BtaINT0166157 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011940 | ZNF831
Description
zinc finger protein 831 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16167]
Coordinates
chr13:57657077-57707302:-
Coord C1 exon
chr13:57707151-57707302
Coord A exon
chr13:57657238-57707150
Coord C2 exon
chr13:57657077-57657237
Length
49913 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
ATCTGTGTGCCCCCCTTCAGGTG
3' ss Score
11.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGAATCCGTCAGGGGAGCCCTCTTGTGTCACCTCAGAATCATATGTTTGCATTGAGAACAGAGAGCAGGAGGAAGAGGAGAGCGGACACGTCTCCAGGAGTTTCTGTCCTAACACAAGCTTAAGAACCATCGGGGACACAGACAGACCGATCGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011940:ENSBTAT00000015842:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.731 A=NA C2=0.778
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development