATAACTTTGTACATTAGGTTTATTCTATCATATACATCCCCAGAAATGAGATTTATTCTGTCAGGTAAATTTCCAGAAGTGATATTTGGGAATATATAAATTCCCAAAGGGTTGACTACAATTGATAAACTTGATCTGTTTGGTGGGATTATAGATACTTTGTACTTACATTGGCATTGCATGAGAGTGCTTTTTCTCCACAGCTTCTCCCATAGAAATAATGTGGTTCACTTTTGGATTTTGACATCTGATAGGTAAAAATTAGTATTTTATGTAGTTTACATCTGTACTTATCCTAATGCTCAGTGAGATTGAAGATTTTTTTCACATATCTAAAAGATGTCTTGTTTTTATGTTTCTGTGATCTGTTCATGTCTTTTACCCATTTTGCTCTTAGGTTTCTGGCTTTTTTTTCTTTTTTTCAATGTCTGGTTAGCTCTTTGCATGTTAGTGATACTAATGCTTATCTTTCATATAAGTTACAGAATATTATTTTCTTGTATATCATTTGTCTTTTGATAATTGTTCCTGGTCTCCCTCCCCTCCCCATGCAGGTGTTCTGCTTCAGGATACCACATTTCACTTAGTCATCATGTTTCCTTAGGCTCCCCTTGGCTGTGACAATTCCTCAGATTTTCCTTGTTTTTGATGACCTTGTCAGTTTTGAGGAGTATAAATCAGGTGTTTTGTAGAATGTCCTTCACATGGGAATTGTCTACTGTTTTTCCTATGATTGATTATATTGGGGTAATTGTTTTCTTGGAGAAAGACCAGAGAGGTAAAATGTCATTTGGTCATGTCTTATCAGGGGTAAATTCTCTCAAATGACTTTTCACTTTTCAAAAAATGATGTACCACTGTTGATCACCAGCCTGAAGCTGTGCAGTATTAACTTTCTCCACTGTAAAGTTACCCGTTTTTCCCTCTGTTTTCGTAATATACTGTTTGGAAGGAAGTGGGGGGTTATACCACCCCTCCTTCTCAGTGGCGTATCCACATAAATTAGGCATTCTGCACAGGAGATTTTAATATTTATTAACTCAGTCAGTGTTTAATATCAATATGAGCTCATGGCTAGTTACTTTTTACTTATTATAGTCCAAGTACTACCTTGTTCACTTTGTTGCTCAAATCGTTTGTCCCACCTTGGTTATTAAATAAACCACTTTCAACGAACCCCATTGTTGTGTTTCTGTTTGAGTACTTCTTCTATACTTTCTGATGCTAGAAGATAGTCCAGGCTCATATTTCCTGCCCTAGAATAAGCCATTTTCCCCTGAAGAGCTCTGCTTCCTTTTATTGGAGTTTAGTGTTAGAAACCAAGACTGGAGGGCTGAGTATGCTATTGGTTTGTAATTCCTTATAGATCCTGTCAGCTGACTGAACAAGAAAATATTTATGTATACTAACACATATCTATGAATATTTCAGCATGTAACCATCTGTATTTATATTAAGCTAAGTATTAGTTCACACTAATGTCTCCTGCTGTAATCATTATCACCTGAAACATTCTGACCTTGTCCCCTTGCTTGTCTATAACTCCCATTCCAGCATTTTGGCCACCACCATCATCATTTCTTTACTTAATTGTTCAATTCCAGCATACATATATAAGTTATTTCAAAGTTACTAACCTATGGACTCTTGGTTCCTTCCAGTTTTTGGTCATTATGAATTAAGCTGCTAGAAACATATGTAGGTTTTTACCTAGATACATGTTTTTTAAATAGCTAGAGTGTGAAATTAAAAATACTTGATCATATGTTAAGACTTCAGCTTTGTACAAAGTTGAAACTGCCCAATTATTTTACAAAAGTGCTGTATCATTTTATATTTCTAATTATGAATGAGAATTCCTCTTGTTCTGCATCTGGACCTGAAATTGACATTGTCATTGTTTTAGATTTAATGGTTCTAATAAATGTGTTATGGCATCTCACTTTTGTTTTAATTTACATTTCCTTAATACACATAATGGGCTTCCCTGGTGACTCAGTGATAAAGAATCCGCCTGCCAGTGCAGCAGATGTGGGTTTGATCCTTGGGTAAGAAATATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAATCCACTGTACTATTCTTGCCTGGGAAATCCCATGCACAAAGGAGGCTGATGGGCTACCGTCTGTGGGGTCACAAAGAGTTAGACACAACTTAGTGACTGAACAACAACAATGACAAATGACATTGAGCATTTGTTCATAAATTTATGAACTGTCTGTATGTCTTTACTTGACCTGTTCACATTTTTTATCCATTTTTTAATTAGGCAATTTATTTTCTTACTAATTCTTTTGTATATTTTAAATGCAACTTCTTTATTAGATATATATGTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGTTTGTCCTTTCATTTTCTTAGAAATGACTTTTGCAGGGTAAAATATTTTTAATGAAAGCCAATCCATGTATTTTTTAAAAAAATGGAATGTGATTTTTCTGTTGTATTCAAAAACTTTTCATGAAACCCAAGATCACATAGATCTCCTATCTTCTGTGTTCTAGAAATTTAATAGTTTTGCATTTTATATCTAGGTCTGTGATTCATTTTTGTTAACATTTGTATAAAGTGTAAGGTCTGTGTCTAGGTTCATTTTTTTTGCATAGATGTAGAGTTGTTGAAGCATTTGTCAAAAGACTGTCTTTTCTCAATTTAAATGCCTTTAGGGCTTTGTTGAAAATCAGTTCACTAAAACAAACTGATGAATATGACAACAAAGAAACAGACTCACAGATACAGAGAACAAGCTAGTGGTTATCAGTGGAGAGAGGGAAGTGGGGAGGAGCATGGTAGTAGGTGGTTAAAAGGTATAAACCTCTATGTATAAAATAAATAAGCTATAAAGATATACTGTATAACACAGGACTATTGTCAAAATTATATAACCATTATAAGTGGAATATAGTCTTTACAACTTGTGAATCACTGCGTTGTACACCTAAAACTTACATAGTATTATGCATCATCTATACCTTTTTTTATTTCATCAGGTGACTATATTTCAGTGGATCTGTACCTGGACACTCTATTCTGTTCCATTAAGCTATGGGCTTCTTTCACCAATAACGCCCTGTCTTGGATATTAGTTGTTGTTGTTTGGTCACTCAAAGTGCTCGACTCTTTGCGACCCCATGGGCTGCAGCACCATCTCCCAGAGCTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCTGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTGGTCCCCTTCTCCTCCTGCCTTCAATCTTTCCCAGCATCAGCATCTTTTCCAATGAGTCGGTTCTTAGCATCAGGTGGCAAAAGTATTGGAGCTTCAGCTTTAGCATCAATCCTTCCAATGAATATTCAAGGTTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGTTTGATCTCCTTACAGTCCAGGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAGCACCACAGTTTGAAGGCATCAATTCTTCAGAGCTCAGCCTTTTTTATTGTCAAACTTTCATATCTGTACATGGCTACTGGAAAAACCATAGCTTCGACTATATGGACCTTTGTAGGCTAAATAATGTCTCTTTTTTAATATACTGTCTAGGTTTGTCATCGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGTGGTCACCACCCACAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAGTCTGTCACTGTTCCCATTGTTTCTCCATCTATTTGCCATAAACTGATGGGACCAGACGCCATGATCTTCATTTTTTGAGTGTTGAGTTTTAAGCCAGCTT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Seq C2 exon
GAGCAAGTGTCATTCAAAGATGTATGTGTGGACTTCACCCAGGAAGAGTGGTACCTGCTGGATCCTGCTCAGAAGATATTATACAGAGACGTGATCCTTGAAAATTATAGCCACCTTGTCTCAGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013592:ENSBTAT00000025240:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]