BtaINT0165215 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000943 | ZNF286A
Description
Bos taurus zinc finger protein 286A (ZNF286A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001110443]
Coordinates
chr19:33674605-33678381:+
Coord C1 exon
chr19:33674605-33674693
Coord A exon
chr19:33674694-33678266
Coord C2 exon
chr19:33678267-33678381
Length
3573 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AAGTATGTTTTGTGTCTTAGGCA
3' ss Score
7.21
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTGCCTCCCCAGGATTCTCCCTTTTCTCAAGAAAACTGCACAGAAGAGGGAGAAGTGGCAGCTTTGCGCCTCACAGCCAGATCGCAG
Seq A exon
GTGAGTGGAAGTCTCTGCTGATTATTGAAATTCACCTTATCTCTCAAATCGTGGACATGCTCTCTTCTGTTTGAAGTGGAGTTTCTGTGCCCCGCTAGAGCCCATCTGGAGAGCTGAGTTCTGATTCTAAGAGATGACTTGAGTGACTAGTGGATTCGGTGGGAAATATTTTCTACTTCTTCACAGTATCTTGTGCATCTAGTTTTATCACTGAGCAGGCATGGAAGGAGCTTTGCCCTTCTTTAACGTAGCAGCTAATTTCTGTACCTGGTATTTGGAAATGATTTTAAAAGATAGTGTGGTGTACTCTTCTTAAAATGTATGTTTCAATAGGGGGAAACAGCATACACGTGACTGTTAAGTAGGAATTTAAGAGAGCACCTTAAGTGCTGGAGTGAATTATGAACATAATTACTCAGATAGTTCAAAGAAATACCGGAAGAGGAAGCCTGTAGAAGGATTCTAATCAGCCCTCCAAGATGATGAATGCTCAGGTATTTTAGAGGTGAAGTGTTATCAAGTTGCAGCTCACTTTCCAATCTCTCCCTTCCTCAAGGGCTGATATTAAGAATTGTTAATTTGGGACTTCAATGACAGTCCAGTGGTTGAGACTCTACTTCCACTGCAGGAGGCTCAAGTTCAATCCCTGGCCAATGAACTAAGATCCTTTATGCCCTGTGGTGTGGCCAAATATATATATATTAGAATTGTTGGATATAAGTGATAGTTGTAATATATGGGTGATTGGTATAGTCTTTCAGCTTTCTTTGCATGTCCAAAAATTTTTAATTTTTATTAAACTTGGGTAGGAGAAAAGAGTTCTCCCTGATATGTGTCATACCACAACCCAAAGATTCCTCCACTAGCCTCTCTCTTGGCTGCTTTAATCCAGAGTGTGAAAAGTGGGCCTGGCACATTCCTACCGTTTAGCAAAGTGATTTCTCAGGATCCTTGTGGACTTGGTGGCTTCCGTTGGTTTCTTGAATGTCTTATATGAATATTGAAGATGTTATCACTCAAGAAGCTTTTTAAGTTGCAGCTAATGAAAATTCTAACTGGCCTAAGCAAGTTTATTGACAATTATAAGGGAAAAGCCAGGTCTGGCTAAAATTAAGTTCCGACAGTAGCATTAGAACCTGTTTTCTCCATTTCAGTCACCTTTTCTTTTCTCTCTGTGTGTTTTGCGCTCAGTCTTTTCTTATAGTGCAGGCTGGCCCCTAACAAATTTAGGCTTACATCTTCCCATGTTGAAAATCAGAGGAAAAGAACATCTTCCCTTCTGGTAGTTCCAGATTCCAGAAGTACTGAAAGTTAACTCTAATGGGTATTATACCCTTCCTTGGACCATTATTGACCAAATCTGAGTGTGATGATCAGAGTGTAGACCTGAGCACACACATGTAAACCTGTATCCCACCTGTGGGTTAGAGGTGAGCTAGTACTGCCTGAACTGCGTGGACTAAACGTGGCCGGTATGGCAGCCAGAGGACAGTCAGGGTATAAGCACCAGAAGAAGGGTGAATGCTTAATACATTTCAACAAGAGACTAGTTTCGAGAGTTGTTACAGCTTCAGGATGGATTAAACCTTTTATGGAAATTTTGAAAATTCTCTGTGTGTCCTTTTTGTATTGCATTAGATTTTGTTTGATGCTAATATTGCAACTGTCTGTCTTATTAGAATTTGCCTGGGCTGTGAATCTTTTTTTAATGTTTTAAAATTTTGCTCACAGTAACCAGGTGAAAGGCACAGACATGTATAACTATAAAAGTATGTTATGCGTACTAACCTCACCAAGTTGTTTGCTACCTCTCCCTACTGAGGATAACAGTTTGGTATGTATTTTTCCATATGTTTCCCTTGAACTTGAACTACTGTATTCAGACATGTAGTATACTATGTTTCCTTCCGTTTCTCCACCCACCCACCCAGTCCCCAACTTTGGGGGTTTTGTCTGGATCTCTTTTTCTGAAAAGAGGATGTGTCTGTTTTAAGAAACCTTTTTATAAGGGAAATGAATTTATTCATATTAATATAATTACTTGTGTGTTTCACATTTTTGTTGCTGTGTGATTTTTGTAATTCTGTTTACTGTGCTTTCTCCTCCTATATTTTTTCTGCCTTTTGTGCAGTAGTTTGCATTTTGTTTTTCTGATTTTTTGTTTGTTTGTTTTTCTGATTTTTTTTTTTTAATGGTTTAGAAGTTAATTTCCACTGTCAGTTTAGCTATAGATAGGCAGATTGGAGGATCAAAGTCATTTTTTCTCATAGTATCTTGTTTACTTAGTAGCTTATTAATGATTTTTACATTTTCTAAGGATGATTCCTATATTTTTTTAAGTCTCTAAGATTAGTTCCATTTTGGTAAACTTTATTTGAAATAATTGGAGACTTATGTAGCAAGTGGTAGAAAGATTTCTCATGTATGTACTCCATTCAGATTCTCCAGGATTTAACATTTCACTTCATTTATTACTTTCTTTTTCCAGAATCAGGAAGTTGATGTTGTTACAGTACTATAACATACTGCTCTTATTCATGTTTCCCAGTCCCTTATTTTCCTTGATTTTCTTCCCCTTAATTTCTGCTTCTATCCTGTAATTCCTTCTGTTTCCCCTCATTCTGTCTCTAATTGACTTGTATGCTGTGTTCACTTAATTACACTAATTTTTTAAATGAAATGGAAGTGTTTCTTCGGACACTTTTAGCCTTATGACATTGATTTTTGCCTTTTATTTCATTATTGTTTTGAAATTTTAATATTTTTGTAATTAATTTTTTAAATTACCATCAGTTATTGCTTTTTCATTTCTGTTTTGAAATTTATTAACATTTACTTTGTTACTTTTGCAAATGCTTTATGGATATTTAAATAGAAGTTGTTTTCTATCAAGTTATAGCATTTGGTATATTTATTTCAACAACCTAGAATATTATTCCCATTCTCTATCACTTAAAGAGAAACGTTCGGTACTGGTATGTGTCTTTTTCCAATGAGTTTTTGTATTTTGTGTGTTAGATAAACTCAGTCCTAAGGTGTTTACATATGAACATTTACATTTTATATCTGTACCCTTTCTTAATCTGTTGATGTCATTTTCCAGTTTAATGCTTCTTGCTTTGAATTGATTCCGTGCTTCACTGAGCTTGTCCAGTCACAAGTTCTGTGTAAATTATCTTTCAAATTTTTTATTGGGGACTCACAAGGAGAATTATACAGATGTGCTTTTTGTCTCTGCCTGTATTTCATTTACTTTGCCAAACTGTTTTATTGATTCATTGGTTCCTGTTTTAACTCTTTATTCCCCAGAAAAAATGATAGTCTCTCAGTGCAGAAACCATGGTCTTCCTTTGATTCTCATGTTGGATCTTGGACAGTGTGCCTGGCACATAATTGTTGCCCAGCGACTTTACATGGAAAGTCCAGAACACGTGAGAATGCTTGTCTCTTACTGCAGTCATTCCCCCTGTTAAATACATCTACGCACTTAACTCCAGGACCAGCAGAAACTGAGAGGTGATAGGGAGACTGCGGAGAGACGGATGGTGAACAGAAGTATGTTTTGTGTCTTAG
Seq C2 exon
GCATCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCCATGGACTTTACCCCAGAGGAGTGGGGGAGGCTGGATCCCACCCAGAGGGACGTGATGCTGGAGAACTACAGGAACCTGGTCTCACTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000943:ENSBTAT00000001247:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.900 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=94.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development