HsaINT0188516 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000124203 | ZNF831
Description
zinc finger protein 831 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16167]
Coordinates
chr20:59206905-59253138:+
Coord C1 exon
chr20:59206905-59207056
Coord A exon
chr20:59207057-59252977
Coord C2 exon
chr20:59252978-59253138
Length
45921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
ATGTGCCTCTCCCCTTGCAGGTC
3' ss Score
13.99
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTGAATCTGCAAGAGGAGCCATCTTGTGCCACCTCAGAATCACCTCCTTGTTGTGGGAAGGAAGAGAAGAAGGAAGGTGACTGCAGACAAACCTTAGGAACCCTCTCTCTTGGTACAAGTTCAAGAATTGTCAGGGAAATGGACAAACGAACTGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124203:ENST00000637017:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.615 A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains