DreINT0007394 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058270 | COLGALT1 (1 of 2)
Description
collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26182]
Coordinates
chr1:57288177-57300827:-
Coord C1 exon
chr1:57300556-57300827
Coord A exon
chr1:57288288-57300555
Coord C2 exon
chr1:57288177-57288287
Length
12268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TGTGATGTTCGTGTGCTCAGGGT
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCACTGGTCGCGTCAGCGCTCCACGATCAGTCTCTCTGCCCGATCTTCCGCTTTTTCCCCGGCCATGCATCTGCTGTGCTTCTTCTTCCTGCTGCTGTGGACCGGCCCGGCGCGCTCTTATTTCCCGGAGGAGCGCTGGAGCCCGGAGTCGGCTCTTCTTGCCCCGCGGGTGCTGGTCGCGCTGGTCTGCCGCAACTCCGCGCACTCCCTGCCGCATGTCCTCGGCGCAATCGACCGCTTGAACTACCCCAAAGACCGGATGGCTGTTTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGGCCACAGATCATAACTCCGACAACACCACCGAGATCCTGCGCGAGTGGCTGGTGAACGTGCAGAACTTCTATCATTATGTGGAGTGGAGACCTCAGGACGAGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058270:ENSDART00000081122:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF050639=MT-A70=PU(34.5=55.1),PF137041=Glyco_tranf_2_4=PU(25.0=37.7)
A:
NA
C2:
PF050639=MT-A70=FE(33.6=100),PF137041=Glyco_tranf_2_4=FE(35.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]