DreINT0011647 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086896 | FUBP3
Description
far upstream element (FUSE) binding protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4005]
Coordinates
chr5:875585-881261:+
Coord C1 exon
chr5:875585-875653
Coord A exon
chr5:875654-881189
Coord C2 exon
chr5:881190-881261
Length
5536 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGC
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
TGGTGTTTTGTCGTTTGCAGGTC
3' ss Score
12.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCACAACGGCTCTCAGAGCGGACAGATGGACTACTCCAAAGCCTGGGAGCAGTATTATAAGAAGCTAG
Seq A exon
GTGAGCATCTGAATCTCTGCTGAGAGCCTCTGATTTGCCTGAATTACAGTCCTGCCGTGCTCATCTCTTACTTTCACACACTTTAAGCGCACTGGAGCTTGCTGTTGTTGTTTTACTATTGAAATAAAAGCCACAGAGGAACTTTTAGCAGATCAGCAGGAGCTCGGATAAAACACTCGGGCTCTTTCTGGGATTTGTGCCTTTTTACTAAAATACTGAAATGAGTGGGAAATGGGAAAATAGTTGCTGGTTACTTTGTGCTGGAACAGGGCTGTGTGGAAAATTCTAAGTCTGTATTGATTTTGGCTGAAAACTATTCTGAAAGATCAAATGATTATAAAACAATTGTCATATCCCGTCCCCCTTTCAGCTCCTACATCAGTGTTGCTCAACTGGCGGGAACATTTTCAGTGTGTCGCAGAGTGTGTGGTCAAAACAAACAAGAAAGGTTTAATTGTTAACCTATTTTGCTTATATAAGACTTTTATTTTGAAATGCGCGAGCGACAACTGTACCGTTTGACATGTGAAATTTCATTTAATTATTGCAACAAAAATGACGAAGCTGAAGTACGACCCCGAATATGTAAAGTATGGATTTACATCAGTGTTTCCTCTAGGATTTTTCCAGCATGGGCGCAGTATTCAGTCGAGATCGCATTCATGTAATAGCCTGCGAGCATGTCAATCTCTGCTTGAGCGCCAATTTCCTCTGTTCGTGCACAAAACTTCTTGTGCGCCCTCAAATATATCCGCTGCTCAAGTGCAGATTTTCTTGTGCGCCCTAAAATAAACGCTGCTGAAGTGTGATTGAGTGTGTTTATGTAGTGAGTATGTCTCCAACATTTATTAGGAATATTTATGAATGTCTTTGATTGACTTGCGGAGCCGACTACTGCATCAATGCGTCCTGAAGTAAAGTGAAACGGCTATAAACTCCAGCAAGATAAAGTCAATATATGCAGCGCCACAGACCTTCATCTCTAAATAAAGTATAATTATGGAAACTGTGTTCATCGTAACTGAAAGCTACGCCGTGTTTGCTGGTCTCACGCATCAGTCAGTCAGTCAGCACGTCACCTTAAAGGGTTAAACAGAACCCACAGCACTACTACACTCACAGAAAAAGTTTGCGCTGTCATAATTCACTCACCTTTTATTAAGTTTTCGGTGCGTTTTTTTAACCCGCTATTTAAAAAACGAAAAAGTGGGTCTCGGGAACATTTTCAGTGGGTCGCGGGAACGTATTCAGTCGGTCGCAGAGTGTGCGGTCAAAAAAACAACAAGAAAGGTTTAATTGTTAACCTATTTTGCTTATATAAGACTTTTACTTTGAAATGCGCGAGCGACAACTGTACAGTTTAACATGTGAAATTTCATTTAATTATTGCAACAAAAATGACGAAGCTGAAGTACGACCCCGAATATGTAAAGTATGGATTTACATCAGTGTTTCCTGTAGGATTTTTCCAGCATGGGCGCGGTATTCAGTCGAGATTGCATTCATGTAATAGCCTGCGAGCATGTCAATCTCTGCTTGTGCACCAATTTCCTCTGTTCGTGCACAAAACTTCTTGTGCGCCCTCAAATATATCCGCTGCTCAAGTGCAGATTTTCTTGTGCGCCCTCAAATAAACGCTGCTGAAGTGTGATTGAGTGCGTTTATGTAGTGAGTATGTTTCCAACATTTATTAGGAATATTTATGAATGTCTTTGATTGACTTGCGGAGCCGACTACAGCATCAATGCGTCCTGAAGTAAAGTGAAACGGCTGTAAACTCCAGCAAGATAAAGTCATTATATGCAGCGCCACAGACCTTCATCTCTAAATAAAGTATAATTATGGAAACTGAGTTCATCATAACTGAAAGCTACGCCGTGTTTGCTGGTATCACGCATCATTCAGTCAGTCAGCACGTCACCTTAAAGGGTTAAACAGAACCCACAGCACTACTACACTCACAGAAAAAGTTTGCGCTGTTATAATTCACTCATCTTTAAGTTTTCGGTGAGTGTTTTTAACCCGCTATTTAAAAAACGAAAAAGTGGGTCTCGGGAACATTTTCAGTGGGTCGCGGGAACGTATTCAGTCGGTCGCAGAGTGTGCGGTAAAAAAAAAACAAGAAAGGTTTAATTGTTAACCTATTTTGCTTATATAAGACTTTTATTTTGAAATGCACGAGCGACAACTGTACCGTTTAACATGTGAAATTTCATTTAATTATTGCAACAAAAATGCCGAAGCTGAAGTACGACCCCCAATATGTAAAGTATGGATTTACATCAGTGTTTTCCTGTAGGATTTTTCCAGCATTGGCGCAGTATTCAGTCGAGATTGCATTCATGTAATAGCCTGCGAGCATGTCAATCTCTGCTTGAGCGCCAATTTCCTCTGTTCATGCACAAAACTTCTTGCGCGCCCTCAAATATATCCGCTGCTCTAATGCAGATTTTCTTGTGCGCCCTCAAATAAACGCTGCTGAAGTGTGATTGAGTGCGTTTATGTAGCGAGTATGTCTCCAACATTTATTAGGAATATTTATGAATGTCTTTGATTGACTTGCGGAGCGGACCGCGGCATCAATGCGTCCTGAATTAAAGTGAAACGGCTGTAAACTCCAGCAAGATAAAGTCATTATATGCAGCGCCACAGACCTTCATCTCTAAATAAAGTATAATTATGGAAACTGTGTTCATCATAACTGAAAGCTACGCCGTGTTTGCTGGTATCACGCATCAGTCATTCAGTCAGCACGTCACCTTAAAGGGTTAAACAGAACGCACAGCACTACTACGCTCACAGAAAAAGTTTGCGCTGTTATAATTCACTCACCTTTAAGTTTTCGGTGAGTGTTTTTAACCCGCTATTTAAAAAACGAAAAAGTGGGTCTCTGGAACATTTTCAGTGGGTCGCGGGAACGTATTCAGTCGGTTGCAGAGTGTGCGGTCAAAAAAAAACAAAGGTTTAATTGTTAACCTATTTTGCTTATATAAGACTTTTATTTTGAAATGCGCGAGCAACAACTGTACCGTTGAACATTTGAAATTTCATTTAATTATTGCAACAAAAATGACGAAGCTGAAGTACGACCCCGAATATGTCAAGTATGGATTTGCATCAGTGTTTCCTCTAGGATTTTTCCAGCATGGGCGCAGTATTCAGTCGAGATTGCATTCATGTAATAGCCTGCGAGCATGTCAATCTCTGCTTGAGCGCCAATTTCCTCTGTTCGTGCACAAAACTTCTTGCGCGCCCTCAAATATATCCGCTGCTCAAGTGCAGATTTTCTTGTGCGCCCTCAAATAAACGCTGCTGAAGTGTGATTGAGTGCGTTTATGTAGTGAGTATGTCTCCAACATTTATTAGGAGTATTTATGAATGTCTTTGATTGACTTGCGGAGCCGACTACGGCATCAATGCGTCCTGAAGTAAAGTGAAACGGCTGTAAACTCCAGCAAGATAAAGTCATTATATGCAGCGCCACAGACCTTCATCTCTAAATAATGTATAATTATGGAAACTGAGTTCATCATAACTGAAAGCTACGCCGTGTTTGCTGGTATCACGCATCAGTCAGTCAGCACGTCCCCTTAAAGGGTTAAACAGAACCAACAGCACTACTACGCTCACAGAAAAAGTTTGCGCTGTTATAATTCACTCACCTTTTAATACGTTTTCAGTGCGTTTTTTTTAACCCGCTATTTAAAAAACGAAAAAGTGGGTCTCGGGAACATTTTCAGTGGGTCGCGGGAACGTATTCAGTCTGTCGCAGAGTGTGTGGTCAAAAAAACAACAACAAATGTTTCATTTTTAAGTTATTTTGCTTATATAAGACTTTTATTTTGAAATGCGCGAGCGACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAATTCACTCACCTTTTAATACGTTTTCAGTGCGTTTTTTTTAACCCGCTATTTAAAAAACGAAAAAGTGGGTCTCTGGAACATTTTCAGTGGGTCGCGGGAACGTATTCAGTCTGTCGCAGAGTGTGCGGTCAAAAAAACAACAACAAAGGTTTAATTGTTAACCTATTTTGCTTATATAAGACTTTTATTTTGAAATGCGCGAGCAACAACTGTACCGTTGAACATTTGAAATTTTGTTTAATTATAGCAACAAATATGTCGAAGCTGAAGTACCACGCCCAATATGTAAAGTATGGATTTACATATATATTTACGACAAACAAGGCTTAAAAGCTCAGTGTGTCATACGTAGTGATGTGCTCTCACAAGAGCACTTTTAGAAACAAAACATTTGTCGTTTTTACTCTGTAATATTTCCATATTTTGACACATTTTGTTAAACGACAGCAGTAAAATAGTGTTTATTTGTAAGTCTTGGTGATTTTCTTATGATTTATCGGTCACTGCTTGTGTATGTTAACAAATAAATACAAATGAATTATAATTCCTAATATTACATTATAGTTCCTAAAAATTTGGGCCGCGGGTTGATGACCATGTAAAAATGTGGGTCCCATGGCCAAACCAGTTGAGAACTCAGTTGAGAAATGGTCAAATGCATGCAAATCTGCATGTAAACCTGCAGTGCTCAGTGATTCAATCACACAAATGCTTGATTGTTATTGATTAGCATAAAGAATCCCGAGTGGAAATGCATGTGTAGCAGTATACTGGATCCATGCAGCTCTTAAAGTGACAGTGCGCTATATTCCTGCTGCAGTCTGTGTTTATAAATTCACTTATTGTTTGATTAAACTAATGTCGAGAGGATCACGTGTTTATGATTGATCACAGCTGGTCCTGCATTATTCCATTTAGGATTGACCAATCAGATGATTCCTAATCCACTGTAAACACCCTCAGCTCCATATCACAGCCATCTTCATTTTGAGGAATCCCCCCTTCCACCCCTGCTCCTCCTCCTTTCCTAGATGGGTGGCCCAGTGGTTCGCACTGTTGCCTCACAGCAAGAACATCACTGGTTCTAGTCCTTACCAAGCCAGCTGACGTTTCTGCGCTGAGTTTACACGTTCTCCCCGTGCTCACGTGGGTTTCCCAGGGTTCCTCCCACCATCCAAAAGCATGCAACATAAGTTAATCGACTAATCCAAATCAGCACATAGACATGCTGCTAGTCAGTAGTTCTCTCTGAAGAGCGATCACTATGTGTGATGCTAAACAAGCTTTATATTCAATCCTCAGATAAGTGTGAACTCTTGAAAAGACTGTTGCGGTGTTTAATGTTTGCTCTTGGTTTCCCCTTCTGCTGTGGAATGAGAGCTGTGAGATTGACATGCAAAGGTTTATTAGAGAGCTCAGTTACAAAAGTCATTCAAGATGGATGCATTAATAGCTGCCCGTGTGTAAATGAACACATGAATGCGTTTATTATTTTCCTGGCCGCTATGATTCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTACTGGTGTTTTGTCGTTTGCAG
Seq C2 exon
GTCAGCAGAACCAGGGCCAGAGCAGCGGCCCCGACTACAGCAAAGCCTGGGAGGAGTATTACAAGAAGCAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086896:ENSDART00000166336:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.625 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PU(75.9=91.7)
A:
NA
C2:
PF090055=DUF1897=PD(20.7=24.0),PF090055=DUF1897=PU(71.0=88.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]