BtaINT0166083 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008836 | ZNF782
Description
zinc finger protein 782 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33110]
Coordinates
chr8:84910166-84934961:-
Coord C1 exon
chr8:84934911-84934961
Coord A exon
chr8:84910293-84934910
Coord C2 exon
chr8:84910166-84910292
Length
24618 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GTAGAAATATATTGTTACAGGCA
3' ss Score
2.64
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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AATGGGTGTTGAATTTTGTCAAAAGCTTTCTCTGTGTTTATTAAGATGATCATATGGTTTTTATTTCTCAATTTGTTAATATGGTGTATCACATTTATTGACTTATGTATATTCAAGAATCCTTGCAGCCCTGGGATAAACCCCACCTGATCATGGTGTATGATCCTTTTAACGTGTTGTTGGATTCTGTTTGCTGTAATTTTTTTGAGGATTTTTGCATCTATATTCATCAGTGATATTGGCCTGTGATTTTCTTTTTTTGTGGTATCTTTGTCTCATTTTGCTATCAGGGTGATAGTGGCCTCATAGAATGAGTTTGGGAATATTCCTCCTTCTGCAATTTTTTTGAAAAATTTCAGTAGGATCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCAACTGCATGAATCGCAGCACACCAGGCCTACCTGTCCATCACCAGCTCCCAGAGTTCACCCAGACTCACATCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCTCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCGTCCCAGCATCAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCACGTGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGCGCTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGATGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATATCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCACCTGCAGTGACTTTAGGGGCCCCCCAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTATTTCCCCATCTATTACCCATGAAGTGATGGGACCAGATGGCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTTCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCAACTTGTGTTTCTTCCAGTCCAGCCTTTCTCCTGATGTACTCTGCATATAAGGTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGAACTCCTTTTCCTATTTGTAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGATTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCCAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCCATGATCCAGCGGATGTTGGCAGTTTAATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACTAGCTTGAACATCAGGAAGTTCACGGTTCACATATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTACTAGCATGTGAGATGAGTGCAATTGAGTAGGATAGGTGTTAACTATTCTCTAAATGTTTGATAGAATTTGCCTGTGAAGCCGTGTGGCACTGGGCTTTTGTTTGTTGGAAGATTTTTGATCATGGTTTTGACTTCAGTGCTTGTGATTGGTCTGTTCCTATTTTCTGTTTCTTCCTGGTTCAGTCTTGGAAGGTTATACTTTTGTAACAATGTGTCCATTTCTTCCAGGTTGTCCATTTTTTTGGCATGTAGTTGCTCCTGGTAGTAGTCTTTTATGATCCTTTGTATTTCTGCATTGTCTGTTGTAGTTGCTTTTTCATTTCTAATCATATTGATTTGAGTCTTCTCCCTGTTGCTTTGATGAGTCTGGCTAATTGTCAACTTGGTTTATTGTCTCAAAGAACCAGCTTTTAGTTTTATTGAACTTTGCTCTTATTTCATTATTTTTTCATTTATTTCAAAATAAATCAAACATCTGATCTCTATGCTTTCTTTCCTTCTACTAACTTCGTCAGGTTTTTTGTTCTTTTTCTAGTTGCTTTATATTCTAAGGTTAGGTTGTTTATTTGATGTTTCTTGTTTCTTGAGGTTAGCTTGTATTTCTGTAAACTTCCCTCTTAACACTTCTTTTATTGCATCCCGTAAGTTTTGAGTTGTCTTTTTTGGGGATAGTAACATACTGTTTTGATGACTACAGCTTTGTAGTATAATCTCTAGTCAGGTAGCCTGATCCCCTCTCCCCATCCCCCCAGTTCTATTTTCTTTTTCAAAATTACTTTGTCTATTCAGGGTCTTTTGAAAACATTTAATCTTTATATTGTTGAATTTAGCATTTTTTTCTTTTATGTTTTGTTGATTTTTAGTCATTGTTGGCCATTACCCACTATAACGATATAAAAGAATTGTTCTGTGTAGTCTTTTAGAATATGGTTTTATTTTTTACATTTAAATCTTGAATATATTTTAATTTTTCCTGCTCTGTGGTGTGATACATAGACCTCTCTTTTCCAGATGGCCATCTATTTATCCAAATGACATTTGTATCCAGCCTTTCCTCACTCATTAAATGATATTATCTGTATTTAAATAGGAAAGTGATTCTGTTTATCATTCTTCCTACTATCCACTTTCTCTAGTTTAAGCTTAGACATCTTTCTGGGCTCTCACTAGTGCAGTGCTCCTTTTGCCCACTTTTATGTTTGCATTAGACTGTGGACAATAGTATTCTAATTTTTTTAAATCTAGTATTACCTTACCCTCTGTCTTCCAGAATTTTTTCAAAATTCAGGCCTTGTGCTGAGATTTTTTTGCATTTCTGTTTTGTCATATTTTTATTACTTTAAAAGTTTTGTATTTTATCTGAATGTGTTTTTGGAGACAGGAGATATAAGTATGTGTGTTTAGTCTATTCCCTTAAACTAGAGAAACAATTTTTGGTTGTAAATCTCCCTGGTGGCTCAGACAGTAAAGCGTCTGCCTGCAATGTGAAAGACCTGGGTTTGATCCCTGGGTCGGGAACATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATTCCATGGCCAGAGGAGCCTTGTAGGCTACAGTCCCTGGGGTTGCAAAGAGTCAGACATGACTGAGCAACTTCACTTCACTTCACTTCACTCTTAATATTTTTGTTTTCTCTTTTTACCACTGAGAATGTATTTCTCAGCCTTCCTGGCTTATCTTTATACCTTACTTTTAAATTTTGCTATTCCCTTGAATTTATTCCTTGGTTGTTTTCTTTCCTAAAATTTCTATATCCTTTCTGAACCAGCCCTTTTTCTCTAATGACTTCAATAACCATCTTAAGGATTAATGTCTCCTAAATCCTTTTTTTCATTTTAGACCTTCCTTCTCCATTCCAGGATCATGCAGCCAATCATGAAATAATTCCATTTGTAAATTCTGCAGGTGTTTTGTGTACAATTGAACAACATCTACTCTCTGTGACCCAACTTGTGATTCTTATTTATTTTTCCAGTCTCTGTGTATGGCATCAGCATCTATCTTGGTTGTGGAGCATTTCTTTGTATAGCTATAAAAAAAAAATAGTGACCAGATTTTTTTCCTCTAAGAATTAATTCCCTTTCTTTATCTCTGTTGCTTTGCCTTAGGATAGATCATCCCTAAAATTGGGTAGTTTGTTTTGTTGCTGAAGATATTATCCACTATTCATATAGAGTGATAGTTCTAATGAGGAGAGATTTTTCTTCCTAGGAGACATTTGCAAGTATTTGAAGATATTTTTGATTGATGCTATTGATATCTGATTAGTAGAAGTAGGGATGCTGGTAACCATCCTGAAATACACAGGACAGTCTTCCACAGAAATAACTTTATCTGGTCTAGAGTGTCAGTAGTGCCAAATTGAAGAAACCCTGTTCTAGTGTAAAGGCGGAGTTGCTCATCTTTTATAGCATTTTGTTTTAAACTCTAAACAGTTAAACATATGTTAGGAGAAAACCATGGTTTGAAAGTATACACTCACCCCAGTGTTCATTGCAGTGCTGTTTACAGTAGCCACAGCCTGAAAGCAGCCTAAATGTTCATCAAAGAATCTATATAGATATGGTGCATATATACAATGGAATGTTACTCAGCCATTAAAAAATGAAATAATGCCATTTGCAGCATCATGGATGGAAAGGTGGGGAGGGAGGGATAAATTGGGAGTTTGGAATTGACATGCTATGTTGTGCTACTGTATAGCACAGGGAACTCTGCTCAGTATTGTCATAACCTAAATGAGAAAGGAATTTGAAAAAGAATATATATGTATATATAAATCTCTTTGCTGTACACTTGAAACTTACAGAATATTGTAAAACACCTATAGACCAATATAAAATAATCATTAAAACATAAACAGAAAATATAGTAAGAGTTAGTTTTCAAAAATATTTTCTACGTCCTGATTCTGAACCCTCAGATTGAGTAGAAATATATTGTTACAG
Seq C2 exon
GCATCAGTGTCATTCAAGGATGTGACTGTGGAATTCACCCAGGAAGAGTGGCATCAGATGGACTCTGCTCAGAGGACCTTGTACAGAGATGTAATGCTGGAGAACTACAGCCACCTCGTCTCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008836:ENSBTAT00000011635:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]