HsaINT0046682 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119522 | DENND1A
Description
DENN domain containing 1A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29324]
Coordinates
chr9:123403475-123440491:-
Coord C1 exon
chr9:123440360-123440491
Coord A exon
chr9:123403491-123440359
Coord C2 exon
chr9:123403475-123403490
Length
36869 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
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3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCGCCCACCTCGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119522:ENST00000491650:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.987 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development