MmuINT0178803 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030145 | Zfp248
Description
zinc finger protein 248 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1919970]
Coordinates
chr6:118433305-118453887:-
Coord C1 exon
chr6:118453846-118453887
Coord A exon
chr6:118433432-118453845
Coord C2 exon
chr6:118433305-118433431
Length
20414 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AAAAGGATGTTTTGTTCCAGGAG
3' ss Score
5.3
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTCCCTCCTCCACTCAGAGCAGAAAATGAACAAATCCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCAAGTGTCGTTCAAGGATGTATGCGTGGATTTCACCAAGGAAGAGTGGTATTTGCTGGACCCTGCCCAGAAGGTGCTTTACAGAGATGTGATCCTGGAGAATTATAGCAACTTCGTCTCCGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030145:ENSMUST00000069292:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types