DreINT0008827 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014592 | DENND1A
Description
DENN/MADD domain containing 1A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29324]
Coordinates
chr21:8363490-8369570:+
Coord C1 exon
chr21:8363490-8363606
Coord A exon
chr21:8363607-8369499
Coord C2 exon
chr21:8369500-8369570
Length
5893 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
ATTTGTGTGTGTGTTTGCAGGCT
3' ss Score
9.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTTACAGAGAACGGCTACTCAGAAGAGCCCGGGCCCACTCAGCTTCCCTCCACACAGAGCAAAGACTCCCTCACCTGGGACCAGAGGCGGCCAATCACAGTTCACTTTGGGCAG
Seq A exon
GTGGGTAAAAGAGATGTTGTGAATTCTTGTTAGATTGAAAAAGTGTATTGTGATGATAAACATGCAGTCTTGTTTAATTTATTATTTTTTTTCTTTATTCTTTAATGCGATCCACTCTATAAAGTGTAAAAAGATAAATCTTAGGCAATTTGACTGGAGTGCTGTTTAACCTAGATTTTTCTTAAATGCCGTTTTCTCAACTCTGCAATATTAGTTGCATGTTTATTTTGTTATTGAGAGGAAAAACTGCTGCACATATTGACTAGGATGATCATACCTGCCAGTTGTACTGGACACTTCCTGACCAGGATTCATTTATATTACTTTGCTCTCCAAGATTCATGCTTAAAGGTAATTATTGAATAGTAGTTTGACCAATGACTTTCAGGCATTGTACTTATTCAAGCAATCATGGCGCTTGGAATGTGGGATCTAAACAGAATGTTCAAAGTAATGCAAATATGCATTTATACAGTAATTAGATGTGTTTGTTTGAAGAGATTGCTTTATGAAAACAAAATACCATGAGACTGATTCAAAAGTATAAGAAGCCATCTTATGGCATACAACACATATTTTTTGCCATTATATAGAAATCCTAAATGTGTCCTGTAAAATAAAATGTCAGGTATGGTCACCCTAATCTTTGCACACTCATCTAAACATGGCATAAAGCAGGGGCATGTTTGCTAACGGTATTAGCAGGTATTTGAAACTTCTAACCCTACATAAAGCACTTATAAAGCTTATAGTGTATCTGGGATGTATAAAAATGTATTGCACTTACCCTATTTATTTTATGTACTTTTTAAAAATTAATTAATTTTAAAAAGTACATAAAATAAAACTGGTTAGTAAAATGAAAAAAAAAAAAAAGTATTTATTTATTTTGGTCTTGGTTTAATCGCATCCAAAAAAAAGTTTGCTTTGACATAATTAAGTGTGTGTACTGTGTATATTTTATGTATATGTAAATACACACAGGCATGCATGTATTTGAGAACATGTTTATTTATTTTTCGATATAAAATATACGTGTATGTGATATAAATAATTTTAAATATCTGTGTAACAAAATAAACAAAATAGTTGTGTATAATTTTGTTTCTACGCATGTGTGTGTATATCACATATACATAATAAATAGATATAATACACATAATATGTCAAAAACTTTTATTTTGGATGCGATTAATCACGATTAATCTTTGTCCAGCATTTATTGATTGATTGTTTTTTTGCTACTTCTCAGTTTCTTGTTTTCTCTCTGGGATTTCTCATTGAAATGTCACATTTAATTACTATATAGTGTATTTTATTATAAAGTTTAATTAAGAATAAAAAATTATATAAGCCACTGTAATAACATATGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAATGAATGAATGAAAAAATTATATATTTCTTTTTTATTAATATTATTATTTCACATGGGTGTTTGATTTTATTGGTATTATATTTCAATCCTGGATGTGTCCTGTTAAAATGTCAGGTTGTTGTCATCCAAGTATTTGTGCACTTATCTAAATATGGCTTTCAGTAGTGGGATGTTTGCTCAAAAATCTTAATAATAAAAATTCAATTTATTTGTAAATGGTGCCTTTCTAGACACCCAAGGTCGCCTTACAATAAGCATCAACAGATATGCTCAAACAAATTAAACATTACTAAAAAAAATCTTGATTTCTCACTGGGATTTCTCATTAAAATTGATTTTTTTTTTTATTACTTAATTACTTCCAGGGCCATTTATACCGAAGTTGATATTTGATCACAGCATATTAATGTTTCGAAACATCTAGTTTTCATGAGGTGAGTTGCTAGCCCAACGCTCAACCCCCAATCTGGAGGATCAGGACATACACACATACACTACGGACAATGTAGCTTACTCAATTCACCTATAGCGCATGTCTTTGCACTGTGGGAAAATCCGGAGCACCTGGAGGAAACCCATGCCAACATGGGGAGAACATGCAAACTCCACATAGAAATGCCAACTGACCCAGCTGAGGCTCGAACCAGCGACCTTGCTGTGCTGTGCTGTGTTGCCCTATTTAATTATTACATGGTATATTTTATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTAGTAATCCGGGGTAGCCACAGTGGAATGAACTGCCAACTTATGCAGCATATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGTAACCCATCCCTGGGAAACATCCATACACTCTCATTCACACATATACACTATGGACAATTTAGCTTACCTAATTAACCTATAGTTCATGTCTTTGGACTTGTGGGGAAAACCCGAGCACCCGGAGGAAACTCACGTCAACACAGCTCAAACCAGTGTCCTTCTTGTTGCGAGGCGATCATGCTACCCACTGTGCCACCGTGACGCCTACATATTTTATTCTAACTAATATTATAATTTCACATTGGTGTTTGATTTTATTGGTATTATATAACATTCTGGATATGTCCTTTCAGGAATTGACTTGCTCAGCATCGGGATGTTTGCTAACAGTATAACCCCTAATTGGGTATTTCAGAGTTCTTTCTAAAACCTAAACAAAGGAGATTAACACCCTTGCCGTGAGTGTATTTGGGATTTTAGAGGGTGTTTAAAGGAACAATATTTACAGATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCACAGAATGAGCGGTCACCCTCTCCACGGCCCATGCGGCCACAGCGCCCTCCTCCACCCCATCCCTCCAAACTACAGCGCAGCATACGACCAGTGAGTACAGCTCTCCTGCCTGACCTCTGACCTGAGCTCACCTGTGCCCTCTGGCCTGGCTGCTGCACTGGAGTGTGTTATATCTGTGTGTTCTGACGGGAGTCTGTGTGTGTGCGCATGTGTGTGATCTACAGATTAATACTCGCTCACATACATGGATGAGCTTGTTGTGTGTTTTCACTTGTCTTCCTACCACACAAAACAACTGTTTTCCTCTGGTTTCAGTCTCTTCTGGGCTTAAGTCAAGTTTAATTGTCTGTTTTTATATGTACATTTGGTTTAGGGTTGTCACGATTCTGGAATTCGATACCAGTCGATTAGTGAAATTTTAAAAACAACTATTTTCCGCTAACATTTGAGCTCTGTTGAACACGTTCTTAAACAGAGCTGATTTGCCATTGTGTTCACATGCTCAACAGGATTGACTGTAATTGGCCGTGAAGGTCATCAGTTTACCAAACTCACCACTGTTTACTAATCACAACCACAGATACAGGGACACTGGAGCGTTTTAAAGTCACGTTGATCAGCTGGTTTGTCTATAAGCTGAAATTTGAGCGAGCTTTAAAACACTCCAGTGTCCCTGTATCTGCGGTTACAGAGTAAACAGCAGTGAGTTCGGTGAACCGAAGACCTTCAAAGCCAATCACAGTCATTTCTGTTGAGCGCGTGAATACAATGGTTAAAAACGCGCTCAACAGCGCTCAAATGTTTGAATTTTCAAATTTCAGTACCGATTGGTTTTGAATTCCAGTATCGTGACCCTAGTTCGGTCATCTGTACAGTGTGCATAACACAATTTAGCTTTAAATGCGTACAAAACATTTGGAGATAAAAAGCTCAGGATGAATCTATGTAGTGTTCTTAATGTCTAGTGGAGTATAGCTTTAATTGTGTACTTTTACTACATAGTTTTTTTGCCTCTGAGTGCTTATTTTTGTTTTTGTGCGTTTCCGAAAACCATTGTCAGCCAACTAAAGTTGCAAGTCCTGTCGTTACAAACATAGTTTGTTGATTTGGCGTTTCCATCGTTCCAACGAACATTTGCAAGCTGTGTCGCAAACTTGTACGCTTGCAACTACACCTCTAGAGTTGTAGTTAGTAGCATAGTCCCTGGTTGTGTTCTATTCCATTATCCCCCATGCCCTATTCATTCTAACCTTTAAACTTGAAATGATTACAAACATAGTTTGTTACAAACATAGTTAGTTGATTTGGCGTTTTTCCAAATCCGTCGTTCCAAGAAACATTTGCAGAGTGCGTCACGAACTTGTACGCTTGCAACTAGACCTCTAGAGTTGTAGTTAGAGGCATAGTTCCTGGCTGTGTTCTATTTCCAGTTATTTCTTCTATGTTTTATTCCTTTTGAAAGTTCCAATATTTAATTTGAAATGATTTTAAAATAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAAACATTAAGGTCATCTCTCTTATTTGTTATTTGCTTTCAAAGTATTTTTACAGTTCAGTTTTAGTGATCTTCGTATTGACAATTGAACATTTCTGCAGTGGCTTGAATGTGTCAAAGCTGTAAAAGTAAACTTTTCAAAAAATAAATAAACAATATTCTACATAATTCTAATAAATTAATAATAAAAAATACTACTACTACTAAATAATTATTATTAAGCATGATTTTTTTATTTCTTAATAAATAGCCTACTGTAAATTACAACCATTAATCTTTTATTGGCTTTATATATGAGATTAAAATATATGTTAGCTTTTGTAAGTGGTTTAATGTTTTAGAATGGAATATGGAATATTCTCTATAATATTTGTAAAGGAAGCACAGGCCCTATACATTCCATTTACATATATTTCAATTAATATGGAAAACAAGTTTATTTTTTTCTCCAAAACTAGCCTAAAAATGGATTTAAAGAAAAAAATGTGTGTGCGTGTAAAACAATATAGATTGCACAAAAAAGTGTTTTTTCTTTTTCCTCTAAAGAAGTTTTTACTCCACCCACTTTAAAGGATCACTATGGATGTTTTATGTTATAACTAGCGTGGTTCAAACGATGGATCTGCGACAAAGCAGCTACGGTTTTGGGAAACACTCGTCCAGGGTTTCTGCAGGGTCTTAAAAAGTCTGTATTATTAAA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Seq C2 exon
GCTCGACCTCCTCGGCCATTGGTGGCAAAGAGACCTCGCAGTAACATTGGTGTAGAAGGAAGCCCTGAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000014592:ENSDART00000143151:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]