MmuINT0048204 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035392 | Dennd1a
Description
DENN/MADD domain containing 1A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442794]
Coordinates
chr2:37672436-37700428:-
Coord C1 exon
chr2:37700297-37700428
Coord A exon
chr2:37672525-37700296
Coord C2 exon
chr2:37672436-37672524
Length
27772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
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3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=PD(12.5=75.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: