DreINT0016366 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075857 | PGS1
Description
phosphatidylglycerophosphate synthase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30029]
Coordinates
chr12:34133235-34148026:-
Coord C1 exon
chr12:34147930-34148026
Coord A exon
chr12:34133425-34147929
Coord C2 exon
chr12:34133235-34133424
Length
14505 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCTGT
5' ss Score
5.39
3' ss Seq
TATTATTTGCCCTTCTGCAGGTA
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075857:ENSDART00000109196:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF130911=PLDc_2=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF130911=PLDc_2=FE(40.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]