DreINT0014408 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074808 | MEGF6 (1 of 2)
Description
multiple EGF-like-domains 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3232]
Coordinates
chr11:41128499-41130950:-
Coord C1 exon
chr11:41130819-41130950
Coord A exon
chr11:41128628-41130818
Coord C2 exon
chr11:41128499-41128627
Length
2191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
GTTTACGGAATCTGTCCCAGAAT
3' ss Score
4.54
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGTGACGCGGGCCGCTGGGGTCTGGACTGTGAGAGTGTATGTGACTGTCGTAATGCTGACGGTGTGTGTGATGCTCAGACTGGACGCTGTCATTGTGAGGCCGGATTTACTGGAGCACGATGTGACCAGA
Seq A exon
GTGAGTAATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCTCCTGTATATTTTTTTTCCCGCAATTTCTTTTTAACGGAGAGAAGATTTTCATTCATTCGTTTATTTTCTTTCGGCTTATTCCAAATATTCGTCAGGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAACTTACCCAACATATGTTTTAAACAGCGGTTTCCCTTTTAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATACACACTCATTCAAACTCATACACTACGGCCAATTTAGTTTTATCCAATTGACCTATAGCGCACGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACACCAACACAGGCCAACTGACTCAGCTGGGACTTGAACCAGCAACCTTCTTGGTGTGAGGTGACAATGCTAACCACTGAGCCACTGTCTTCCACGAAAACATTATTTTATAAATATTTTCTGATCTTTAAATTACTTTTTAGCGACACCTGTGGCCATGCCGTGAACTGCAGTAGCTACTCTTAGGGCGTACTCACAATAGGCCATCCGAACCATGCCCAGCGTGTTATCTTTGCCATGATGACGGTAAATACAATGCATGAGCTGATAACTTCTAAAGCTTGAATTAAAACGTTAAAGTCACTTTTGATAAAAAAAAAAACATTAATCAAATGTATAAATCTCAAACATAAATACGTTAAAGAAACAAAGGATATTTGTGGATGCGGCATACAGCATTCTGACAATACCAAAATTACTTAATTGTTTTGTCATGTTGTATATTTGTCATTGGAGATTATTGTTAAAAGGAAGTGATGTTTGTACGTTTTTGTTTTATTTTAGATTTTAATTTAATTCAATTTTATTTTATTTCTATATTGCATGTGTATGTAATACTGTATGTGTGATAAATGTTGTATTTATTTATTTATTCAGAAATAAAATGATATATTTATATTTATTTTTCGTATTTTTAATAAATAGAAAGAAAATAAATATGAAGGAAAGGATTTTAAAATGCTCAAAAATGTAATAATTGAATTGAGAATAATAATAAATATAAAGTCTTAAATATAAAAATATAAAGTCTTGTAACATGCAGCATTAACTTGTTATTCTTAAATGGCCTTGAAATGGCCTTTAATTTAATTTAATTTAATTTGATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATCTTATTTTATTTAATATGACCTCAAATGTTCCTTGTTTTTATAAAATAATTAATAAAAAATTGCAATTAAACAAATCTAAAAACATGCATTCTGAAATAATTAGAAAATAAAAAAATAATAAAAATATAATGTATATATTTTGCATATATTAAAATATGCTCTACAGATGTATACTGTATTTAATTATTATTCTTTTAGAATAAAATATATATGGGCTGTAAAAAGTTTAAATAATGATTTTGAATCTTTACCCATTTCTTATTCTTTTAAGGTATTTTAAAACTATTCGCTTGTTCATTTTAAATGGCTTTCAGGTTTGCAGATTAATTTATAAATGCACAGATATTATAATATAATAGATGATGCATATAATAAAATGTCTTTTATTATGGCACTATTTGTCATTTGCCAGTTTGTTTTCTGTATTTTACATACATTTTGTATACAGTAGAAATTAAAATGATTTTTGTTAATATTTCAAATATTTCCTAAGAGATGTTTCTTTTGGAGAAACTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAACTTTTCATTTTAGTTTAAAATTTTTTAAAACTATTTGAAGGTCCATATTATTAGTCTCCCTAAGCAATATTCGATTGTCTACAGAACAAACCATCATTGTACAATAACTTGCCTAATTACCCTTATTTTTACCTAATTAACCTAATCAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATACTGGTATCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGAGAAAAGAAATGTTTAGAAATGTGTTAAAAAAACTCTCTGTTAAACAGAAAAAAATATACAAATAATTCTGACTTCAACTGCACGTCATGAATGTTACAGTATTTGTCATGTGTTTACGGAATCTGTCCCAG
Seq C2 exon
AATGCCCGGCTGGCTCGTTTGGGCCCGGCTGTAAGCATCGCTGCCAGTGTGAAAATCAGGCATCATGTGACCACGTGGGCGGAGCTTGTACCTGTAAGACCGGCTGGACCGGAACCTTCTGTGAAAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074808:ENSDART00000109204:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=WD(100=28.9)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(63.0=65.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]