DreINT0016129 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079064 | PDE2A
Description
phosphodiesterase 2A, cGMP-stimulated [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8777]
Coordinates
chr15:47478390-47486292:-
Coord C1 exon
chr15:47486240-47486292
Coord A exon
chr15:47478465-47486239
Coord C2 exon
chr15:47478390-47478464
Length
7775 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
GATGTGTGTGTGTGTTTCAGTTG
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGCTGTATGATCTGGACGCCTCGTCTCTGCAGCTCAAAGTCATCAACTAC
Seq A exon
GTGAGTAAAAAGTTTTCTGTGATAAAGAGTTGCTCTGTAAAGAGAAGCCGAGTGACTTTTCTGCCGCCGGAGCAGAATTGATCTGTTTTCCTCATTTACAGGAGCGAGGGCCTTGTGTTTTTCTGTATGATGAAGGTCGCTGGCTCTTATTTACGGGCCCAGACTTAGATAAGAGTGTTTTAAAGAAGCTCCTGCTGAAGGTCAGAGTGTTTCCACTGATCTACAGTCCCTCTGGACGCTTATTATATTACAGCAACGCAAAGAGAAGAGAAGCGCTTACCGAGCAATTAACCTCAAACACAGGCAAAGTCATGAGTCCAGCGTACTGTCATCATTCTCTCTGTGCTGGGATTAAACCAGCTCTTCCTCTGATCAGCTGATGACATATATTTATTCATTAGGCAGACATTTACATTTATTCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGCCACTTACAAATGAGGATAAGCCAAGCATTCCAGATCATCAGAGACTGCAGAACATGCTTTACTTATGTAGAGTTTCTGTCCTGTGTCTAGTCTAAATATCTGAACAAAAGATACTGTCGTTTCAAAAATGATATGTCAAAATTAACTGGGTTTCCTTAAAGCAGGCACAATAATCTGCTCATTTAATCTATTTAAAGACCCTAGCAACCACCTAGCTATGCCTTAGCAACCACTTAGAAAGCATAGCAACCATGCATTTAATACACTCAAAAGACCTTAGCAACCATCTAGCAATACCCTAGCAACCATTTAGAAAGCATGGCAACCATCTATTTAATCCATTCAAAAGACCTTAGCAACTACCTACTGATGCCCAAGAAACCACTTAGAAAGCATAGCAACCATGCATTTAATCCACTCAAAACACCTTAGCATCCATCCTGTGATACCTTAGCAACCACTTAGAAAGTATAGCAACCATGCATTTAATACACTTAAAACACCTTAGCAACCATCAAGTGATACCCTAGCAACCACTTAGAAAGCATAGCAACCATGCATTTATAACACTCAAAACACCTTAGCATCCATCCTGTGATACCTTAGCAACCACTTAGAAAGTATAGCAACCATGCATTTAATACACTTAAAACACCTTAGCATCCATCCTGTGATACCCTAGCAACCACTTAGAAAGTGTAGCAACCATGCATTTAATACACTATAAAGACCTTAGCAACCATCAAGTGATGCCTTAGCAACCACTTTGAAAACATATAAACCATGCATTTGCTCCATCTAAAAGACCTTAGCAACCACCTATCAATGCTCTAGCAACCGCTTAGAAAACATAGCAACCTTCTATTTAATCCATTCAAAAGACCTTAGCAACTACTGTTGCCAAAGCAACCACTTAGAAAGCATAGCAACAATGCATTTAATGCACTCAAAACACCTTAGCAACCATTTAGTGATACCCTAGCAACCACTTAGAAAACTTAGCCACCATGCTTTTAATACACTCAAAATACCTTAGCAACCATCTAGCAATACCCTAGCAACCTTCTAGAAAACATAGCAACCGTACATTTAATATACTCAAAGACCTTTGCAACCATCTAGCAATACCCTAGCAACGTCTTAGAAAACATAGCAACCATGTTTTAAGTCCACTCAAAAGACCTTAGCAACCATCTAGCGATACCCTAGCAACTATTTAGAAAACATAGCAACCTTGCAACTAATCTACTCAAAAGCCCCTAGCAACCACCAAGTGATGCCTTAGCAACCACTTAGACAACATAGCAACAATGCATTTATTCCATTCAAAATACCTTAGCAGCCACCTAACAATTCGCCAGGAACCACTTAGAAAACATAACAACCATGCATTTAGTCCACTCTTAAGACTTTAGCAACCATCTAGTGATACCTTAGCAACCACTTTGAAAACATAGCAACCATGCATTTAATCTACTCAAAAGACCTTATCAACTTCTTAGCAATACCTTAGCACGCACCTAGAAAACATAACTATTCATTAAATCCACTCAAACTACCCTGGCAACCACCTAGCGATAGCCTAGCAACCACCTTGAAAACATAGCATTATGCATTTAGTACACTCAAAAAAAAGCTTAAGCAACCCTCTAGCGATACCCTAGCAACCACTTAGAAAACATAGCAAATCATGAATTAAATCTGTTCAAAAGACCTTAGCAACCACCTAACAATACCCTAGCAACCACTTAGAAAACATAGCAACCATGCATTTACTCCATCTACAAGACCTCAGCAACTGCCTAGCAATGCCCTAACAACCACTTAGAAAACATAGCAATTATACATTTAATTCACTCAGAAGACCTTAGCAACTACTTAGCGATACCCTAGCAACCACTTAGAAAACACAGCAACCATGCATTTAATCCACACAAAGTACCTTTGCACCATCTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTAATGGACAGAATGACGCAGTATAATCGACACACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATTATTGCCTTCTGGAGATGAGACTGTGCTCTGCTTGGTGATAATGCAGTAAGGGGTTACAACTCAAACACACTCACAGGCACACACTTTTGTAGAGGTCATGAGGGTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTATTCTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTCTTGTAATCAAATAAAATTATAAAATAAAGTAAAATAAAAATGATAATGATTAAATTAAATTAAATTAAAATAAAAAATAAATTAAATAATAAATAAAACACTAAACAAAATTAAAATTTAATTAAAACTAAGCAAAATAAAATAAAATAATAGCTAAGCTGAATAAAATCATCAAATAAAATAAATTTAAATAATATTAATAGTAAATTAAATAAATTTAAAATACTAGAAAAGTACATTAAATAAAAAACTAATCTAAATAAAATATTAAATTAAATTAAAGTAAAGTAAAAACACAAAAAATTTAAATTGAATAGTTCTTTAATTGTTAAATTACATTAAAAATAAAATGCTAAAAATAATAAATAAACAAAAATATATTAAATAAAATAAATAAAAATAATATTATTAGTAAATTAAATTAATTTAAAATACTAAAAAAGTACATTAAATTAAAAAATCTAATAAAATGATCAAATAAATTTAAATAAAAAATATAACAAATAAATTAAATTAAATTAAAACACTAAACAAAATGAAAATTAAATTAAAAATAAGCAAAATAATAAAATACCAATAATAATAAATAGTTAAAAACTTAACCTATTAAAATAATTAAATAAATTACTCTAAATAATAAAGTAATTTAAGAGTTAAATTTAATTAAATCAAATAAAAAATATAAATGCTAAAAAATAAAGTAAATAAAATGATAACATAAAAATAAATTTGAATAATTATAATAGTTAATAAGTTACAGCAAATAAAAAACTAAACAAAATGACAACAAATTATTTAAATCTAGACAAAATAAAATAACAAAATAAATAAAAATAAAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATTAAAAACACTAAACAAAATTAAAATTGAAATGAAACTATACAAAGTAAAATTTTATAAAAACTTAACCAATTAAAATGATTAAATGAAATAAACTAAAAAAATAATGATAATAGTTTTTCAATTATTAAATTAAATTTAAAATAAAATGCTAAAGAAATTTAAAAATAAAATTAATTAAAAAATAATATTAGTCAATTGAATTAAATTAAATTAAATTTAAATTTTAAATAAAACAATGAAATTCAATTCAATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGAACAGTGTGGTTCAGGTTATGAAATGAAATGCTATAAAAAATAACTAAATAAAATTAGATCAAAATAATAAAATAAAGTAAATATTCAAGTAAATTCAATTAAAAGTGACACAGTGGCTCAGTGGTGTTGCACTGTGGCCTCACAGCAAGAAGGTCTTCTGGTTCGAGTTCCCACTGGGTCAGTTGTCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTGCCATGGGTTTCCTCAGAGTTCACCGGTTTCCCCCACAGTCCAACCACATGCGCTATAGGGGAACTGATCAACTAAATTGACCGTAGACTGAGGTCCTGACTCTCTGTGCTGATTAATAATCCCAGGATATCTGTGAAAAAAGACTAGGGCATCCTGACCAAATCTGCCCACTGGCCTCCTAACCATCCCCATATCATAATTGGCTCCATCACTCTGTCTCCTCTCCACCAATCAGCTGGTGTGTGGTGTGCGGTCTGGCGCAATATGGCTGCCTTTGTGTCATCCAGGTGGATGCTGCACACTGGTGGAGGATGAGGAGATTCCCCCCTATATGTACAGCGATTTGAGTGTCTAGAAATCGCTATAGACATGTAAGGAAGTATTATTATTATTACTGGGTTGCGTCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAACACATGCTGGAATAGTTGGCGGTTCATGCCACTGTGGCGACCACTGATAAAATAGCCGAAGTAAAATTAATTAAATTAAATTAAAACACTAAACAAAATTGCATGAATTAAATCCAAACAAAATAAAACGATAAAACAAACAAATAAATAATAAAAAAATCATTAAATTATATTAAAATAATCAAATTGATTTAAAC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Seq C2 exon
TTGCAGACAGAAACTCAGTCGCAGTGTTGCTGTTTACTGCTGGTATCTGAAGACAATCACCAACTCTTCTGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079064:ENSDART00000111880:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(16.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]