DreINT0016367 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075857 | PGS1
Description
phosphatidylglycerophosphate synthase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30029]
Coordinates
chr12:34127588-34133424:-
Coord C1 exon
chr12:34133235-34133424
Coord A exon
chr12:34127767-34133234
Coord C2 exon
chr12:34127588-34127766
Length
5468 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGTGT
5' ss Score
3.3
3' ss Seq
TATGATATCATCTCATACAGGGC
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAGCACAATTCCCGCACAATGTTACTGCCGCTCCTCCAGCGTTTCCCCGAGCAGATGAGAGTGTCGCTGTACCACACGCCAGACCTGCGAGGACTCCTGCGGCTCCTGGTACCTGAACGCTTCAATGAAACCATCGGCGTGCAGCACATCAAGGCATACCTTTTTGACAACAGTCTCATCATTAGTGG
Seq A exon
GTGTGTATACGATACGCATGCATATGAATGACTAACAGAGATTCTTTCCAGTATGTTATTGAAAAGATTAGTTAATTTTAAAGGGACAGTTCACCTATAAGCATTAATGTCCTCATCATTTACTCACACTGAAGCGGTTCAAGACTTTTATGCTTTTTTTCTTCTGCTGAACACAATAAAAGACATTCTGAAGATTGTTGGAAAACAGCAGCCATTGACATCCATTATAGGAACAAGAATACTATGGAAGTCGATGGCTGCTGGTTATGTTTACATTTAGCTTTTGTCCAAAGTAACCTGTAATCAAGGAGGCATTCAGTGATTCAACAAGAAGAGGCAATACACACAAGAAGTGCTAATTATACAAAGGAAGGGTTTGTGCTCAGAGAATCAAGTGCTAGATTAATTATGTGGGAGTGTTATTTATATTTAGAGATGAGTGTTTCTTCAGGTGGTTTGTCAGGCCCACTCAACTGTGTAAAGCAAACTTCATAAGTGCAATTTTTTTGAGAGAGATATGAAGTGATGCCAGTGCAAATGTCGATTAAAGTGTCAGAGAGATGAACGAGTGCGTTTTCTACAGGTGGATTGCCAATCTCACTCCCACATTCAAAATTGCATGATATTTTCGAGGTTGTTGAGTGGTGTGGTGGGGAAAAGGAAGGAGTCCTAGTTTTGTTGACAGGGCTTCCTTGAGTATATTTTGACATTGTTGAGTATAGGCTCTTTTGTATTCAACTGCCACAACTGATATGCCACATACATATCACCCTGCAGCCCAAGACCAGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTCAGTACCAGGGAGACTTGGAAAAACTAAGTAGTGGGACCAGCAGGGGGTGCTCAACCGGTGGTCTGTGAGAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGTGGAAATTATACTATCTGTAAGCACCATCTTTTGGATTAGATGTTAAACCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCTCATTGCACTTCTAGTAAAGAGTAGGGGTGTAACCCCAGTGTCTTGGCCAAATTCTCTTGGTCCTTACCCATCATGTCCTCCTAATCATCCCCATCCACCAAATTGGATCTATCACTGTCACTCCACTCCACATATCGCTAGTATGTGGTGAGGCCATTGGCACGTTGTCCTGTGGCTGCTGTAGCATCATCTAAGTGCACACTGGTGGTGGTGTTGAGAGACACCCCTCATGATTTTAAAGCACTTTGGGTATATGGCCATACACAATAAATGCGCAAGAAAAAAACACGTTACTTAATTATTTTTTGTATAAAGTGTCTCAAACAGGTTTGGAACAAGTGGAAGATGGGTAAATGATGATACATTTTGGTTGAATCAACACTTTATTATCCAGTGCTTGATAAACACACGTTAGTTTTTTTTCCGTTTAGTAGGATAAATCTTTTCACTTTTTTCACTCTGACTCAGTAGCAGAATTTGTTGGTAAAAGAACTGACAGTTTAAAACATTTTCTTGCTAAAAACTAGCATAAATGCTTAGAGATTATNNNNNNNNNNGATCAAACTAATTGAGTCCTTCAGGCTTGTTTGAAACCTACAGGTAAATGTGTTGAAGCAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGGGCTTCGGCCCTCCAGGAATTGAGTTTGACACCCCTGCCACAGACATATGACCCTGCAGCCCAAGACCAGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTCAGTACCAGGGAGACCTGGGAAAACTAAGTAGTGAGACCAGCAGGAGGTGCTCAACCTGTGGTCTGTGAGAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGAAATTATACTATCTGTAAGCACCATCTTTTGGATTAGATGTTAAACCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCTCATTGCACTTCTAGTAAAGAGTAGGGGTGTAACCCCAGTGTCTTGGCCAAATTCTTTTGGCCCTTACCCATCATGGCCTCCTAATCAGTCCCATCCACCAAATTGGATCTATCACTGTCTCTCCACTCCACATATCGCTGGTATGTGGTGAGCCCATTGGCACGTTGTCCTGTGGCTGCTGTTGCATCATCTAAGTGCACGCTGGTGGTGGTGTTGAGAGACACCCCTCATGATTTTAAAGCGCTTTGGGTATATGGCCATACACAATAAATGCGCAATAAACAAACACATTACTTACTTACTTTTTGTATAAAGTGTCTCAAACAGGTTTGGAACAAGTGGAGGATGGGTAAATGATGATACATTTTAGTTGAATCAACACTTTAATTATCCAGTGCTTGATAATTAATCTTTTCACTTTTTTCACTCTGACTCAGTAGCAGAATTTGTTGGTAAAAGAACTGACAGTTTAAAACATTTTCTTGCTAAAAACTAGCATAAATGCTAAGAGATTATGGGGGAAAAAATTATGTTTAAAGGAAACAACCCTCTTTGTGATCTGTGATAAATTCTGTGTTCCTTTTCATGTTGTGGTTTAAAAAAAAAACTTTTTCAAAAGAAACCTTCTTGTATGAACTTTTAAAAATGTTTTCTTGGAGAGAGTACACACATTTTAGTGCGTCAGATCTTATGATAGAGAAGTGACATCATTTCCTCATTTCTTACATATTTATAGGAAACAATTCAGATAAAGGCATCATTGTGATGTTTTATGTAAACATAACCTTTTTAGTTTTATTAGTTTTATAAATTTTTTTATTTTAAATTGGTTTTAATGTTTAATAAATCATTTTCCAATGCTGTTTTCTTATCAGTAGGCATCAGACCTCTCACACAGTCACACGAGCAACTGCAAATGGTGACTGTCTTGTACCAAAGTGTAAGACCTCTTTTGGTCGATCAGTTTTCTCTGTTAAGGAAACCAAATTGTTGAATGATTTACCTGTTAGCCTAAAATTAGAAAGTAATATACATGTTTTTGGCAGTGTTTTTAAAAAGTGGTTAAAAACAAAACGGCAGTGTTTGCACAAATAGTTTACAATTAGTTTGTTTTATCATGCCGCCTTTGCTTTTGCCTTTCAGCAATTTTATGTAAAGAATTATAATGTTGTGTATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCTCCTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACAGAGATAATGGAGTTATAATTAAACATAATAGTATTAATGACTCATTTCTAATAACTGATGTATTTTATCTTTGCTATGATGACAGTATATAATATTTACCAGATATTTTTCAAGACGCTTCAATACAGGTTAAAGTGAAATTTGAATGCTTAACTTAGTTAATAAGGGTAACTAGGCAGGTTAGGATAATTAGGCAAGTTATAGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGACTATTGAGAAAAAAATATAGCTTGCAGGGGCTAATATTTAGACCTTTCAATGGTTTTAAAAAAAATTAAAACTGCTTTTCTTCTAGTCGAAACAAAACAAATAAAACTTTCAGCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGGAAATTTCCTTGCTGTATTAAACGTCATTTGGTAAATATTTAAATAAGAAAACAAAATTTCAAAGGGGGATTAATAATTTTGACTTCAACTGTATGTATTTATTTTATTTTCATTGTCTGTCAAGCCTTCCGTGGACAGGGGTATAGAATTAGCAAGTCTGCTAAAACACATAAACAACTGAATATGGTTGTTCAATGTAATTATGATGTCCATGTCAAATAAATAAATAAATAAATAAAATAAATAAAGGCAAAGTACGGTACAGTAAAAGAATGCAGTTATAGACCAATCTTTATTAGATAAAAAATATTCTTAAACTGTCTAATGTTGTAAAAGTATTAAAATCACTTTAGGGGTCTTATAAATAAAAAAATATATCAAATAAAATACTCTGATAGCATTCATTCATGGGGTGACGCAGTGGCGCAGTAGATAGTGCTGTCACTTCACAGCAAGAAGGTCTCTGGTTCGAACCTCGGCTGGGTCAGTTGGTATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCATTCGCGTGGGTTTCCTCCCAGTGCTCCGATTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGATGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTACGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTACAGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACATATTCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATAATTGAATGAATGAATGAATGAGTGAGTGAAAATGTATTCATTTTCCTTCTCCTTAGTCTCTATTTTTGAGGTTGCCAAAGCGGAATGAACCGCCAACTATTCCAGCATATGTTTTAAACTGTGGATGCCCTTCCAACTCCAACCCAGTATTGGGAAACACACATACACACTCTTTCACACATACACTCATAAACTATGGCCAATTCAGCTTATTCAGTTCACCTATAGCACATGTCTTAGGACTTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACTAACACTGAGAGAACATGCATACTCTACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCTTGGAATGGAACCAGCAACCTTCTTGCTATGAGGCGACAGTGCTAACCACTGAGCTACTCTGATAACACTAATACATAATGCATAACTATTTCAGCCAACAAGAAATCATGGTTTATAAGACTGCTTTCTTCAGAAAATATCCTATTGTTATGGCTGGTAAAATACTATGATCTTTGACAATGAGCAGAACATAATTAAAATAATTAAAAATACAACCATTTGAGAGCGGTGCATTGGGCAGCACGATTGCTTCACAGCAAGAAGGTTGCTGATTCGAGCCTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCACCGTGTTTGCGTGGGTTTCCTCCGGACACTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGAATTAGCTAAATTGGTCATAGTGTATGTGTGTGAGAGTGTTTGTGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCCGCTACATAAAACATATGCTGGATGAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATTAATGGACAGGAATGGTTGTCCCAGGACAACCATTTAAATTAAAAAAGAAAATAATGATCTTAGACACTAAATATACCTGCAATCACTCATATGTGACAGCAAAACTGGATACAACACGGCAAGATACTGATACGTAAACAGTGTGATTTGTTGTGGTTGGTTAACTAAAATATGTGTGCAATGTAAATACCAGCCAAAGTGTTCCCACAGTGTTTGCTCATCATGGTTTGTTTTTAGACTATACGGAGTTCATGCAAAAACTGCCCCCGCTCAGTGTAGGATGATTAGTTGCCAACTTTGAGTATGATATCATCTCATACAG
Seq C2 exon
GGCCAATCTGAGCGACTCCTACTTCACCAATCGGCAGGATCGTTATGTTCTTCTGGAGGACTGCAAGGAAGTTGCTGATTTCTTTGCTGAACTGGTTGGAGCCGTGGGTGACGTGTCAATGCAGCTCCTGCCTGACAACAGTGTGGAGATGATGGAGGGAAGGGTGCATCCTTACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075857:ENSDART00000109196:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF130911=PLDc_2=FE(40.1=100)
A:
NA
C2:
PF130911=PLDc_2=PD(21.0=54.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]