DreINT0003303 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019707 | C21H9orf114
Description
chromosome 9 open reading frame 114 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26933]
Coordinates
chr21:3651907-3656239:+
Coord C1 exon
chr21:3651907-3651979
Coord A exon
chr21:3651980-3656127
Coord C2 exon
chr21:3656128-3656239
Length
4148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGC
5' ss Score
9.05
3' ss Seq
CATGTGTGTCTGTGTTTCAGATG
3' ss Score
12.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTCAGATCGATAAACAGCTGAAAACGGGACTGAGAGTGACCGTACAGCTCAACGAGAGCCAAAACAAAG
Seq A exon
GTGCGCAAAATATTCTAAAACTACAAACATATTTTGTTACCTAAAACAAAGAATATAGAAAAATCTATTAAAGTAAATTACAGTAGTTATTCGGTGATGATAAAATAAAATGTTTCCATTTTAAAATAATAATTTTGAAAAGTTTTATTTTAATTTGTTGCTGTTTTGCTGTATGCACGTTTAGACTTTGCATTATTTTTTTTTAAATAAAAAAAGATTTACTATTTAATTGGTTTTATTTTATAATAATAATTTAATAATTGTTTGTAAATAAATTGAAAACGTTTGATAAGTGTTCGTGCGAGCAAAAGAAACCAGGTGAATAGCGAATGAGAGGATGATCAGGCACATGGTGAGAAGATTAACTCTCCTTTTATCTATAGTTACCTCGGGCCTCATGTATCAACGCTGCGTACGCAAAAAAACTTTGTGTACGCCAGGGGTCCGTTCTTCGTACGTGGATTACTCAGTTAGCTGGATTTGGATGTTGACGATTTGACACGATCCAGGATCGTTTCGTTCTTCAAAGCTGATCCGAGAGTTGTTGTCATAGCAACAGTTCTGCTAGCTTAAACCTGATCGGGAGCAGGTTCAATTCATATAAACAGGATTAGATCGGCTCAGTTCAAGCAAAGATAATACAGAAAGTATGTTCTGAATTCTTATATTTTCTTACAGTAGTAGTTATATACACTTGGGAAAATGGTACATATTTTTTAACTACATATATAAAGTTATAGTCATTAATAAAATAAATAAAGTTATACATATTAATAAAACTTATGCAATCTGCACCCTCGAAATGAAAGTACAAAGACTGCCACCTGGTGCAAAGAGAAAACTTATTGATATGAACTTTTTAGATCGCTTTAGTACAAATTGTGTATAATAGAAATGCACAATATGTGACTTTTTTAAAGCAATAATACATTTATGCAGTCATAAAGATGTTTTGATAGTTAATATGCCAGTGATTTGATGCTTCACAAAAGTCGCAGACGCCTTTACCAATATGAAAATGCTTTTGTAAACAACCAGTTATTCTTTACACCGATTAAAAAAACGGCTACTATAATAAAGAAAATCTTTTCTAAATGTGGAACTAAATACATTGATTTGCATTGAAATACATGATGAATACTCTTGACACATGAAAGTGTAAAGCCTGCAGCTCACAACAAATGGGAAGGTTATTGCGTGTCATATTTAACAAGCCGTTTACTGCTAATTTGATGTAGCCTAATTTTGCTCACATGGATAATTGAATATTAATCAGATGCTGTGCCATCAGCCAATCGTTGCATTGCTGATCATGATTTCGAGGATCGATAGATCTGTCCTTCACAACACGCAGCGATCTCAGATCAGTTAATCCAGACATTCTAATCTGATTCGCGAACTTGTTTGAAGAACCAAATTAGTGAGAGATCAGTTGTCAAGATTAAAAGATCCAGGATCTGCCAAATTATCTTAGATCATTTAAGCAAGGTACGAAGAACGGACCCCAGGTTTCATGCTCAGAATCGCACACGTTTGGATTTACTAACGATGAACTGAACGTGGGAATGTGCGCAGCTCCACGCCAGCTATTTTTTCTGGATTCGAACCGAGTTCATGCTTGAACCTGTCAAAGCATGTTGCCATGGATTTAACGAGCTGCACCACTTAGGATGTTAAAGACGCTGCAAAATTTTACACCTATAGATGGCACTATTTCTATTTAATCCACTCTGTGCGATGTTCAGACCCAACTGTGTTAACCGCATCAGCTAAACTCTCCCCACTATAAAAAAAAAACTCTCCCCACTCTATTTTTTCTTTTGTTATTAATTCCGGAGGACAAACTTGCAAATAAAATTGTTTTTCTCCGGCATCACCCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTAATGATACACAAAAGGCACGGTTCGGTTCGGTTCATGGTTTTGGAGCCACGGTTCGGTTCGGTTTCTGTTTGCTGTGGGGTTAGGGTTGATGTCATGTTAACAGCAATGCTAAGGGACAATTCACTTAATAACAAGAACATCCTAACTTTTTTCTTTATTAACTTTGTCATCGCATTTTTATTACAGTCAGGATACCCGAGTAAACAACTAGAATTAAATAAATACCTCCAATATAGACTAGTCAGAAAAAAAACTATTCTCTTTAGTGCAGCCATCTTAACTAAGTAAACTAAAATTAAATAAATAACTGCAGTGTAGACTAGTAAAATATCTTCTTTAAAAACACCATAATATCCACATTCTCCGATGAGAGGCTTGATCGCTGTGCAGACACAGACGCTCATTTTTAATTATATGGTTTCATTTAGATAGATAGGTTTCCGTTTAAATTAACGAAAAATATACATATACTGTGTTTGTAAAGTGTTTATTCATGACATATTCACCAGTAAAATACATTGCGGTTGTGTCTGAAACTAATGTTAGGGTTGTAGCCGGCTGTATGTTTGCCTCCCGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCGCTCCCTCTATGCCGGTCATTTATGTAGGTCCGCCTTCATGACAGCTGATGCCTGTCATTTCTGTATGCCCGCCTTTTTGACAGGTGATTGGTCAGGAGACCGATCTATCATCATTTGGCAACGCAGCTCGGGAATGTAAAAAGCATGTCAGGAAGAGCGGGAGAGAGAGCGCTTTTTCCTTTGATCTCGTTTTTCGTGTATTTTTCTGACATGATTATGATTTTCGTTGTTTTTGCTTAACTTTTGTTTGGGTAAAATTATTTTGCATTACTTTTGCCCACTTTAAGAAATTTTGTGAGGTTTGTACATTTTTACTTCAATTGATTTGTATATTATCCGCTCCTTCCCGACAATATAGCATTATCTCCTCAAGTTCAGTCTTAGTGTAAGGTGGATAGGGAAAATGTCATACGATTTCCATTTTGCAAACACAAAATGTATTGTTAAAGACATCAGGTAAGAGGTGAAGGTCATCTTTGTTTATTTTATTCAGTATAGGGAAGAATGCGGCGCACGGCGCTCAAGACCTTTTTTTTCTTTTCATCAGTTTTAGCGAGGTAAGAGGGGTTATTCATGAGTTAGAATTGTTTTATTATATTTATTTCTTTTGTTTGTCTTCACTATCACCCCCTTGCTCGAGTTTAACTAATTTTTGTTTGATACTTTTGTTTGAATTTGTTACTTTATTATATTATTTTTATTAGTGTAAATATTTCTCTTTTTTTGTATATTTGGGCATTATTCTGGTTTTACTTTTGTACATTAAATAACTTTTGTTGGCAGTTCTGTTGCTTACACCCTCACATTGTGAAATTACCACACTTTTTAAATGTTTTTCCTTACAAGTAAGTTTCGTGAAACAGTTAAGACAGACAGGCGTGCGCTTTGTCTACGACACGAATTCTATTCCTGTACTCAACTGGAAAACCAAAATGTTTCCACACAGATGACTTAAATGTGTCTAGGGGATCTGCAATCTCAGAACTATGTGAAGCAGCCATCCTGCGTCCAGTAGTAACGAGTGTGATGCTTACTCAAGTCACATGACATAACATGCACTAAAATACTAAATTTAGAATATAATATTTAGAACAAATTCTCATCATTACTAAAACAATTTAATCAAATATGATATTAAAGATGTGTTTAAATTGGTTCAATTAGTTAGAGACAAGTGACGTCAACCTCAACAATGGGCAGCAGGGGGCGTGAGAGTACCGCGGTACGCCACGAGAGTTTCGCGATACGTATTGTGGTTGGTGTATTGCGATATTTCGGTTCGATTTTAATATCGTTACACCCCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAGCAATTCCATGCAAACATCAACCTTGCCATTAAAAAAAATTTGTTTTCACCAAAATAGTGAAACCGTTTCTATGTTTTTTTTTGTGTAAGCAAATATCCAACAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAACATGTGTGTCTGTGTTTCAG
Seq C2 exon
ATGGAAGAGTGTATAAAGGTGTGGTTGTTGCTCCTCACATCCCCAGGACTGAAGCTGGACTCTACTGGGGATACAGCGTCCGACTGGCCTCCTGTCTCAGTGCGTTATTTCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019707:ENSDART00000146754:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0259812=Methyltrn_RNA_3=FE(20.9=100)
A:
NA
C2:
PF0259812=Methyltrn_RNA_3=PD(17.9=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]