DreINT0017718 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075924 | RAPGEF4 (1 of 2)
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16626]
Coordinates
chr6:6760090-6765121:+
Coord C1 exon
chr6:6760090-6760144
Coord A exon
chr6:6760145-6762441
Coord C2 exon
chr6:6762442-6765121
Length
2297 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGT
5' ss Score
7.68
3' ss Seq
CATTGTCCTGCCTCAATCAGATG
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGCTGATTGCTAACACAGTGAGAGCGGTCAGGCATTGCAGGAGCCAGCCTTTCA
Seq A exon
GTGAGTCCCCATACATATATTTTTACATACTGTATATCAAAAAGATTGGTCAATCAATAACAATCTGACGTTCATTTGGGAAAGCTTAACTTGTTATGTTTAAAGGTAGAAATCTCCATTGCTTCACAATATGTCTAAAAATATTTAAGAACAAAAATACTCTGAAAAAATAAATACAATACAAACATAATGACAACAATTCCAGTATTGCATTGTGCCGTATTAGTATATCTCAATTATTCACAACACTTAAATAATGCAAACAAAAATATGCATGATATCAAAACTAACCATAGTATTTTATTGGATCAGTTTTGTGGTGAACAATCCATCTGTGCATGTCATTAAGAAAAAAAATAGTAAGCTCTTGTAATCTAAAATTAAAATCTGAAAATGAAGTTATATTCTCATATTATGTGATTTTGAGGTATTCGGAGTGGCCAACATACTTAACCACGCCCCTCCAACTGTCAGTTTCGACAACAGACAGAATTTTTTTTATGAATGAAATGTCTACTTTACTACATCCAATCAGCTCGCAGCAGAAAAAACAAGCCACACCCAATGTTTACTCATTTAATATTCAGTTTCTCTAAGAACTGTGTCACAATACGAACAAAAACAGCTTCCAGTTTATGGGGACTTTAAATAAATAACTTCCAATGCAACACAGAATACCCAAATGGGCATTGTTGACAACAAAAGAGACAAATAAGATAAACTGTATATAATCCAGTACATTTTAAGCATGGCTTTTAATCCTCTACTGCACGCATTATGATAAATCTATAAAAATAAAACATTAGACTGTTTTTCTTGTCTTAGATTGGCTTTACTTGAAGTGCTGTAAAAAAAAAAAATTGGAAAAATGTCTTTTTTTAAGGTACTTTATGAAATGTTGCCATATGGCAACAACGTTAGTGGATCTACCTTAGAAAATTCAAATTTAAACTTTTCTTATAATTAATAATTTTGTTGTTTGAAATGGTTTAATTGGTGTTGCAGTATTCCAGGCTTTAACACAGAACCTATAAATAACACCTTATACATACTTTACAACAACTCATATTTCAACAGCTTTCATTTATTCCATTCTTTTTTGCTGAATATAATTAAAAACAAACCTAATATTGTATAATCATGTGTACAACATACAGTAAATATAAATATTTTCTCCAGTATTATAACAAATAAATAACAAGTCTAATATATTCAGATGCTTCAGAATAATGTAGCTACTAGCTAACAATGTTTATTATATACTATACTATGCCTGTCTTTTATGCCTCTGATCTAACTTACTTGAACTGTCTCCATCACTGCTCTTATCAAATGTCCAGTGTGCATTATTGTCATAGTCACTAAAACCCATCTCATCCTCACTTTTATCTGCTGGAATTGCCCCAGTTCTGTCCTTTTCTTCTTTAAATTACTATAGAACATGGTGGTGCTCGCTAATACACTGTTTCCTGTATTCATATCTATTCAACAGTAGTACTGCCATTAAAACTAGATTTTATCCATAATGCAAATGCCATTAACACATGACTAATCAACATTATATTACTAGGATTCATGTTGTTGTTGTTACAATTTAAAAGTTCACAGCTGATCTTGCTAGCTTGCTGACCCATTGCTATATTGCACGTTCCACTATTGCACAGTGTTTGCCAACACACACATTTGATCGAGTTACAAAAAACTCATTTGATAAAAACTTTTTTGAGCTGTGAATATGTCATCATAACTTACTGTAAGTGATGTTTCAGATTTTTTGTTGTGGATCTGACATAATTTGATCCTTTGTTTTTTATTGACGTTTACATTTGCATTCAGCAGTTACTTACAATAAACACCAGTCTGTCAGAAATCACACCACAGAAAAACCCTGCATGTCATGTGACTTAACCAGAGCACATCATTGGCTACACTTCTCTTTCCAAAAAAAAATTCAATGTGTGTCACATTGAAGAAACAGTGGCAGGGAAATGAATATAAAAATCATGTAGCTATATGGCAACATCATGAGTTAAGAATTTGCTTGTCCTGTTTTTTTCCTCTCTAAATTATAAGGCATTTCAAGGTGCATGTTAAATAAATAAAAAGGCATGTTCTAATTAACAGGGGGGAAAGCTATATGCACTTGTATCGTTTGATAATTGTTTTTATCATCTGTTCAAAAAATAAGTACAGAATTTTTTTTTTAAATCCAAACAGTGTTGTGCTGTATAGCAAATTCATATATTTACCAATCACTTTTGAAATTGGTTCTATTAACATTGTCCTGCCTCAATCAG
Seq C2 exon
ATGCTGAAGCGTCTCCAGCCAGTAAGAATCCACAGGAAGTGAGGAATTATGTGCGCCAGCTGACTGTGATTGACAACCAGAGAACCCTATCACAGCTGTCCTTCAGACTGGAGCCAAGACGGGGCTAAGGACCAATGCTGAGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTAAAATACACCTACTGTATATCCAGTTTACAGCAGTACAACTCAATTTTACGTCTATTGGCTGCCAGAGCTGTTGCCGACTGTATGTGCTATCACTGCCAACTCGACTTTGTGTACAAGATGCATTCTCATACACGAACGGTCAAATTAGATATCAGTAAGGTTTTTAAAAGAAGATTTACCTCACCAACACTGCATTTATTTGATCCAAAATAAAGTAAAACATGTGAAATAAGATCACTGTTTCAAACAGATTAAAATGTAGATTAAAATGTAATTTATTCCTGTGATTGAAAGGTGAATTTTTAGCATTATTACTCTGTTAATGAAAAAAATCAATCAATCAATCAACTTTTTCAATGTACTTTAATGTCTCGTGATTCTTCAGAAATCATTTTAATTATGGATTATAATCAGTACTCAATCTTTTATAATGATTCTTATAAGTATTAGTGTTAAAAACATTTTTACAGTGCTCCATAGTTTTGTGGAAATTTATATATTTTACTTTTAAGATTCTTTGATGAAACTGGTTCACAGAAATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAGAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCGGCATGGGGGTGTGCGAGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATAAGCAGCCTGAGGTGTCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACTGGAGAGGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGCGCTCCTCATACTTCAGCCTCCACATCAAAGATCCTGATAGCAAAGAAGGTCAAGATGCTTCAGGATTGGCCAGCCCAGTCACCAGACATATGAACATTATTGAGTATGCCTGGGGTAAGATGAAATAAAAGGCATTGAAGATGAAACCAAAAAATATTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCAAGAACACTTTCTTTGCCATTCCAGATGACTTTATTAATAAGTCATATGAGTCATTGCAGAGATGTATGGATGCAGTCCTCCAAGCTTATGGGAGTCATACACAATATTAACTCTTTTCCCACTGCACCATGACTTTATATTCTATACTGTACATTATTCCTGTTAAGTGACAAGAGTTGTGTCTAAGCAAAGTCAGACGTTACTGCCCTAGTTAAATAATTAATAATCAAGGCAAAATTATATTTTATTTTGGTAAAATAAGCGTAATCTAGAAGCCTTTACCTACTATATAAGCCACTTCTGATACCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGCTGTTCCTAAAACTTGGATTGGGGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAGTGTCTTCACTTTCACTCTTGAACAATTGAATGTGTCCTAGATTAATAAAAGTAAAGACATGTTAAATATTAATTTTGAGTGCTACTTTTGAATTTCTACAAAAATATGAAGCAATCCAACAGATTTTAACACTAACAACAACAATAATAATAATAATAATAGATTTTTTAACATATTAGAAAAATTTCTGAAGAATGTGACACTGAAGACGGCAGTATTGATGCAAAAAAATCTGCTTTAAATCACAGGAATAAATGTCGTTTTTAAACTATATTCAATAAGAAAACATGTCTTTTAAATTGCAACAATATTTCCAACGTTGTAAGAGTTTACTCTGTTTTGAATCTTTTTAAAAATGCAACCTTGGTGGGCAGGAGAATTTTCTTTTAAAACAGTTAAAAATCCTACTCATCTCAAACTTTTGACCAATATGTGTGCTTGATTGTGTGAGAGTGTATGCGAGTGGCAAGCCAATGACTTTAGTATTAAGAGCTACCATGTGTGTGCGTATGCATATGTGTGTGCGTATGTAAAATGCAGTCTACTGTACACCCTTTGATTCAGTCATGTGAGGTCATAGTTACAGAAATTCTCATTATTCCCTTATACTGTACTGTAGCCATTGCCTGTGCTTGTTCCTACATTTCTATCATCCCAACGCAAAACAATCCTAAAAATAAGAGTTTAGTACAAGCTACATATCATGCAAACAAATAGTGACTCCGGCCACAGAAAATCAATCATCGATTCTCTCCATAAAACCTTCCAGGCCTCAATGATTTGTGTTACAAGTTTCAAGTCATTCAGTATAAGTATTAGTATTCTGTCTCAAGGACTATTTTTGTTACCACTGGCTCAATTATGTGCTAGTAACTTACCTCTCGCCATAGCCTGTAGCATTATTGATGCCATTTTGTACATTGAGTTATATTTGCATATTTTTGGGTTGGACCCATGTTTTTTTGCTAAGTTATCATAATCGGTCTGAGAAGGCCTTTGTTTGTTCTCATTGTGCCGTTTGGAAAGTGAGACGCTGTGTGTGTGTGCGTGTGTATAAGGCACTTATTTTCTTTTAGGAAAATGTCTACGCCTGCCTTGTAAATAAATGTACCGTTGAACACTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075924:ENSDART00000166607:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=0.308
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=PD(0.5=5.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]