DreINT0009240 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087352 | DNAH2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2948]
Coordinates
chr7:21272496-21277409:+
Coord C1 exon
chr7:21272496-21272626
Coord A exon
chr7:21272627-21277259
Coord C2 exon
chr7:21277260-21277409
Length
4633 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAC
5' ss Score
3.22
3' ss Seq
TTGTGTCTTTTGCTCTGTAGGTG
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTCTCCGATCGATTGGTGGATCATGCAGACATGGAGACGTTTGTGGGAGTTTTGTCAGAAAAACTGGCTTCTCATTTTGATGTGCCCTTCCACACCATCTGCCCCAACAAACAGCCCCCTCTGTTTG
Seq A exon
GTAAACACCATACAAACAAATGCCGTGAATTAGTTTTACAGCTTGGAAGACCTGAAAATTTTTAATGTGTAGTTTCTTATGCTTATCAAGGCTTGGTGAAAACTGAATTGTGAAATATTTCAAACATTTAGACTTTAAAGAATTAGAATTGTCTTACTGGCAATACTGTTTTATCGCTGCATAATTTAGAATTACTGTATTCCAATTTTCTTTTTTCTTTTTTTATTTTACCAGCTATTCAGTAAAACAATTTTAAAATTCATAAACACCACATAACAACCAGGGATGGGCAAAAATACATTGAAATGTATTTTAAAATAAAACACCAAATACCTCAATTTTACAGTAGGTGTATCAAAATAAACTACAAAATACAGCAGCCACAAAAGTATTAAAATAAAATACTGTATTTTTGTATTTTAAAAATACTACAAATTACTTTTATAAGCAAGCATGAACCTTTTTTGCAGACCTTCATGAATAGGCCTATTCGATTAATCCTTTTACTATTAAACTATTAAGTAAACAATATTTGATAGCAACAGCTTCTCTGTTAGCAGGCTGTGAGTCTGCTAGCAAGTTTTAGCAGACTCTCTGCTACCTTGTTCACCTCTACTCTTACTGTACATGACCTGATCTGTAAATTTTTTTACTTGCTTCTTTTTTTATTAATTTAGTATATTTTTTTGTGCAAATTTCATACAGAAAGCCCCGTTCAATGCAGTTAATGAGTTAGATAGTACTGTTGATTATGTTTCCATCCATTGTGTGGCCAGAAAAATGGATATAATCTCTGTATAATGATTGCTCAACCTCTTAACATTCTTATATTTCAAAAGGGTGACATATGAAGTGTTCAATTTTTAAATGAATTTTTTTCACTGTATTTTTTTTAAATCTAGTTTTATTGAATTCATCTCTTTAATAGGCCTAGTTAATGTGTATGATTTCTAAAAAAAAAAAAGTTTTAGTCATTTTCATATGTAATTTCCTTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGCATAGTCTCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAAGGAACCGCCATCTCATCCAGCATATTTTATGCAGTGGATGCCCTTCTAGCTGCAACCCATCACCGGGAAACATCCATACACACCCTTTCACACACATACAGTACACTATAAACAATTTGCTTACCTAAATCACCATGTTTTTAGACTTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACCCCAACATGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAAAAATGCCAACTGACCCAGCAGGGGCTCAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCAATTGTGCTACCCACTGCATCCCCGTGCTGCACAATTTCTTCAATGCACAACATAAAAACATGATATCTCAAAATGACTTAAAAGGAGTTATCAATTTTTGAAATAATTTCTTTATATATACAGATGATGTCGTATATCCCAAGTTGTTTTTGACTAGTCTGTATAGACTGAATTGCTGTATTATTAAATATTAGTGTTTCATATATTGTCCCACTTTGACATTTTTAGGCAGACATACTTCCAATTCACTAACTATACTACTGGAAATGCAAACAGCCAGTGAAGGTATCACCATGATGTGGTGCATTATTTCCTTCCATACTCCCATCATTGACCACCTTCTTCAATCTAAATTCATTTTCTGTTCTGACCTCAAGCTTAGGCAAATAACTGAGCAAGCTTCATCCAGAGTCCGCATTTTTATAATGTCATCTTGTAGACTTCCTACAAAGTATTTTACAGTATTTTGAAATTACAAAAATACAGGACACTGAAGTATTTTGATGCAAAATATTAAGCCATTTTCATAAACCCTATTTTGTATTTGAAACACATGTATCATAAATACTGGCCATCCCTGATAACAATAACATTTCATTAGTCCTATCAACAAAAACAATCACATGCTTTCAATACCGCTCTCTTTATAATGCTTTTAAATTCACAGAAAGTCTTTTTTGCAAATTCTTCCATGCCCAAGGTGCTCAGAAAATGCAGTTTTACCCAGCTCTGTACAAACTCAAAGTATATTAAAAAGCAAACACTTGGAAGAGCGTAGCTGGTTATTCCCAAAGCCAAGACAAAAAAAAAGAGTACAAAGATAAGCTCCAAGTATACTTAAAATAGCTTTATAGATAAAAATGAACCAGTGCTGTTTTCTGCATACAGCTAGTGATGTCCAGCCCGTCATCCCATATAAAATGCAATGATGAGTATGGAATTTTCCATTTGTTTGAAATGTAGTGAAGCATGATAAACAGAATCAAGTCTTTTTAAAATAGAAGATGCCGCATGGATGTGTAATATATCACCATAATCAAGCACAGATAACAAAGTAGCTTCTACAAGATTCTTTTTAGCATTAAAAGTAAAATTAGATTTATTAATCAGGGGTGCGTTTCCGAAAACCATCCTTAGCCAACTAAGGTCGCAAGTTACAAGTTACAAGTTACTACAAACATAGATCGTTGATTTGGCATTTTTTCAAATCTGTCATTCCAACGAACATTCACAAACTGCATTGCAAACTTGTAAGTTTGGAACTAAACCTCCAGAGCTGTAGATAGAAGCGTAGTTTCTGGTTGTGTTCTATTCCCAGTTTTCCCCTATGCACTATTAATTTAGAATGTTCCAACATTTAAACTTAAAATGATTTTTTAAAATTAAAGCATCAAAGGCATCTCTCTTAGGTGTAATTTGCTTTAAAAGTATTGTTACAGTTTAGTTTTAGCGATCTTCATCTTGACAATTGCGTTCCCTTCCCTGCCATTGTGAACACACCCGTGGCTCATGATAAAAGTTATATGTCAAGTATTAATTATAAGTGGAATTTACGTTATGTTATCTATTTTTAAAAATGTGTGCGTGTAAAACAAAATAATTTGCACAAAAAGTATGGGGTTTTTCTCTTAAGAACTTGTTCCACCCCGTTTAGAGCGTCTTTATGGATGTTTTACGCTATAACTAACGTGGTTCAGTCGATGGATCTGCCAAAAAGCAGCTACAGTTTTGGGAAACACTCGTCACTACATCTTTCTTTTCCCAAACGATGTATCGCACTATGATGGTTCAGCCACGAGTTATGTCATTGTTTGGTATTAGCAATGTGTACATTAAGTTAAAGCTTATCATCAATCCAGATACCTAAGTTCTTGTACGAAGTTGCTCTTTCGATTGGTTTTCCGTTAGATATTCATTCATTCATTTTATTTTTGGCTTAGTCTCTTCATTAATTTGGGATCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCGCTGGAAAATATCACACACACATACACTACGGCCAATTTAACCTACCTAATTCACCTATACCACATGTCTTTGGACTTGTAGGGGAAACCGGAGTACCCAGAGGACACCCACACGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAAAAACGCCACTGAACCAGCTTGAAGCTTGAACCTTCTTGCTGTGACGTGAACATGCTACCCACTGCGCCACCATGCAGCTCCTCTATCAAATGTAAAAATACTACAATTATCAAATAGTGCCCAAGCTTTTGAAAAACCATAAAAGCCCATTATTAGAATAGCTAATTTGTCTTGTCTCTTACTCATTTAAAATGGTTCTTATTAATATCAGTGTTGACAACATTGTTTCCGCTTTGATTATTTTATTGAACCCATAATAAATTTTACATTTAATAGTAAAAAATAAGTTTATTTGAAAAAATAAGTCTTTCCTATGTTTTGATCAGTAATGTGTCCTTGATAAATTAAAGGATTTTTCAAAGAAAAAAAAAAATCTAATAAAACAATAAAAAATACATTTAAACAAATATTCAGTTAGAAAAAGGTTATTAACATTTCAAAATATTGCCGTTTTATTGTATTTTTTATCAAAAAATTCAATAGTCTTGAGTTATATACTTTTTATTATTTAAATTATTTATTATCTGATTACTAATATTAAAAGATACAGTCTTGGTAGGCTAAGAGACTTCTTTACAAGCATTAAATATGTTACCGATCTCAAACTTGGCTGCATGGTGGCTCAGTGGTTAGTACTGTTGCCTCAAAGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAATTCTGGCTGGGTCAGTTGCCATTTCTGTGTGAAGTTTGTCGGTTCTTCTCGTGTTCACATGGATTCCGCCGGGTGCTCTGGTTTTTGAACTAGTCCAGTTGGATGAACTAAATGGGGGGTAGTGTATTAGTACGTGTGTTTGCGTGTTTATGGGTGTTTCCTAGTACTGGATTGCGGCTGGAAGGGTATGTGCTCCTTAAAACATATGCCAGAATAGTTGGCAGTATATTCTGCTGTAGCAACCCATGATAAATTAGGGACTAAGCCAAAGGAAAATCAATGAATGATCCCAAACTTTTTAATGATAGTGTTTGTGCCTATTATTAAAATGAAATAATATTTATATTAATTTTAAATAGACTATTTAAATTGGTGATTAATTAAATGTTTTACATGGCTCTCCTAGCCCATCATACGTACCATATTATTTGTGTCTTTTGCTCTGTAG
Seq C2 exon
GTGATTTCCTGAGGGAGTCACAAATATATGAGGACCTGCTGGACTTTAAAGCTCTGAAGGTTCATATGGAGAACCAGCTGGAGGACTACAACCTCACGCCTGGTGTAGTGCCCATGAGCCTGGTGCTCTTTAGAGATGCTATAGATCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087352:ENSDART00000128014:53
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF127802=AAA_8=PU(6.7=35.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]