DreINT0005312 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103641 | CABZ01085241.1
Description
NA
Coordinates
chr10:16316534-16319661:+
Coord C1 exon
chr10:16316534-16316599
Coord A exon
chr10:16316600-16319535
Coord C2 exon
chr10:16319536-16319661
Length
2936 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAG
5' ss Score
6.93
3' ss Seq
GCTGTATCACTGTTTTTCAGATT
3' ss Score
8.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCATTTCAGGATCTGTGCCCATTTGGTCATGGGATCATTCCTGGTGTTGGGGACACACGTGTAG
Seq A exon
GTAAAGGCAATACTGTGGACAACACTTTTAGGTTCTATTAAACATATTCAGGTTAGATGCCATATTTAATTCATCATTATTTTATTGAATTAACAGAATTTACATGAGTGAACTTACAGTTTACAGAGACGTTGACTAAAGGTCCTACACTGTAAAAAAATATCTGTTGTTTGTATTTTGTGATTGTTTTTAGATTGTTTTTATTTCTTTTAATTTTTTTATGTTTTGAATTCCATTGTGGGACCTTGATTTTTTTTTCAACAACTTTTACCCTTGAAAAAGTGACTTTTAAAAACAAGAAGTGATTTATTGTTTTGGTTGGTGTTGTAATTAAGTGACTTATTTTTCTATTATTTCTTATACATTATATTATTTTAAACTACTAAAATGTCAATTAAAGTCACTTTGTTAAAATGTTTTTTTAACATCAACAGTTGATAGAGCAGAGATCAAGATCCTGCAATGCAAATATAACAACTGTAAATAAATAGAAAACCCTGTTAATTACTGGTAATTAAAAAAATTTTTTTGGTAACATTTGGTAATTCTGAATCATTTATTAGGAATGAGCAAATGGTAATTCATTATATGTTAAGTATTAACTAAATTAACAGACATTAGTAAGCAGTTAATAAATACAGAAATGCTGTATTCTTATAAGACTAGTATATGTCTTCTTATTAATATTGTTTGTTTAAAATCTAAATGTAATAAAAGCACATCAGCACCAAGGAAAAATCATATTTCATAAAATTATGACATATCAAAAAAATAGCAAATATATGACAGAGGATTGTGGTAGTGAAGCATTAATTAAATCCCTAATTTCCATTGACCAAACAATCATCCACCTGTACAGTTGTGGATGGTCTCAAACAAAAATATAATTCGTATTAATAAAATTTTATAATTCGTAATATTTCTTAGAACCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCTGCAGGTGAATTGGGTGGGCTAAATTGTCTGTAGTGTATGAGGGTGACAAGCCCATTAGACAGGCCGGCCGGAATGTGTAAAAAAAAGTCTAAAATGGCTTGTTCCAAAGAGCCGACCCCACAATCATACGGGACTAAGGCCAAAGAATAAGAAGAATATTTCTTCGAAAAAAATTCTTTTTAAAACAAATTTCAGATAGTTTGCCTCTTAGTTTTATTATATATTTTTGTTAGTCAGTTATCTACTAGATAAAATAGAAGAACAAATAACATTTGTGGTAAAGTGCATCAAAACAAATCCGCTATATGCTTCAGCGCAAAACACCAACTGGTTTGTCAAATAAAATAATAATCTATCGTAAATGAAATTAAAACAGTTTAGAACACCTTGAATGGTAGCGGTTCCATGCGAGGAGGCTGCGCAGCAGGCAGATCTGAATTCTCTGATGAAACAGACACGGGCTGAGCCTGGAGTTCCCCCGGCTCTGATGCTGATGATACTGCAGTTTCCACCTCATGTGGGATAAATATTTGTAAATGTTTCAATAAAGTTTAGCTGTTTTAAAGAGCATTTACTCATTTTTAACCTTGTTTTAAACAATAGCTATCTGAATTGTAAGTTTTAGTGAGCGAAAAAAACGCCAGCAAAACTAAAGCCAATAGATTTTTTTACCCATCTCCTACCATGCAAATACATGCACACTTTAAAACACACAAACGCTAATCAGACCCCTTTTGTCACTTATGCAACAACTCTACACAAGATACTTATATACATATGTTCTGGGGATGTCCCCAAATTGCACTATTCTGGACCAAGGTACGAGACTTTTTATCAGAACTAATGGAAACTCAGATCCAATGCGACCCATTGTTTTTTCTTATGCTGGACGATTCATCCCTCTCCTTATCCATCAACCAAAAAAGGACTCTGTCAGGGACTGACAAAAAAAGGACTTTTTTTACTGCAAAAGAAACAATCCTGAAACTATGGCTGGATCCATCTGCTCCAACCGTTCTATCCTGGAGGCTCTTATTTATTGGACATTATTAGTCTGGAATACACCACTGCCAAAATAAATGGAGCCTGTAAAAAAACTGTACAATTTTGGTCAAATATGAGAGAGACTGTATCATTTATGTTCAATCCTGATTTTGTACTTATTAGTACAGTATTACTGTTTTTATTTTATTTGACATATTTTGTTGGGTGGATCTCGGGCTTTGTTCAAAATCAAAATGTTCAATAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAACACACAAACGCACACCTTTATTTATTCTTATTATTTTTTATGCTTTGCCAATATATCGTAGTGTATACTGTTTAATAATCAATTTAAATTATGTAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAAAGTTGCATTAATTCGCGCCCTCTTATGGTAGGTACGCGCAGTGTGTATAACCGTACGGCTGCTGGTGCCACTGGGTTAAATTCAGTAAACACACTGTGGACAACATACTGCTTGAATATCAATGTCACTTAAACTAAATCTTTCATTTAAAAAACAAACATTTCTCTAAATTATTCTGAAAAAAAAAAGATCCATTTTCTATTAAATACAAATCTGATCTATTTTAATGGTTGTAACAATATAAACTGTTTGGCAGGGAAAAAAACGGGCTTCGGATCGGCTCGGGACAAACATTTTGATGAGCTGTTGGACAAAGGCTGGGCTACAGCCTGTGCATCTCGGGCCAGGGCCAGGCTTTAGGGCTTAGATTTAAGGCCCGTGCAGGGCTCTAGTTCAGACTTAAAACAAGATGAAGGACCGTGTAACTGCCAGCACCATTAGGATTAGCAGGCGAGCGCAGAAAATCTATTAAAAATACTAGGGTAAACTATCTTTTTTCGTATTTTAAATACTTAGTCCTCAAATTGGAGCTGTACAGATTTAGCATGCAGAAATGTCACACGCTGTATCACTGTTTTTCAG
Seq C2 exon
ATTTAAACGAGTGTGTGGAGAATCCAGAGATCTGTGTAAACGGACGCTGCATCAACATGGATGGTTCCTTTCGCTGTGAGTGTCCAGCAGGGTACACTCTTGACTACACAGGAACACATTGTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103641:ENSDART00000159288:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0068312=TB=PD(11.4=21.7),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.3),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]